在所有有关秦始皇的评价中，最具争议的问题是焚诗书坑术士，但是，唐代之后，“焚诗书”里的“诗书”变成了所有的书籍，“坑术士”中的“术士”演变成了儒者，变成了“焚书坑儒”。所以，焚书坑儒成为后期评议的重点之一。
第一个涉足这一热点的是南宋初年的大学者郑樵（1104—1162）。郑樵是南兴化郡莆田人（今福建莆田），是中国古代著名的历史学家、目录学家。郑樵一生不应科举，努力著述。《通志》是其最具特色的著作，这是一部专门以研究中国古代典章制度为专题的史书。其中《校雠略》一卷中，郑樵写下了《秦不绝儒学论二篇》两篇文字。这两篇文章不长，但是，它提出了一个重大课题，即秦始皇坑杀的儒生只是“一时议论不合者”，“秦时未尝废儒”，“秦时未尝不用儒生与经学”。
郑樵的依据有六点：一是汉初大儒陆贾就是秦朝之人；二是刘邦手下另一重臣郦食其也是秦朝儒生；三是为刘邦议定朝仪的叔孙通是秦朝中央政府的“待诏博士”；四是秦二世在坑术士之后曾经召集博士三十余人商议朝政；五是叔孙通降汉王刘邦之时，手下有儒弟子百余人；六是项羽死后鲁地百姓为项羽守节，直至刘邦将项羽的人头示众，鲁地才降汉。可见，秦朝宫廷并没有废儒学，所以大秦帝国有儒生、有儒学、有儒学之风。
郑樵之论，干系甚大。他首先说明秦始皇坑儒并不是有计划地废儒学，而是“一时”冲动。秦始皇对儒家学士、儒家学说都未废止。这是对秦始皇坑儒的重要新释，也是自两汉以来对秦始皇焚诗书坑术士的一次重大翻案。
郑樵提出的另一个重大课题涉及焚诗书。
郑樵认为，刘邦进入咸阳，萧何入秦宫收秦律令图书，证明秦始皇并未焚书。世传的焚书事件，只是“一时间事耳”。所谓“一时间事耳”即是指一个短时期内发生的事，不是持续不断地焚书。而且，真正导致经书毁灭的不是秦始皇焚书，而是另外一大原因——学者穷经而经绝。“自汉已来，书籍至于今日，百不存一二，非秦人亡之也，学者自亡之耳。”（郑樵《通志》卷七十一《秦不绝儒学论二篇》，中华书局1987年版）
什么叫“学者穷经而经绝”？郑樵的意思是说，学者烦琐的注经方式导致通一经必须终其一生，而经书本身又缺乏实用，这导致了经学的衰微。
与郑樵同时代的另一个著名学者范浚（1102—1150），对秦始皇焚诗书提出了与郑樵类似的看法，他也认为诗书之亡并不是秦始皇焚书导致的。在《对秦问》中，他承认秦始皇焚过书，但是秦始皇的焚书并没有导致诗书的消亡。范浚提出了两点证据：第一，现在仍然有六经传世，难道现在看的六经不是诗书吗？所以秦始皇焚书并没有导致诗书的消亡。第二，经之所以为经，并不仅仅依靠简牍的传播方式而存在，它可以有多种传播途径。被秦始皇烧成灰者不过是些枯竹罢了，汉代不是从房屋墙壁中发现了诗书吗？因此，诗书不会因为秦始皇的焚书而消亡。
范浚的观点与郑樵不谋而合：秦始皇确有焚书之举，然而对书籍造成的影响并没有后人夸张得那么严重。但是，范浚与郑樵两个人论证的目的不尽相同，郑樵意欲为秦始皇焚书翻案，范浚则想说明秦始皇通过焚书的办法来控制天下言论是不可行的，焚书最终导致了焚国（其焚诗书，非焚诗书也，焚其国也。……吾今乃知天下之不可愚，又知诗书之不为秦焚亡矣。《香溪集》卷五《对秦问》，影印文渊阁《四库全书》，台湾“商务印书馆”1986年版）。
范浚的观点在历史上并没有引起多大的反响，因为他想证明的“焚书亡国论”与以前的对秦始皇的批判并没有多大分别，只不过借用了另外的一种论证方式而已。与之相比，郑樵石破天惊、标新立异的观点确实令人耳目一新，但也因此引发了后人的激烈争论。
