八月二十一，司马尚之在慈湖（今安徽马鞍山市东北）迎战庾楷手下大将汝南太守段方，经过一番激战，司马尚之斩杀段方。
九月初二，司马尚之在采石矶以人数上的绝对优势大败庾楷，庾楷率残兵向西投奔荆州军桓玄部。
三路大军去其一路，司马元显刚刚松了一口气，荆州水军便到了。
殷仲堪的先锋官桓玄在建康要塞白石（今江苏南京市金川门外，幕府山南麓）大破司马尚之朝廷水师。
桓玄、杨佺期部兵临石头城，与守城的王恺（王坦之长子）展开了激烈地攻防大战。
十日后，刘牢之的北府军乘船从东方而来，来到石头城下。
桓玄、杨佺期大喜过望，以为来了援军，没想到北府军却向荆州军发起了进攻，打得猝不及防的荆州军落花流水，退守蔡洲（今江苏南京市西南，魏晋时期为长江沙洲）。
刘牢之反水了！
早在司马尚之和庾楷大战，荆州水军快到石头城时，机警聪颖的司马元显敏锐地捕捉到一个外人不易察觉的细节。
古往今来的重大战役，胜利一方的将领看似用兵如神，神鬼莫测，其实细细抛开来讲也是就不再神秘了，只不过决策者比别人看得更细致罢了。
因为在京口的王恭部离建康只不过三五天的路程，而荆州军到建康最起码得半个月以上。
两地同时发兵，现在荆州军已经快到建康，而王恭的北府军却还在路上慢吞吞地行走。
司马元显赶忙派细作去暗中探访，得知北府军的首领刘牢之对此次征讨心怀不满，而且因王恭多年来对他傲视羞辱，视他为召之即来，挥之即去的鹰犬，视北府军为他的私人武装，更是积怨已久。
所以行动非常缓慢，船队在长江上逆行游荡漂流，进两丈退一丈。
司马元显赶忙派庐江太守高素秘密乘小舟带着他的亲笔信来到北府军船上，面见刘牢之游说。
两人见面，高素动之以情，晓之以理。
司马元显在信中讲到，如果刘牢之脱离叛乱队伍，反戈一击，事成之后，王恭现在所有的职位、封号一律转授给他，此事相王司马道子已经允诺。
原本在谢玄死后，论资排辈，北府军的老大刘牢之就该做这个徐州刺史之位，没想到先来了司马恬，后空降来了王恭。
他早已对这个职位垂涎三尺，并且愤愤不平，见了司马元显的信，心道，王恭你敢造反朝廷，我怎么就不敢造反你？
当即，刘牢之在和北府军重要将领的儿子刘敬宣、女婿高雅之、外甥何无忌商量后，决定背叛王恭的“清君侧”大军，毅然投靠大晋朝廷。
于是刘牢之当即斩杀王恭派来北府军中监督他的帐下督颜延，然后当众宣布了这项决定。
在陆路上率领军队赶往建康的王恭大军，深夜受到北府军竺朗之、何无忌部的突袭。
王恭部全线溃败，土崩瓦解。
王恭单人单骑逃回广陵，又被东莞太守高雅之关闭了城门，他再逃往曲阿（今江苏镇江市丹阳市）。
恰遇曲阿人殷确，是王恭的老部下，用船载着王恭打算投奔桓玄。
在长塘湖（今江苏溧阳市东北、金坛市南之长荡湖）被人告发，遭朝廷军队逮捕。
司马元显得知王恭被擒，怕再生意外，火速派人前往拦截，在倪塘（今江苏南京市江宁区附近）遇到押着王恭来建康的部队，下令将王恭就地斩首。
是夜，行刑前，王恭从容不迫地梳理着自己的头发和胡须，神色平静如常。
他对司马元显派来监督施刑的官员道：“我自己的昏庸在于轻率地相信别人，才到了今天这个地步。不过追究本意，我哪里是不忠于朝廷啊！但愿百代以后的人们能知道有过我王恭这个人。”
他和他的两个儿子以及其他被俘部将全部被处死。
头颅被挂在倪塘堡垒墙上示众。
王恭死后，紧接着朝廷的任命诏书来到刘牢之军中，刘牢之全盘接任了王恭的所有职务，但诏书后面还有一句话就是要求他率北府军驰援建康，进攻荆州军。
