青海问题解决后，便是西藏的问题。
在雍正刚继位的时候，四川巡抚蔡珽上奏从西藏撤兵，根据蔡珽的说法，这样做的目的是安定八旗的人心。雍正认为这种想法极为荒唐和孟浪，用雍正的原话说就是“以皇考举行此事为非”。有意思的是，这段历史是篡改过的，雍正当时其实是赞同蔡珽的看法的，后来局势发生变化，为了体现自己的英明，雍正改写了这段历史。
实际上，在元年的时候，他已经将驻藏军队撤到四川的察木多（今西藏自治区昌都）。所以说，雍正刚继位的时候，对西藏的控制不仅没有加强，反而放宽了。
雍正初年，西藏内乱酝酿，雍正将铁手伸向西藏，加强对这个地区的控制。这一年，西藏五个噶伦矛盾冲突越来越激烈，大家知道噶伦是康熙设置的官位，用来分化西藏的势力。五个噶伦又分成两派，一派以贵族康济鼐和颇罗鼐为代表的后藏势力，另一派以阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为代表的前藏势力。七世达赖的父亲索南达杰支持前藏势力，刚开始，两个派别都忙于防范准噶尔，所以彼此的矛盾掩盖了起来。
平定青海叛乱后，雍正故意提拔康济鼐，让他骑在阿尔布巴等人的头上。作为一名贵族，阿尔布巴地位比康济鼐高，实力也更强，甚至得到了七世达赖父亲的支持，雍正这么做分明是挑起他们内部矛盾。阿尔布巴公开表示：“我跟康济鼐的功绩一样，同受大清皇帝恩宠，名声和地位都一样，如果让我给别人提鞋，我可不愿意。”
雍正三年六月，驻军西藏的四川总兵周瑛奉旨回京，第二年，驻扎在西藏的礼部侍郎鄂赖也奉旨回京。结果，西藏的事情就完全交给西藏人自己处理，佛父索南达杰趁机干政。
三年十一月，雍正派遣鄂齐、班第等人再次入藏，阿尔布巴等人得知这个消息，亲自到察木多迎接。四年六月，鄂齐等人抵达拉萨后，宣布康济鼐为“总理”，阿尔布巴充当康济鼐的下手，为“协理”。鄂齐还表示雍正希望康济鼐和佛父索南达杰一同进京。
对此，阿尔布巴很不满，佛父是同情阿尔布巴的，也很不满。其时，川陕总督岳钟琪派遣参将王刚随鄂齐入藏，王刚回来后，告诉岳钟琪：“阿尔布巴等人和康济鼐见面时，虽然极为恭谨，看上去也特别和气，其实这些人私下里沆瀣一气，故意把康济鼐孤立了起来。钦差刚到西藏时，达赖的父亲看上去特别高兴，踉跄迎接，后来听说要让他和康济鼐一起赴京，马上又称病，推辞不去。很明显，阿尔布巴这些人和他们的领导康济鼐貌合神离，有叛乱的倾向。”
岳钟琪第一时间将这些情报转达给雍正，雍正担心阿尔布巴这些人在西藏闹事，更害怕他们和准噶尔勾结，雍正指示岳钟琪要做好准备。此外，雍正接受鄂齐的建议，革掉隆布鼐、扎尔鼐两人的噶伦职位，孤立阿尔布巴。
五年正月，雍正正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，阿尔布巴得知这个消息后，决定先干掉康济鼐和颇罗鼐两人，再造成西藏控制在自己手中的既成事实，迫使清政府承认。
六月十八日，阿尔布巴勾结隆布鼐等人，经过精心的策划，借口噶伦议事的机会，在大昭寺中将康济鼐一伙人杀死。不久，他们又进攻后藏的颇罗鼐。
七月二十日，雍正派出的使者来到距离拉萨只有三天路程的地方，阿尔布巴派人去迎接说：“现在七月是黑运月，此时入藏非常不吉利，你们还是八月来吧。”阿尔布巴想拖延时间，打败颇罗鼐。
后来八月来了，阿尔布巴也没有打败颇罗鼐，只好十里外跪迎钦差大臣。僧格和马喇到了后，连忙询问康济鼐被杀之事，七世达赖称这件事情跟自己没有关系，阿尔布巴则顾左右而言他，说颇罗鼐是个叛徒，不出几天就可以把这个人击败。
僧格等人了解到实情，立即汇报给雍正帝。雍正命令陕西、四川、云南等各路兵马做好准备，以备调遣。雍正认为，只要出兵西藏，将达赖喇嘛迁到西宁，西藏就可以永远无事。后来，他深入考虑到，如果出兵的话，万一阿尔布巴狗急跳墙，挟持达赖逃亡准噶尔，那等于是让事情进一步恶化。所以，雍正决定暂不出兵，岳钟琪不赞同这种观点，他深知事情的严重性超出了雍正的预料之外。
岳钟琪说，阿尔布巴勾结达赖及其父亲，他们狼狈为奸，形成党派，为了自身的利益，公然杀害朝廷命官，如果这样的人都不除掉，西藏后患无穷。岳钟琪建议在春暖时节派大军入藏，同时发兵讨伐准噶尔，同时解决两个大麻烦，岳钟琪还建议先解除阿尔布巴的职务。不过，鄂尔泰并不赞同这种看法，他认为“以抚为上，剿杀次之；羁縻为上，驾驭次之”。
雍正陷入了极大的矛盾之中，他既不赞同鄂尔泰的主张，又不敢按岳钟琪所说的出兵，他非常担心阿尔布巴挟持达赖潜逃准噶尔。犹豫来犹豫去，他只好让岳钟琪派人前往拉萨，告诉僧格、马喇等人不要受阿尔布巴的迷惑，要心里明白，凡事偏袒颇罗鼐一方。
十一月中旬，事情出现了转机。阿尔布巴因屡屡不能战胜颇罗鼐，居然请求清政府出兵入藏。接到这个消息，雍正喜不自禁，立即答复说来年春天就出兵入藏。没多久，准噶尔的首领策妄阿拉布坦逝世，真是天助雍正。
六年五月，清军分南北两路向西藏进发，北路由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领八千四百人，南路由四川总兵周瑛率领四千人，两支部队同时入藏。六月十五日，周瑛接到消息，颇罗鼐已经占领了拉萨，擒拿了阿尔布巴等人，正等候清朝官员过来审理呢！
清军进入西藏后，按照雍正说的，诛杀了叛乱分子阿尔布巴等人，颇罗鼐被封为贝子，代替康济鼐，总理西藏事务，雍正还特地赏他三万两银子。
平定了阿尔布巴叛乱之后，清朝进一步加强了对西藏的控制和管理。清朝一方面将西藏的政务委任于颇罗鼐一身，另一方面在西藏设立办事衙门，派遣驻藏大臣两人协助颇罗鼐管理。此外，还留了两千士兵在西藏。
派遣驻藏大臣的同时，清廷还决定将七世达赖父子移送到内地，雍正已经清醒地意识到，达赖父子是作乱的根源。
青海叛乱虽然平定了，但是准噶尔那边又不安分了。策妄阿拉布坦死后，他的儿子噶尔丹策零继位。噶尔丹策零扬言说要送回康熙年间掳走的拉藏汗的两个儿子，换句话说，就是要干涉西藏内政。