北魏这场对柔然的进攻，在事后看来，基本上还是“雷声大，雨点小”。但从拓跋焘的所作所为中，我们却可以推测，他是有心直捣漠北，与柔然拼个鱼死网破的（当然多半时候还是有信心保证网不破）。这一点首先可以从当年宣布戒严看出来，拓跋焘要保证后方无事，才敢大军出动，可见规模不小；以前的北伐，皇太子都是要驻守国都平城的，而太平真君九年的北伐，太子拓跋晃却跑到漠南的行宫，朝见拓跋焘，随军一同北上；并且，拓跋焘连续两年三次用兵，超过了以往任何一次的征战密度。
第一次用兵在当年的冬天，北魏大军向北挺进沙漠，遍寻柔然踪迹而不得，最后到达汉朝征讨匈奴时留下来的受降城（今内蒙古乌拉特后旗乌力吉境内）。天气寒冷，行军困难，魏军便将携带的粮草囤积于城内，在城中留了些守兵，就撤退了。
转年开春，拓跋焘回到漠南，大宴群臣。大约是浸沐于席间大臣们的一片阿谀之词中，拓跋焘忽然志气昂然，不甘心于前一年的徒劳无功，下令再度北伐，大军分为三路：高凉王拓跋那走东路，略阳王拓跋羯儿走西路，拓跋焘本人则与太子一起过涿邪山（今蒙古戈壁阿尔泰省阿尔泰山东段），北行数千里。这个气势很吓人，柔然可汗吐贺真闻风而遁，拓跋焘的连续第二次北征又未果。
拓跋焘并不罢休，他分析了最近几次北伐的得失，总结出教训：每次都把局面搞得太大，没到柔然腹地就把人家吓得半死，这怎么能达到消灭敌人有生力量的目的呢？他吸取教训，在紧接着的这个秋天第三次发动北伐，这一次，他只让拓跋那和拓跋羯儿率领少数精兵，分别从东路和中路北上。吐贺真果然接招，他以数倍于魏军的柔然精兵迎战，包围了拓跋那的军队，包围圈绵延几十里。
拓跋那全无惧意，命令士兵深挖战壕，坚守待机。双方相持多日，吐贺真每次出阵挑战，都被拓跋那击退。柔然人多势重，竟占不到半点便宜，吐贺真渐渐感到恐惧，越想越觉得魏军必有后援，这么下去自己要倒霉，就主动解围，连夜逃走。拓跋那带兵追赶，九日九夜，穷追不舍。吐贺真对自身的战斗力没信心，弃了辎重，翻山越岭没命地跑。拓跋那得了辎重，不再追赶，回军会师。另一路的拓跋羯儿也收编了柔然的牧民和牲畜，数百万之多，全部带回北魏。
太平真君九年到十年（公元448年至449年）连续对柔然的用兵，最后还是没能彻底消灭柔然上层势力，柔然可汗依然存在，但却在最后一次战争中有效地获取了柔然的资源和财产。史载“自是柔然衰弱，屏迹不敢犯魏塞”。严格地说，应该是柔然的势力重心西移，更多地与西域诸国发生冲突，而不敢来招惹东方的这个霸主了。
拓跋焘压制了柔然，西南的吐谷浑也被他打得抬不起头，得意之余，想的当然是如何功高盖世，青史留名了。早在消灭北凉的时候，他就已经有了这个想法，他让崔浩担任监秘书事，命他召集一堆汉族文人高允、张伟等共同为魏国修国史。修史本是汉人的强项，试问古往今来，天下诸多国家，又有哪个有中国的史籍那么连续和完善呢？崔浩也是当仁不让，觉得这种任务就该由他来领导完成，很爽快地接手过来。
