春秋战国时期，尽管诸侯纷争，战乱不已，但思想文化却是异常活跃，各种思想流派竞相出现，异彩纷呈。当时社会上流行的有儒家、法家、道家、墨家、阴阳家、纵横家、杂家、兵家等学派，学术思想空前繁荣，史学家赞誉这一时期为“百花齐放、百家争鸣”。
秦始皇统一中国之后，为了更好地传承中华文化，他曾专门派人从六国的宫廷和民间搜集了大量的古典文献，收藏于大秦宫殿，并且授予七十多位声望很高的博学之人之官，同时召集天下学子对文献进行清理甄别。
公元前213年的一天，秦始皇在咸阳宫内大摆筵席，宴请群臣，庆祝北伐匈奴和南平百越双双获得胜利；同时，这一天也是秦始皇四十六岁的生日，秦始皇亦有为自己庆贺寿诞之意。
宫殿内，俊才贤士济济一堂，让秦始皇顿生天下之士皆为我所用之感。他意气风发地向群臣说道：“诸位都是我大秦的栋梁，朕的左膀右臂，朕治理天下，今后还得仰仗诸位全力辅佐，以使国家太平、人民安康。”
仆射周青臣乘机上前道：“昔日秦国地不过千里，今仰赖陛下神威，扫平六合，安定海内，驱逐蛮夷；但凡日月之光所照之处无不向我大秦称臣，诸侯国的土地也已成为我大秦的郡县；黎民百姓安居乐业，再也没有战争，大秦帝国传承万世而不灭；陛下的神威和恩德，自古以来无人可比。”
周青臣的颂扬之词，秦始皇听得是心花怒放。而这一切，都全看在博士官淳于越的眼里，他对周青臣的阿谀奉承深感不满，于是满脸鄙夷地向始皇道：“周仆射当面阿谀陛下，并非忠臣。”
周青臣气愤地道：“淳于越，你不要无缘无故诬陷本官！”
淳于越白了周青臣一眼，没有答理，转而向始皇奏道：“匡正君过，乃臣等职责，陛下请容臣禀奏。”
“爱卿但说无妨。”秦始皇道。
“禀陛下，周朝的天下之所以能持续八百余年，主要得益于分封子弟功臣。如今，陛下拥有的土地远超历代君王，但陛下的子弟功臣却是平民百姓，没有封号和封地。朝廷万一出现意外，将无人救援。如果不师法古代，国家不会得到很好治理，希望陛下不要因为周青臣等人的阿谀逢迎而加深自己的过错。”
淳于越的话，令四座皆惊。早在秦王朝建立之初，朝廷中就有过一次关于分封制和郡县制的争论，后来由于秦始皇力排众议，坚决实行郡县制才作罢。今天在朝堂之上，淳于越公然再提分封制，无疑是否认秦始皇当初的决定。群臣纷纷战战兢兢地注视着秦始皇，宴会融洽热烈的气氛顿时变得很紧张。
秦始皇没料到，在这样喜庆的场合竟还有人敢重弹分封天下的老调，内心早已怒火中烧，但为了保持君王的风度，秦始皇平静地道：“有关分封和郡县制，在当初就引起了争议。当年老丞相王绾力举分封天下，被朕否定，没想到现在淳于博士仍反对郡县制。朕不是独断专行的皇帝，诸位还有何意见，不管反对与支持，大可全部说出来。”
秦始皇的反应大出群臣所料，他们本以为秦始皇会大发雷霆，却没想到陛下鼓励他们说出自己的想法。早就按捺不住的儒生们于是活跃起来，纷纷参与了辩论。一个个旁征博引，争得面红耳赤，发展到后来，他们好像全然忘记了秦始皇的存在，竟将平日对朝政的不满全部发泄出来，涉及大秦的国家制度、刑罚与赋税、徭役等诸多方面。
秦始皇内心十分愤怒，虽然平日对儒生们非议朝政之事已有所耳闻，今日亲耳听见，仍令秦始皇震惊无比，他没想到，儒生们已“猖狂”到如此地步。他挥了挥手，制止了儒生们的辩论，意味深长地看了李斯一眼，道：“李丞相对此有何看法？”
