平定青海叛乱后，年羹尧提出了十三条善后建议，雍正全部接受了。这些建议分别是：
一、根据青海和硕特诸部对战争的不同态度，分别给予奖赏或者惩罚，恩威并用，以此警示那些反复无常的部落。
二、仿照喀尔喀蒙古，实行札萨克制度，给和硕特各个部落制定游牧地，编为佐领，授予佐领为札萨克。让他们内部不能互相征战，也不能反抗中央。各个部落每年举行一次会盟，盟长由大清皇帝制定，不许他们私自推选。
三、以前和硕特人进贡没有规律，现在将他们的部落分成三班，三年一班进贡一次，九年一个轮回，进贡时马匹骆驼自备。和硕特人和内地的贸易，指定在西宁和西川口外的日月山进行，每年交易四次。
四、在青海的喀尔喀蒙古人，以前受到和硕特的统治，为了分化和硕特，允许喀尔喀设置佐领，建立札萨克，听命于中央政府。
五、青海的藏人原本受制于和硕特，需要定期缴纳赋税。现在应该把这些藏人统一编户籍，设立卫所，由我们来收税。再挑选一部分藏人任命为千户、百户、巡检，他们负责帮我们收税，我们收的税最好要比他们之前交给和硕特部落的要少，以便抚慰。
六、应该安抚达赖和班禅这些人。譬如，每年赏赐五千斤茶叶给达赖，班禅两千五百斤。过去藏人和内地贸易，要两处交税，既要交给清军，又要交给达赖。为了促进贸易的发展，不如两地都免收税。
七、整顿青海的喇嘛寺。喇嘛寺是这次叛乱的一个重要力量，而且这些喇嘛寺特别大，多的有几千人，少的也有五六百人。这些喇嘛收钱收粮，很容易成为叛乱势力的温床。所以，最好规定每个喇嘛寺里不准超过三百人，而且不能收税，他们的衣食住行由政府解决。
八、从西宁到北川口、大通河、野马河、甘肃扁都口，这些地方应该沿途建设一些城堡和土墙，严禁蒙古人进入这里游牧。
九、在西宁这些地方应该增加驻军，以便随时弹压。
十、在藏人居住的许多地方，应该设置驻军。
十一、设立一些新的军营，相应地减少一些旧的军营人数。
十二、在西宁和甘州、凉州之间，屯田种地，将直隶、山西、河南、山东、陕西等流放的犯人押到这里干活。
十三、年羹尧从西宁撤回西安，办理川陕总督的事务，岳钟琪留兵四千，负责善后。
年羹尧还提出禁止青海十二事，雍正认为他的建议周密有效，都采纳了。平定叛乱，再加上这些善后措施，使得清政府有效地控制了青海。在康熙时期，中央政府对青海的控制还停留在间接统治的层次上。
青海平叛虽然名义上解决青海蒙古人叛乱的问题，但其实也涉及西藏问题。青海与西藏毗连，稳固了青海，有助于解决西藏问题。成功解决青海叛乱问题，固然有年羹尧、岳钟琪等人的大功，但也离不开雍正的英明决策。雍正一开始想通过和平手段解决问题，可惜行不通，之后便坚决主张武力，哪怕罗卜藏丹津再三请罪请求息兵，雍正都不答应。这次胜利，充分显示了雍正用人的高明，他将大权委任给年羹尧，同时又给岳钟琪充分的自主权。比如，岳钟琪曾经上奏给雍正，说军情千变万化，请求不必事事先请示年羹尧再行动。雍正批道：“朕信得过你，凡事都以持重为上。西边有年羹尧和你两位，朕可以高枕无忧了。希望你们快点成功，早点传来捷报。”
如果不是雍正充分放权，信任年羹尧和岳钟琪这样的人，平叛不可能如此顺利。