其实崔浩见识虽广，文笔却不咋样，执笔的工作多由手下的文人来做，他只负责总结折中的工作。然而很多鲜卑贵族仍把崔浩当做眼中钉、肉中刺，崔浩在不少问题上都伤及了他们的切身利益（尤其是灭佛的那次），这次又要对他们的先世品头论足，怎么受得了。可是又没法子，皇上这么信任那些汉族读书人，自己呢，打仗虽然很牛，可舞文弄墨是形同白痴，只好听之任之。
修国史的都是汉人，他们对于历史的理解与没怎么读过史书的拓跋焘可不同，史书不是“好人好事记录册”，而是对于事实的叙述。所谓春秋史笔，是“笔则笔，削则削”，该记录的就记录，该删减的就删减，既不溢美，也不讳恶，皇帝什么时候给人欺负，什么时候干了坏事，这些都得写到纸上。拓跋焘想的只是光宗耀祖，他一向推崇崔浩，看他领着一帮子人日夜伏案，奋笔疾书，心中暗爽，指望着这本史书早点写完。
到了太平真君十一年（公元450年），魏国史《国记》编撰完成，崔洁审阅一番，非常满意，便向皇帝呈上。参与著史的闵湛、郗标建议，把《国记》刊刻在石碑上，以彰直笔，同时刊刻崔浩注解的《五经》。高允听说此事，私下里说：“闵湛等人都是小人之见，恐怕要害惨崔氏一族了！”崔浩却很赞成这个建议，对太子拓跋晃提了出来。拓跋晃给予支持，于是下令在平城南郊修造碑林，方圆一百三十步，“用功三百万”，终于完成。
城南新修了碑林，好新鲜爱热闹的人纷纷跑去观看。那些本来就对修国史有意见的鲜卑贵族当然也去看了，这一看可不得了，石碑上的文字哪里是在夸耀功德啊，明明都是揭短嘛。拓跋氏发家才历经三世，祖上的事有好多不体面的，自己知道也就算了，怎么可以放在外面给大家看呢，太不像话了。鲜卑贵族一个个怒气冲天，前呼后拥地跑到拓跋焘面前，向拓跋焘告发，说崔浩这帮汉人是存心损咱们呢，应当严惩不贷！
拓跋焘这才如梦方醒，一拍桌子，派人将石碑火速砸毁，下令逮捕崔浩以及所有参与著史的文人。
太子拓跋晃首先得知消息。自从灭佛以来，他就跟崔浩结了怨，这次崔浩获罪，他本该高兴，可是修史的主力成员高允却是他的恩师，他赶紧把高允接到东宫，吩咐他说：“明天随我去见皇上，假若皇上问你啥，你就顺着我的意思答话，听明白了么？”
高允一头雾水，问太子：“为了什么事情呀？”
拓跋晃也不细说，只回答：“去见了皇上就知道了。”
次日一早，拓跋晃领着高允来到宫中，向拓跋焘禀告：“中书侍郎高允在儿臣宫中，相处好多年了。他一向小心谨慎，遵纪守法，虽然与崔浩一同著史，但地位很低，罪责都是崔浩的，恳请父皇明察，免他死罪。”
拓跋焘点点头，召见高允，一见面就问他：“《国记》都是崔浩写的吧？”
高允依实回答：“《太祖记》为前著作郎邓渊撰写，《先帝记》（先帝即指拓跋嗣）和《今记》是微臣与崔浩合写，不过崔浩管的多，只抓总体的事务。至于注疏方面的文字，微臣多于崔浩。”
拓跋焘大怒，对拓跋晃说：“怎么搞的，高允的罪责比崔浩还重，叫我如何饶恕他呢？”
太子暗暗叫苦，心说这个高允怎么不长脑子，不听我言，忙解释说：“高允小臣，初见父皇天威，语无伦次。儿臣刚刚还问他来着，他说全是崔浩干的。”
拓跋焘转脸问高允：“太子说的，可是实情？”
高允答道：“微臣罪当灭族，不敢妄言。太子是因为微臣侍讲日久，同情我的遭遇，想要救我一命而已。其实他并没有问过我，我也没说过那样的话。”
