威尼斯已经在科孚岛集结起由百艘加莱舰以及6艘加莱塞炮舰组成的舰队，完成了出征的准备。被新选为威尼斯海军总司令官的福斯卡里尼也早早地到达科孚岛。
5月，巴尔巴里戈的继任者，被选为参谋长的乔万尼·索兰佐为迎接联合舰队总司令官唐·胡安，率领25艘加莱舰前往墨西拿。唐·胡安已经来到这座南方港口等候。科隆纳也遣船发来了其正率领教廷舰队南下墨西拿的消息。圣克罗齐侯爵指挥的由36艘舰船组成的西班牙舰队也已经从编成地那不勒斯启航。马耳他驶出的2艘舰船也正在北上。
但是，威尼斯参谋长到达墨西拿后，联合舰队出现了意想不到的问题。
上年度就成为争论要点的联合舰队的战略目标，今年依旧是争论的核心，跟随唐·胡安的西班牙国王的亲信们提出了强硬的要求。他们主张今年一定要去北非打击海盗。而威尼斯方面则强调，与前一年同样，应该去东地中海，摧毁土耳其舰队。因为有消息称，乌尔齐·阿里率领的土耳其舰队已从君士坦丁堡出发。
但西班牙方面不愿意做出让步。对立越来越严重。不久，科隆纳和圣克罗齐侯爵也先后到达，而这只是让西班牙方面多了一票。
唐·胡安需要在寻找妥协方法上发挥作用。他先向腓力二世提出，考虑到威尼斯的要求，先在东地中海帮助他们得到一个可以代替塞浦路斯的地方。但马德里没有回答。后来，他又提出，到夏天，只派西班牙舰队去攻击阿尔及尔，打击以那里为根据地的乌尔齐·阿里统率的海盗，然后马上向东地中海进发。但这也没有得到国王的回答。
尽管如此，唐·胡安、科隆纳、索兰佐、圣克罗齐等出席的作战会议，还是定下了出征的日期：6月14日。
但唐·胡安突然在出征日的前两天宣布出征无限期延期。
科隆纳和索兰佐非常吃惊，不断追问总司令官。唐·胡安一时没有说出理由来，但最终他暗示这是腓力二世的意思。
唐·胡安自己也难以揣测腓力二世的真意：为何在这个时候，作为西班牙的国王要发出这样的命令？
尽管如此，年轻的总司令官还是提出希望提供9艘西班牙船，加入科隆纳所属的部队，并将舰队整体的指挥权交给科隆纳，与威尼斯舰队一起，向东地中海进发；自己则留在墨西拿，准备攻击阿尔及尔。
科隆纳提出，9艘不够，至少要分给他25艘。虽然科隆纳想用教皇的权威说服西班牙国王，但不能期望刚上台的教皇对此能产生多大的影响。
唐·胡安与西班牙的参谋们协商之后，同意借出22艘加莱军舰，1000名西班牙士兵，4000名意大利士兵。
算上22艘西班牙舰船、12艘教廷舰船、索兰佐率领的25艘威尼斯舰船，以及在科孚岛待命的75艘威尼斯舰船，共134艘。基地还有6艘“浮动炮台”。再加上在克里特会合的舰队，它们将组成拥有超过150艘舰船的舰队，与勒班陀海战时的200余艘相比较，虽略逊色，但也是可与土耳其舰队一战的战力。
西班牙的15艘舰船将在完成战士配备后赶来。前往东地中海寻找敌人的出征时间终于确定。对威尼斯人来说，暂且得到了一点安慰。
到达科孚岛是7月15日。在这里，舰队与待命的75艘威尼斯舰船会合，威尼斯海军总司令官福斯卡里尼也加入了。大舰队从科孚岛开拔。
在沿伯罗奔尼撒半岛南下，绕过半岛南端，向东航行之时，追过来的传令船带来了唐·胡安带领余下的全部舰船从墨西拿出发的消息。据说是因为腓力二世撤回了先前的命令。
科隆纳与威尼斯的海军将领就去向进行了商议：是返回科孚岛，在那里等待唐·胡安的到达，再开进东地中海，还是通报唐·胡安，请他赶上继续前进的大队？
虽然作为大舰队的根据地，科孚港比起西西里的墨西拿来说设备更齐备，且有安全保障，但再次把已经出征的舰队带回根据地科孚港，就有可能错过战机，一旦错过，后面可能再也不会遇到这样好的机会。这对威尼斯人来说，是要尽可能避免的事。科隆纳也同意这个想法。舰队在给总司令官唐·胡安发出通报后，继续向东前进。
8月4日，舰队到达紧挨着伯罗奔尼撒半岛南端、属于威尼斯的开俄斯群岛。
在那里，舰队收到了乌尔齐·阿里率领的由160艘舰船组成的土耳其舰队停泊在北面的玛尔维萨港的情报。从开俄斯群岛航行一天就可以到达玛尔维萨港。基督教舰队迅速决定了开战的阵型。
