在满目疮痍的江南土地上，不管是安于当下的清朝子民，还是期盼光复的明朝遗民，百姓最期盼的是过上平静的生活，可是上天并没有垂怜这一方百姓。从炎热的夏天开始，侯家的注意力不得不转向真正的“切肤之痛”——流行病。
改朝换代没有带走的民生疾苦至少有两样。一个是居高不下的粮食价格。和崇祯末年一样，入清后，每石大米的价格一直在二两银子以上，高的时候一次次冲到四五两。
另一个是不期而至的流行病，让生活难上加难。在入秋前的大半年里，侯家人接连病倒，虽没有生命危险，却饱受折磨。他们患的是疟疾。
疟疾的普遍症状是一天发作一两次，身体忽冷忽热，持续少则四五天，多则几个月，孱弱者可能会送命。即便康复，也有复发的可能。更让人沮丧的是，找不到病因，也找不出解决的办法。当玄瀞手脚不灵便时，家人说是因为他终日埋头整理父兄的遗稿；当夏淑吉的疟疾好转时，家人认为是她吃斋念佛获得好报；玄泓的寒热伴着咳嗽，以致咯血，医生说是因为“胃脘为结痰受伤”。
江南的夏天，“扇子不离手，拭汗如出浴”，湿热潮闷，蚊虫肆虐。水道不通畅时，街头巷尾的粪坑、污水沟中蜂拥着成群的蚊子。城里乡下，家家户户的门前挂着竹帘。人们只知道蚊虫肮脏扰人，个别读书人怀疑蚊虫与人体的发炎、发热症状有关，但大部分人不知道，蚊虫才是传播疟疾的罪魁祸首。当然，即便知道，也无法灭绝这种生命力极强的小生物。
生病的家人里面，李夫人的病比其他人持续更久。自从丈夫侯峒曾和两个儿子亡故后，她和仅存的儿子玄瀞住在惠宁庄，距离岐曾住的厂头村几里远。夏末的两个月里，她每天发热疼痛，茶饭不进。侯家人求医问药，从南翔镇、真如镇请来多位名医为她诊治，却一直不见好转。
立秋的前一天，岐曾正给玄瀞写信商议交租，家仆忽然捎信过来，说李夫人已经撒手西去。岐曾惊慌失措，雇不到小舟，急急地打算步行前往。童子竭力阻止，雇了架肩舆将他抬过去。路上他听说，李夫人弥留之际，叫玄瀞拿出古董箱，几次张口托付岐曾，却只说了半句“叔叔……”
峒曾和玄演、玄洁刚离世一年，李夫人也病亡，玄瀞成了孤儿。岐曾同辈的家人只剩自己一个，他感到肩上“保孤”的担子更重了。
李夫人去世得很突然，没准备棺材，正巧夏淑吉的母亲盛夫人有一具为自己准备的棺木，她听说后和夏之旭、夏完淳一起送过来。日落时分，侯家进行了李夫人的入棺仪式。她的女儿侯怀风从昆山赶来奔丧，唯一的儿子玄瀞哭过后不再参与葬礼——他一直没剃发，抛头露面会招人耳目。岐曾和族人、朋友、大悲庵的法师商议低调治丧。城里的亲友听说后，相约来乡下吊丧，也被岐曾一一回绝，以免生出是非。
在捉襟见肘的条件下，侯家为李夫人办了“做七”的丧礼仪式，不可谓不隆重。七月里，从首七开始，每隔七天做一次佛事，设斋祭奠，直至七七四十九天结束。首七、三七、五七非常重要，侯家从南翔镇最古老的白鹤寺请来十二位僧人做礼水忏。二七、四七相对简单，由侯家供养的大悲庵法师做礼水忏，每次举行三天。
七七四十九天的丧礼结束后，侯家的生活起了一些变化。
一个是岐曾更加在乎家人的身体。天气闷热，蚊蝇丛生，疟疾的攻势有增无减。全家四代人，男女、老幼、主仆，接二连三地生病。岐曾每天生活在焦虑中。当他看到二女儿孱弱不堪时，以为又多了个病人，听说女儿是怀孕后才转忧为喜。
龚老夫人也几次出现霍乱的症状，她康复后，嘱咐岐曾为她置办寿木。她的寿木做工精良，花了一百两银子，是侯家避难以来最大的一笔日常支出。岐曾没有吝惜钱财，只是心里又欣慰又惊惧。龚老夫人年届七十六岁，岐曾年过半百，在家人陆续病倒时，他不时提醒自己是顶梁柱，绝对不能倒下。
另一件事是在龚老夫人的主持下，在侯峒曾的画像前，峒曾与岐曾两支分家析产。官府已经下令收缴侯家的地租、产业，族人几次上门逼粮逼银，分家是不得已的选择。
