时人王秀楚在他的《扬州十日记》中记载了当日的惨状：一满兵提刀在前引导，一满兵横槊在后驱逐，一满兵居中在队伍的左右看管以防逃逸。三满兵驱赶数十人如驱如犬羊，稍有不前，即加捶挞，或立即杀掉。妇女们还被用长绳索系在脖子上，绳索拖挂，累累如贯珠，女人们由于小脚难行，不断跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此时街上但见满地都是被弃的婴儿，或遭马蹄践踏，或被人足所踩，肝脑涂地，泣声盈野。路过一沟一池，只见里面堆尸贮积，手足相枕，血流入水中，化为五颜六色，池塘都被尸体填平。
血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首。那些从城墙上跳下去企图逃跑的人不是摔断了大腿，就是落到了流氓无赖和散兵游勇手中，他们把这些人抓起来拷打，要他们交出财宝来。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂满烂泥和脏物，希望以此躲开人们的注意，但是清兵不时地用长矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像动物一样蠕动起来，鲜血从伤口流了出来。大火蔓延开来，那些因为藏在屋子里或地下室里仍然活着的人们，或者是被无情的大火所吞噬，或者是战战兢兢地跑到街上来，被那些仍然在屠城的清兵杀死了。甚至那些被正规的清军放过去的、赤身露体在街上游转的、孤弱无助的市民，又被成群的散兵拦住，乱棒打死。
战后根据焚尸簿的记载，在这次大屠杀中死难的人共有八十余万人，其中还不包括落井投河，闭户自焚及在偏僻处自缢的人。惨绝人寰的屠城使得几世繁华的扬州城在瞬间化作废墟之地，江南名镇一夜之间成了人间地狱，后人称之为“扬州十日”。
满清在扬州的屠城很有作用，整个南明那见过这种残酷的战争。长江两岸传的更是光怪陆离，什么清军身高八丈、生吃人肉等等。这种恐怖流言吓坏了南明君臣，这也是后边南方各地传檄而定的主要原因之一。
江北四镇看到天下有数坚城扬州在几天就被攻破，一个个吓得纷纷投降，多铎事后给多尔衮的书信中提到，在占领南京后，一次性就接收了南明降兵二十三万八千人，这还不算在后来投降的左部士兵。也就是说南明依为长城的长江防线彻底失败。
扬州城破和史可法殉国的消息传到南京，这可吓坏了胆小的朱由崧，他立刻召开了朝会，和各位大臣商量怎么办。
在这次朝会上东林党彻底没电，他们没想到自己找来的左良玉在半路上能病死，事情也发展的超出了他们的意料。
这个时候马士英到表现出忠臣本色，他建议死守南京。这也在当时也算一个稳妥主意，在整个南直隶那还有比南京还坚固的城市，当年朱元璋建都时南京可是下了大血本的。
可是马士英慷慨激昂的说完却发现满朝文武都低头不说话，上面坐的朱由崧更是一声不知。这次朝会也没研究出什么，只好不欢而散。
回到后宫的朱由崧可是心急的紧，清军就在长江北岸的扬州，到南京也就是几天事情，看来还是要赶紧跑要紧。在接下来的几天里朱由崧谁也没告诉，竟然带着几个宦官化妆逃出南京。
五月初十，朱由崧深夜逃出南京。天亮后大臣才收到皇帝跑路的消息。首辅马士英连连顿足，但是事已至此他也没办法。马士英心一横，去宫里劫持太后他也跑出了南京。
皇帝和首辅都跑了，东林党这帮可不能跑，因为他们的家就在南京。在五月十一日，大学士王铎，忻城伯赵之龙等几个南京的头面人物齐聚东林党魁钱谦益的家中，商量怎么办？
大学士王铎说道：“牧斋兄，现在清军就在江北，到底应该怎么办？”
钱谦益也是垂首无言。
这帮大臣商量来商量去定下还是投降吧。
钱谦益送走各位大臣，回到后宅见到柳如是。
柳如是问道：“老爷准备怎么办？”
“哎，史宪之在扬州抵抗的倒是激烈，可是城破后却被牵连了几十万无辜百姓。所以我们商量妥了，为了南京百万百姓，还是献城吧！”
柳如是也无话可说，半响才说道：“老爷的决定臣妾不反对，可是以后呢？老爷难道要背负千古骂名吗？”
“哪能怎么办？天地之大那有我钱某可去的地方！”
“老爷，你先前为了百姓安危献城，在为了大明殉国，这不正是名留青史的机会吗？”
