威尼尔想马上返回东地中海。现在的地中海终于可以畅行无阻。土耳其海军几近全军覆没，海盗的首领们也大都化为勒班陀的海藻。现在正是收复曾经是威尼斯的基地，后来被土耳其夺走的伯罗奔尼撒半岛上几个港口的好时机，也是把土耳其攻占后占领体制还不完备的塞浦路斯重新夺回来的好时机。
在联合舰队停留科孚岛期间，威尼尔不断地劝说唐·胡安。
但年轻的胜利者陶醉于自己刚刚取得的漂亮胜利。这并非长期周密准备的结果，而是意想不到、突如其来的胜利，也因此更让人陶醉其中。勒班陀的胜利，与其说是他的力量发挥了作用，不如说他的意志发挥的作用更大。但现在他连冷静客观地评价一下整个过程、思考一下如何取得接下来的胜利的从容也没有了。
加之西班牙国王的重臣们强调，适合航海的季节已经过去。科隆纳也想早早地返回罗马，向教皇报告。一想到庇护五世会给予的奖赏，他就不想再度出海。
威尼尔正在被盟友孤立。随着时间的推移，唐·胡安似乎也忘记了战争刚结束时的友情。岂止如此，未得到作为总司令官的自己的允许，威尼尔就自说自话地向威尼斯国内发出了捷报快速船，总司令官对此怒火中烧。总司令官与威尼斯舰队司令间的关系再次变得乌云密布。而且，在威尼尔身边，既能维护本国的立场又能缓和与唐·胡安及科隆纳的关系的阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈已经不在了。
尽管如此，联合舰队还是暂定明年——1572年春天再次集结。集结地不是西西里的墨西拿，而是科孚岛。
做出这样的决定后，唐·胡安率领属下的舰船向西出发。科隆纳也带着俘获的船只前往位于亚得里亚海的教廷领内的港口——安科纳。从安科纳到罗马是陆路。在罗马，应该有教皇亲自主持的壮丽的凯旋仪式等着他。其他国家的船也纷纷向着本国的港口出发。多里亚则向着根据地热那亚扬起风帆。
只有威尼斯舰队停留在了科孚岛。仅靠这些舰船是无法远征东地中海的，但保护亚得里亚海的要塞科孚岛和漂浮在爱琴海上的“航母”克里特岛绰绰有余。而且，明年春天联合舰队预定的集结地是科孚岛。从半年前开始在集结地继续停留，是显示威尼斯对联合舰队体制抱有期待的最重要的证据。
唐·胡安于11月1日回到墨西拿，在西班牙王国领内的南国西西里享受着胜利的荣耀，与自己的舰队一起度过冬天。
只有塞巴斯提亚诺·威尼尔在几个星期后返回了威尼斯。不是为了参加凯旋仪式，而是因为收到了威尼斯共和国政府召他回国的指令。