在科孚岛召开的作战会议上，西班牙方面提出了新方案：鉴于土耳其舰队规模庞大，和土耳其打海战胜算不大，不如暂且先开赴希腊的内格罗蓬特，占领那个地方。
对此，威尼尔又发出了他的怒吼声：敌人明明就在附近，却从敌人的面前遁走，说要去内格罗蓬特，打的是什么主意？西班牙与威尼斯之间的气氛越来越紧张了。
最后，作战会议决定舰队前往科孚岛对岸的港口伊古迈尼察，总算从科孚岛开拔。9月结束，10月开始了。
舰队从伊古迈尼察出发，通过帕克索斯岛，朝圣莫拉岛南下途中，发生了一件事。
各国首脑间的对立气氛必然会渗透到下属的士兵们身上。士兵们要给发泄每天的不满找一个理由，他们用胳膊来表达将领们用嘴来表达的心情。
从驻扎墨西拿港开始，西班牙人与威尼斯人就时有摩擦。特别是在唐·胡安的建议下，西班牙兵被分配到战斗人员不足的威尼斯船上，其对立自然就表现得更加露骨了。
地中海世界中的西班牙是一个新兴的强国。而威尼斯曾经是一个强国，但那已是过去的事了。光从为这次联合舰队投入的力量就可以看出，将国家存亡赌在上面的是威尼斯，而不是西班牙。
新兴国家的人往往以傲慢的态度对待有过荣光的他国国民。特别是当自己的存在明显对对方来说是必需的时候，这些“新贵”往往会做出让对方难以忍受的举动。威尼斯船上所发生的事件，就是此类事件。
在航行时，操纵船只的船员们是最重要的。在采用三角帆的加莱舰上，每当风向发生变化，就要降下原来的帆桁，改装适合相应风向的帆桁，或替换成其他种类的帆之后，将又长又重的帆桁再靠着桅杆拉上去。这样的工作一刻也不得耽误。每到这时，排在船舷两侧的划桨手边上的通道，就成了让这项作业便捷、迅速完成的主要场地。
当然，船员们已经习惯了这些操作，特别是被分配到军舰上的船员，相关技能必须特别优秀，但在只有1米左右宽的中央通道上，如果有游手好闲的人逛来逛去，就会碍事。船员对于这样的人，即使是王侯，也会毫不留情地怒斥。
不过没有海运传统的西班牙的将领们对此一无所知。
舰船上，没有比航行中乘在船上的战士更游手好闲的人。他们的任务在接近敌船时才开始。将军们或可以通过研究战术来消磨时间，但在顺利的航行中，队长及士兵一级想要消磨时间却不是件容易的事。
威尼斯舰船已习惯了这种情况，即使身为战士，也有很多人为消磨时间帮助船员们工作。有不少熟练的人，就是转去做船员也完全胜任。
但来自非海运国家西班牙、法国的被特许使用武器的骑士们，有着与生俱来的自负，从一开始就没有帮助船员的想法。另外，工作时不熟练的人掺和进来，有时反而越帮越忙。于是，乘在威尼斯船上的西班牙士兵们，时而跑上船头，时而回到舰桥，造成了船中央通道的拥挤混乱。
这一点让威尼斯人恼怒了，再加上离开墨西拿港以来一直忍受着西班牙士兵的傲慢无礼，在愤怒难以抑制的情况下，一名船员开始痛骂一个在全船忙碌时，还在过道上漫不经心地散步的西班牙队长。
不肯罢休的队长伙同三个同僚立刻围住那名船员，当围着的人群散开后，那可怜的船员的尸体横躺在了船上。
于是，其他船员和划桨手们都骚动起来了，同船的威尼斯战士也赶来。船上的摩擦变成了群斗，得知这一消息，威尼尔坐小船来到现场。
威尼尔立刻向这艘船的舰长询问情况，让人把四名嫌疑人带来，立即对他们宣判了死刑。法规规定：在威尼斯船上的人，即使是外国人，也在威尼斯海军总司令官的监督下。死刑也是对在战斗中扰乱秩序的人的刑罚，理论上是合法的。
威尼尔做出判决后，全船人都迫不及待，划桨手们立即执行了死刑。四名西班牙士兵被吊死在了帆桁上。
