迫使君王不得不公然撒谎掩饰的臣民，永远不可能得到他真诚和彻底的谅解。君士坦斯的不幸命运，马上使阿塔纳修斯失去实力强大和慷慨真诚的保护者。在弑君者（指马格嫩提乌斯）和君士坦斯唯一幸存的兄弟（指君士坦提乌斯）之间进行的内战，使整个帝国有三年多的时间陷入灾难之中，却给正统基督教会带来一段喘息时间。交战的双方现在都急于想得到这位主教的好感，因为他个人的威望，可能会对尚未做出最后决定的重要行省而后的倾向产生重大的影响。阿塔纳修斯曾见过马格嫩提乌斯派来的使臣，因而后来他被指控曾与僭主秘密通信。君士坦提乌斯皇帝多次向最亲爱的教父阿塔纳修斯表示，不管他们共同的敌人曾散布多么恶毒的谣言，他确实已经继承死去弟兄的信仰和皇位。感激和仁德之心都会使这位埃及大主教不能不为君士坦斯的不幸感到悲伤，对马格嫩提乌斯的罪行深恶痛绝。但是，阿塔纳修斯非常清楚，君士坦提乌斯心存顾虑是他唯一的安全保证，因而他为正义事业获胜而祈祷的热诚还是稍微降低一些为好。少数顽固而滥用君王信任的愤怒的主教，已不再存有恶毒的企图，非要置阿塔纳修斯于死地。但这位君王自己宣布了一个积压胸中多年的决心，要为自己曾受到的伤害报仇雪耻。君士坦提乌斯取得胜利后在阿尔勒度过的第一个冬天，便全部用来对付比已失败的高卢僭主更为可恶的敌人。
如果皇帝率性而为，下令处死国内一位表现杰出和品德高尚的公民，公开使用暴力或滥用法律的大臣对这项残酷的命令，会毫不犹豫地加以执行。但是他想控告和惩处那位受人爱戴的主教，下达命令却不得不十分小心，必然遇到种种困难，因此才会一再向后拖延。这便向全世界表明，教会的特权已经使尊重秩序和自由的意识在罗马帝国的政府中开始复活。提尔会议宣布的判决一直未被撤销，上面有东部绝大多数主教的签名，既然阿塔纳修斯曾一度被同教的弟兄宣判，免去崇高的教职，那么他后来的一切行动都可以看成不合法，甚至有犯罪的意图。但是埃及大主教过去曾经受西部教会坚定和强力的支持，基于这样的事实，君士坦提乌斯在没有得到拉丁主教的认可之前，不得不延缓执行判决的命令，而且教会内部的谈判竟费去两年的时间。皇帝和臣民之间的诉讼案，先在阿尔勒宗教会议、后来在有300多名主教参加的米兰会议都进行过严肃的争论。这些主教原本对教派的忠贞也逐渐受到破坏，主要是由于阿里乌斯派的判决理由、宦官运用的各种花招以及一位皇帝的恳切请求。他不惜牺牲自己的荣誉以寻求报复，滥用自己的权势以影响主教的情绪。贿选这最让人诟病的违宪行为，毫无疑问已经开始大为流行。荣誉、财物、免除赋税的许诺都私相授受作为交换宗教选票的条件，对这位亚历山大里亚主教的判罪，却非常巧妙地被说成是能使正统基督教会恢复和平的唯一办法。
然而，阿塔纳修斯的朋友并没有抛弃他们的领袖和理想。他们依仗神圣地位所能给予的保护，拿出勇往直前的气概，在公开的辩论和私下与皇帝的商谈中，始终坚持维护宗教和法律尊严的立场。他们宣称，不论是接受皇帝给予的恩宠，还是触怒皇帝所带来的恐惧，都绝不可能促使他们参加谴责一位不在场教友的活动，何况他全然无辜而且令人敬佩。他们相当有理地宣称，提尔会议做出违法和过时的判决，早已完全被皇帝的诏书、亚历山大里亚主教的复职、到处抗议的敌人保持沉默或改变信仰这些事实所完全推翻。