从西西里的墨西拿港出征的联合舰队的规模如下：
加莱舰 204艘
加莱塞炮舰 6艘
小型快速船 50艘
大型运输帆船 30艘
大炮 1815门
船员 13000人
划桨手 43500人
战士 28000人
多数大炮，特别是射出的炮弹大的，多被装备在别名为“浮动炮台”的加莱塞炮舰中。以运动自由为特征的加莱舰不能装太多重的东西。
如计算一下作为纯战斗力的威尼斯加莱舰和加莱塞炮舰的数量，可以发现它们占联合舰队战斗力的一半，联合舰队共有210艘战斗舰船，威尼斯提供了112艘。
再来看同样是战斗力的战士的人数，虽然是从其统治下的南意大利和热那亚征招的，但以西班牙王国的名义参战的人数是威尼斯的3倍。也就是说，西班牙国王支付了全部战斗人员工资的四分之三。
总计2.8万名战士并不是平均分配到各加莱舰上的。根据唐·胡安的提案，战士不足的威尼斯船需要让西班牙战士上船。但马耳他、热那亚、萨伏依等国的将军想让其部下也跟着上其乘坐的船。因此，出现了威尼斯船每艘不足百人、西班牙船每艘平均有150人、其他国家的部分船舰甚至超过180人的情况，各船的战斗人员人数参差不齐。
不得不接受西班牙士兵上船的威尼斯，还是坚持在掌握海战关键走向的主力舰上，仍然只能让威尼斯士兵上船的惯例。6艘加莱塞炮舰没有其他国家的士兵上船，总司令官威尼尔和参谋长巴尔巴里戈的船，以及参谋奎利尼和卡纳雷的船也保证了纯威尼斯人员的原则。
作战会议定下出征日期之后继续连日召开。这几次会议决定了如下事项：
首先，设想预期的海上会战，决定阵容。
联合舰队分为左翼、中央主力、右翼三部分，此外还有后备队。后备队是游击部队，可以作为中央主力的后卫，任务是随时驰援激战海域。
因为是基督教诸国参加的联合舰队，所以司令部设在中央主力处，总司令官唐·胡安的旗舰基本位于阵容的中央。联合舰队总司令官舰船的左侧是威尼斯舰队的总司令官威尼尔的舰船。唐·胡安的旗舰的右侧是教廷舰队的科隆纳的舰船。
西班牙方面当初以防止王弟发生不测为由，主张在唐·胡安的旗舰的两侧安排西班牙的舰船。而这两艘船是负责监督的雷克埃索斯以下的西班牙王国的重臣们乘坐的。很显然，即使在战场上，他们也想把年轻的公子纳入视野内。
威尼尔提出了反对意见：被不善海战的西班牙船包围着，总司令官的安全反而是危险的。这时，科隆纳出来调停：两艘船放在唐·胡安旗舰的后面怎样？结果调停成功。两艘监督船，以船头靠在一起的形式安排在唐·胡安旗舰的船尾。
围着司令部的中央主力由62艘加莱舰构成。除了西班牙、威尼斯、教廷舰队的最高位者乘坐的旗舰集中在中央部外，各参战国的旗舰也船头一个挨着一个地排列成队。马耳他圣约翰骑士团、热那亚共和国、萨伏依侯国的旗舰也都在中央主力里。
为与其他阵容区别，中央主力的船旗的颜色为天蓝色。左翼为黄色，右翼为绿色，后备舰船旗帜为白色。
挂黄旗的左翼由55艘加莱舰组成，左翼的总指挥为威尼斯海军参谋长阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈。
但巴尔巴里戈舰船的位置不在左翼的中央，而在左翼的最左端。在联合舰队的阵容中，他起到了压住最左翼阵脚的作用。
在巴尔巴里戈舰船的右侧是参谋卡纳雷的舰船。压住左翼舰队的右端阵脚的是参谋奎利尼的舰船。