与勒班陀海战时一样，这一战也采用混合阵型。但这次由于威尼斯舰船占压倒性多数，所以舰队决定把三艘威尼斯舰船与一艘西班牙舰船、一艘教廷舰船组合起来。同时，在中央主力，以科隆纳的战船为中心，左边为威尼斯舰队总司令官福斯卡里尼的旗舰，右边为西班牙舰队司令官唐·安德里亚德的旗舰。左翼和右翼的指挥任务，只能交给威尼斯的海军将领们了。由于前一年的作战行为令人生疑，雇佣兵队长多里亚没参加这次的联合舰队。
这段时间，乌尔齐·阿里似乎察觉到了基督教舰队的动静，躲在玛尔维萨港久久不肯出来。
土耳其舰队一直到8月10日才出港。尽管如此，他并不想好好地打一仗，两军只发生了零星的摩擦。损失是土耳其方面多一点，7艘加莱舰因不再能使用而被丢弃，乌尔齐·阿里再次躲入玛尔维萨港。
但到了这时，科隆纳的心境发生了变化。他提出唐·胡安应该已经到达科孚岛，我们也应返回科孚岛，或在返回路上的某个海域与他会合。
他的理由是乌尔齐·阿里是长年驰骋于地中海海盗，对地中海的各个角落了如指掌，想要躲开基督教舰队的监视，抢先派出五六十艘战舰袭击航行中的唐·胡安一行，实在是易如反掌。因此，基督教舰队应该返回，尽快与唐·胡安一行会合。科隆纳强调，联合舰队指挥权在与总司令官会合之前，受唐·胡安委托，由他本人执掌。对这一行动方案，威尼斯方面的海军将领们极力反对。
但是，这一年的威尼斯舰队中，能够在个头矮小、体格瘦弱的科隆纳头上，像要压下来似的恫吓他的塞巴斯提亚诺·威尼尔已经不在了。以前，被威尼尔怒吼而缩起身子的科隆纳，就好像鹫鹰前的鸽子一般。
与威尼尔的火暴脾气完全相反，1572年威尼斯舰队的总司令官福斯卡里尼性格温厚，他向科隆纳的主张屈服。舰队在敌人就在面前的情况下，决定返回科孚岛。
但是，从开俄斯群岛出发，沿着伯罗奔尼撒半岛北上，一直返航至赞特岛，也没见唐·胡安的影子。无奈之下，只好继续北上，快到达科孚岛时，总算与唐·胡安会合。
唐·胡安暴跳如雷，责问舰队为何不在科孚岛等待，扬言要治指挥西班牙舰队的唐·安德里亚德死罪。
并且，唐·胡安要求和勒班陀海战时一样，让西班牙士兵上威尼斯舰船。这次威尼斯方面坚决拒绝了这个要求：去年威尼斯舰船的战士不足，唐·胡安的要求有合理的地方，所以接受了，不过今年士兵数量足够，已没有这种必要。
这一年唐·胡安的要求并非合情合理，只是为彰显总司令官的地位和权力而感情用事。被威尼斯方面拒绝的年轻总司令官只知道发怒，使得夹在中间的科隆纳左右为难。
科隆纳提出了将自己指挥的教廷舰船上的战士转移到威尼斯船上，让西班牙兵搭乘教廷舰船的妥协方案。威尼斯总司令官接受了这个方案。
这样的小动作在前一年是不会出现的。有“堡垒先生”威尼尔在，无论唐·胡安如何发怒，威尼斯不可能有屈从之理。并且，唐·胡安的愤怒和科隆纳的困惑，都是在他们充分领教了震耳欲聋的怒吼，威尼尔离开之后才有机会表现出来的。前一年，多亏虽然性格安静，但要紧的事一步不让的巴尔巴里戈的协调，诸事总在该收场之际收场。
但在1572年的“勒班陀”，这种无意识中带来绝妙效果的火与水的组合不再存在。如果没有深层的考虑，只看眼前的事物，一旦让步，就会接二连三地让步。1572年的威尼斯舰队，或许只是1572年的威尼斯政府的延伸。
虽然由于科隆纳的妥协方案，联合舰队勉强没有决裂，但还是在这样的事上花费了精力——白白地浪费了宝贵的10天。
联合舰队总算向希腊海进发，不过因被敌将乌尔齐·阿里巧妙、敏捷的行动牵制，又遇上恶劣天气，舰队的战斗意志日渐衰退。因为没有遇到好的战机，所以没有人反对唐·胡安返回科孚岛的命令。在此期间，两军互相刺探情况，不断有小摩擦，但仅此而已。
回到科孚岛的联合舰队于10月20日解散。
唐·胡安带着西班牙舰船返回了墨西拿，科隆纳也向罗马出发了。西班牙国王腓力二世向罗马教皇递交了亲笔信，约定明年将提供更强有力的舰队，但威尼斯已经不再相信了。
认为西班牙已不足以结盟的威尼斯，决心与土耳其单独缔结和约。威尼斯驻君士坦丁堡大使巴尔巴罗收到了来自十人委员会的秘密指令。