这仍然不能让武三思放心。第二年，李显庶女定安公主驸马王同皎计划诛杀武三思与韦氏，不幸事泄被杀。武三思趁机将“五王”也罗织了进去，将他们统统贬放为边远州县的司马。
接着就是赶尽杀绝。武三思又暗中命人写了一张榜文，上列韦皇后的淫秽之事并要求废后。又将榜文张贴在长安城中的天津桥上。
李显闻讯大怒，命御史大夫李承嘉追查。在武三思的指使下，李承嘉回报说，贴子是“五王”所为，他们蓄意谋反，因此诽谤皇帝清名。中宗立即下旨，将五人流放边陲，家族中的成年子弟也一律流放岭外。
这当然还不能让韦氏和武三思满意。接下来，他们诱骗皇太子李重俊上书中宗，请求诛杀五人的三族。谁知心软守信的中宗却不肯答应。无奈之下，武三思听了中书舍人崔湜的意见，矫诏杀害了五人。
免去了后顾之忧的韦皇后更加为所欲为。她认定婉儿将是能够帮助自己达成远大目标的关键人物。而婉儿也乐于效命，给韦皇后出了许多招徕人心的主意。比如说：修改服役制度，减短服役时间，为“出母”服孝三年等等。此后又给中宗加尊号为“应天”，给韦氏加尊号为“顺天”，帝后同朝理政——离李治武则天“天皇”“天后”二天并尊的光景不远了。
中宗第一次当皇帝的时候，就曾经说出过要将皇位转送老丈人的豪言壮语，被拖累得废了帝位竟仍不改初衷，如今又与老婆同登朝堂，立即成为大唐王朝惧内一族的标杆人物。怕老婆的中宗手下还有一位与他有共同语言的宰相裴谈，此君怕老婆的阃政胜于怕皇帝的王法，也是世人都知道的。有一天，宫中行宴，裴谈也与会。正唱着《回波词》的伶人便现场填新词曰：“同波尔似栲栳，怕妇也是大好；外边只有裴谈，内里无如李老。”韦氏听后竟喜形于色，当场奖励这名伶人束帛，赞他唱得好。
随着权力越来越大，韦后和武三思都觉得皇太子李重俊是未来的障碍。而安乐公主李裹儿更是在丈夫武崇训的指点下用各种方法侮辱李重俊，甚至于呼之为奴，还打起了废太子自立为“皇太女”的主意。李重俊年纪渐长，明白了嫡母及其一党的企图，便和魏元忠、李多祚等人密商，想要将武三思及婉儿等人统统杀掉。
神龙三年（公元707）七月的一个夜晚，李重俊率三百多羽林军冲入武三思家中，杀死了武三思父子，随后一行人奔入禁宫搜索韦皇后与安乐公主及上官婉儿。在刚冲入肃章门的时候，他们先提出擒拿上官婉儿的要求。然而见多识广的婉儿却立刻明白了这场政变的真实目的，她提醒中宗和韦后：“别以为交出我去就能换来平安，他们无非是想一步步来，先杀了我，然后再来结果皇后、皇帝的性命而已。”李显和韦氏立即涌起同仇敌忾之心，一面应婉儿的要求调集兵将，一面都迅速登上了玄武门城楼据守。
李显在这场政变中倒也有个闪光点：亲自向城下的兵将劝降，而且起到了立竿见影的效果。不厚道地推测，李显的胆量和见识也未免长得太快了吧！那席掷地有声的劝降辞，很有可能是出自他身后的昭容上官婉儿传授。
这场政变在倾刻间攻守易形，李重俊被杀，头颅用于祭奠武三思父子。玄武门再一次成为李氏家族血流成河的代名词。