八旗制度是努尔哈赤首创的，在创立之初，旗主分别由努尔哈赤的子侄担任。
旗主与旗下的关系过于密切，皇帝如果要发号施令的话，必须通过旗主。这就留下了一个隐患，如果皇帝跟旗主的关系不好，有可能会出现尾大不掉的情况。对于那些威信很足、皇位坐了很长时间的皇帝还好说，但如果是新君即位，威信不足，如果旗主中有人抱成一团，拥护其他人，那就危险了。
由于旗主的位子是世袭的，旗主与旗下的关系就更密切了，这对皇权来说是一种潜在的威胁。雍正是一个非常专制的皇帝，对他来说，任何威胁到皇权的东西都是不应该存在的，只要他发现了，一定会全力铲除。
从清太宗皇太极开始，清朝的皇帝们就在谋求削弱旗主的权力，毫无疑问，这是对创始者努尔哈赤思想和制度的一种背叛，但也是形势所趋，不得不为的一种手段。皇太极和顺治将正黄旗、镶黄旗、正白旗升为上三旗，由皇帝直接领导。剩下的五旗称为下五旗，依旧由各旗主掌管。
康熙时期，进一步剥夺旗主的权力，他让自己的儿子胤祐管理满、蒙、汉正蓝旗三旗事务，等于是取代原来的旗主。事实上，雍正继位之后，八旗旗主的势力已经非常衰微了。但对雍正来说，只要八旗旗主还有影响力，他就不能不动手改革。
刚开始的时候，雍正继承康熙的思想，任用自己相信的皇子和王公管理八旗事务，比如，他让康亲王崇安管理正蓝旗三旗事务，十七弟允礼管理镶红旗。尽管这些人都是他钦点的，但他仍然发现很多不完美的地方，无论是崇安还是允礼，身份都相当高，管理各旗后，地位攀升，有时候自己的命令也未必能很好地下达。雍正感觉到代理人与自己的矛盾，大权有被分割的感觉。而且，他任命的这些人往往与各旗都统发生摩擦，由于权限不明，这是难免的。
六年，雍正取消了崇安、锡保、德昭等人管理旗务的权力。七年，雍正任命庄亲王允禄管理镶白旗满洲都统；九年，改允禄管理正红旗满洲都统事务；十年，任命平郡王福彭管理镶蓝旗满洲都统事务。这是一项改革，管理都统事务跟管理旗务有所不同，管理都统事务相当于一个兼职都统，管旗务的相当于旗主，都统必须听命于旗主。都统是一种官职，不能世袭，也不是终身制，由皇上任命，属于流动的官职。
雍正的这个政策实际上就是取消八旗的旗主，换句话说，以后不需要旗主了，每个旗设置一个最高长官，这个长官跟其他官员一样，随时可能被调走。
就这样，雍正又不动声色地剥夺了八旗旗主的权力，这权力回到了谁的手中？皇帝，大权独揽一人之手。
剥夺了王公们的统治权不说，雍正还进一步给他们限定，禁止他们在八旗中挑选人员到自己的府中做差役，最多只能挑选一些人当护卫。如果想弄一些人做包衣，必须上奏申请。下属如果犯罪，王公要及时上奏，交给刑部处理。也就是说，王公们不断失去了八旗的统治权，连袒护下人和处罚下人的私权都没了。类似的规定还有很多，最终的目的是告诉王公们，在国法面前没有家法，这个国家，我雍正一个人说了算。
此外，雍正严禁王公们勒索属下。雍正元年，一些王公的门人到外省做官，王公们便伸手向他们勒索。雍正清楚，这样一来，势必导致这些人在地方上贪污受贿，所以严令禁止。
第二年，有人揭发公爵星尼向门人王承勋勒索了几千两银子。雍正非常重视，对王公大臣们说：“星尼不过是一个公爵，王承勋也不过是州县级别的小官，就勒索了几千两银子。如果勒索者是王公，门人是地方大员，那这银子不知道多少能打得住？以后，这种事情必须禁止，如果发现了，将裁掉下五旗王府佐领下人，永不叙用。”
雍正是一个真正有治国头脑的人，他对王公下手，一方面是为了乾纲独断大权独揽，另一方面也是为了维护国家的稳定，达到长治久安的目的。收回王公的权力是反腐败的一项重要措施，如果腐败只是从官僚阶层入手，显然只是触到腐败的表面。