要了解商鞅为何匆忙逃命，必须从他变法的具体内容谈起。在秦孝公的支持下，商鞅对秦国的政治制度与经济制度进行了全面的改革。
第一，改革政治制度。
商鞅变法是一场政治制度的深刻变革。这种制度变革在商鞅变法中表现为四个方面：
1.中央集权制的雏形
商鞅在秦孝公的支持下，合并乡邑为县，每县设立县令、县丞，在全国设立了三十一个县，每个县又都安排了县令、县丞（集小乡邑聚为县，置令、丞，凡三十一县。《史记·商君列传》。《秦本纪》作四十一县），县令、县丞必须由国君直接任命。
这项制度看起来并不起眼，只是合并一些行政区划，但是，它的内容意义非凡。把国家的基层政权设置为县，由国君直接任命县令、县丞，这一套基层政权的建制刚好是秦始皇统一六国后在全国范围内设立郡县制的雏形。因此，此项措施具有划时代的重大意义：一是基层政权的长官由国君任命，国君直接任命从中央到地方的官吏，这是中国两千多年中央封建集权制的肇端。二是它初步打破了世卿世禄的世袭制，直接催生了官僚制。
2.官僚制的雏形
西周、东周时期，从天子、诸侯到卿大夫、士，他们的爵位、封邑、官职都是父子相承的，这项制度被称为世袭制，它的基础是血缘宗法关系。爵位和官职的世袭叫世卿，封邑的世袭叫世禄。世卿是政治地位，世禄是经济地位。世卿世禄制和分封制、宗法制是三位一体、相辅相成的。
这种世袭的次数从理论上讲是无限的，除非改朝换代或者拥有这个爵位、官职的家族在政治斗争中失败。但是，世卿世禄制也存在很大的弊端。
世卿世禄制严重阻碍了优秀人才进入高官阶层。在世卿世禄制度之下，贵族享有世代任职高官的特权，不少优秀人才无法脱颖而出，一直沉沦下僚。一个没有社会精英不断补充进来的政权，一个没有新鲜血液的政权，必然不可能是高效的政权。数代世袭的领导者遂大多泯为平庸无能之辈，而一旦出现精明强干的卿士，则又有可能消解国君的权威。
世卿世禄的结果是，产生了一批尾大不掉的卿士，他们把持朝政，瓜分国君的权力，成为不少诸侯国分裂的根源，比如晋国的六卿，相互吞并为韩、赵、魏三卿，最终韩、赵、魏三家瓜分了晋国。一个强大统一的晋国消失了，代之而起的是三个远比晋国要小的诸侯国。强大而统一的晋国挡住了秦国的东扩之路，而代之而起的三晋，由于相互之间的争夺、相互之间的消耗，谁都没有能力阻挡秦国的东扩之路。如果秦国不实行商鞅变法，也可能出现尾大不掉的世袭卿士，最终将秦国瓜分为若干个小国，那么，秦国的东扩只能是一种梦想。幸运的是，商鞅变法催生了中央集权制，不仅中央大员，而且各级地方官员都不可能成为拥有权力瓜分秦国的卿士。
3.军功爵制
废除世卿世禄制建立官僚制绝对不是一件轻而易举的事，它有两个重要问题：一是改革受害者的世袭贵族会竭力反抗，二是看有没有一套合理的可以代替世卿世禄制的配套制度，这正是商鞅的改革所在。
商鞅采用了当时最能调动全国人才积极性的军功爵制代替世卿世禄制。
商鞅制定的军功爵共二十级，最低的为功士，第十八级为大庶长，第十九级为关内侯，第二十级为彻侯。“有军功者，各以率受上爵”，这个“率（lǜ，律）”怎么计算？就是以敌人的首级为标准，获取敌人的首级可以得到上一级的爵位。
军功爵制具有双重效力：一方面，“宗室非有军功论，不得为属籍”。所谓“不得为属籍”，就是贵族没有军功不能成为宗室成员。另一方面，平民有了功劳，也可以获得相应的爵位。这样，既限制了宗室贵戚的势力，又为社会下层的人打开了一条通往上层社会的可行通道。
由于军功爵制向所有的人敞开了一条晋升大道，人人都可以通过获得军功爵而进入官僚阶层，所以，它得到了大多数非贵族阶层人群的坚决拥护。
由于有了军功爵制，在政治上，社会是按照爵位的高低分别贵贱；在经济上，社会是按照爵位的高低分配财富（明尊卑爵秩等级，各以差次名田宅；臣妾衣服以家次。《史记·商君列传》）。即使是贵族，也只能是“有功者显荣，无功者虽富无所芬华”。这种制度的建立使得社会财富的分配有了一个崭新的标准。
对于出身于下层社会的人来说，军功爵制为他们提供了一个通向权力与富贵的道路；对于旧贵族来说，军功爵制限制了他们仅凭血统就可以享受特权的待遇。因此，商鞅实行的军功爵制受到秦国旧贵族激烈的、不遗余力的反抗。
但是，总体上说，军功爵制激发了整个秦国社会潜在的巨大活力。
4.连坐制