无论是中央主力、左翼还是右翼，构成这些阵容的军舰，不仅有同一国家的船只，而且有其他各国的船只混编其中。这是在基督的名义下与异教徒战斗的神圣同盟联合舰队。以上编队方式就是以上述理念设想的一种参战人忘记各自所属的国家和骑士团，形成一体，共同战斗的体现。
在作战船只数量方面，威尼斯共和国占压倒性多数。因此，虽然中央主力与右翼实现了混合，但左翼实际上是威尼斯的舰队。左翼阵容中的55艘战舰，有43艘是威尼斯的舰船。
另一方面，由57艘加莱舰组成的右翼舰队，由西班牙海军雇佣兵队长多里亚指挥。右翼也配备有25艘威尼斯舰船，只要战斗开始，不管怎么互相怀疑，他们都要服从多里亚的指挥。老练的海军将领多里亚所乘的舰船位于右翼舰队的最右端，压住联合舰队最右翼的阵脚。
作为后备队的后卫由30艘加莱舰组成，指挥由那不勒斯的有力人物，同时也是西班牙国王亲信的圣克罗齐侯爵担任。在这里，西班牙人担任舰长的舰船有16艘，威尼斯船有12艘，因此只有在后卫，西班牙舰船的数目超过了威尼斯的。
仅看一下这个阵容，就能明白惯于海战的威尼斯和热那亚人的舰船占据着阵容关键部位。基于同样的理由，与土耳其多次交手的马耳他圣约翰骑士团的3艘舰船被排在中央主力的右端。总司令官唐·胡安的旗舰周围力量充实，而且旗舰群本身都是结构坚固的大型船。阵容的最左翼和最右翼交给了威尼斯的巴尔巴里戈和热那亚的多里亚。所有这些安排明确显示出联合舰队与敌人交战的坚定意志。
除去西班牙国王的亲信们，对多数人来说，决定了阵容和时间就会希望尽快行动。经过焦急的等待，大部队终于在9月16日出征。
港口入口处的要塞上响起了礼炮声，首先，担当前锋的8艘加莱舰出港，包括6艘加莱舰和2艘小型快速船。这些船白天要执行30海里范围的侦察任务，晚上要与友军保持10海里的距离航行。一旦开始战斗，除了小型快速船外，其他舰船都要保持在中央主力规定的位置。
前锋队之后，6艘加莱塞炮舰陆续出港。清晨风平浪静，舰船是被小型快速船牵引着出港的。这6艘“浮动炮台”一遇敌军，就将进入最前线，通过炮击打乱敌阵，保证作为战力主体的加莱舰安全出场。
之后，相隔6海里，以多里亚旗舰为先导的右翼舰队出港。舰船都在船首插上绿色旗帜。57艘船成三列纵队出发。
除了前锋中的6艘，由56艘加莱舰组成的中央主力接着右翼出港，中央主力集中了各国旗舰，显得格外华丽。在唐·胡安旗舰的左右两侧，威尼尔和科隆纳的旗舰并排前进。唐·胡安的旗舰的船桨闪耀着白色光芒，威尼尔的旗舰的船桨是深红色的。所有舰船的船头插着天蓝色的旗帜，乘风破浪。
左翼55艘舰船在这之后跟着出港。领头的是涂成深红色的威尼斯旗舰，这是左翼总指挥官巴尔巴里戈乘坐的舰船。55艘舰船中最后出港的是参谋奎利尼的舰船。当遇见敌人要在海上摆好阵型时，巴尔巴里戈的旗舰会停留等待，奎利尼的船则右拐上前，这两艘舰船压住两侧阵脚，左翼整体的阵容也就确定了。这支舰队的各艘舰船的船头都飘扬着黄色的旗帜。
圣·克罗齐侯爵率领的后卫出港时已接近中午。因为是开始起风的时刻，插着白旗的30艘舰船全速追赶着先行一步的友军。
达瓦罗斯侯爵率领的30艘帆船也在能乘风扬帆的时刻出港。无须加莱船的牵引，这队帆船像白色水鸟群一样渐行渐远，离开了墨西拿港口。
因出乎意料的进展而怒火冲天的腓力二世，以国王的名义给唐·胡安发出了包括返还命令的信，但信到达墨西拿时，舰队已经出发。