正如龚老夫人所言，家族产业是祖先栉风沐雨创立的，几十年来峒曾与岐曾两支感情深厚，一直没有分家。不分家可以聚合财富，保持家族强盛；分家只会使人心涣散、家族单薄。岐曾觉得愧对兄长，愧对祖宗，但也感到无奈。分家除了要应对繁重的官府支出外，还可能要针对外面的流言蜚语——岐曾要对每一位家人表示公平和关心，包括寡妇。
两个大支均分田地，岐曾和玄瀞各分得七百五十亩。之后，岐曾把自己这支的田产一分为三，交给玄汸、玄泓和玄洵的寡妻夏淑吉。玄瀞和两个寡嫂姚妫俞、龚宛琼也三分峒曾的田产。姚妫俞和龚宛琼已入佛门，不再需要家具、器物，各分得二百余亩田地。
还有一件事，玄瀞成为孤儿后，岐曾要代行父母之职，为他操办婚事。玄瀞自从妻子张氏多年前病亡后，一直未娶，不过已经与盛韫贞订下婚约。
盛韫贞是夏淑吉的表妹，是夏淑吉的母亲盛夫人的侄女。她出身书香门第，擅长诗词歌赋，与玄瀞情投意合。峒曾和李夫人生前已经应允这门亲事，本打算挑选良辰吉日上门提亲，但国破家亡让一切戛然而止。
岐曾感到了自己的责任，委托夏淑吉联络。盛家人慨然应允，答应两家商议。夏淑吉则按照习俗，安排媒妁和占卜。
重阳节前，岐曾感到前所未有的虚弱。一连几天，他腹痛剧烈，满头冒汗，昏昏沉沉，体温乍冷乍热——他终于患了疟疾。
他和医生商议，和往常一样，暂不轻易用药。他明白自己的病是憋出来的，悲哀不能痛哭，愤怒不能声张，内火旺盛，积劳成疾。他笑着对家人说，他给自己拟了个“四勿汤”：悲哀时收敛，愤怒时放松，劳碌时顺其自然地承担，至于内火，且让它自然退去。
“四勿汤”没有起作用。他身体发热，头疼恶心，耳鸣口渴，恶心呕吐，腹中一股腐败的味道。每一次疟疾发作时，他的身体仿佛经受冰火两重天的折磨：热气袭来时，他大汗淋漓，每一寸皮肤都在扩张，似乎身体要爆裂，五脏六腑也此起彼伏地爆炸，炸得他身体瘫软；热气变成寒气后，他又冷得牙齿打战，全身不停发抖，盖着五床被子却觉不到一丝温暖。每天冷热至少交替两次，伴随着浑身奇痒，直让他觉得“忍痛易，忍痒难”。
镇上的医生给他诊脉，说他热气太重，要服用补阴的药汤，配上清火舒胃的药剂。每隔几天，医生就给他换一次药方。医治的总体原则与医家吴有性在《温疫论》中提出的“汗、吐、下”办法类似，主要通过发汗、催吐、通便祛除体内的“邪气”。岐曾轮换喝各种汤药，成分涵盖门冬、地黄、半夏、陈皮、何首乌、紫苏、柴胡、藿香、灯芯等数十种药草。他明白自己以身试药，对身体没有益处，只有损害。
听说人参能补气养血，他和家人一起喝了人参炖鸡汤。人参来自山海关外，是清朝朝廷运到江南贩卖的，以增加国库收入。各县县令奉朝廷旨意，纷纷向全县士绅和村民摊派人参。住在嘉定和青浦两县边界的侯家，被两边都摊派了，先在青浦交了十五两银子，摊到半斤，然后嘉定“领一斤免三斤”，侯家父子一共领了四斤，加上杂费，花了三十二两银子。一捆人参，除了自家消化，只能分送友人。
腊月里，朋友给侯家送来了河豚。在明朝，每年冬春时节，侯家人常聚坐吃河豚。鼎革后，一条河豚的价格比原来贵了几十倍。河豚有剧毒，北方人唯恐避之不及，江南人却着迷于它的美味，把它作为美食至尊，冒险寻求舌尖的刺激。冬日的雄河豚肉肥味美，腹中的白子尤其多，可以烤，可以煮，入口即化。吃着河豚，岐曾想起他和峒曾最喜欢的文学家苏轼。苏轼六十多岁时被贬官到偏远的岭南，在啖荔枝、吃河豚中找到了乐趣，感慨“人间何者非梦幻”。面对难得的美味，岐曾只怕疟疾发作，不敢大快朵颐。
除了疟疾，岐曾又多了一个困扰——便秘。他时常连续六七天无法大便，也吃不下饭，只能勉强喝粥。他的身体暴瘦，能活下来完全靠精神。龚老夫人告诉他一个偏方，喝一大碗热乎乎的芥菜汤可以通便。于是，他的生活中又多了几种必备品：芥菜汤、润肠丸、蜜箭。
所有的药方都无法消除他的病痛。他夜夜失眠，凌晨常坐起来读莲池法师的著作，希望佛家的智慧帮他驱走痛苦。他年轻的时候，兄长峒曾和父亲侯震旸从杭州五云山归来，给他带回莲池大师的《竹窗随笔》。几十年来，他从《竹窗随笔》读到《竹窗二笔》，如今读到《竹窗三笔》，常读常新，只是已没有和他对谈佛法的人。
