康熙亲征噶尔丹时，固始汗后代八家台吉谒见了康熙。康熙封他为亲王，并授予部落里其他的人一定的爵位，这实际上象征着青海和硕特部受到清朝的管辖。
康熙末年，固始汗子孙的势力重新崛起，罗卜藏丹津承袭了亲王爵位，以固始汗嫡孙自居，谋求成为青海和硕特部落的首领。为了达到自己的目的，罗卜藏丹津不惜和策妄阿拉布坦勾结。
雍正元年夏，罗卜藏丹津在察罕托罗海召集各个部落的首领，要大家放弃清朝的爵位。罗卜藏丹津自称达赖浑台吉，要求统驭各个部落。当然，有人要统一，有人肯定不乐意，和硕特的另一个亲王察罕丹津和郡王额尔德尼额尔克托克托奈不赞同，罗卜藏丹津就派兵攻打。
察罕丹津等人逃到甘肃河州，雍正妥善地安置了他们。
针对这场叛乱，雍正采取了两手政策。一面派人给罗卜藏丹津宣布谕旨，让他罢兵修好，如果不这么做的话就会惩治；另一方面，雍正命令年羹尧做好准备，随时准备出兵平叛。
罗卜藏丹津对雍正的警告置若罔闻，反而将责任全部推到察罕丹津等人头上。随后，他假装要罢兵，把雍正的使者常寿诱惑到察罕托罗海，囚禁起来。此外，罗卜藏丹津还和塔尔寺大喇嘛察罕诺门联系，希望他能支持自己。塔尔寺是喇嘛教的圣地，察罕诺门信徒众多，得到他的支持意味着势力的大增。察罕诺门选择支持罗卜藏丹津，顿时，归附罗卜藏丹津的人多达二十万。
得到察罕诺门的支持，罗卜藏丹津如虎添翼，叛乱迅速在青海蔓延，甘肃、四川一带人心也不稳。
雍正元年十月，罗卜藏丹津大军对西宁府周围的南川申中堡、西川镇海堡和北川新城发动了大规模的进攻。年羹尧在奏折中向雍正反映：“叛军包围南川、西川、北川，每处都聚集着贼众两三千人，贼众攻城放火，无所不为。”
警报传到京城，雍正决心用武力平叛，尽管这时国内局势不是很稳定。此时，雍正最能仰赖的就是年羹尧了，他任命年羹尧为抚远大将军，延信为平逆将军，岳钟琪为奋威将军。雍正谕令边防的大臣、总督、巡抚等等全部听从年羹尧的调遣。这时，雍正和年羹尧正处于蜜月期，两人关系非常好，难怪有人怀疑雍正是年羹尧的儿子。
年羹尧接受命令后，立即率军从甘肃来到西宁。随后，年羹尧对战争作出了周密的部署，派兵驻守在永昌和布隆吉河一带，防止叛军作乱；又分兵守在巴塘、理塘、黄胜关等地方，截断敌军的进藏通道。年羹尧还请示雍正让靖逆将军富宁安屯兵吐鲁番，隔断叛军与准噶尔部落的联系。
布置妥当之后，年羹尧下令进攻西宁周边的叛军，一一将罗卜藏丹津的党羽击溃。罗卜藏丹津看到部众这么不堪一击，不由得发了慌，主动送还清廷的使者常寿，向雍正请罪，希望清廷能罢兵言和。
年羹尧虽然有调度权，但这事不好自作主张，便请示雍正。雍正坚定地说，不可以求和，用武力消灭叛徒。
雍正作战态度坚决，十二月，许多蒙古的部落纷纷投降清朝，总计有十万余众。雍正二年正月，岳钟琪先后平定了作乱的喇嘛，在攻打郭隆寺时最为激烈。郭隆寺的喇嘛素来和罗卜藏丹津关系不错，抵抗得非常顽强。岳钟琪是一个能征善战的将领，在他的指挥下，斩了几千个喇嘛的首级，其余的喇嘛纷纷逃到山洞里。最后，岳钟琪用火堵在山洞口，把他们活活熏死了。清军以三千的兵力击败上万喇嘛军队，属于以少胜多，连年羹尧都夸奖岳钟琪厉害。
二年二月，年羹尧召集各路将领商议，年的意思是调兵两万，从西宁、松潘、甘州、布隆吉河四个方向会攻。岳钟琪提出意见说，青海地域辽阔，敌军不下十万，如果我军分散的话，反而会四面受敌，不如趁着春草未生，派出五千精兵，直捣敌巢。
雍正经过慎重考虑，决定采纳岳钟琪的建议，让岳钟琪负责这次作战。二月初八，岳钟琪领军出击，经过一昼夜的时间，找到了敌人的巢穴。此时，敌人还在睡梦中，听说敌军偷袭，仓皇之态可想而知。罗卜藏丹津为了逃命，居然穿上女人的衣服，连夜逃往准噶尔。岳钟琪穷追不舍，每天追三百里，一直追到桑罗海，最后无路了，才归还。虽然岳钟琪没有抓住罗卜藏丹津，但俘获了他的母亲和妹妹，还有其他一些部落的首领。
这场战役历时十五天，杀敌八万，收降数万，获得牲口和武器无数。雍正说这次胜利是十年以来从未经历的奇功。雍正很高兴，封年羹尧为一等公，岳钟琪为三等公。
不久，年羹尧又肃清了叛军的残部。