满汉矛盾在整个清朝一直存在着，在清初和清末最为突出。雍正曾经感叹，其他朝代结束了，改朝换代时前朝宗室都会对新朝表示臣服，唯独清朝取代明朝，许多不法分子打着明朝宗室的名义造反。
雍正元年九月，雍正说他发现了一道康熙不曾发出的谕旨，谕旨称赞朱元璋统一华夏，文韬武略，连唐宗宋祖都比不上，所以派人寻访朱元璋的后裔，供养其后代。第二年，雍正找到正定知府朱之琏，说他是明朝后裔，让他负责明朝陵墓的祭祀。
朱之琏是朱文元的后代，朱文元是明朝宗室简王的后代，在松山战役中被俘，入了八旗。雍正拿朱之琏做文章，就是为了表达满汉一家的思想，让大家拥护清朝的统治。
在雍正朝，仍然有汉人借朱明的名义造反。甘凤池两次被抓住，释放后，坚持不懈地从事反清活动，世人风传甘凤池气功了得武艺高强，越传越神，很快甘凤池就成了反清的领袖。甘凤池身边有一个叫周昆来的人，本姓朱，据说是明朝宗室的后人，曾在苏州见过朱慈焕，互相认了亲。
李卫及时发现了甘凤池的活动，安排间谍打入对方内部，甘凤池等人相继被逮捕。
雍正一手打击反清运动，一手抬高明朝后裔的地位，意在向世人表明，大清和明朝后代并不是水火不容的，造反者纯粹是无理取闹。
直隶一带，满汉的矛盾尤为突出。因为这里是旗人的聚集地，旗人仗势欺人，与汉人经常发生冲突。
雍正元年，直隶巡抚李维钧密奏房山县的庄头李信和宛平县的庄头索保狼狈为奸，霸占地盘，抢夺居民的牲口，还发放高利贷，勒逼百姓，抢占民女，殴民致死。雍正让李维钧严查，为受害百姓出气，雍正清楚，像这样的事情往往与上面的王府有关联，所以告诉李维钧不必有任何忌讳。
尽管如此，李维钧还是有所顾忌。李维钧是汉人，如果惩治旗人，担心遭到王公贵族们的报复。雍正再次表示，让他放手查办，秉公执法。在雍正的大力支持下，李维钧才放开手脚，处理作案的分子。
对于违法作恶的人，雍正向来不姑息，哪怕是皇亲贵族八旗子弟。康熙末年，旗人许二打死汉人刘国玉，雍正刚继位，本来新皇登基一般都会赦免犯人。但雍正却不赦免许二，他认为许二仗着自己是旗人行凶作恶，情节恶劣，如果不处决的话只会纵容更多的旗人犯罪。
清军入关后，旗人和汉人在法律上从来没有平等过。汉人如果犯了流放罪必须老老实实地充军，旗人却可以改为枷号、杖责，实际是减轻刑罚。雍正觉得这种政策跟自己的法制思想不太一致，遂召集大臣商议让旗人和汉民同等处置，废除折刑法。
一些大学士提出反对意见说，这个法律虽然不太好，容易让旗人犯罪，但是满人和蒙古人缺乏谋生之道，如果把他们发配，他们恐怕很难生存下去。雍正一听，没办法，还是按照既有方针办事吧！
在官僚集团中，也存在民族歧视。满洲官员瞧不起汉族官员，这是清朝历来的制度决定的，满官比汉官享有更多的特权。雍正对此却说：“在朕的眼里，满汉官员皆为一体。朕对臣下极为公平，从来不看其他的东西，就看这个人能力怎么样。”
清朝的大学士、六部尚书、侍郎等高官，满汉都可以担任，但主事的，却一定是满人。譬如，军机大臣可以是汉人，但首席军机大臣一定得是满人。当然，也有一些例外，像张廷玉这样深受雍正器重的汉人，就可以担任主事的，比满人尚书的职位还高。
雍正六年，上朝的时候，张廷玉不敢走在满人傅尔丹的前面，虽然论官职张廷玉要高一级。张廷玉向雍正请求让傅尔丹走在自己前面，但雍正不同意，一定要张廷玉走在前面。
对于满汉官员的矛盾，雍正并没有过分偏袒满人。譬如，杨文乾担任广东巡抚的时候，广州将军石礼哈和官员阿克敦、常贲、官达等人想谋害他，被雍正窥破，痛骂了他们一顿。
雍正曾自豪地说：“朕治下的官员什么样的人都有，有满人迈柱，也有汉人李卫、田文镜、杨文乾，他们虽然出身不同，但都能竭忠尽力。至于那些挟私倾轧的小人，不管是满人汉人还是蒙人，在朕这里都得不到重用。”
雍正的潜台词是：朕是一个非常英明的皇帝。
但清朝满人官员占据优势是个不争的事实，即使满官是汉官的下属，往往也瞧不起自己的上司。雍正知道这是满人的积习，对此非常警惕。
雍正说：“天之生人，满汉一理，其才质不齐，有善有不善者，乃人之常情，用人惟当辨其可否，不当论其为满洲为汉人也。”
这并非雍正的真实想法，让我们看看雍正是如何对宗室大臣说的吧：“我希望你们中能够多一些有出息的人，如果宗室里有一个有出息的人，就等于是满洲里有一个有出息的人。如果满洲里有一个有出息的人，汉人里也有一个有出息的人，我一定先用满洲里有出息的人。”
雍正用人的原则是：先把机会留给宗室，然后留给满人，再次留给汉军中人才，最后才留给汉民。前提是得有才能，如果宗室里没有合适的人才，只好在满人里挑选，满人里没有，就在汉军里挑选，汉军如果还没有，就在汉民中挑选。
在调解满汉矛盾方面，雍正确实作出了一些措施。但他的根本思想还是满汉有别，维护满人的统治地位。譬如，雍正极力维持满族的语言文字，担心有一天汉化后，满洲文化会消亡。他这种担心从某种意义上来说是一种历史的直觉。而且，雍正禁止满汉通婚，想维护满洲的独立地位和统治地位，这等于是螳臂当车，逆流而动。雍正本人就有汉人血统。