李斯知道，始皇此举意味着要他表明自己的态度。郡县制是当初自己向皇帝力荐实行的，淳于越反对郡县制，实质就是在针对自己，自己身为百官之首，岂能沉默不语？于是他不慌不忙地道：“回禀陛下，世情随着时代的更替而改变，国家的制度当然应顺乎世情的变化。分封制在周朝也许有效，但其也是后世战祸的根源。为大秦千秋万世的安危着想，岂能分封天下？再说郡县制乃陛下亲手所制，其优点正逐渐显现，又岂能随意更改？儒生们自恃读过些所谓的经典，不考虑实际情况，只知一味照搬古制，非议朝政，实乃妖言惑众。”
李斯的话，引起了儒生们的极大不满，于是他们又开始了一轮对李斯的反击。秦始皇见此情景，连忙挥手制止到：“各位爱卿不要再争论了，郡县制已行，朕无意更改。天色已晚，朕要休息了，诸位请回吧。”一场争论宣告结束。
李斯回府后，心中一直忐忑不安。他认为，以淳于越为首的一帮儒生顽固不化，鼓吹陈腐之见。若陛下真依他们之见，帝国滚滚向前的车轮必然倒退。他思考良久，突然心生一计，何不借机向陛下上书，建议焚烧《诗》、《书》，严禁儒家迂腐思想泛滥，独尊我法家思想，以实现帝国在思想上的高度统一，进而强化中央集权。他挑灯夜战，奋笔疾书，不一会儿的工夫就写就了一篇洋洋洒洒近万言的奏疏，看着自己辛苦的结晶，李斯略显苍老的脸庞上浮现出了一丝笑容。
李斯在这篇奏疏里，向秦始皇建议：除《秦记》外的史书全部烧毁；除博士官外，普通人收藏的《诗》、《书》及诸子百家著作，一律烧毁；相互谈论《诗》、《书》的，一经发现，在闹市处死；以古非今的，诛杀全族；官员知情不报的，以同罪论处；法令下达三十天后仍不执行的，处以刑罚；医药卜筮种树方面的书，则不必销毁；如果想学法令，须拜官吏为师学习。
当李斯的奏疏呈给秦始皇之后，秦始皇也感到，焚烧天下《诗》、《书》、史籍，势在必行，于是召李斯来到皇宫内殿密谈。正是此次密谈，坚定了秦始皇焚书的决心，也标志着秦朝思想文化领域一场大劫难的来临。没过几日，李斯的奏疏即以大秦法令《焚书令》的形式昭告天下，身为丞相的李斯不遗余力地执行着最高统治者的命令。在李斯的大力推动下，各个郡县政府都严格执行着焚书命令。一时间，大秦帝国内烽烟四起，不是代表战争的狼烟，而是焚烧书简所留下的烟雾。
公元前220年，自从最爱的皇后过世后，秦始皇感到人生无常，于是他渐渐痴迷上求仙问道之事。由于这次焚书令的下达，他发现那些术士渐渐不愿与他接近。这些术士本来就是儒生，对秦始皇的焚书政策极为不满，因此都不愿再为秦始皇炼制仙丹。李斯于是乘机向秦始皇进谏，说明那些术士只是在利用鬼话欺骗他，世上本来就没有长生不老。恰巧这时，御史大夫姚贾也向秦始皇呈上一捆简册，这捆简册是弹劾老臣王绾的。简册上说，王绾笃信儒学方术，与儒生方士来往甚密，焚书令下达后，王绾偷偷告知儒生方士让其将禁书秘藏好，后来终被发觉，这些方士只好逃之夭夭。
儒生方士的纷纷逃离令秦始皇异常愤怒，他令李斯严加审问那些已经抓捕到的儒生。儒生们受不了严刑拷打，于是纷纷诬告和牵连他人，结果竟有四百六十余名儒生被捕入狱。秦始皇在一气之下，下令将所有儒生全部坑杀，制造了一起历史上骇人听闻的坑儒事件。
秦始皇实行的焚书坑儒，是士大夫政治抗争的第一次大惨剧，也是中国思想文化史上的首次大劫难。它不但没有给秦朝带来稳定，恰恰相反，秦始皇在天下儒生和学者眼里，变成了一位惨无人道、独断专行的暴君。