所以，桓玄、杨佺期率荆州军正在围攻石头城时，被突如其来的“友军”被打得大败，退往蔡洲。
朝廷军和荆州军在建康西南对峙起来。
司马元显成功地击退了三路叛军的两路，登上了石头城，向西望去，只见长江两岸漫山遍野全是荆州军，充斥京畿，声势浩大。
他不禁冷汗叠冒，腿肚子发抖，暗暗心生惊惧之感。
这该如何是好，怎么才能击退荆州军呢？
于是又转动起他那颗灵活的脑袋瓜子，细细分析起来，眼前的这帮荆州军名义上是殷仲堪统帅的人马，实际是由三个不同部分组成的。
一，王恭的国子学铁哥们殷仲堪。
二，当年权臣桓温的儿子桓玄，因朝廷忌惮桓家势力再次崛起，多年来没给桓玄任何官职做，他只承袭了桓温的南郡公爵位，属于荆州当地豪强地头蛇。
三，年过六旬的杨佺期，当年江北第一名将，陈望继任兖州刺史后将其罢黜到小小的新野做了个太守。（见第二卷第二章）
铁了心想跟王恭、庾楷一起造反的其实只有一个，那就是殷仲堪。
而殷仲堪多年来在兖州任督邮，后主持兖州政务，并不擅长知兵驭将，所以完全倚重另外两位。
桓玄，只需给他一个盼望已久的刺史实职，他一定会退出这个联盟。
杨佺期就更好说了，这么多年来恐有一身武艺而郁郁不得志，听闻他在新野一喝醉酒就到处说自己出身于天下第一名门望族——弘农杨氏，我是大名鼎鼎的“关西孔子杨伯起”后人，我曾经在江北立下过赫赫战功。
完全是个神经病的疯癫状态。
这次殷仲堪起兵，他积极响应，不就是想捞一个官职，重新振兴他们弘农杨氏嘛。
没有他们俩的鼎力支持，殷仲堪就如同丰墙峭址，经不起什么风浪。
想到这里，司马元显得意的笑了，转身上了牛车，直奔台城而去。
进了台城，这一路上已经想明白了该让谁去做这个传旨人。
来到自己办公地点中书监衙门，派人把左卫将军桓修（桓冲之子）叫来。
不多时，桓修来到中书监，拜见了司马元显。
司马元显把自己的想法对桓修一一道明，桓修也是聪明人，心领神会，这是要瓦解荆州军阵营，各个击破。
两人经过一番密议，由司马元显执笔，上了一道奏章，里面高度赞扬了龙亢桓氏和弘农杨氏曾经为大晋立下了汗马功劳，赦免其反叛之罪。
召郗恢回京任五兵尚书，举荐杨佺期为雍州刺史，都督梁、雍、秦三州诸军事，桓玄为江州刺史，桓修为荆州刺史。
造反头子殷仲堪也可赦免，不过要调往岭南蛮荒之地的广州任刺史。
写完后，二人拿着奏章就去了太极殿的龙案上，看也不看那个傻子皇帝司马德宗，拿起玉玺就盖了个章，走完了合法程序。
然后两人再商量了一番，由谁去宣诏，桓修提议最合适的人选莫过于殷仲堪的叔父，太常殷茂。
司马元显急忙召来了殷茂，命他去荆州军中宣诏。
当天，殷茂坐着官船进了荆州水军的前军大寨。
前军大寨中的桓玄、杨佺期在战船甲板上设香案，跪听诏书。
因为他们名义上还是“清君侧”，并没有公开造反朝廷。
两人本以为这是司马道子父子俩借助傻子皇帝的嘴来申饬他们造反，然后限多少时日，勒令退兵的诏书。
当听着殷茂抑扬顿挫地宣读完诏书，两人跪在地上久久回不过神来，简直不敢相信自己的耳朵。
皇帝陛下不但赦免了自己的造反罪责，还封了梦寐以求的刺史官职。
在殷茂的再三提醒下，二人如梦方醒，连连叩首谢恩，当即表态请皇帝陛下放心，我们这就退兵，前去各自州上任去。
于是殷茂又到荆州水军的后军营寨给侄子殷仲堪颁诏。
殷仲堪一听，把自己调往广州，不禁勃然大怒。
当场撕毁了诏书，破口大骂司马道子父子俩，骂完之后再大骂桓玄和杨佺期，最后把他的叔父殷茂赶了出去，派人前往前军营寨，责令桓玄、杨佺期三日内必须拿下建康！