商鞅变法是一场波及面相当广泛的社会变革，它不仅削弱了贵族的世卿世禄制，同时也大大强化了对全国百姓的监管。具体措施是连坐法，即全体居民每五家编为一伍，十家为一什，一家犯法，十家连坐。各家之间要相互监督，告发奸人，告奸者和杀敌者赏爵相等。如果不告奸人，则以腰斩处死。反之，掩护奸人的人和战场上投敌的人一样受罚（令民为什伍，而相牧司连坐。不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚。《史记·商君列传》）。
这种连坐制是以什伍株连的恐怖手段恫吓全国百姓，将全国的百姓都编织在同一个政治密网之中，便于施行中央集权。
商鞅变法十年，“道不拾遗，山无盗贼”，“乡邑大治”。在强大的政治高压下，整个社会井然有序。
第二，改革经济制度。
商鞅变法首先是从富国开始的，也就是从经济制度的变革切入的。商鞅怎么样让秦国富起来？封建社会的经济在于农业，所以商鞅首先从土地改革入手。
唐人杜佑《通典》对商鞅变法的土地制度有一段非常经典的评述：
鞅以三晋地狭人贫，秦地广人寡，故草不尽垦，地利不尽出。于是诱三晋之人，利其田宅，复三代无知兵事，而务本于内，而使秦人应敌于外。故废井田，制阡陌，任其所耕，不限多少。数年之间，国富兵强，天下无敌。（杜佑《通典》卷一，中华书局1988年版）
商鞅认为，韩、赵、魏三国（三晋）人多地少，秦国则与它们相反，是人少地多，所以，秦国的土地没有最大限度地发挥“地利”。应该如何解决这个问题呢？以利诱之。商鞅认为，用利益引导韩、赵、魏三国的人到秦国来，给他们土地、住宅，并且免去他们三代人服兵役的义务，使他们专心务农。原来秦国的农民，让他们当兵。当兵可以杀敌获得军功，比起种田来说利大得多。
这样做有什么好处呢？
首先，打破井田制，富国。
井田制是商周时代的土地制度。这种土地制度一是土地为国家公有，二是把方圆九百亩的土地按“井”字形划分为九区，中间一区（百亩）为公田，其余八区（八百亩）为私田，分授给八家农户。公田首先由八家农户集体种植，收获全归国家，每家农户再种自己的百亩。西周时期实行这种制度，是因为生产力低，生产工具不发达，农户也没有更多的力量来种更多的土地。战国时期，铁制农具的使用大大提高了生产力水平，而井田制限制了每户农民的土地数量，他们不能多种地多打粮食，因此也就抑制了农民种地的积极性。这种土地制度是和领主制度相配合的。
商鞅变法，改一百步一亩为二百四十步一亩，大大扩大了每户农民的受田面积。秦国“为田开阡陌封疆，而赋税平”。“阡陌”是井田的界线，“开阡陌封疆”，就是彻底改变原来的井田制。“赋税平”，就是减税，农民的负担大大减轻。而且，地种得好，帛产得多，还可以受奖赏——免除本人的徭役或赋税（僇力本业，耕织致粟帛多者复其身。《史记·商君列传》）。农民的生产积极性空前高涨。
同时，为了增加国家的收入，强制分家。商鞅规定，凡是一家有两个男子的必须分家，如果不分家，强行增加一倍的赋税（民有二男以上不分异者，倍其赋。《史记·商君列传》）。这样，父子、兄弟就必须分家。国家按户征收军赋，分了家，必然增加纳税的户数，纳税的户数增加了，国家的税收必然大量增加。
有了更多的土地，减少了赋税，有成绩还可以得到奖赏，又大大增加了纳税的户数，所以，数年之间秦国大富。
其次，商鞅规定，主民、客民分业，重奖杀敌，用以强兵。
国富了，怎么强兵呢？一是主民、客民分业，走军队专业化道路。秦国的农民是主民，韩、赵、魏三国来的农民是客民。客民种地，反正秦国是地广人少；主民从军，从军杀敌，只要带回来一颗首级，就可以得到一个更高一级的爵位，有了爵位，就可以享受各种特权，这比起客民的种地，显然更容易获得更多的利益。而且，让主民当兵为秦国作战，也比客民当兵为秦国作战更为可靠。二是重奖杀敌。据唐人《史记集解》引《汉书》曰：“商君为法于秦，战斩一首赐爵一级。”这就是我们前面讲过的军功爵制。这种制度非常有刺激性，只要能斩杀一个敌人的首级即可以晋升一级爵位。
走专业化道路，又有配套激励机制的秦国军队，很快便被六国之人视为“虎狼之师”。通过商鞅变法，秦国军人在战场上看见敌人如同饿虎扑食，务求杀敌斩首，晋升爵位。人性恶的一面被商鞅变法的政策充分调动起来了，秦军的战斗力空前高涨。这样的军队打起仗来怎么能不和虎狼一样凶狠！所以，秦军迅速成为当时最具战斗力的军队。