从明朝中后期开始，许多西方传教士开始涌入中国，一直到康熙年间，这么长的时间里，中国统治者对天主教的基本态度是：不提倡，不干涉。
但是康熙末年，发生了微妙的变化，罗马教皇屡次派使者来华，命令中国的天主教徒不可以尊孔，不可以祭天，甚至不可以祭祖。康熙对此非常生气，说道：“看了罗马教皇这个告示，发现这些洋鬼子根本不懂中国的道德和伦理，就是和尚和道士中异端者信口雌黄也不过如此。这么嚣张，那好，从今以后西洋人就不要在中国传教了，免得他们多事。”
没想到，康熙这一纸禁令下来后，居然持续了一百二十年。直到鸦片战争爆发后，清政府才取消这个禁令。
雍正对天主教的反感比康熙更甚，在雍正还是皇子的时候，看到康熙允许天主教传播，雍正当时就很不理解，康熙禁教之后雍正坚定地支持他。
康熙虽然下了禁教的决定，但是执行起来比较困难。禁止传教？那别人已经盖好的教堂是不是应该拆了？已有的信徒是不是应该关起来？对这些，康熙都没有作出指示。雍正继位后，浙闽总督觉罗满保上奏说，西洋人在各省盖教堂，经常暗地里传教，人心渐渐被他们蛊惑了。觉罗满保建议雍正将这些传教士都送到京城里做奴仆，或者驱逐到澳门。
雍正虽然批准了这个粗暴的建议，但是让他们执行起来时温柔点，给他们多一点的时间，沿途帮着他们点。雍正这么说不代表他更善于替别人考虑，仅仅是担心教民闹事。至于，那些信仰天主教的人则勒令他们尽快改变信仰，不可继续迷误。
德国传教士戴进贤到北京后请求雍正不要将他们驱逐到澳门，雍正让礼部讨论应该怎么做。礼部回答说：“这些西洋人在中国，倒也没有做违法乱纪的事，对吏治没有什么大害。他们带来的历法和算法这些东西，对于民间毫无用处，他们宣传的东西跟圣人之道完全是两码事。愚民轻信了他们的话，终究不是好事儿。所以，最好的办法是把各省的西洋人全部安排到广州的天主教堂里，不许他们外出传教，也不许老百姓信教。”
雍正的回复是：“对西洋的这个天主教，我也没有什么深恶痛绝的地方，只是这个教派对中国的圣人之道没有什么益处。你们再考虑一下，如果确实没有害处，对这些远道而来的客人，我们也不要过于为难他们。”
天主教之所以在中国遭禁跟罗马教皇的禁令有很大关系，如果罗马教皇不禁止中国天主教徒尊孔、祭天和祭祖，康熙可能就任其发展。所以，其根本原因还是天主教文化跟中国传统文化之间的冲突。儒家思想是中国的主导思想，虽然儒家思想并不排斥外来宗教，譬如像佛教和伊斯兰教等等，但前提是这些宗教能够跟儒家思想融合，至少没有冲突。
罗马教皇的态度非常强硬，不仅让中国的天主教徒改变风俗习惯，而且宣称那些尊孔、祭天和祭祖的中国天主教徒为异端，这种情况不要说清朝统治者，就是一般老百姓也忍受不了。
雍正初期虽然也禁教，但还不是特别严厉，后来发生的一件事情让他态度大变，对天主教越来越严苛。
事情是这样的，大家都知道，雍正最厌恶的人就是八王允禩，而储英的曾孙苏努恰恰是允禩的支持者，雍正恨屋及乌，连带苏努也恨上了。在雍正刚刚即位的时候，不方便公报私仇，所以他静候时机。苏努的第六个儿子勒什亨是正黄旗和正红旗的副都统，雍正就从他下手，于元年二月将他逮捕，理由是结党营私。勒什亨的弟弟乌尔陈为他说情，结果被打入勒什亨的同党。
雍正将勒什亨和乌尔陈一起发配到西宁，没想到发配西宁以后，勒什亨和乌尔陈居然加入了天主教。当时有个葡萄牙传教士穆敬远跟着他们来到西宁，两人都是人生遭遇重大挫折的人，在穆敬远的说服下加入了天主教。这事后来被川陕总督年羹尧知晓，上报给雍正。
这样一来，雍正等于是握住了勒什亨和乌尔陈的把柄了，当然也让他更加厌恶天主教。雍正立刻将穆敬远召回，然后将苏努及其十三个儿子全部解职。
四年，雍正腾出手来对付允禩。阿齐那、塞思黑案件不断升级，苏努一家也受到牵连，苏努已死，便挫骨扬灰。五年正月初八，有人呈报《关于处死信奉伪教教徒之事宜》，详细说明了苏努儿子加入天主教的情况，说苏努的儿子们扬言宁愿被正法，都不愿弃教。这分明是为了激怒雍正的仇恨，让他对天主教更加憎恶。雍正公开宣称苏努的儿子们愚昧不法、背弃祖宗和朝廷。大臣们建议雍正处死他们，但雍正还是想给他们一次机会，派诚亲王允祉去说服他们放弃天主教。结果他们说：“既愿意为皇上效力，又不愿放弃信仰。”
根据刑部的意见，应该把苏努子孙三十九人全部斩首，雍正没有同意，只是赐死苏尔金和乌尔陈等人，其余人改为长期监禁。当时的传教士添油加醋，宣传说这是一起迫害信奉天主教亲王的事件，洋人是没法理解中国政治的，雍正整苏努一家的根本原因还是他们以前支持允禩，信仰天主教只不过是火上浇油而已。