拓跋焘倒吸一口冷气，居然还有这样的大臣，感叹道：“果真耿直啊！世上少有人能为之，而高允竟能做到！死到临头，还能面不改色不说假话，此乃信；身为大臣，而能坚持真理不欺君，此乃贞。既信又贞，让人佩服，好吧，我就赦免他了。”
拓跋焘又派人把崔浩召来质问，崔浩早已吓得说不出话来。拓跋焘就叫高允起草诏书，把崔浩满门抄斩，并且诛杀与著述国史相关的官员。
高允接旨，却一直迟疑不写诏书。拓跋焘催了又催，最后高允要求见过皇上，然后动笔。拓跋焘就召他进宫，高允奏道：“微臣实在不知道崔浩还犯有何罪。如果仅仅是因为写国史的事触犯了皇族先世，不为尊者讳言，也不至于判死罪啊。”
拓跋焘一听，这是什么话，当即就坐不住了，命令武士把高允捆绑起来，就要杀他。旁边拓跋晃吓坏了，一再劝说。拓跋焘才慢慢消了气，想想高允也没说错，就给高允松绑，把他放了，感叹道：“要没有此人，朕恐怕要杀数千人呢！”
事后拓跋晃责备高允：“识时务者为俊杰。我替你求情，你怎么反倒去激怒皇上呢？我每次想到这事，还是心有余悸呢。”
高允答道：“所谓历史，就是要如实记载帝王的举止，以为后来者鉴，如此才能让今天的人知道过去的事，将来的人知道今天的事。同时，这样的写史笔法，也能使君主们有所顾忌，言行谨慎。崔浩主持修史，私心很重，的确有罪，但书中写到朝廷起居、国家得失，乃是史法之大体，并无过错。我与崔浩一同编书，自当同生共死，不能独免。承蒙太子殿下出面保我，高允感激不尽；但若要我为了活命说违心的话，我可做不出来。”拓跋晃为之动容，从此更将高允带在身边，咨以要事。
高允侥幸不死，拓跋焘还是没有放过崔浩，他另外找人起了诏书，族诛崔浩所属的清河崔氏以及与之联姻的卢、郭、柳三大士族，其他涉案人员则只杀本人。崔浩为拓跋氏君主谋划一生，到头来化作南柯一梦。行刑当日，七十高龄的崔浩被关在囚车里押往刑场，路上卫士们都爬到他的头顶，一边说着侮辱的言语，一边朝着他的脑袋撒尿，呼声不绝于耳。这位才干见识不亚于诸葛孔明的谋臣，下场竟如此凄惨，让人扼腕。
由于燕赵汉人的几个大族遭受沉重打击，北魏一直欣欣向荣的制度性汉化蒙上了一层阴影。拓跋焘后来也为自己一时的暴虐行径后悔不已，但木已成舟，不得不吞下苦果。
崔浩对于北魏前期政权的发展与巩固，功不可没。他本人虽为一文弱书生，却总能运筹帷幄之中，决胜千里之外，拓跋氏在军事扩张中多次采取他的建议，几无失策。对于北魏的制度，他的影响则是在思想的层面上，是隐性和渐进的，他重视推广儒学，并着力于像汉人一样选贤拔才，这些举措都是能波及数代的。很多人认为，崔浩心存汉室，不热衷于南征，而力图促使北魏政权向其他方向扩充，这其实是一种汉文化的惯性思维方式。崔浩从小受到的教育既然是汉人的传统文化教育，他的言行不管是出于主观还是客观，自然会对汉族、汉文化有利。鲜卑人本无真正意义上的“文化”，崔浩想从汉文化的角度出发，为鲜卑人写史，其结果只能是悲剧。崔浩的被杀，归根到底源自文化的冲突，它标志着北魏前期的汉化潮流遇到了暂时的阻碍。然而，对鲜卑贵族们而言，无论是自愿还是被迫，要想生存于中华世界之中，在文化上就别无选择。历史之车轮，轰隆碾过，大势之所趋，无人可挡。