明人孙承恩率先发难，针对郑樵的看法，他专门撰写了《秦儒》一文，痛斥郑樵之言是“不深考而妄为议论”。孙承恩为什么这样说呢？
首先，陆贾、郦食其虽然是秦儒，但是他们却没有被朝廷重用。叔孙通“待诏数年，兽畜而已”。如果非要对天下儒生斩尽杀绝才算废儒，岂不是太苛刻了？
其次，秦帝国的博士相当庞杂，有占梦博士，有方士，即使留下来一些未杀的儒生，也未必是真正的儒生。
最后，历史上的暴君像夏桀和商纣王也没有干过坑儒之事，秦始皇做得比古代亡国之君更为暴虐。
仔细比较一下郑樵与孙承恩的看法，应当说孙承恩的话更有说服力。郑樵过于倾向为秦始皇“焚诗书坑术士”进行辩护，反而显得有些苍白无力。但是，郑樵的声音反映了一个事实，当时间拉开一段距离之后，再对秦始皇的作为进行重新审视时，人们对秦始皇的功过看法正在悄然发生变化。
距离产生美感。历史评价必须有待时空距离的检验。距离太近，往往太功利太现实；只有拉开距离，人们对历史评价的视野才更广阔，对历史的认识才更深刻，才更具有历史哲学的高度。
郑樵对焚诗书的阐释得到了晚清著名学者章太炎的大力支持。章太炎写了《秦献记》一文，他认为：“烧书者，本秦旧制，不始李斯。”章太炎还引了《韩非子·和氏篇》的“商君教秦孝公以连什伍，设告坐之过，燔诗书而明法令”为证，说明秦国自商鞅之时就有焚书之议。章太炎此说明显是为秦始皇的焚诗书进行开脱。只是章太炎的开脱比郑樵聪明，因为秦始皇焚诗书是秦国一以贯之的做法，并非只是秦始皇一个人的行为。这样，秦始皇焚诗书的暴行就有了新的承担者，不必由秦始皇一个人独自背负千古骂名了。
郑樵之说的意义在于他对秦始皇的评价摆脱了传统评价中只骂不分析的倾向，明确指出即使是备受后人诟病的焚诗书坑术士也还有重新分析的必要。章太炎的言论意在说明秦国施行文化专制由来已久，并非自秦始皇开始。这些看法对我们认识秦始皇的焚诗书坑术士都有重要的参考价值。
鲁迅先生曾经在《华德焚书异同论》中指出：“不错，秦始皇烧过书，烧书是为了统一思想。但他没有烧掉农书和医书；他收罗许多别国的‘客卿’，并不专重‘秦的思想’，倒是博采各种的思想的。”（《鲁迅全集》第五卷《准风月谈》，人民文学出版社2005年版）
对秦始皇的焚书坑儒，清代的朱彝尊也提出了一个崭新的观点，他认为秦朝确实曾经焚书，但不是秦始皇心甘情愿干的，而是处士横议者烧的。为什么这么说呢？他认为有五个方面的理由。
第一，秦国一直以来是重法的，是以法治国的。通过三件事情可以看出秦国对法律的执行非常严格。一是秦孝公时期对公子虔的处置。自从商鞅变法以来，秦国的法制建设就被不断强化。商鞅变法内容颁布执行之时，太子犯法，商鞅认为，法律之所以不能严格贯彻执行，是因为领导阶层率先违法，因此，在商鞅的坚持下，太子的师傅公子虔被割掉了鼻子。二是秦昭襄王时期对国君至亲权贵的驱逐。范雎为相，实行“固干削枝”的政策，坚决剥夺亲贵手中的大权，于秦昭襄王四十一年（前266）被收回穰侯的相印，令其回封地养老。接着又把华阳君、泾阳君、高陵君驱逐到关外，将宣太后安置于深宫，不准其再干预朝政。对此，当时的秦昭襄王认为依法理当如此（卫鞅曰法之不行自上始也，刑则加于太子之师傅；而范雎为相，弃逐君之母弟，秦之君以为法在焉。《曝书亭集》卷五十九《秦始皇论》，世界书局1984年版）。三是荆轲刺秦时大臣的表现。当秦始皇在咸阳殿上被手持匕首的荆轲追得上蹿下跳时，左右之臣除了给秦始皇呐喊助威，无所作为，因为秦朝法律规定大臣不得携带兵器上殿，左右之臣宁可眼巴巴地看着他们的主子被追杀的丑态却不敢操尺寸之兵上殿，在当时看来“于法宜然，无足怪也”。由这三件事，可以看出秦国对法律的热衷与依靠。秦国一切都依靠法律，法制是秦国的基本国策。既然如此，当有影响法制的贯彻和执行的行为、语言发生时，掌权者必然要采取维护法律尊严与权威的措施，哪怕是激进的措施。