钱谦益听到柳如是劝自己殉国，想了半天说道：“可是你呢，陈氏不容于你，我要不在了你怎么活啊？”
柳如是站起来说道：“老爷，臣妾虽然出身风尘，但是出嫁从夫还是知道的，我决定和老爷一同殉国！”
这个时候钱谦益也被柳如是说的心情激荡，说道：“好，就让人准备小船，咱们去投湖。”
小船很快准备好，钱家后边就是莫愁湖，投湖很是方便。可是等到钱谦益上船后却变卦了。
钱谦益看到微波荡漾的湖水，斯斯艾艾的说道：“夫人，这个水太凉，不宜跳！”
听到钱谦益这么说，柳如是好悬没气死，说道：“好，既然老爷不跳，那我跳。”说完奋身跳入湖中。钱谦益当然不能让她死了，连忙叫人下去救人。
在五月初五，偌大的扬州被杀的如同鬼蜮。多铎看到杀的差不多了，命令各部封刀，在城外寺庙找了几百个和尚进城收尸。
而多铎带领军队南下，来到仪真，准备渡过长江。
现在守卫长江的是郑芝龙的弟弟郑芝豹，这个富有凶名的大海盗竟然也被满清吓得够呛，在一仗没打的情况下丢弃仪真，狼狈逃亡外海。
五月十日多铎度过长江，在十四日清军先锋数十骑直抵洪武门外，忻城伯赵之龙、保国公朱国弼赍降表由城墙上缒下往清营接洽投降事宜。
五月十五日，多铎率清军主力进至南京城外，赵之龙、朱国弼同魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、礼部尚书钱谦益、左都御史李沾等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。清兵进城搜索警戒后，十七日多铎才进入南京，随即把南京城中东、北两区汉族居民尽行驱出，建立满城供清军居住。
南京被占领后，接下来就简单了。多铎传檄周边各府，南直隶基本上没怎么抵抗，纷纷归顺满清。
在当地老百姓眼中，满清进来只不过是换个皇帝，还不是要和以前一样文人当官，农民种地，和以前没有太大变化。所以各地都没起波澜，接受了满清的统治。
这个时候满清还没适应汉人这个奇怪的民族，汉人是一个以家为重的民族。你谁来当皇帝都可以，但是一旦侵犯到我自身的利益，那就跟你死磕。
多铎在给多尔衮上书后就决定北上回北京，因为南京这个地方太炎热，根本不适应关外的满洲人居住。
在六月十五日，北京的多尔衮诏书下来，命投降的三十多个前明官员立刻去北京当官，钱谦益被任命为礼部侍郎。同时还有一道命令，那就是《易服剃发令》。
命令到南京后，这帮投降的士大夫立刻就炸锅了，“身体发肤受之父母”，哪能说剃就剃啊，那不成畜生了吗？这个时候钱谦益站起来说道：“各位，你们先坐着，我头皮痒甚，我去清理清理。”
当时明人是留全发的，就是出生以后不剃头。以当时的卫生条件头皮屑、寄生虫啥的应该有点。所以这些文臣也没多想，就以为钱谦益真是清理头发。
谁知一会儿老钱就回来了，而且是“髡辫而入”——脑门子上剃的，那叫一个锃亮。
但是让多铎没想到的是，上层士大夫倒都是剃头了，可是底层老百姓却不同意。剃头令一下，本来都已经安定的南直隶立刻处处烽火，到处都竖起了义旗。多铎回北京的打算也成了泡影，只好充当救火队，到处平叛。
这个时候的广东的朱宏三也是焦头烂额，不过不是被造反逼得，是被手下这帮士大夫逼得。
南京陷落，弘光被抓的消息在五月二十日就被情报机关传到东莞。最先接到消息的张家玉高兴的蹦了起来，这个消息太好了。
张家玉第一时间就把这个消息拿给朱宏三看，朱宏三看了不置可否，放在一边。
张家玉也很奇怪，问道：“王爷，现在南京被攻破，皇帝被抓，燕王一脉直系绝祀。这不正是王爷登高一呼，北伐中原的好时机吗？”
朱宏三当然知道，在二十年前他就知道今年五月份南明要灭亡，但是现在还不是时机。朱宏三定下的战略是缓称王，在这个乱世冒头不好，先让别人顶上，自己在背后闷声发大财才是正途。
但是这些话不能和张家玉说，朱宏三只是敷衍道：“本王深受帝恩，这个时候怎么能落井下石呢？这种话以后不要再说了。”
张家玉听到朱宏三这么敷衍他，气的好悬没骂出声来。你朱宏三心狠手辣背信弃义还能感恩？看来自己人轻言微，这种事还要去找马明远商量才行。
张家玉出门就去长史处找到马明远，将情报的事情原原本本的和马明远说了一遍，马明远也是激动地浑身发抖，放下手中的工作立刻来找朱宏三。