想到峒曾的生生死死，他夜不能寐，忍着头疼鼻臭，将心中的感慨写成《追哭亡兄》八章诗。“赤手银河非易事，丹心碧血岂求知？”世人以为侯峒曾誓死守城是为了留下忠臣的名声，但岐曾明白别人不了解一生淡泊的兄长。他想起去年七月初五，他正在泖湖打探义军的动向，忽然听说兄侄自杀、嘉定屠城，匆匆赶回家，本想一同殉死，转头看到年迈的母亲、号啕的寡妇、惊恐的子侄，他咬牙坚持了下来。一年多来，他顶住官府、族人的压力，在清人的眼皮下苟且偷生，“不避艰危只避腥”，只有一个愿望——奉母保孤。
天气渐凉，北风呼啸，岐曾只能僵卧在布帐子中，带病操持家事。玄泓的岳母病故，玄泓夫妇收拾行李，启程回上海。不久，姚妫俞的父亲姚宗典病危，姚家派人接姚妫俞回苏州。玄瀞不在家，岐曾代他给姚妫俞五两银子当路费，加上一小袋自家种的花豆。亲友一个接一个逝世，岐曾感到无尽的苍凉。
病痛缠身，俗世烦扰，消息闭塞，加上天气潮湿阴冷，他无法静心做任何事，只能被生活一步步推着走。除了奉母保孤的责任，他对尘世已没有任何留恋。
友人陆续来看他，带给他远方的消息。每隔几天，侯岐曾就会听说一些传闻，有好有坏，有真有假，虽然遥远，却不能不关心：
太湖一带，白腰党、青腰党风头正盛；
隆武皇帝被清兵俘虏杀害；
郑芝龙投降清朝，他的儿子郑成功坚持反清；
明将何腾蛟、王应熊合兵，率领精兵三万攻破湖口、泰和；
福建的清兵遭遇重创，退回浙西；
山东义士攻破多座城池，一路挂起大明的旗帜；
北方来的商人亲眼见到起义军拥立了明朝幼主，已经打到山东临清，外面风传“亥子恢京”的谶语。
寒冬腊月，远处传来更大的消息——北京已经光复。
岐曾虽不确定消息的真假，却忽然明白了几百年前杜甫的心情。“剑外忽传收蓟北，初闻涕泪满衣裳。却看妻子愁何在，漫卷诗书喜欲狂……”任何收复失地的消息，都让子民怦然心动。
几天后，朋友们又带来新消息。有人说北京的变化是清朝皇室内部篡权，也有人说北京皇家正以绳划界，驱赶百姓到方圆七百里外。岐曾才确定之前的“北京光复”传言是假消息，全家人只能仰天一叹。
近处也传来激动人心的消息。听说松江有反清的机会，只是不知是什么人。岐曾暗暗期待着。
冬至一到，开始忙年。侯家按照明朝历法，置办过节物品。夏淑吉从松江回来，带回玄瀞与盛韫贞八字相合的消息。等玄瀞的三年服丧期满，两人就可以顺利联姻。岐曾脸上的愁云消散了很多。萧条的冬日，夏淑吉带来的蜡梅、水仙摆在几案上，花香满屋，让人沉醉。
窗外寒风呼啸，书桌上的砚台泛起了一层冰碴儿。岐曾仰卧在床上，看屋檐的水滴滴答答落下。医生给他诊脉，让他继续服用补阴药剂。他嘱咐医生，只需治标，不用治本。玄汸在腊八节摆上供品，祭祀祖父侯震旸和母亲。岐曾明白，儿子是借此为他祛病。
年底将要到来，家家户户忙着洒扫除尘、准备牲肉、制作粉圆。岐曾安排家仆带着茶和酒答谢友人们一年来的帮助，给龚老夫人和儿女送年终红包。家仆在屋檐上插了冬青枝、松柏枝和象征节节高的芝麻秆，儿子们在大门上贴了新的门神，妇女们准备了椒柏酒、蒸糕、炒米豆用来待客。
除夕夜，在修好的新曝斋里，通红的火炉带来融融暖意，岐曾与龚老夫人、儿子儿媳、女儿女婿、孙子孙女，加上远道而来的顾咸正，一起祭拜明太祖画像，吃年夜饭，饮守岁酒，玩叶子戏纸牌。岐曾放纵吃酒，疟疾复发，不过他受到儿女的鼓励，谈起了新一年的读书计划，并写诗助兴。顾咸正也写了几首诗，或纪念亡弟，或祝愿岐曾康复，或表达志向，年轻人也纷纷写诗庆祝新年。
入夜后，岐曾陪龚老夫人出门观看燃火盆。大门外，家仆用松枝蘸着火盆里的灰，在门前的地上画弓箭，希望良弓利箭消灭侵扰侯家的鬼怪，祈求来年顺顺利利。
除夕夜，岐曾睡得很香，他做了一个从没做过的梦。梦里，电闪雷鸣，狂风大作，倾盆大雨淹没了庭院。不一会儿，大水退去，天色渐晴，朗朗白日照在他的身上。早晨起来，他在日记中记下了这个梦。“大事当不远”，他是这么想的。