小时后，日本异国敦煌考古研究队准备妥当，集结待命。
黑泽治也挑选十名士兵，连同太田日川、渡边雄、内田峻、河野承平、宫本次北实施本次行动，其他人员留守日军营地。小白与父亲告别后，与秦昀三人跟随黑泽治也来到地下水道，庞大的黑色潜艇已经等候多时。这是一艘二战时期日本建造的潜艇，早过了服役期，日本人废物再利用，将它拆装后运到这里组装起来，开展地底探索任务。潜艇水面排水量1475吨，水下排水量1830吨，长约75米，宽6.5米，水面航速15节，水底航速12节，潜深可达到350米，载有8具533mm鱼雷发射管，还装载有20枚水雷。众人走上船舷，打开顶部一道水密门，通过直梯进入潜艇内部，士兵快速进入岗位。太田日川负责指挥潜艇航行。
这还是秦昀第一次进入潜艇内部，他好奇地四处看，潜艇过道狭窄，两人并行时必须侧着身体，舱壁上布满了管路、线路和各类机械装置，从入口往前走，首先进入指挥舱，这里的设备更多，舱壁上挂满了转盘，还有雷达和声纳显示仪、潜望镜、航迹自绘仪、电罗经、水压计程仪、地下湖海图、航海系统和长波、短波、超短波通信系统，再往前是前蓄电池舱、首鱼雷舱。往回走，经过指挥舱后，就能看见后蓄电池舱、柴油机舱、推进电机舱和尾鱼雷舱，各舱由水密门区隔。黑泽治也、太田日川在前蓄电池舱有相对舒适宽敞的床位，秦昀与其他人的床位则位于后蓄电池舱，床都是用铁链悬吊在舱壁，每组分上中下三个铺位，非常拥挤、脏乱。
情报车通信监测系统和控制电脑已按秦昀要求搬运上艇，堆放在指挥舱控制台上，秦昀暗自琢磨如何在日本人不注意的时候查看到莫尔斯电码。
随着太田日川一声令下，主压载水舱注水，潜艇缓缓下沉，然后以5节速度驶出隐秘基地，进入到地下湖。它的第一目标便是那烂陀，日本人在地底经营数十年，已绘成详尽地下图，潜艇虽在水底航行，但根据航迹自绘仪、电罗经、潜望镜等观通设备，可精确测算航行地点。地下湖广阔，要抵达目的地需二三天时间，也就是说，秦昀只剩下二三天时间去寻找答案，他决定尽快破译密码，可日本人对他们进行了严密监视，只要运行电脑，就必然会被发现。秦昀苦思良久，终于想到办法。
他让袁真和将数字每4个一组，将顺序打乱，做下暗记，再在中间插入大量无序数字，这才大大方方地来到指挥舱控制台，对黑泽治也说：“我在黑蝙蝠背包里发现了一组数字，怀疑它们是莫尔斯密码，因此想用情报车控制电脑查一查。”
黑泽治也欣然同意，立即命人安装电脑，几乎所有日方研究人员围拢过来查看，袁真和将几千个数字一一输入莫尔斯密码查询系统，它们要么是错误的，要么产生前后毫无逻辑关系的汉字，他足足花了一个小时才完成查询，内田峻一把抢过破译稿，令翻译官翻译成日文。翻译官精通中文，但对这些乱七八糟的玩意毫无办法，抓耳挠腮半天，才译出一段令人啼笑皆非的句子，不过日方考古学者如获至宝，将它捧在手心，日夜钻研。袁真和却已掌握核心信息，它果真是伊藤司原传出的中文心电密码，共六个字：
答案在慈航号！
趁日本人在专心研读文稿，袁真和将秦昀三人拉到一边，轻声说：“这是第三次出现‘慈航’二字了，看来，地底谜题与它有莫大关联。”
刘虎迷惑地问：“有三次么？疯和尚圆寂前说过一次，今天是第二次。”
袁真和回答：“藏经洞8932号文件最后一页有一句话‘普渡众生，共驾慈航，同往涅盘’，跟疯和尚的话如出一辙，我想它所说的‘慈航’就是通往佛经和佛祖顶真骨藏身地的暗语。”
秦昀一拍大腿，“一定是的！慈航！慈航号！它的秘密到底是什么？”他来回走了几圈，坚定地说，“我们必须重返慈航号。”
“可是——父亲曾亲驾慈航深入地下湖，也没能找到藏经；我们也曾仔细搜查过慈航号，没有任何有价值的发现，现在回去，会有用吗？”小白不安地说，“而且，王素甫可能会再次攻击我们……”
秦昀沉吟片刻，大胆推测：“你父亲留下这句电码一定含有深义，也许——他已经找到藏经位置图，甚至已经得到藏经，并将它存放在慈航号上，正因为这样，他返回船坞时才遭到玉素甫攻击，最终——受伤不起。”
“你说的很有道理，但假如这是对的，玉素甫在占领慈航号后，一定会全力搜查它，如果有藏经或藏经地图，早落入他们之手。”袁真和说。
“这就是疑点所在，我想以伊藤司原的睿智，它藏的东西，一般人很难找得到。还有一点，我们在驾驶慈航号进入地下湖时，有玉素甫跟踪监视，返回基地后，又受到了攻击，这是不是说明玉素甫还在试图寻找慈航号里的答案呢？”秦昀继续推理。
刘虎不认同这种说法：“慈航号再大，也不过是艘考察船，在里面找不到，玉素甫完全可以将它拆散，一块木板、一颗铆钉的找，就算藏一根头发也会被揪出来。”
这不失为一个办法，虽然粗暴，但很有效。秦昀思忖片刻，说：“如果轻易拆毁慈航号，很容易破坏内部结构，损坏可能以任何方式存放的秘密，造成难以修复的灾难，玉素甫不可能不顾虑这一点。”
大家点点头，小白又问：“玉素甫怎么知道地底秘密跟慈航号有关？”
这也是令秦昀迷惑的问题，他推测说：“玉素甫祖祖辈辈在地底世界搜查了一千多年，总会有超越我们的发现，而且，疯和尚能对我们说到慈航，也自然会对玉素甫说起，玉素甫知道慈航号也合情合理。”
“那疯和尚又是怎么知道的？于阗国流亡者既然将秘密隐藏得如此深，又怎么会让一个疯子洞悉答案，并且逢人就说？而且，疯和尚怎么进入地底的？”小白追问。
刘虎插话：“疯和尚会不会是于阗流亡者留在地底的后裔？”
袁真和惊问：“你的意思是说于阗流亡者还在地底繁衍生息？”这个想法太不可思议，也只有说话不经大脑的刘虎才会想到。
秦昀摇摇头：“玉素甫可以自由出入地底，才能生存下来，而于阗人一千年来都住在这个没有阳光的地方就太可怕了，除非他们也能自由出入地底。”他用力拍拍发热的脑袋，“唉——算了，别管疯和尚的来历了，先到慈航号再说。”这个神秘的地底世界远远超出普通人的常识与想象力，企图立即找到答案必将徒劳无功，秦昀决定放弃。
这也是无奈的选择，大家都点头。