秦始皇无论是称“皇帝”还是神化自己，其目的只有一个，那就是在政治上实现高度统一，不允许诸侯纷争的局面再次在自己建立的大一统的秦帝国内出现。所以秦始皇首创了皇帝制度，他用“五德终始”说来证明自己统治的合法性，这保障了整个王朝思想舆论上的统一。但仅有这些还是远远不够的，在加强对地方和官员的控制方面，秦始皇也是煞费心机，想尽办法。那么秦始皇是如何具体操作的呢？
历史在发展过程中，常常有巨大的惯性。在秦始皇统一中国的这一年（前221），丞相王绾等大臣认为，六国刚刚被灭，燕、齐、楚等国地处偏远，如果不封王镇守，很难统治。所以，建议立诸皇子为王，镇守偏远之地。这个建议实质上是希望秦始皇能封皇子为诸侯王（丞相绾等言：“诸侯初破，燕、齐、荆地远，不为置王，毋以填之。请立诸子，唯上幸许。”《史记·秦始皇本纪》）。
秦始皇把这个建议交付廷议。所谓廷议，即大臣们的朝议。朝堂之上的意见几乎是呈一边倒地支持丞相王绾的“分封诸子”（始皇下其议于群臣，群臣皆以为便。《史记·秦始皇本纪》），只有廷尉李斯一人反对。
李斯认为，周文王、周武王当年分封的诸子、兄弟、亲戚极多，可是到了后代，当年的亲戚关系越来越疏远，相互攻击，如同仇人。而周天子也管不了诸侯之间的战争。如今天下靠大王的神灵获得统一，划分为郡县，皇子、功臣也有赋税重赏，如果维持这样的局面，天下非常容易控制，并且能得到安宁。如果设置诸侯，很有可能会重蹈周朝的覆辙。
秦始皇说：秦统一天下之前，天下百姓无不苦于连年战争，原因就是那些诸侯王相互争斗。现在朕仰仗祖宗神灵，刚刚安定了天下，如果再立诸侯，这等于又要挑起战争。天下百姓岂不是难以得到安宁？廷尉说得对（始皇曰：“天下共苦战斗不休，以有侯王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也，而求其宁息，岂不难哉！廷尉议是。”《史记·秦始皇本纪》）。
秦始皇坚定地支持李斯的主张，没有采用分封制，而是在全国范围内实行了郡县制。
中国的郡最早产生于战国时的晋国。《左传·哀公二年》曾经记述了赵简子的一段话：“克敌者，上大夫受县，下大夫受郡。”从这一史料来看，早期的郡，级别低于县。战国时期，郡主要设在边地重镇。战国七雄都设立了郡县。比如魏文侯时期，吴起任西河郡太守，后来吴起受到魏武侯的猜忌，离开魏国来到楚国，曾在楚国任边郡太守一年，然后才被任命为令尹，实行变法。所以，郡县制并不是秦始皇的独创。早在商鞅变法之时，秦国就合并了一些边邑组建为县。
郡县制虽然非秦始皇首创，但秦始皇却第一个把这一制度推向了全国，而且执行得很坚决。郡县制和秦始皇的个人集权思想不谋而合。公元前221年，秦朝将全国划分为三十六郡，据说以后又增为四十郡、四十六郡。郡的长官称为“守”，县的长官称为“令”，均由国君直接任免。郡县制使天下形成了“中央—郡—县”一整套比较系统的行政机构，对实行集权统治起了重要的作用。
秦始皇设立郡县制的理由之一是避免战争。基于血缘关系而分封的诸皇子，到了后代，很有可能会因为血缘关系的疏远而相互发动战争。实行郡县制之后，县令、郡守由皇帝任命，不能世袭，因此，不存在为了土地、权力相互发生战争的可能。郡县制有效地使君主加强了中央集权，有利于政治的安定和经济的发展。
郡县制是皇帝制度的政治基础。避免分裂只是秦始皇实行郡县制的理由之一，此外，还有一个更重要的理由，就是郡县制与皇帝制度最相适应。秦始皇要实行的是皇帝一人的独裁统治，如果实行了分封制，皇帝的权力就会受到封君的制约而因此削弱，而郡县制可以最大限度地保障皇帝一人的绝对权力——天下只有一个政权、一个天子，所以皇帝可以最大限度地实行独裁统治。
制度效力的发挥需要上下配合。在秦始皇采用郡县制的同时，中央政府实行三公九卿制。“三公”是丞相、御史大夫与太尉。“九卿”是奉常、宗正、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、少府、治粟内史。上下两种制度被秦始皇绝妙地运用自如，这极大地保证了皇帝的集权统治。
秦始皇神化、圣化自己，采取各种方法为自己大造声势，目的都是给大秦帝国的合法性寻找依据，为自己的武力强夺找到借口，并为自己树立至高无上的权威。在秦始皇对自己政权的合法性进行了充分论证之后，他还会将哪些宏图伟略付诸实践呢？