得知这件事后，唐·胡安震怒了。
26岁的西班牙公子，正越来越强烈地渴望着证明联合舰队总司令官的权威。正因为这个理由，明知异母兄长不乐意，也不听带着国王指令的顾问们的意见，为寻求与敌人作战而坚持出征。
没有与自己商量一句，威尼尔就擅自处罚了西班牙人，唐·胡安将威尼尔的行为视为对总司令官地位的亵渎。
唐·胡安没有质问威尼尔，而是把巴尔巴里戈叫来。因愤怒而脸色苍白的唐·胡安对着巴尔巴里戈说：
“威尼尔将受到与被吊在帆桁上的西班牙兵同样的刑罚。”
对此，巴尔巴里戈依然用与平常一样平静的语调断然反驳道：
“殿下，如果实施这样的处罚，威尼斯的整个舰队将不得不采取单独行动。”
这一态度足以堵住唐·胡安接下来的话。在场的科隆纳没有冷眼旁观，他发挥了调停作用，提议取消威尼尔作战会议成员的资格。唐·胡安稍做考虑后，表示同意。巴尔巴里戈是可以接受的替补人选，于是唐·胡安决定作战会议威尼斯方面的首席以后由巴尔巴里戈担任。
联合舰队继续南下。
两天后传来的一个消息，让濒临分裂的联合舰队的士气回到了墨西拿出港日那天，变得众志成城。这个消息是由塞浦路斯向威尼斯本土航行的一艘小型加莱舰带来的。
“法马古斯塔沦陷”的消息让惊恐和愤怒充满了整个舰队。
法马古斯塔的陷落发生在8月24日，也就是唐·胡安抵达墨西拿（23日）的后一天。这一消息到来得如此迟缓，是因为守城军几乎全部被杀光，没有人把这一消息带出。
法马古斯塔海域自5月攻防战的激烈程度不断增强以来，由于土耳其海军的严密封锁，就是从克里特岛过来救援的舰船，也一艘都不能靠近。尽管如此，在与法马古斯塔相反的塞浦路斯岛南岸、克里特岛上的威尼斯人成功得到了准确情报：经过一年的攻防战后，法马古斯塔陷落。威尼斯人之所以能确定这消息的真实性是因为他们派人乔装为希腊人，潜入了刚刚沦陷的法马古斯塔。
长达一年的固守，让法马古斯塔粮尽弹绝，而援军又没得指望。土耳其军指挥官穆斯塔法帕夏佯劝已绝望了的守城军，如果投降，可以平安离开塞浦路斯岛。土耳其人告诉守城军指挥布拉加丁，绝对保证其属下的威尼斯人和其他居民的人身安全。布拉加丁终于接受了开城的建议。
但土耳其的指挥官根本没有遵守约定。开城后，威尼斯人不管是贵族，还是商人，都在遭到残忍的敲诈后被斩杀。加入守城军的希腊人，无论老人与幼童全部被杀，其他人被卖为奴隶。
所有这些场面，土耳其军方都让布拉加丁在场目睹。作为抵抗土耳其军队一年的惩罚，土耳其人为布拉加丁准备了特别的死刑。
这位威尼斯将领首先被活生生地剥去了全身的皮肤，接着，土耳其人将这样的身体反复浸入海中。尽管这样，布拉加丁还没有断气，最后的斩首才使他安息。
土耳其人把剥下的皮肤缝合起来，在里面塞上稻草，缝上了斩落的头颅，然后将这个披着人皮的玩偶送到首都君士坦丁堡，在广场上被暴晒后，又在土耳其帝国的各地游街示众。
现在联军中已经没有了西班牙人和威尼斯人的区别。每个人脸上都是悲痛的表情，对异教徒土耳其人的暴行的愤怒，变成了发誓复仇的决心。
当然，威尼斯舰船上的这种情感更强更深。一些身为囚犯的划桨手都用拳头敲打着胸部，咬牙切齿地发出愤怒的吼声，胸中燃烧着对土耳其的憎恨。有些威尼斯划桨手是因强盗罪入狱的囚犯，参加海战、从事重体力劳动可以换取减刑。
再没有人说要退出了。
全舰队以非常高效的作业方式检查完毕。炮兵的位置得到确认，弓弩手的配置完成。各船的航行顺序整理完毕，保持无论何时遇见敌人都能开战的状态。舰队再次起航南下。