秦始皇下达焚书令，导火索是博士们关于分封制和郡县制孰优孰劣的争议。一场政治制度的争论会引发秦始皇下达如此政令，我们可以看出秦始皇是想用暴力手段来控制舆论，进而巩固政权，这可以说是一种愚民政策。这件事情就是秦始皇的“焚书”事件，那么，震惊世人的“坑儒”又是怎么回事呢？
秦始皇三十二年（前215），秦始皇开始了他当皇帝之后的第四次大巡游。这一次，秦始皇主要巡视的是北方边地。就是这一次，他遇到了燕人卢生，便派卢生出海去寻找仙药。卢生非但没有找到仙药，反而给秦始皇带来了“亡秦者胡也”的谶言。
还是这一年，求仙急切的秦始皇派了韩终、侯生、石生等一批方士也去寻求长生不老之药。
三年之后（前212），找不到仙药的卢生向秦始皇建议隐匿自己的行踪，以免打扰真人光临。秦始皇以“真人”自称，废除称“朕”。接着发生了秦始皇随从向李斯泄露秦始皇不满他车队盛大的事件，招致秦始皇将自己评价李斯时在身边的全体侍从统统处死。
焚书和杀死随从两起恶性事件发生之后，侯生、卢生等人害怕了，他们担心厄运会降临到自己头上，担心因为找不到仙药而受到秦始皇的严厉处罚。于是，他们聚在一起议论朝政和秦始皇，这场议论触及了三个十分敏感的话题：秦始皇的为人，秦始皇的为政，秦始皇的求药。
侯生、卢生认为秦始皇是一个刚愎自用的人，一个自以为功高天下的人，一个只信任狱吏的人，一个以刑杀统治天下的人，一个贪恋权力的人，一个为求仙药滥杀的人。
侯生、卢生对秦始皇的这些评价涉及秦始皇为人的方方面面，而且，所有的评价都是负面的：刚愎自用、自以为是、专任刑杀、迷恋权力。
为什么说秦始皇刚愎自用、贪恋权力呢？侯生、卢生认为秦始皇兼并天下之后志满意得，以为自古以来无人能赶上自己的功绩，行事过于自信，不太听从他人不同的意见（始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。《史记·秦始皇本纪》）。因此，朝中虽有博士七十人，但只是个摆设，实际上，秦始皇并不信任他们（博士虽七十人，特备员弗用。《史记·秦始皇本纪》）；丞相大臣也是摆设，他们只是奉旨办差（丞相诸大臣皆受成事，倚辨于上。《史记·秦始皇本纪》），天下之事，事无大小，都必须由皇帝一人拍板定案。秦始皇每天用秤称量公文的重量（当时的公文都是书写在简牍之上，简牍较重，因此公文可以称量），每天不批阅完一百二十斤公文的定额不休息，白天晚上都有规定的指标（天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。《史记·秦始皇本纪》）。
自以为是、专任刑杀指的是什么呢？秦始皇专门任用治狱的官吏，与狱吏们亲近，好多狱吏获得了秦始皇的宠幸（专任狱吏，狱吏得亲幸。《史记·秦始皇本纪》）。他喜欢通过刑罚杀戮来确立自己的威望，而朝中大臣由于害怕丢官被杀，没有一个人敢向秦始皇提不同意见（天下畏罪持禄，莫敢尽忠。《史记·秦始皇本纪》）。长此以往，在上位者听不到不同意见而更加自以为是，处下位者欺骗皇上以博取信任（上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。《史记·秦始皇本纪》）。
侯生、卢生本是秦始皇追求长生梦想的重要依靠对象，他们的主要任务很明确，就是求仙问药，但是，在他们看来，这样一个刚愎自用、迷恋权力的君主，是不值得他们为其寻求仙药的（贪于权势至如此，未可为求仙药。《史记·秦始皇本纪》）。
侯生、卢生议论一番后，觉得再待在秦始皇身边就会有生命之忧，便悄悄逃跑了。但是，由于保密工作做得不好，他们背后议论秦始皇的话很快被秦始皇知道了，这本身已非同小可，而他们竟然还畏罪逃亡，秦始皇震怒。
也难怪秦始皇震怒，此事发生在焚书事件后的第二年，正是“敏感期”；秦始皇斥巨资求仙却一无所得，深感上当受骗；方士们如此诽谤，秦始皇难以承受。
秦始皇历数方士之罪：韩终这帮家伙不辞而别；徐福花费万万，最终没有一点音信；卢生接受巨额资助，现在还诽谤朝政（今闻韩终去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。《史记·秦始皇本纪》）。是可忍，孰不可忍！他下令立即逮捕在京城咸阳的诸生，并私下访查。秦始皇为此事定了一个基调：“或为妖言以乱黔首。”这句定性的话分量极重！这意味着侯生、卢生的议政与逃亡已经被定性为针对大秦帝国的妖言惑众罪。
接下来是大逮捕、大审讯，被捕诸生又相互揭发，牵连了四百六十人。
秦始皇将这四百六十人全部活埋，并通告天下，引以为鉴。
皇长子扶苏曾向秦始皇进谏：天下刚刚平定，远方百姓尚未宾服。诸生都是诵读孔子书的读书人，皇上用重典加以惩罚，恐怕会引发天下的不安（始皇长子扶苏谏曰：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”《史记·秦始皇本纪》）。
这番话秦始皇当然听不进去，非但如此，扶苏还因此被秦始皇派往北方到蒙恬长城军团担任监军（始皇怒，使扶苏北监蒙恬于上郡。《史记·秦始皇本纪》），这等于是贬出京城。
这就是中国历史上赫赫有名的“坑儒”事件。