对于土司问题，朝臣们有各自不同的看法，广西巡抚李绂认为土司固然可恶，但也是维护少数民族稳定的一种力量，所以，现在还没到推行改土归流的时候。
雍正对土司的恶行深恶痛绝，他屡次对云贵等省的提督谈到土司的恶性，让他们加强对土司的管理，当然，雍正并没有提出具体的“加强”措施。
雍正三年，云贵总督高其倬要在贵州贵阳府广顺州仲家族的村寨边建营房，还准备增加防汛设施，这无疑涉及拆迁。当地的土司不肯合作，用大石头堵住路口，不让清军建立营房。当时，署理贵州巡抚石礼哈和提督马会伯都想用兵，不过雍正没有批准，他认为两人虽然有道理，但担心他们年轻孟浪，怕他们没处理好事情，反而惹出更大的事情来，所以叮嘱他们千万不要轻举妄动。
后来，雍正派何世璂为贵州巡抚，何是招抚派，他认为用兵只会把事情闹僵，只有招抚才行之有效。然而，何世璂上任之后，没看他有什么招抚绝招，一无所成。
三年冬，雍正任命鄂尔泰为云南巡抚管云贵总督事。不久，召高其倬回京，询问他关于少数民族的意见。高其倬主张出兵，高其倬实在是太了解土司了，这些土司无法无天，除了武力他们什么都不买账。第二年春，雍正询问鄂尔泰的意见，鄂尔泰来到云南后，掌握了第一手资料，他亲眼看到一些土司烧毁清军营房。鄂尔泰也主张用兵：“穷究到底，杀一儆百，让他们不敢再犯。”
雍正很看好鄂尔泰，认为他是才德兼优的大臣，一定能够担负这个使命，便同意了他发兵。
在长期的用兵过程中，鄂尔泰对土司问题看得更加透彻了。九月，他正式提出改土归流的建议，鄂尔泰说：“这些土司互相残杀，互相掠夺，不少无辜的汉人被害，属民们生灵涂炭，这是边疆大害，不可以不除。只有实行改土归流才能一劳永逸地解决这个问题，如果只是擒拿首恶，也不过是治标不治本。”
鄂尔泰还提到改土归流有失败的可能性，很容易引起群众的不满和朝臣的批评，所以，这件事要做好必须殚精竭虑。如何改呢？鄂尔泰提出了一些具体的建议：“计擒为上策，兵剿为下策；令自投献为上策，勒令投献为下策。”对于投献的人，只要没收他的田赋就行了，根据他的家庭人口，给予一定的补偿，并授给他们终身的官职，以资鼓励。这些措施目的是让土司懂得反抗不如归顺。
雍正对改土归流政策的认识有一个过程，从最开始不赞同到调查研究，再到最后赞同。这个过程离不开他认真听取臣下的意见，能够从实际出发考虑问题。