在多铎带领队伍离开北京的同时，南京朝廷各位大人们还不知道大祸就要临头，还在绞尽脑汁想办法打到政敌。
东林党这帮搅屎棍刚开始弄出个大悲案和童妃案，看到对阉党和弘光皇帝没啥影响。所以准备来个大的，这就弄出了假太子案。
在二月份，就有人密报弘光皇帝，说是有人看到崇祯太子出现在浙江。这件事让弘光皇帝三魂出窍，要知道朱由崧的继位合法性就是来自崇祯的儿子都死绝了。而现在弄出个太子还活着，这样朱由崧完全不知道怎么处理（朱宏三说道：放屁，这帮东林党真不要脸，崇祯的三个倒霉儿子都让小爷弄死了）。
太子的出现让朱由崧非常被动，万变无奈下他命令宫中宦官去浙江接回太子。这时朱由崧的软弱性格显现出来，他竟然真的在三月初一将这个太子接到南京。坟墓里的朱元璋大概气得要跳出来，朱由崧难道忘了当年祖宗朱元璋是怎么对待小明王韩林儿的吗？
太子一到南京立刻成了舆论焦点，各派抱着自己的政治目的众说纷纭，有说是假的，有说是真的。最后朱由崧没办法，既不能证明这个太子是真的，也不能证明是假的，只有命令锦衣卫暂时关押。
可是这个消息传到湖广左良玉处，现在侯方域已经在左良玉这待了两个月。他来的目的就是请求左良玉出兵清君侧，去南京将阉党变成死党。
但是左良玉已经不是崇祯年间的小兵头，他经过多年征战，手下有士兵八十多万，号称一百万，已经成为一个大军阀。
左良玉本来就不是啥好鸟，当年镇压流寇的时候就经常首鼠两端，看到敌人弱小就上前打两下，看到敌人强大就不顾友军掉头就跑。
当年弘光刚立的时候是在湖广巡抚何腾蛟的劝说下才答应支持新政权，因为他手握重兵，并占据长江上游，朝廷对他也没办法，就封他个宁南侯，镇守武昌。
可是当时真正拥立功臣是江北四镇，左良玉看到朝廷对他们四镇封赏有嘉，而自己只给个不疼不痒的侯爵，左良玉对马士英很是不满。再加上左良玉属于东林一党，而这时南京东林党这帮家伙被马士英、阮大铖压得死死的，所以左良玉和马士英的矛盾进一步加深。
当自己的老主人的儿子侯方域找到自己的时候，左良玉知道机会来了。但是起兵清君侧毕竟是造反，在没有十全把握下左良玉那能答应出兵，所以一直敷衍着侯方域。
不过事情在三月发生变化，二月的时候李自成被撵出陕西，没办法来到湖广这里。这时在湖广不止左良玉一家势力，还有李闯手下大将白旺带领七万大军驻守在襄阳，一直压着左良玉打（八十万被七万人压着打，真够窝囊的）。
这个时候南京也传来假太子案的消息，不管从名义上还是李闯实际的威胁上，左良玉都要做出点事情，所以在三月二十三日，武昌的左良玉称奉先帝太子密诏前往南京救驾，声讨马士英罪责，尽起兵马八十万，号称一百万，冲着下游南京而去。
在南京知道左良玉打出清君侧的旗号后，整个朝廷分成两派。一派以史可法为首，他们认为现在防御的重点是清兵，左良玉这边不足为虑。另一派是以马士英阮大铖为首，他们属于左良玉点名要杀的人，那能同意史可法的方略，他们认为应该调集江北四镇先击败左良玉，然后在防御清兵。
朱由崧一想左良玉是清君侧，但是奉的是太子密诏，到了南京第一步就要把自己清了。所以同意马士英的观点，命令调集江北四镇的黄得功和刘良佐，在长江南北岸阻击左良玉。
事件的发展完全超出了南明君臣的想像，左良玉在四月初一攻占九江后，在四月初四就病死了，所以黄得功和刘良佐全成了无用功。
可是北方的满清却不给南明机会，多铎三月出京，一路上势如破竹，在四月十五日，清军围困扬州。史可法正在扬州督师，固守孤城，当时四镇兵马分散，黄得功、刘良佐在太平府，高杰这时候已经被部将杀了。
多铎先后五次致书，史可法都不启封缄。在围城数日后，于二十四日，多铎命令清军不惜代价攻取扬州城的西北角。清军在进攻的鼓声和炮声中蜂拥而上，每当一名清兵倒在箭下，另一个便补了上来。很快，尸体越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城墙。
清军攻城后，史可法率军民浴血而战，但是随着清兵越上越多，守城的南明将士也开始慌乱起来。纷纷跳下城墙逃跑，这些人有的被摔死在城墙下，有的则在之后的巷战之中，死于乱军之中。经过七天七夜的激战，扬州城被清军攻陷，军民逐巷奋战，大部分壮烈牺牲。史可法自杀未遂，被清军俘虏，多铎劝他归降，史可法说:“我中国男儿，安肯苟活！城存我存，城亡我亡！我头可断而志不可屈！”遂英勇就义。
扬州的城防崩溃后，扬州城居民只有听天由命了。尽管当时大雨倾盆，但是一些居民忙着烧香，期望能通过这种主动的讨好，保住性命。与此同时他们开始大量地隐藏金银财宝。
但是，这座古老的扬州城在腥风血雨中陷落之后，再次面临更大的劫难。城陷不久，清军统帅多铎便以不听招降为名，下令屠城。一时间几世繁华的烟花古巷变成了血流成河的屠宰场。
清军入城之后便在那些投降的汉人带领下从一个富户进入另一个富户。清兵们先是抢银子，后来就无所不掠。清军在城中发布一份告示保证说，如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成五十人或六十人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使扑倒在地者也不能幸免。