人曰:“五脏本皆属阴”，又言“五脏之本，本在命门”，就像“地球之本，本在太阳”一样。
命火是一身阳气的根本，而五脏本皆属阴又本于命门，所以命门与五脏应是对立统一的阴阳关系。人们设命门为天，五脏为地。
命门为“元气之所系”，又藏有元精。元气为元精所化生，二者是功能与物质的关系。任何一个事物都有其结构体与功能用两方面，体阴用阳，结构为阴，功能为阳，体在内，用在外，这两者是一个有机的整体，相辅相成。
命门也不例外。
阴阳是相对而言的，元气为功能属于阳，元精是物质属于阴，二者同属于命门天是一个有机的整体。但元气用在外需发布远行，元精体在内需固守舍藏，体阴在内，用阳在外，抽象而言，可以认为这是“阳中有阴”的结构模式。
这与太阳一样，它的外面是光芒万丈的阳气元气，内里是产生热核反应的物质元精，太阳没有内里的热核反应热核反应相当于元精“化生”元气的过程就不会产生能够温煦到大地的天之阳气元阳之气，命门没有元精的生化作用元精“化生”元气的过程就相当于太阳内部的热核反应就不会产生能够温煦到五脏六腑的元阳之气，二者的道理是一样的。
元气又称之为元阳之气，亦称之为命火，是人体一身阳气之根本，这与太阳火是天之阳气的根本同出一辙。所以命门是人体内的天，符合太极阴阳图“阳中有阴”的结构特征。
金木水火土“五脏本皆属阴”，是组成人体内地的内容，而肾水是五脏之阴的根本。
木火土金水五形之火是地火，所以心火是阴中之火，为阴中之阳。抽象而言，可以认为这是“阴中有阳”的结构模式。
实际上，心火主血脉的功能是推动五脏血液循环的根本动力，如果没有心火主血脉的功能，脏腑就难以产生五脏六腑之精气阴气，尤其是心火衰竭就会出现肾水不化的临床病症，这是阴中无阳则其寒必极之证。
与地球一样，虽然地球是由木火土金水五种物质组成，但“万物禀形非水不育”，所以水是地阴之根本。
地火是阴中之火，为阴中有阳的结构模式，如果没有地火氤氲这个内部因素，就不会有泉源之温，地水也就会寒凝不化，这与心火衰竭首先表现的是肾水不化的病症相一致，所以可以认为心火是阴中有阳的结构格局，这也是“人道本乎天道”之证。
五脏是人体内的地阴，所以“五脏本皆属阴”，五脏是一个有机的整体。心火是阴中之火，为地火，是阴中之阳，所以人体内的地五脏符合太极阴阳图“阴中有阳”的结构特征。
五脏是形本属阴，所以五脏阴中有阳也可认为是五脏其形质在外，而功能于内，如心主血脉、肾主水、脾主运化、肺主气、肝主津液等，这些水、血液、食糜、气、津液等物质的代谢过程均在脏器内部完成，是“阴中含阳”的格局；命门则不同，其形质元精在内，而功能元气行于外，其元气元神均至幽至微，杳然不可见，是“阳中含阴”的格局。
太极阴阳图的另一个特征是阴阳相互为用的升降运动，那么命门与五脏也应存在着阴阳相互为用的升降机理。
“五脏本皆属阴”，肾水是阴中之阴，阴中之阴为太阴，所以肾应为太阴之脏。太阴为至盛之阴，所以肾亦称为“至阴之脏”，而位于人体的下极。
命火是阳中之阳，阳中之阳为太阳，所以命门应为太阳之脏。而太阳为“至盛之阳”，所以命门应为至阳之脏，位于人体的上极才是。
命门为至阳之脏而居上，肾为至阴之脏而居下，二者位于人体的两极，成上下对立升降之势以阴阳相互为用，合乎天道。
命火之阳气与肾水之阴气是如何上下升降相互为用？首先得明确命门的部位，实际上内经的“命门者，目也”就是指命门的部位所在，即“睛明所夹之处，是为脑心，乃至命之处，故曰命门”。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分，两睛明目系所夹之处正是脑髓的中心，脑髓的中心是间脑，所以人们所指的脑心就是间脑。
人类胚胎早期，脑心的侧壁外突，形成视目系，即内经的目睛命门与脑心在发生学上就有着渊源关系。目是脑心的门户，脑心是内经的命门所藏纳的先天之精，是生命之根本。
