自麴伯雅父子遭到刺杀之后，黄明辽并没在高昌城露面，所有的事情，皆交给李节处置。
李节率领大军驻扎于城中，然后开始了大规模的清洗。包括麴仲斐、阿史那氏等人，尽被李节以谋刺、诈降的名义诛杀，至于城中的武，也多被清洗干净，只有一些上赶着投奔的汉官，留了下来。
李节在高昌城中以为“麴伯雅报仇”的名义杀戮了半个月，到最后城中再无忠于麴氏的人了。
半个月之后，一直姗姗未露面的黄明辽才再次出现，而目的便是重立新王之事。黄明辽本想废除了高昌王的传袭，后来想着，高昌国与焉耆国不同，而且麴伯雅和天子关系还不错，冒然废黜高昌王的传袭，天子也未必会答应，还是暂且保留高昌王位，省得再给旁人以口实。
不过麴伯雅已经死了，麴伯雅的长子麴泰也因为重伤不治，死于军中。至于麴伯雅的其他子嗣，或是死在了之前麴仲斐发动的政变中，或是应着这次事件，全部为李节诛杀。
实际上麴伯雅已经没有继承人了。
不过没有继承人不要紧，还可以选个继承人。新立的高昌王，非子嗣传承，对国民影响有限，他若是不傻，就会抱紧大隋的大腿。
当然，挑选新的继承人，还要走一个流程。
于是黄明辽召集高昌国仅存的武，商议拥立新王之事。高昌国两次大乱，再加上大隋的清洗，武官员，十不存一，现存身份最高的，只是一个兵部司马兵部二把手。
不管大隋可不会让高昌重建政治体系，至于缺的官吏，下辈子也补不上了。
没有高昌朝廷，从法律意义上还有缺漏。但高昌国还有一人，可为此事背书，此人便是麴伯雅的妻子华容公主高昌国王后宇玉波。
华容公主宇玉波，杨广的外甥女，广平公主与熊州刺史宇静礼之女。
杨氏家族人丁不旺，想找个和亲公主都困难，杨广只是无可奈何，只得从姻亲中挑选。
此时华容公主尚不过十五岁，去年才嫁给麴伯雅的她，本身仍是一个孩子。
之前麴仲斐发动政变，华容公主也陷入城中。因为高昌四面皆是隋军，麴仲斐畏惧大隋势力，也不敢对华容公主不敬，只是将其拘在宫中，想着诛灭麴伯雅之后，再向大隋天子求婚，迎娶华容公主。隋军攻破高昌城后，华容公主被隋军所救。
“妾身年幼，不通时事。今大王身死，惶恐无依，诸事皆赖将军了。”
华容公主，本就不太懂政治，且此时刚死了丈夫，面对高昌国当前的局势，着实束手无策，也只得将一切拜托母邦的官员。
于是由李节主持，挑选了高昌国麴氏家族中，一名只有五岁的孩童，改名为智盛，过继给麴伯雅，成为高昌国新的国王。
麴智盛年纪尚小，于是黄明辽以加强对新王教导为由，将麴智盛和华容公主，皆带到轮台。往后这个高昌国的新国王，若是不出意外，再也不会回到自己的故乡。
城中的官员早被李节杀怕了，因此明知大隋此举是为了控制高昌，也没人敢反对。更多的人想的是，只要大隋保留高昌国的社稷，总有夺回国权的一天。但众人不知道的是，黄明辽和李节并没有想着以这种模式在高昌待多久，只要时机合适，高昌国还是要划入大隋版图。
高昌国王被带走后，李节也没有重新任命高昌国的朝廷，反而将原本高昌国四郡十八个县四个戍的行政编制，合并为一个郡，交河郡，并以伊吾郡郡丞梁硕为郡丞领郡事。
其余诸县，合并为前庭高昌城、交河、始昌、柳中今新疆鄯善西南鲁克沁、蒲昌白力城，今新疆鄯善五县。
交河郡虽为高昌国郡，但无论是太守，还是县令，皆为隋人担任。甚至连军队，也为隋军收编。
至此，高昌国只剩下一个名字，只等着灭亡了。
黄明辽占据高昌，补全了西州缺失的一块版图。
此时西州面积地愈千里，连亘天山南北，一个伊吾郡便治理不过来。于是黄明辽将天山以北的新附之地，沙陀碛以南，直到叶河，设北庭郡，治轮台县，以李节兼任太守。而从叶河以西，直到阿拉山，车岭今新疆博罗科努山以北，设双河郡，治西林镇，以蒙跃为太守。
大隋在天山以北其实只将势力拓展到黄草泊，至于黄草泊以西，实际上根本管不了，这里还是西突厥的地盘。至于从叶河到黄草泊，也不过只有几个屯镇，所以这个双河郡，不过是个名头。
但是黄明辽仍然坚持设立双河郡，以为大隋在天山北麓西拓的主力。
这时李节又提议，重新对大隋在西域的据点进行划分等级。
西州总管府设立之后，一般对大城设县，驻军设镇，至于新开拓、建设的城堡也为镇，这就导致，大镇有军队数千，小镇有可能只有几十人，严重影响对各地的管辖。
于是李节建议，管民的县、乡仍依照旧例。至于有驻军的城池，依照驻军数量、城池大小、人口数量，设置军府、镇、戍、堡四级单位。
其中驻军不满百的，皆为堡，设正副堡将。
戍一级，下戍驻军一百五十人，中戍驻军三百人，上戍驻军五百人，戍设正副戍将；
镇一级，下镇驻军八百人，中镇驻军一千人，上镇驻军一千两百人，比照国中的鹰扬府，镇设镇将；
而镇之上设军府，一般多为两三千人，还有成规模的胡兵。镇、戍、堡的设置只是根据诸军的多寡，没有直接统属关系。无论是镇、戍还是堡，皆直辖于军府。
至于一些没有官军驻扎，多是百姓自发组织民兵的地方，设置屯。
如此隋军在西域的城池，多成军管，一管军，一管民，方便了守备与开拓。而如此改变，原本的镇数量大为减少，整个天山北麓，只剩下西林、轮南、咸泉、蒲类、金满等几个镇。
此时军府尚只有焉耆一地。