当谣言传得最热火的关头，在当年十一月丁未日，桓温恰到好处地进京朝见来了。他以此谣言为由，向朝廷提议废司马奕，改立丞相司马昱为帝。
这样的大事当然不是朝臣敢作决定的，于是桓温的奏章便一直送到了深宫褚太后的手里。
这道废帝表章送到的时候，褚蒜子正在佛堂烧香，内侍禀报道：“外有急奏。”褚蒜子接过奏章，靠在佛堂门边阅视，才看了几行她就明白了，叹道：“流言初起的时候，我就已经开始疑心是这么回事了。”然而如今已是骑虎难下，桓温手掌重兵，流言又使得皇帝失去了底层军民的支持，假如一定要较真的话，说不定晋王朝立即就要掀起内战，最终结果难以预料。因此，褚蒜子才看了一半就不愿再看下去，径自拿笔批复：“未亡人罹此百忧，感念存没，心焉如割。”默许了更换皇帝的请求。
说来好笑，在等待褚蒜子批复的时间里，等在宫外的桓温却是汗流满面、胆战心惊，见于颜色。他敢于统率千军万马，敢于诽谤皇帝、敢于蔑视群臣，却在与一个连面都没有露的中年妇人决定翻牌的时候吓得神魂不定。
当褚蒜子同意更换皇帝的诏书送出宫门的时候，桓温这才大喜，立即召集百官，颁布了这道太后令：“王室艰难，穆、哀短祚，国嗣不育储宫靡立。琅邪王奕亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言。”
三十岁的司马奕只穿着一件白色的单衣，在大臣们无奈的注视下凄惶地坐着牛车离开了皇宫，做了六年皇帝的他被废为东海王，丞相司马昱成为新帝即晋简文帝。
简文帝司马昱是晋明帝司马睿的小儿子，这时他年已五旬，论辈份更是褚蒜子的夫家伯父。不过他只是桓温精心选中的傀儡，他自己也很清楚这一点。在当皇帝之前他可能还敢在桓温面前吱一声儿，等到当上了皇帝，他就只有在桓温面前抹眼泪水儿这一项本事了。
林妹妹抹泪的结果是夭折，司马昱抹泪的结果来得更快，担惊受怕的哭包皇帝才当了八个月，就一命归西。
由于司马昱实在死得太快，以至于他死时桓温还身在外地，他逼帝禅让的大计更还没来得及着手办理。所以留在京城内的官员们如愿地劝谏成功，简文帝留下了立自己儿子司马曜为继承人——即孝武帝的遗诏，仅仅让桓温当“诸葛亮、王导”的角色。
得知消息的桓温大怒，然而木已成舟，他也已是花甲之年没有了年青时的冲劲，所以造反夺位的事情他始终没有付诸实施。七月，六十二岁的桓温白日见鬼，病入膏盲，不久便死在了安徽当涂驻地。他虽有六个儿子，但是临终时选定自己的弟弟桓冲继承自己的地位。
桓温的选择是很有道理的，他的长子次子是二世祖式的人物，本事才干没有多少，野心胆量却是不小，非把桓温几十年打下的基础闯砸了不可；而三子五子忠厚老实，也不是搞政治斗争的材料；四子更绝，是个五谷不分的白痴。最小的儿子桓冲生有异征，但是年纪还太小，因此传位弟弟是最好的选择。
眼看着正当壮年、跟着哥哥熟谙军政内幕的桓冲掌控了兵权，东晋朝臣们都忐忑不安，唯恐又重蹈覆辙。在这样的情况下，尚书谢安又想到了富于见地和胆识声望的褚蒜子。虽然褚蒜子只是孝武帝的堂嫂，但是非常时期，堂嫂也要垂帘听政了。
桓温死后的第二个月，谢安率百官上表，请求退隐崇德宫的褚蒜子再次临朝听政。表曰：“王室多故，祸艰仍臻，国忧始周，复丧元辅，天下惘然，若无攸济。主上虽圣资奇茂，固天诞纵。而春秋尚富，如在谅闇，蒸蒸之思，未遑庶事。伏惟陛下德应坤厚，宣慈圣善，遭家多艰，临朝亲览。光大之美，化洽在昔，讴歌流咏，播溢无外。虽有莘熙殷，妊姒隆周，未足以喻，是以五谋克从，人鬼同心，仰望来苏，悬心日月。夫随时之义，《周易》所尚，宁固社稷，大人之任。伏愿陛下抚综万机，厘和政道，以慰祖宗，以安兆庶。不胜忧国喁喁至诚。”
收到奏章之后，褚蒜子作了这样的批复：“王室不幸，仍有艰屯。览省启事，感增悲叹。内外诸君并以主上春秋冲富，加蒸蒸之慕，未能亲览，号令宜有所由。苟可安社稷，利天下，亦岂有所执，辄敬从所启。但暗昧之阙，望尽弼谐之道。”
八月壬子日，五十岁的褚蒜子再次垂帘，开始了她的第三次临朝听政。国中大事，均以“皇太后诏令”颁布施行。
这也是褚蒜子的最后一次临朝听政。三年后，桓冲履行了自己对兄长的承诺，将爵位给了守孝期满的桓温幼子桓玄。此时的桓玄年仅七岁，褚太后和谢安等众臣成功地将桓温六子的权力官职都予以了削减，局面已经平定。
宁康三年（公元374年）八月，褚蒜子为孝武帝举行了婚礼；太元元年（公元376）正月，褚太后又为他举行了冠礼。
在局势平定、少年皇帝已经长成的情况下，冠礼举行的同时，褚蒜子颁布了她的最后一道“皇太后诏令”：“皇帝婚冠礼备，遐迩宅心，宜当阳亲览，缉熙惟始。今归政事，率由旧典。”
从此，她深居内宫显阳殿，总算过上了平静的日子。
太元九年（公元384）六月癸丑朔，六十一岁的褚蒜子病逝，与晋康帝合葬崇平陵。作为一个人，褚蒜子是不幸的，然而作为后妃她却非常幸运，就连拥有她的晋王朝也是幸运的。可惜的是她身为女子，只能几度垂帘而不能连续地执政，以至于出现了几次青年皇帝开倒车的事件。如果不是这样的话，也许东晋王朝能够有另外一番兴旺局面。