康熙后期，贪污腐败成风，人民和国家的财产被官僚机构鲸吞，在康熙末年，国库只有七百万银两。在雍正继位之前，由于实地调查过这些问题，事实上已经了然于胸。
雍正继位之后，立即大力实行经济改革。
一般来说，新皇继位的时候，都会表示豁免官员的亏空。但雍正再次吃螃蟹，拒绝这么做，以示自己对贪赃枉法深恶痛绝。雍正解释说，豁免官员只会助长贪官污吏的侥幸心理，从而让他们越陷越深，只有严厉打击才能遏制腐败。
上任一个月后，雍正就要求户部全面清查亏空问题，一旦发现亏空，三年之内要如数补交完，而且不准从民间征收苛捐杂税。如果在规定期限内不能补足亏空，将治以重罪。补完亏空之后，如果以后还出现亏空问题，也治以重罪。
为了有效地查清亏空问题，雍正元年正月，发出设置会考府的命令。雍正把整个任务交给允祥，并对他说：“如果你不能清查，朕就另派大臣，如果大臣没有能清查的，朕就亲自查出来，绝不留漏网之鱼。”
以前各部动用的钱粮，都是自行奏销。成立会考府后，这么做就行不通了，一切钱粮奏销都要经过会考府的稽核，徇私舞弊的难度比以前陡然增加了不少。会考府成立三年，驳回的奏销事件占总事件的百分之十七。
允祥查出户部亏空库银二百五十万两，这亏空的钱如何收回来呢？这种问题也许能难倒别人，但不在雍正的话下，雍正命令户部历任官僚合赔一百五十万两，剩下一百万两由户部逐年填补。在清查中，难免涉及皇亲国戚和高官巨宦，对此，雍正一视同仁，绝不徇私。十二阿哥允裪以前掌管过内务府事务，为了补足亏空，居然把家里的东西拿到街上去卖。十阿哥允䄉补偿亏空，赔了几万金，还没补足，雍正直接抄了他的家。内务府官员李英贵和张鼎鼐挪用百万两银子，雍正也径直抄了他们的家。
在清查亏空的过程，雍正抄了太多的家，也因此落下了“好抄家”的骂名。
亏空先是从中央的部门查起，不久就开展到地方，许多官僚的家产被查封，譬如：湖广布政使张胜弼、粮储道许大完、湖南按察使张安世、广西按察使李继谟、江苏巡抚吴存礼、原直隶巡道宋师曾、江苏布政使李世仁……还有我们熟悉的曹寅和李煦……
在抄家这方面，雍正俨然是个专家，但是仍然有需要改进的地方。譬如：通政司官员钱以垲建议雍正在抄家的时候，同时抄衙门，以防止官员将财物转移到衙门里。雍正觉得这个建议不错，欣然接受。雍正抄家确实出了名，当时社会无人不知无人不晓，甚至打麻将时都有了“抄家和”。
对于这些不满的舆论，雍正没有回避，而是坦然地说：“如果听任贪官敛财，将国家人民的财产肥自家子孙，那么国法何在？又如何警示人心呢？抄了贪官的家，既是对贪官酷吏的惩罚，又可以利用这些钱作国家公事之用，有何不好呢？”
一般被抄家的官员都会被革职，这又是雍正与众不同的一个措施。以前官员还可以留任，补足亏空。雍正有自己的看法，如果允许贪官留任，为了弥补亏空，他们必然会继续贪污。雍正打击贪官的力度是非常大的，雍正三年，湖南被参劾的官员超过一半。十年，担任直隶总督的李卫上奏说：“在任三年以上的官员寥寥无几。”
为了有效地收回赃款，雍正想了许多别出心裁的法子。譬如，他命令贪官的亲戚代为赔偿。雍正认为，很多贪官喜欢把赃款存放在亲友家里，而且这些人平时也参与分赃，要他们代为清偿，合情合理，所以连这些人的家产都有被抄的可能。不过，这个措施牵连太广，不得人心，四年之后，雍正就把它取消了。
