隋开皇五年（公元585年）五月，后梁孝明帝萧岿病故，文帝杨坚命其子萧琮嗣位，第二年，改年号为广运。
萧琮字温文，为人倜傥不羁，博学好文，亦善弓马。他常令人伏地持帖作箭靶，奔马射之，十发十中。因为箭法高明，连持帖的人也毫不害怕。最初封为东阳王，后来立为皇太子。他即位时，后梁已是形同隋朝一州。随着隋朝愈益强大，陈朝更加衰弱，这个小小的附庸对于隋朝已经毫无利用价值。因而，隋文帝开始勒紧绳索，准备随时将它废除。
萧琮即位当年，企图显示一下自己的本领，派大将军戚听率领水师袭击陈朝荆州治所公安，结果劳而无功。从此以后，便再也不敢向陈朝挑衅。
广运二年（公元587年），文帝下诏废掉梁国，以萧琮为上柱国，莒国公。后梁遂亡。
隋炀帝即位后，萧琮作为皇后的弟兄，甚被重用。曾任内史令，改封梁公，他的宗族也都随才擢用，萧氏昆弟纷纷在朝做官。不过，萧琮生性淡雅，从不把官职放在心上，退朝以后，便纵酒娱乐。他自认为萧氏乃帝王之族，自命矜贵，虽然已经失国寄人篱下，见到北方权贵，也并不放下架子。只有贺若弼和他是好朋友，可后来他恰恰受到好友的连累。隋大业三年（公元607年）七月，贺若弼以私下议论炀帝得失，为人告发，被炀帝诛杀。此时，民间纷纷谣传：“萧萧亦复起。”炀帝听说以后，以为萧氏家族有图谋复辟之嫌，遂罢萧琮官。萧琮赋闲在家，不久便忧郁而死。