在雍正眼里，一般人信仰天主教还可以理解，皇室宗亲信奉天主教就是大逆不道，理由很简单，皇权受命于天，你相信上帝，置天与皇权于何地？
雍正最开始对天主教并没有过分的反感，但是不断发生一些事情引爆了他的愤怒。
在康熙六十年，康熙让葡萄牙传教士张安多带着自己的书信去意大利见罗马教皇。张安多还没回来，康熙就已经去世了。迎接张安多的是雍正，张安多不仅带回了罗马教皇的两个使者，还带来了葡萄牙大使麦德乐。引爆雍正愤怒的就是这个麦德乐。
张安多和教皇的两个使者先到北京，其时，麦德乐还在广州等候圣旨。教皇在信中向康熙表示感谢，祝贺雍正登基，同时感谢雍正释放传教士德里格，希望雍正慈悲，继续释放毕天祥和计有纲。教皇的要求非常多，还希望雍正多多照顾在华的西方传教士，甚至要求雍正允许他们传教。
雍正回了一封非常古奥的信，教皇及其翻译能不能看得懂是个非常大的问题，不过信的意思极为简单：“朕对传教士一视同仁，只要他们不犯法，朕绝不会为难他们的。”
雍正五年一月二十六日，突然颁下一道让所有传教士意外的圣旨，他召见为清廷服务的二十名传教士，不是找他们训话，而是宴会招待他们。所有受召见的传教士都觉得这是一个异乎寻常破天荒的荣誉。召见的过程中，雍正跟这些传教士们亲切地交谈，雍正问他们瑞典跟俄罗斯打得怎么样了，天主教跟东正教有什么区别等等，雍正还告诉传教士，很多人说他们不孝敬父母。传教士对这些都作出了解释。
宴席上，雍正说不久就会召见麦德乐，所有参加会见的传教士都能得到礼物。这些传教士们感到雍正的态度似乎有所好转，大家都感到很高兴。
四月份，麦德乐来到北京后，先见了北京的传教士，传教士们介绍了雍正的政策，并说雍正已基本解决了教皇信中提到的问题。麦德乐深受鼓舞，以为这个皇帝好说话，打算在受召见时提出两个要求：一、要求雍正归还各省的天主教堂；二、要求允许天主教在中国自由传教。很多在中国待了许多年的传教士劝他不要这么做，一方面这跟清廷的政策背道而驰，另一方面由他提出也不合适。
麦德乐不听劝告，雍正召见他那天，他果然提出了这两个要求。本来大家都很高兴，他这一说，雍正脸色马上转阴，当场作出了否定性的回答。
当天雍正就发表讲话：“中国有中国的教，西洋有西洋的教，西洋的教没有必要在中国流传，就好像中国的教没有必要在西洋流传一样……”
传教士们听到雍正的讲话后，纷纷指责麦德乐，法国传教士宋君荣对此作了记载：“这就是麦德乐先生不听从我们劝告的结果，他的贸然行动给我们造成了很大的麻烦。之后，麦德乐先生非常后悔，因为现在大家都不知道该怎么办，也不知道如何跟皇帝打交道了。”
不久，麦德乐就坐船回欧洲了。但是他却让在华的传教士们日子更难过了，六月初一，雍正召集了在京的所有传教士，并对他们发表了一通讲话，法国传教士宋君荣记录了这次讲话，内容摘录如下：
朕允许你们留在京城和广州，允许你们在京城和广州之间往返，允许你们和欧洲通信，你们还不知足吗？难道你们不知道很多人控告你们吗？朕知道你们人不坏，如果你们碰到一个比朕修养差的君主，恐怕早就赶你们出境了。麦德乐居然让朕给你们发执照，以便让朕知道你们中哪些人是好人（合法的），哪些人是坏人（非法的），朕不想这么做，因为朕知道谁是好人谁是坏人。
不管怎么说，朕不需要传教士，如果朕派和尚到你们欧洲去，你们的国王也不会允许的。
汉明帝任用印度僧人，唐太宗器重西藏喇嘛，这两个人都受到了世人的憎恨。皇考让你们在各省建立教堂，也有损声誉。朕曾竭力反对皇考这么做。朕怎么能允许有损先皇声誉的教堂存在？朕怎么能帮助你们引入那种谴责中国教义的教义？喇嘛教最接近你们的教，而儒家跟你们的教相去最远。你们错了，你们不过二十来人，却企图攻击其他一切教义。要知道你们自认为好的品质，在中国人身上也有，中国各种教派身上荒唐的东西你们也有。你们称天为天主，其实是一码事。和我们一样，你们有十诫，这是好的，可是你们却有一个成为人的神，还有什么永恒的受难和幸福——还有比这种神话更荒唐的吗？
……
难道我们满洲人祭祀用的竿子不是跟你们的十字架一样荒唐吗？在儒生、喇嘛、和尚当中，只有极少数人才能理解他们的教义，你们也是这样的。大多数欧洲人夸夸其谈什么天主啊、天堂啊、地狱啊，其实连他们自己都不知道他们在说什么。有谁真的见过他说的那些东西？又有谁看不出来这一套不过是欺骗小民的？以后你们要经常来朕这里，朕得好好开导你们。
雍正对于宗教的认识，在当时的时代是非常深刻的，在讲话中，他阐明了对天主教的态度。禁止但不敌视，能够理解但对中国毫无用处，不过一种宗教一旦生根，就很难禁掉了。十年，在广州发现十五所秘密的天主教堂，传教士中中国人比西洋人还多，教徒有一万两千多人。