第二，处士横议。士人对社会及统治者指手画脚的风气由来已久。当周天子大权旁落之时，天下处士就开始议论滔滔了，孟子认为这些人无父无君，无异于禽兽，说的都是歪理邪说。随着秦国势力的渐趋强大，这些处士开始以攻击秦国为快事，称秦国为“嫚秦”（“嫚”是轻视、侮辱之意）、“暴秦”“虎狼秦”“无道秦”，各种侮辱斥骂的词语无所不用其极，只恨语言不够丰富。这个时候，秦始皇刚刚统一了六国，六国的贵族正处于国破家亡的痛苦之中，因此秦始皇对这些妄议者隐忍未发。
第三，机缘巧合。秦始皇三十四年（前213），博士淳于越在咸阳宫殿上那一番要求秦始皇分封子弟的话语成了导火索。妄加议论，以古非今，祸机一动，李斯上言，烧毁百家之说，而诗书也随之遭殃。
第四，李斯是荀子的学生，也曾经学过仁义之说，他怎么会以焚烧诗书为快呢？他所深恶痛绝的是百家之邪说，而非圣人之言。与此相关的是，秦始皇坑杀的是“乱道之儒，而非圣人之徒也”。
第五，废除百家的邪说，为什么还要连带诗书呢？主要是因为担心不把诗书一块儿焚烧，百家邪说又会借诗书之体还魂。而诸生议论不止，势必使法律不能整齐划一。秦始皇愤然焚书而不顾的原因就是惧怕议论法制措施，从而使其丧失权威，影响贯彻。
在条分缕析之后，朱彝尊得出结论说，当初秦始皇焚书，主要是因其重法，而百家邪说纷扰不止，使秦始皇下定决心，毫不犹豫地焚书坑儒。这是邪说造成的祸害啊！所以，不是秦始皇愿意焚书，而是处士横议者迫使他这样做。从这个意义上讲，是这些处士烧的书。
朱彝尊没有跟随前人对秦始皇诟骂不止，而是从秦国的统治政策、治国思想与处士横议之间的矛盾出发，具体分析秦始皇焚书坑儒的缘由，从而以更加客观的立场对焚书坑儒进行评价。到朱彝尊这里，对焚书坑儒的评价才渐趋摆脱了强烈的主观色彩或一味的标新立异。
对秦始皇焚书所造成的后果，前人过于夸大，从郑樵、范浚开始，对经书的消亡是不是秦始皇焚书造成的这一问题进行了重新探讨，这亦成为一个被不断议论的焦点。这一点与对秦始皇的评价密切相关，如果秦始皇焚书对典籍造成的损失没有后人想象得那么严重，将秦始皇斥责为暴君的一个重要的证据就失去了说服力。
关于这个焦点，后来者还一直在讨论。清代前期桐城派代表人物刘大櫆作《焚书辨》也提出：“六经之亡，非秦亡之，汉亡之也。”“书之焚，非李斯之罪而项籍之罪也。”（吴孟复标点《刘大櫆集》，上海古籍出版社1990年版）刘大櫆认为，汉军进入咸阳的时候，萧何只取律令图籍之书，对秦博士所藏之书摒弃不问，而项羽的一把大火使之消亡殆尽。所以秦始皇的焚书没有使图书消亡，而后来典籍损失殆尽的状况是萧何与霸王项羽的责任，和秦始皇没有关系。
此种观点到康有为那里得到了进一步的强化。他在《新学伪经考·秦焚六经未尝亡缺考》一文中鲜明地指出：秦焚书，六经未因此而亡；秦坑儒，儒生未因此而绝。而造成“后世‘六经’亡缺，归罪秦焚”的原因，是大家“不知此刘歆之伪说也”，从而又把此种说法的责任加在始作俑者刘歆的头上。其说正确与否尚值商榷，但是康南海也认为六经之亡不关秦始皇何事。
上述不同时代的学者从不同角度对秦代的焚书坑儒进行了深刻的剖析。他们的研究继往开来，使得这桩存在两千多年的历史公案渐渐揭开神秘面纱，从而逐渐洗清强加在秦始皇身上的对古代典籍消亡负有首要责任的重大罪名。而当这个历来对秦始皇进行负面评价的证据的力量渐趋缩小之时，对秦始皇的评价亦趋向客观。