但此时的桓玄、杨佺期心态已经完全和以前不一样了。
一个是从平民老百姓（桓玄此时就像当年在鸡笼山为父守孝的陈望，只有个广陵公爵位），一个是从小郡太守，直升一州刺史，朝廷给他们的官职来了个质的飞跃。
现在我们还听你殷仲堪的去打朝廷，况且其他两路已经败亡，我们脑子还没病到那种程度。
于是两人开始犹豫了起来，接到殷仲堪的命令后，谁也没挪窝。
殷仲堪在后军营寨中看见前军一直没动地方，彻底发飙了。
心道，你们俩也要学刘牢之反水是吧，好！我遂了你们心愿！
于是下令后军五万水师拔锚开船，返回江陵，同时命人传信给桓玄和杨佺期以及所有前军将领，等我一回到江陵，先杀了你们俩的全家老小！
多年在兖州任督邮，掌管司法、刑名、审讯的殷仲堪心肠又毒又硬，这些大家伙儿都多有领教。
他们所有人的家属都在江陵，决不能因为朝廷一个虚头巴脑的职位而葬送了自己全家。
于是桓玄、杨佺期急忙下令起锚开船，跟着殷仲堪后军舰队的背影就狂追了起来。
经过几天几夜的追赶，终于在浔阳郡（今江西九江市附近）追上了殷仲堪，二人这才松了一口气，心道好险啊，差点全家被灭了门。
于是二人一起来到中军大帐向殷仲堪请罪，表示自己并非不想进军，只是想看看司马道子父子俩还有其他什么花招，并发誓今后要紧紧团结在以殷仲堪为领导核心的周围。
殷仲堪一见，也就顺坡下驴，表示只是试探一下二人的诚心，并非真要杀其全家。
三人言归于好。
表面上来看，三人联盟又牢不可破了，但局势却变得越发微妙了起来。
司马元显虽然没有达到预期目的，但他的离间计还是有了较大的成效，荆州三人联盟已经不再互相信任，产生了不可弥补的裂痕。
当然他们也不会完全相信朝廷，各自有了各自的小算盘。
桓玄勇略过人，能打仗，但手里没兵。
杨佺期有野心，更有万夫不当之勇，但在荆州没有威望，也没有兵。
殷仲堪手里有兵，但不会打仗，如果战事一起还得需要他俩，又不敢轻易把兵权放出去。
于是殷仲堪想出一个办法来，那就是他稍稍退一步，提议三个人互相交换儿子做人质。
桓玄和杨佺期也不敢不答应，毕竟自己的家人都捏在殷仲堪手里。
九月二十三日，他们决定一致拒绝接受朝廷的任命和指挥，并且联名向朝廷上了一道奏章，为王恭申辩说理，要求为他平反，恢复名声，装殓棺椁，送葬于鸡笼山陵园。
再请求朝廷诛杀刘牢之以及谯王司马尚之，以告慰王恭等英烈在天之灵。
最后质问朝廷，殷仲堪没有罪过，为什么独独被降职贬黜到岭南的广州。
奏章到了司马道子、司马元显父子手里，两人非常惧怕，他们俩以为荆州三人联盟没有被瓦解，急召众文武大臣来到太极殿上商讨。
最终在大家的商议下，决定罢免了桓修的官职，把荆州又还给殷仲堪管辖，并对他特别下诏，好言相慰，希望以此求得和解。
殷仲堪等人这才接受诏书。
由庾楷主导的王恭、殷仲堪这场“清君侧”事件经历了一个多月，告一段落。
司马元显大获全胜，不但摆平了庾楷和王恭，还给荆州三角联盟埋下了一颗随时会爆炸的雷。
身为高门士族出身，擅长清谈，少年时在建康的殷仲堪就曾说过一句话，“三日不读《道德经》舌根僵硬”，而闻名于世。
但是他除了不擅长统兵作战之外，在政治上也缺乏手腕和远见。
十月初，殷仲堪、桓玄、杨佺期三人在浔阳郡正式缔结盟约，登坛歃血。
殷仲堪感觉在荆州，桓玄声望最高，自他爹桓温一直到桓豁、桓冲、桓石民，龙亢桓氏盘踞荆州四十余载，盘根错节，群众基础雄厚。
决定推举桓玄为盟主。