他们再三强调，他的清白无辜得到参加埃及会议的主教一致证实，在罗马会议和撒尔底迦会议上得到拉丁教会公正的裁定。他们为阿塔纳修斯的艰难处境深表痛心，他在应有的地位、荣誉以及君王的表面信任之中，刚刚安享几年宁静的生活，如今却又再次被传唤去为毫无根据和夸大其词的指控辩解。虽然他们立论充分而且态度极为诚恳，但是在这场相持不下的辩论中，帝国所有人的注意力都集中到主教身上，论战的两派都准备牺牲真理和正义，以求达到对自己更为有利的目标，那就是保全或者除去捍卫尼西亚信念无所畏惧的勇士。阿里乌斯派仍然认为，用含糊的语言掩盖自己的真实思想和意图是明智的做法。但是获得人民的爱戴和以全国性宗教大会的信条作为后盾的正统教会，他们的主教在各种场合，特别是在这次米兰会议上，坚持要敌对派先为自己洗掉散播异端邪说的嫌疑，然后再考虑控诉伟大的阿塔纳修斯。
但是，理性的声音（如果理性确实是在阿塔纳修斯这一边）却被多数人的喧嚣给压下去，其中多数是在派别斗争中受到收买的人。阿尔勒和米兰会议继续开下去，直到西部教会和东部教会的法庭都宣判亚历山大里亚主教有罪，将他免职以后才宣布散会。那些曾持反对意见的正统教会主教，现在都要在判决书上签字，从此在共同的宗教信仰之中，要和阿里乌斯派居心可疑的领袖团结起来。帝国的信使将一份表示同意的文书送给不曾到会的主教。凡不肯放弃自己的观点，立意与阿尔勒和米兰会议公开的、受到神灵启示的英明裁定相抗衡的人，立即会被皇帝下令放逐，因为他们并没有认真执行正统基督教会会议的决议。
在那些因为坚持信仰而被流放的队伍中，有许多是身为高级教士的领导人，其中特别值得一提的有罗马的利贝里乌斯、科尔多瓦的奥修斯、特里夫的保利努斯、米兰的狄奥尼西乌斯、韦尔切利的欧西比乌斯、卡利亚里的鲁西菲以及普瓦提埃的奚拉里。利贝里乌斯曾管理过帝国的首都，担任过显要职位；奥修斯功绩卓著、经验丰富，一直被认为是君士坦丁的亲信而受人尊敬，并且是尼西亚信条的创始人。这些高级教士处于拉丁教会的领导地位，无论是在顺从皇权还是在据理力争方面，都可能成为会众学习的榜样。然而，皇帝多次威胁罗马和科尔多瓦的主教，逼使他们就范的企图，在一定时间内并没有奏效。那位西班牙人公开宣布他已做好准备，要在君士坦提乌斯的统治下忍受苦难；想当年皇帝的外公马克西米安在位时，老主教已经受过60年的折磨。那位罗马人在觐见君主时，则坚持阿塔纳修斯的清白无辜和他自己的自由权利。等到利贝里乌斯被放逐到色雷斯的贝里亚后，就把一大笔作为旅费的钱寄回来，并且出言不逊，侮辱米兰的朝廷，说皇帝和他的宦官需要这笔钱付给士兵和主教。流放和监禁的艰苦终于磨损了利贝里乌斯和奥修斯的意志。罗马主教靠承认有罪的让步，而获得释放返回，后来及时悔过而消除了身负的罪行。科尔多瓦已衰老的主教奥修斯被逼迫签字，除了说服之外，中间更使用了暴力，他已年近百岁，这时非但精力不济，何况神志也有些不清醒。而阿里乌斯派的目空一切的胜利，使得有些正统教会的基督徒把责任推到不幸的老人身上，虽然他对基督教有过很大的贡献，但仍然引起众人不遗余力的抨击，在他死后都没有放过。