但他们的牺牲并不是毫无价值的。
这次明军出击辽东，满清虽然极力封锁消息，但通过百姓的口耳相传，消息也很快的传播开来。在感到振奋的同时，很多人开始明里暗里开始反抗清军。在事情发生后的两个月内，在辽东便有大大小小近百起汉人揭竿而起，反抗清军的起义。后来，经过清军的疯狂镇压，事件才有所平息。但只是将事情从明面上转移到了暗地里，内部的裂痕欲来欲首发
而百姓的向明之心却越来越强。仅在明清两军对峙的盖州，不到两个月，便有近三千户百姓抛家舍业，从盖州逃到复州。大量百姓逃逸影响的不仅是满清的劳动力，也直接影响清军的军心和战力。
清军为此还在盖州南侧设立了无数的垒堡，以监视南逃的百姓，并对抓到的百姓进行最严厉的惩罚。但即使如此，仍有不少百姓越过重重阻碍前往明境。
而黄蜚看到民心可用，派出轻骑不断北上。从任何可以突破的地方攻击清军，或破其屯堡，或烧其粮草，或毁其禾苗。本来土地肥沃，不仅可以自给自足，甚至可以供给其他地方的盖州变的残破不堪，甚至还需要满清从其他地方调来粮食来供养在盖州驻扎的大军。
这种情势，在福临登上皇位，多尔衮当上摄政王之后，满清的朝局稳固之后，才开始有了一些改变。满清以尚可喜为将，率海州之军进入盖州，以伺机攻灭金复二州的明军。
耿继茂身死的消息传回盛京，耿仲明仰天痛哭，大声叫骂勒克德浑让自己耿家断子绝孙（耿继茂为耿仲明独子，此时，耿精忠还未出生）。
但这种叫骂也只能在自家庄园里面，勒克德浑是满清的贝勒，他是被封的汉人的王。两者论官职，当然是耿仲明更高，但地位确实千差万别。如若让满清知道耿仲明心存不满，或许他自己也要去地下陪儿子了。当多尔衮为了补偿耿仲明，而为他增三百户时，他也只能磕头叩谢，将自己的一切不满都压下去了。但内心的积仇，却使他气愤难消，暗地里不断对两红旗的人使绊子。
多尔衮在当上摄政王之后，在代善的提议下，为显示自己的大公无私，斩杀了曾经支持自己登基的硕托和阿达礼。经过努尔哈赤、皇太极两代，直到多尔衮当上摄政王，代善才终于把硕托这个自己最讨厌的儿子送上了断头台，可真是可喜可贺。而阿达礼，则是代善认为不得不除，谁让他当初上蹿下跳，和硕托走的那么近呢！
勒克德浑因为战败，最后还致使明军逃脱，被多尔衮下令暂时免除了贝勒。但有老代善在背后支持，相信用不了多久，便能重回满清的高层。
尚可喜因为疏忽放明军进入辽东而被追责，但因为多尔衮还要用他增援盖州，也只是申斥了一番，让他去盖州戴罪立功。
杜尔祜因放走明军，而被多尔衮下令申斥，免除镇国公的官职，以普通将领的身份前往辽东前线戍防。
而李率泰虽然及时反应过来，率部向东追击，并歼灭了部分明军。但因为仍然有不少明军逃脱，且他带兵前来盛京是导致明军潜入辽东的主要原因，很多人上书要求重惩，甚至要求直接斩杀李率泰。
但李率泰在追击不成的情况下，直接率部返回盖州，并助马永功及时稳固了局面，薄有功劳。且他返回盖州后不久，在得知多尔衮当上摄政王后，立即给多尔衮写了两封书信。其中一封是他对这次战事的总结，以及大力发展水师的建议。另一封则是他言说豪格之罪，并向多尔衮表忠心的信件。
多尔衮看过之后，觉得他发展水师的建议十分有理。他又询问勒克德浑和石廷柱，两人对李率泰评价都十分高。不久之后，一道圣旨从盛京传下，封李率泰为水军总管，负责在辽河上训练水师。
李率泰不仅没被追责，还得到重用。多尔衮把他竖起来，制成了一个标杆，表明他并无追究跟随豪格反对他的文武官员的意思。在这之后，不断有人脱离豪格前来投靠多尔衮。豪格身旁除了一切死忠没有离开外，得到了空前的孤立。
而多尔衮则水涨船高，统治地位得到了空前的提高。不久之后，他迎娶了皇太极的遗孀庄妃，间接成了福临，也就是顺治帝的父亲。而满清众文武在此刻却不敢发一言，多尔衮的威势达到顶峰。
周显在得知韩勇留在辽东腹地之后，下令升其为游击将军，刘麻子为守备，让人将文书、印信送到他们的所在地。并令人告知韩勇，在其控制的范围内，武将游击之下可以由其任命，文官之下县令可以随意任命，大明朝廷予以全部认同。也就是说，周显给了他充分的自由任命权。
按照最初的约定，凡是前往辽东的明军。官职就地提升一级，高奇被任命为副将的文书传向京师，而吉木被立即提升为参将。战死者得到双倍的抚恤，留在辽东伤兵的亲属亦是如此。而最后留下断后的明卒无论生死都得到了三倍的抚恤。
直到后来数月，仍有一些明卒越过重重障碍，逃回明境，这就是后话了。
沈廷扬提行的通过海运运送粮草的提议得到了成效，第一批粮食十万石运抵登莱。其中一半留下为克辽军，剩下的一半被运往京师。虽然不多，但大部分百姓看到有粮食到达，又不再积极屯粮，买粮。京师的粮价迅速下降，物价得到了一定量的稳定。
后来，崇祯帝答应了沈廷扬开放天津为经商口岸的提议。郑芝龙知道之后，当即派出海船五十艘，帮助朝廷转运粮食到京师，运粮的数量得到了极大的提高。第二批，共转运了近七十万石粮食到达。其中一部分仍然送往京师，剩下的则被送往宁远，为