说起朱元璋称帝后屠灭功臣，而在此之前即使是猜忌武将元勋的宋王朝也不过就是“杯酒释兵权”，也不至于非置人于死地不可。很多人都认为朱元璋竟采取如此极端方式，是由于他儿时遭遇，因此脾气古怪残忍。这当然也是原因之一，不过这一点主要还是表现在施政猛苛上，论起屠灭功臣之举，恐怕与他在郭子兴父子身边的经历更有直接的关系。
自从当上镇抚有了带兵权，朱元璋不但有了自己的亲信，立下的军功也越来越大。然而郭子兴却仍然把他当牛当马使唤。招募七百兵丁后，朱元璋在紧接着的一次奉命外出时中途染病而归，这场病来势凶猛，很快就到了昏迷不醒的地步，几乎夺了他的性命，总算命不该绝，最后总算苏醒过来，拣回了性命。病刚有些起色，郭子兴就迫不急待地在朱元璋卧房外做声做色。朱元璋一打听才知道，定远有支匪帮“驴牌寨”，托人带信来说打算投诚。然而这是一件极危险的差事，红巾军根本摸不清对方是否真心投诚，搞不好去招降的人就会被对方一刀两段。郭子兴既不舍得丢这块肥肉，又知此事不是儿戏，自己的子侄非但不是这块材料，自己也怕弄丢了郭家自己人的脑袋，便一心想要朱元璋去干这事，因此对朱元璋养病十分不满。
朱元璋明白其中原因后，毅然主动抱病请命，郭子兴大喜，假意推让安慰一番后，就毫不客气地下令朱元璋第二天便出发。
由于病未痊愈，朱元璋在途中曾经两次病倒，但在郭子兴的催促下，他每次都只医治了三天，没等病好就又起程。
果然，驴牌寨的寨主在初见朱元璋时虽言之凿凿，没两天就又翻悔了。在这危急时刻，朱元璋硬是凭着自己的智计，仅用三百人就制服了寨主，收录了寨中三千精壮兵员。
七天后，朱元璋率领这三千军士趁黎明时分突袭了元将老张的营帐。混乱中元将不知红巾军的底细，竟然弃军而逃。仅此一役，朱元璋就又收得了两万多兵，并一举夺得了滁阳。
就在朱元璋纵横转战之时，濠州城的红巾军正窝里斗得一蹋糊涂。彭大在火拼中丢了性命，郭子兴也成了赵均用等人的瓮中之鳖。
朱元璋听说这消息，便派人去贿赂赵均用的左右，并游说赵均用道：“大王穷迫时，郭公开门延纳，德至厚也。大王不能报，反听细人言图之，自剪羽翼，失豪杰心，窃为大王不取。且其部曲犹众，杀之得无悔乎？”
赵均用知道朱元璋得了滁阳，兵力已过三万，畏于朱元璋的威名，不得不放了郭子兴一家性命，还让他带走了名下的一万余兵。
到滁阳后，朱元璋不但没有仗势报复郭子兴，反而主动将自己千辛万苦打下的滁阳城以及整顿得纪律严整装备精良的三万多兵将都交给了郭子兴。靠着朱元璋，郭子兴不但保住了全家性命，兵力派头比从前还暴涨了数倍。
照说郭子兴应该很感激朱元璋才是，然而事实恰恰相反。对女婿的感激之情只维持了两个月，郭子兴父子便故态复萌，不但对朱元璋百般猜忌，就连他的亲信李善长等人都被郭子兴强行召用。朱元璋倒是一如既往的逆来顺受，李善长却不肯离开自己投靠的主人，涕泪交流地拒绝征召。结果郭子兴疑心更盛，此后再有出征带兵的差事，统统都不准朱元璋沾边。非但如此，就连朱元璋所居院落的门户，没有郭子兴的允许都不得擅自在夜晚打开。
然而郭子兴虽有心扼杀朱元璋的领兵权，可惜他的亲信子侄们与朱元璋相比，却实在都是些草包货色，有时偶遇元军确有猛将统领，一大帮子人就都不敢应命领兵，个个甘当缩头乌龟。无可奈何的郭子兴只能面对现实，大半年后（元顺帝至正十四年十月），又重新让朱元璋领兵作战。
从此朱元璋的战功更盛，投靠他的各路人马也越来越多。郭子兴虽然迫于形势起用了朱元璋，却始终对他百般猜忌，甚至于在他的身边派“监军”，即使如此，郭氏兄弟还是看得眼热，还曾经试图毒杀朱元璋。亏得马氏聪慧警醒，不但时时向丈夫报讯挫败养兄的阴谋，还将朱元璋部属送给自己的所有物事都尽数转赠给郭子兴的妻妾，博取郭子兴的好感，从而根本上挽救了朱元璋的性命前途。
此后郭子兴和朱元璋之间的关系，发展到最能胡思乱想的编剧也想象不出的地步。郭子兴一面完全依靠朱元璋应敌救命，一面又在两个儿子的撺掇下变着法子要置他于死地。可是当朱元璋被郭子兴死敌孙德崖之弟绑架后，郭子兴却又惊恐得吓出大病，不但立即答应放了孙德崖，还命令徐达去交换朱元璋回来。而且郭子兴的这场病直到朱元璋和徐达先后脱身返回滁阳城，都未能痊愈，再加上眼睁睁地放走了孙德崖，就更是郁闷。最后郭子兴竟就这么呜呼哀哉了。
