围绕秦始皇评价的第二个重要议题是郡县制与分封制的争论。当年，正是这场争论，引发了震惊世人的焚诗书事件。
明末清初的大学者王夫之在《读通鉴论》一书中指出：“夫封建之不可复也，势也。”这是说秦始皇废除分封制推行郡县制是历史的大趋势，不是哪一个人可以决定的。
王夫之并没有进一步解释为什么郡县制代替分封制是历史的大趋势，但是我们完全可以理解这一点。
周朝施行封土建国的分封制之始，周天子力量强大，完全有能力担当天下共主；各诸侯国之间因为血缘关系亲近也不会相互征伐。但是，随着时间的推移，后世各诸侯国的血缘越来越疏远，相互之间以强凌弱的现象屡屡发生，不可禁绝。而且，一旦出现这种情况，周天子天下共主的地位一定会削弱，周天子无法行使自己的权力。诸侯国中最强者必然会出面收拾残局，打着维护周天子地位的旗号彰显自己的实力。这几个强者就是霸主。春秋五霸因此就出现了。
称强称霸者最终并不会满足于霸主的地位，一旦它们能够控制局面，必然还会兼并小国，扩大自己。诸侯国之间的这种相互兼并发展到极致，天下就只剩下最强的几个诸侯国。这些诸侯国继续进行兼并，最终一国战胜他国，形成天下统一。
所以，天下一统的大趋势是无法逆转的。当最终兼并所有诸侯国统一天下的一国取得完全的胜利之后，它仍然面临着施行封土建国的分封制还是施行郡县制两种选择。但是，封土建国最终必然导致霸主争霸、诸侯兼并。兼并成功者如果想避免周朝的悲剧，只能选择一种新的可以避免重蹈历史覆辙的办法，这种办法就是在全国范围内施行郡县制。所以，施行郡县制是大势所趋，是历史的必然。
王夫之认为废除分封制而实行郡县制还有两大好处：一是可以减少百姓负担，二是可以实行选举。分封制度下的官员是世袭的，贵以承贵，贱以承贱。所以继承人大大多于郡县制下任命的官员，官员数量多，百姓的负担自然加重。同时，只有废除了世袭的分封制，才有可能施行科举制，使平民百姓有可能进入官员队伍。
清初学者顾炎武作有《郡县论》九篇，首篇就说：“封建之废，非一日之故也。虽圣人起，亦将变而为郡县。”《顾炎武全集》第二十一册《亭林诗文集》，上海古籍出版社2011年版）可见，认为郡县制代替分封制是历史必然，这是一批学者的共识。
顾炎武进一步研究分封制和郡县制各自的弊端，得出了“封建之失，其专在下；郡县之失，其专在上”的结论。
在中国两千多年有关分封制和郡县制的讨论中，以顾炎武的思考最具深度。
顾炎武之所以能够看出分封制与郡县制各自的弊端，是因为他生活在明清两代极度专制的皇权制度下，更能看出作为皇权专制政治基础的郡县制的缺失。
清代另一学者袁枚也从一个崭新的角度评价了分封制和郡县制的优劣。不过，袁枚的立论和其他学者大不相同。袁枚认为，分封制的社会环境宽松，所以才会有孔子、孟子等诸子百家学说的诞生。如果在郡县制下，思想高度统一，就不可能出现百家争鸣的局面。
赖有封建，然后栖栖皇皇之卫，之陈、蔡，之梁，之齐，之滕，几几乎有可行之势。而诸侯敬，弟子从，则声名愈大，千万年后犹知遵奉为师。使圣人生于郡县之世，三试明经不第，则跼促一邦，姓氏湮沉，亦“遁世无闷”已耳，安见其有以自立于天下耶？（周本淳标校《小仓山房诗文集》卷二十三《再书封建论后》，上海古籍出版社1988年版）
袁枚还认为，实行分封制，如果天子不道，天下的诸侯多着呢，百姓在“千八百国中，苟有一贤君，则民望未绝”。商汤就是以一个诸侯的身份取代了夏桀建立商朝，周武王也是以一个诸侯的身份取代商纣王建立周朝。袁枚认为，分封制是多元政治，郡县制是皇帝专权，行分封可以形成政治多元，行郡县则易造成君权至上。
分封制的缺点在于封国势力强大之后，各自争霸争强，不服从中央政府。郡县制的优点在于不会出现封建制下的“尾大不掉”的弊端，但是郡县制之下郡守、县官是由皇帝任命，一届到任之后就会迁转，由于迁转的次数过于频繁，很难洞察各地的民情。等到这些官员熟悉了当地的情况，想有所作为之时，已经一届到任，所以，各地官员都把自己管辖的地方看作是个中转的驿站，把属地的百姓看作是路人。
袁枚的看法有一定的道理。袁枚提出这一说法主要是希望能够通过施行分权削弱皇帝的专权，但是他忽略了另一个问题，即分封制下的不法诸侯王。他们不是数年一迁转，但如果他们专横残暴，该诸侯国的百姓不知要受多少磨难才能有出头之日。所以，郡县制的官员任期确实存在问题，但是分封制下的终身制同样有诸多弊病。袁枚之说具有参考价值，但并非良策。
民国时期著名的思想家梁启超在1920年写的《战国载记》一文也指出：
天下之统一，势也，不统于秦，亦统于他国。而统一之愈于分争，则明甚也。天将假手于秦，以开汉以后之局，夫谁能御之！而秦与他国，又何择焉！
秦并六国，实古代千余年大势所趋，至是而始成熟。非始皇一人所能为，并非秦一国所能为，其功罪尤非一人一国所宜任受也。（《梁启超全集》第十二卷《战国载记》，北京出版社1999年版）
这等于承认：
第一，天下统一是大势所趋，是千余年来大势的逻辑归宿。
第二，统一之利远胜于分裂之害。至于是谁统一都无所谓，关键是要统一。
第三，秦始皇统一天下不是他一人的功绩，他的罪过也不能由他一人承担。
这些学者之所以大唱分封之歌，关键是他们目睹了明、清两代皇帝专权的各种危害。提倡分封只是一种政治策略，他们是想用分封制的分权解决郡县制的专权，这是在新时代新形势下学者们的新思考。