此次消灭荒木村重的战役当中，有一支队伍给织田方添了浓墨重彩的一笔。那就是九鬼嘉隆率领的水军。摄津的花隈城陷落之日，这支水军从海上拨开浓雾突然现身，数十艘战舰排列在海滨，放下轻舟，从河口逆流而上，向各个据点输送陆战队，并将从花隈逃出来的敌兵悉数斩首献给信长。
“原以为水军只是用于海上戒备，没想到有时候在陆地作战也能发挥奇特的作用。”九鬼嘉隆本来享有三万五千石俸禄，信长又加封七千石给他，并鼓励说：“你要继续努力充实水军。”
织田的水军自成立以来，还不到三年，本来就很稚嫩。然而时间虽短，发展却极为迅速。直到最近几年为止，信长一直认为所谓战事都是攻城野战，根本无暇顾及海上军备。是敌人让他打破这种观念，深刻了解到建立水军的必要性。这个敌人便是西国的强敌毛利。
大阪石山本愿寺战斗力非常顽强，无论信长从陆路包围也好，切断其交通也好，丝毫不见衰退的迹象，其持久力与反抗力反倒与日俱增。细究其原因才发现，原来是毛利的兵船伪装成商船，从海上给他运来了武器弹药还有大批粮草。那些船顺风满帆，从安治河口输送到大阪城内。
一定要切断这条通路。织田将现成的未经训练的渔船拼凑起来，给他们陆军的装备，在大阪河口阻击毛利水军。这是三年前即天正四年的事。织田军吃了大败仗。从那以后，他痛感在水上作战方面尚不及毛利，并悄悄思索水军建设问题，然而缺少有资质的兵将，水军建设并非易事。
据说赤壁之战时曹操率领魏军精兵却彻底败北，很大程度上是因为他的兵多为北方人，习惯飞跃于山间，而江南吴国的士兵都习惯在江水中穿梭，在波涛汹涌中接受锻炼。如今信长在安土城建筑了雄伟的高墙，以他的势力和财力，要想建造胜过毛利的兵船并非难事。事实上往来于琵琶湖的船只就非常巨大。然而令他苦恼的不是船只的大小与数量，而是开船的人。环视周围的将领，无论是柴田、佐久间、泷川，还是其他比如羽柴筑前守都不合适。他们跟西海强敌毛利性质不同。
正巧这时候有一个人走进了他的视线。这个人就是九鬼嘉隆，皮肤黝黑，身体结实，不胖不瘦，一看就是大风大浪中磨炼出来的皮肤，眼睛很灵活，滴溜溜地转。他来到信长面前断言说：“只要您一声令下，我就可以组建一支不输给毛利的水军，几年之内一定加入您的麾下。”如果没有足够的信念一定说不出这样的话来。
嘉隆生于伊势，他有一个儿子是鸟羽城主原监物的女婿，因此信长也对他礼遇有加、言听计从。他长得也很英武，又精通海事，信长一见就觉得是可用之才。九鬼右马允嘉隆奉信长之命开始组建水军。他将鸟羽、熊野等地的造船匠和在海上颠簸多年的水手聚集在一起，很快建成七艘大船，将船开到临近大阪的堺市的海湾。他的使命就是在大阪入海口处封锁西国运输军需的船只。
堺市的海湾上突然出现了一批船只，毛利方自然马上就打听到了这一消息。一夜之间组建的织田水军能起什么作用呢？分析多寡之后，他们依然满载着兵粮武器，从九鬼船队的视野里悠然舟行而过。让他们过去，右马允嘉隆在等待时机。那一年七月的一个晚上，海上吹着烈风，眼看着毛利方的船队驶入了大阪港，他想今夜便是时机了，于是前去偷袭。当时的记录写道：
九鬼右马允率领九艘大船，连带着无数小舟，装饰得跟山一样，开到敌船附近，霎时刀箭齐发，大炮轰鸣。
所谓“装饰得跟山一样”是指船舱及船尾上插满了旗帜、长枪和钉耙等。
因为那天晚上风大浪高，西国的船只停泊后用缆绳连在一起，又将锚深深抛入海泥之中。很快有一艘船起火了。在开始应战的时候又有火飞到其他船上。毛利军队只顾着敌人，却忘记了切断缆绳、避开己方的火船。
九鬼船队又往燃烧着熊熊大火的几艘船上乱放了一阵箭，用步枪一阵扫射，然后迅速撤往淡轮方向。毛利方水军受到攻击，气得哇哇大叫：“这些伊势、熊野的渔夫水兵不知天高地厚，竟敢挑衅我大国毛利的水军，定要将尔等碎尸万段！”他们整顿剩余的大小船只，摆开威风凛凛的船队，朝着淡轮方向追了过去。
派出侦察船四处搜寻敌船，天渐渐亮了。双方在晨雾中开始交火。结果有另一支船队穿破浓雾，出其不意地袭击毛利方。其中一只看似指挥舰的船上可以清楚地看到泷川左近将监的旗号，原来还有埋伏。
九鬼右马允乘坐的大船上飘扬着熊野权现的大旗和日之丸，是熊野船，取名叫作日本丸，中部船舱宽约十二米，高度也有二三十米。日本丸在狂风巨浪中穿行，宛如一头鲸鱼横冲直撞。一靠近敌船就投掷火把，退远了又开炮攻击。
七月的艳阳高挂在天空，炙烤着海面时，淡轮的海上被黑烟笼罩着。毛利方的船只几乎全被烧坏沉入海底。因为风高浪大，火势蔚为壮观。这一战让堺市、大阪的世人感到震撼。一般市民虽然知道信长的威势，然而更加认同毛利的富强，经过这一役，他们惊慌失措地开始调整原来的常识和观念。
信长处世精明，趁机宣传自己的水军，他将大船连在一起装饰一新，邀请近卫公及其他公卿来堺市参观。当然他也不忘记百姓，无论贵贱僧俗、男女老幼都可以来参观，堺市的军船庆典持续了数日，热闹非凡。