郭子兴死后不久，（元顺帝至正十五年）春天，刘福通终于找到了“宋徽宗八世孙”韩山童的儿子韩林儿，将其迎至亳州拜为“宋国”皇帝，号小明王，以“龙凤”纪年。红巾军起义算是有了一个说得过去的牌位。
对于此时的朱元璋来说，郭子兴的死和韩林儿的登基都是好消息。郭子兴死后，韩林儿以“宋皇帝”的名义，封郭子兴的儿子郭天叙为“都元帅”，舅子张天祐为“右副元帅”，朱元璋为“左副元帅”，统领滁阳红巾军。朱元璋的名衔虽然最低，但他的威望才干远比另两人要高得多，军中良将精兵都只肯听从朱元璋的调遣。
不久，巢湖反元首领廖永安、俞通海率战船千艘指名归附朱元璋，滁阳红巾军从此有了水师，当年六月便渡过长江攻克太平（今当涂）。而倒霉的郭天叙张天祐却在攻打集庆（应天）时上了诈降元将陈也先的大当，被元王朝的守将福寿给砍了脑袋。
朱元璋遂帅部转攻集庆，福寿苦守多日，最终在巷战失利后自刎。自朱元璋起事以来，福寿是他所遇到唯一一个为元王朝死节的蒙将，他因此对福寿的英勇深表钦佩，予以厚葬。直到建立明王朝以后，朱元璋仍然对福寿念念不忘，直到洪武四年，仍然下令为福寿以大夫礼立庙祭祀。
十月，小明王韩林儿下令提拔朱元璋为枢密院同佥，李善长为经历。不久又升其中行中书省平章政事，李善长为左右司郎中，其亲信大将均为元帅。而郭子兴最后一个儿子郭天爵则为中书右丞。
郭天爵对自己所得的待遇以及在军中虚有其名的事实，感到愤愤不平，想了许多办法要暗害朱元璋。然而此时的郭天爵已经不再是当年那个呼风唤雨的郭少爷了。事情败露后朱元璋毫不手软地诛杀了郭天爵。虽然小张夫人和郭小姐靠着马氏的情面留在朱元璋身边妥善供养，但郭家却就此绝后了。后来郭子兴虽被追封为“滁阳王”，可是为他奉祀的却只有旧邻舍了。
与郭家父子的恩怨，看在朱元璋的得力部下眼里，恐怕很容易使他们觉得自己跟随的上司，是一个极有江湖义气、滴水之恩报以涌泉的好主子（郭家虽然绝后，但郭小姐和小张夫人得到了优待，郭天爵之死也可算是咎由自取），加上他智勇俱全又有逢凶化吉的好运气，谁都会觉得应该充分信任朱元璋，对他竭尽全力，也因此完全相信日后能够成就功名，安享富贵。
然而与郭家父子的前前后后，对于朱元璋本人来说，就是另一番滋味在心头了。想当初自己是如何全心全意地报效郭子兴？与自己对郭子兴曾有过的忠诚和功绩相比，自己的部属们还没谁能及。可那又如何？自己还不是变了么？还不是绝了郭家的后嗣，夺了郭家名份下的权力么？郭子兴在生时曾经多次想向自己下手，最后总是功亏一篑，要是他毫不顾虑地当真下了杀手，只怕郭氏兄弟最后也不会落得如斯下场。
这么一想之后，恐怕朱元璋在称帝后很容易就会得出一个结论：功臣元勋们都是有真本事的，若想要保住自己的儿孙不重蹈郭氏兄弟覆辙，唯一的办法就是把他们统统灭光。于是他顺理成章地效仿了自己祖籍沛县的老乡刘邦，不但在称帝后大封朱氏儿孙，还毫不手软地将开国元勋们一个个地消灭干净。
郭天爵死后，滁阳大军无论是名份还是在事实上，都彻底由朱元璋统辖了。在很短的时间内，他的军队先后攻克了江阴、常熟、宁国、扬州、池州、徽州等地，并采纳老儒朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议，让自己打下的地盘有足够的时间休养生息，积蓄力量。接受了小明王韩林儿所封的“吴国公”爵位。
小明王韩林儿龙凤九年，朱元璋率领朱家军经过艰苦作战，付出三十五名大将阵亡、数万军士丧命的代价，击溃陈友谅的“大汉国”，丰饶的鄱阳湖平原就此成了他的势力范围。第二年（公元1364）正月，朱元璋在应天称吴王，韩林儿也只能默认。
吴王朱元璋为自己设置了下属百官（李善长为右相，徐达为左相，常遇春俞通海为平章政事）。
与此同时，和丈夫相濡以沫多年的马氏，也在她33岁这年成为“吴王妃”，她在战事颠沛中生下的长子朱标则当上了王世子。这一年，马氏已与朱元璋成婚十二年。