命门通过目系与脑心相联通，二者是生命之门与生命之室的关系，门与室是一体的，目系只是通道。生命之门就是储藏生命物质的地方，生命之室泥丸宫就是脑心元精元神所舍藏之处。
脑心就是位于脑髓中央形似泥丸的间脑，间脑主宰着五脏六腑的生理活动，体现着元神的作用，是人体最重要、最核心的生命中枢，去掉大脑皮层生命尚可存在植物状态，去掉脑心生命不复存在。
脑心是人体最至关重要的生命物质，它就是目睛命门所藏的先天之精，亦即元精。
目睛命门因藏有脑心这个先天之精而具有非常重要的地位，所以内经指出目就是命门，是藏有脑心这个非常重要物质的生命之门。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分。大脑有思有虑主宰着躯体视听言行之心理活动，属于后天识神；间脑形似泥丸位于整个脑髓的中心，称之为脑心，脑心无思无虑主宰着五脏六腑内脏的生理活动，属于先天元神。
睛明所夹之处是为脑心，两睛明目系交叉像把钳子夹着脑心。脑心就是目睛命门所藏的先天之精。
间脑形似泥丸是整个脑髓的脑心。人类胚胎早期间脑的侧壁外突形成视目系命门，目睛命门通过目系与脑心相联通，其有着发生学上的渊源关系。
足太阳之脉起于目睛命门，正应之“足太阳之脉，起于目内眦”，其必起源于脑心，这是由其发生学上的关系所决定的。
脑心元精化生的元气随起源于脑心泥丸宫生命之室的足太阳经运行通过目系出生命之门目，即所谓的:“气出于脑”“阳气出于目循项下足太阳”，然后上额循项下入五脏六腑之俞，最后植入足少阴肾经的至，并唯肾而络，以命门天火之阳气温煦人体内的地五脏，这还是命门为“五脏六腑之本”和“其气与肾通”的经络学证据。
五脏六腑之精气皆上注于目睛命门，就必上属于脑心，这也是由其发生学上的渊源关系所决定的。
这就是太极阴阳图“天之阳气下降于地，地之阴气上升于天”在人体内阴阳相互为用的升降运动。
内经曰:“人始生，先成精，精成而脑髓生”。
人生先成之精就是先天之精，脑髓就是由先天之精而构成。但是脑髓有间脑和大脑先后天之分，大脑是间脑的自然延伸，是低级脑部位，间脑是脑髓的核心，是高级脑部位，所以“精成而脑髓生”本质上应该是“精成而脑心间脑生”，脑心是由先天之精凝聚而成！再合参“命门者，目也”及目与脑心在发生学上的渊源关系，所以脑心就是生命之门目所藏的先天之精！
命门藏先天之精是它最基本的功能，所以内经的这个命门目就是命门，它所藏的先天之精就是脑心，如同中医的心肝脾肺肾五脏系统本身就包含了解剖学上的实质器官一样，内经的命门也是有解剖学物质基础的，因为没有脱离物质而独立存在的功能!
内经曰:“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也”。结：缔结之结也，即足太阳经是缔结于命门的一条经脉；结：植物长出的果实或植物结出的果实，即足太阳是命门长出的一条经脉或足太阳是结出于命门的一条经脉，所以说“太阳结于命门”；结：系也，即足太阳是系于命门的一条经脉，如同命门为“元气之所系也”一样。
内经曰:“足太阳之脉，起于目内眦。”也是说足太阳是起于目睛命门的经脉。
足太阳之脉出自目睛命门就必源自脑心，这是目睛命门与脑心在发生学上的渊源关系所决定的。即足太阳之脉是起源于目睛命门脑心的经脉，它属于目睛命门，这是内经所明确的。
元气就是“大盛之阳气”，而足太阳经是运行大盛之阳气的经脉，所以足太阳就是运行命门元阳之气的经脉，二者是脏经相符的渊源关系，这应是内经其脏配其经的本意。
命门脑心元精化生的元气随起源于脑心生命之室的足太阳经的运行通过目系出生命之门目天即“气出于脑”“阳气出于目循项下足太阳”，然后上额循项下入五脏六腑之俞以温煦人体内的地五脏，这就是命门天之阳气下降于地的经络学证据。