在征讨赃款的过程中，雍正还禁止代偿。雍正元年正月，直隶巡抚李维钧奏请该省官员帮助前任总督补清亏空，雍正坚决不同意，他说即使地方官民再富裕，钱多得没处花，也不能为他人补漏洞，有钱大可以为地方兴利。雍正看到代偿存在很大的弊端，很容易成为腐败的温床，譬如地方官可能借助代偿和当地乡绅勾结，也有可能借机征收老百姓的钱粮。
在清查亏欠的过程中，难免有许多官员畏罪自杀，对这些畏罪自杀的官员雍正反而加重处罚力度。
雍正四年，广东巡抚杨文乾参奏李滨亏空钱粮，李滨得到消息后就自杀了。雍正并没有因为他自杀就这么算了，自杀的官员不少，但雍正一个也没放过。他说：“犯官知道官职和财产保不住了，想一死了之，来个死无对证，然后把赃款留给子孙。我们决不能让犯官的狡计得逞，犯官死了，要继续拷问他们的家人和亲友。”
应该说，雍正的政令还是执行得不错的，但对于雍正这样的人来说，没有最好，只有更好。由于他以前深入官场一线，了解官员们的所思所想，他知道一些官员依然在敷衍自己，所以采取严猛的手段进行全国清查。
在清查的时候，雍正非常严厉，但是结案的时候，相对宽松，这是一种统治策略，让官员存着感恩的心理。
雍正的严猛手段收到了很好的效果，清查工作进行了三年，各省清偿了一部分亏空，有的省做得更加彻底。譬如直隶总督李维钧在二年八月报告，说该省亏空四十一万两，到本年六月已经偿还了二十万两，剩下的二十一万两明年保证还清。
河南的情况也很不错，雍正二年，田文镜担任河南布政使，不久就升任为巡抚。田文镜深受雍正信任，他到任后，立即清查亏空，田文镜执法甚严，对贪污官员毫不容情。田文镜在任不到两年就弹劾了二十二人，补清了亏空。
对于田文镜雷厉风行的作风，雍正很欣赏，雍正说：“田文镜参劾的官员最多，鄂尔泰风格则完全不同，从来不轻易弹劾人，但两人都有自己的绝招。”田文镜因为工作出色，雍正将他捧为模范督抚。
雍正四年，大规模清查江西的钱粮亏空，江西各地亏空甚多，但是巡抚却偏私，清查不力。雍正让巡抚留在任上，派人去调查，随后换上新任的巡抚伊都立，但伊都立“为人软弱，好沽虚名”，无法完成清查重任。雍正遂又让吏部侍郎迈柱亲自到江西清查，迈柱到了以后，遭到了江西按察使积善的反对。雍正却高度赞扬迈柱，说他到任以后，为了国计民生，不避嫌怨，是个好官。
雍正五年，福建布政司沈廷奏报仓谷亏空，雍正对福建巡抚毛文铨很生气，认为他故意欺瞒，派广东巡抚杨文乾和许容为钦差大臣，前往福建调查。杨文乾和许容带来上谕：“清查即将进行，可能有赃官为了掩人耳目借富民的粮食暂充府库，如果有人借的话，借出的立即成为官家财产，发现后也不归还，希望大家好自为之。”
在清朝的法令中，挪移公款的处罚较轻，而贪污受贿的处罚则较重。所以，许多官员被查出有贪污情节时，往往巧施手腕，将贪污的赃款报成是挪移，以此避重就轻。雍正对这些官员的所作所为和心理情况了如指掌，所以他明确说道：“借挪移之名，掩盖贪污之实，想以此逃脱重罚。那朕就跟你们来个将计就计。”
结果，雍正铁手一挥，挪移的罪比贪污的罪反而更重。由此可见，雍正做事不拘泥于教条，注重从实际出发解决问题。