江户幕府灭亡后，日本在经历了700年的二元政治后重新建立了以天皇为核心的国家政府，而皇宫本身也因京都在禁门之变时大部遭到焚毁而迁至江户，并改名为东京。不过此时各藩国仍然雄霸一方，新政府本身也只是由萨摩、长州、土佐、肥前以及其余几个倒幕主力藩国组成的乌合之众，很多政府要员仍然有着十分浓重的藩国思想，在处理国家事务时依旧以藩国利益为优先考虑因素。木户孝允和大久保利通已经认清，如果想要树立新政府和天皇的权威，仅凭藩国的效忠是完全不够的。为此，新政治体系下藩国也被取消，而改编为县。出于说服藩主大名等考虑，最初绝大部分县均由原藩主直接领导。自此，明治维新的大幕全面拉开了，日本无论是政治、军事还是经济、工业均开始全面西化，到1889年《大日本帝国宪法》颁布时，日本正式从一个二元政治的封建国家成为了君主立宪制的近代国家。
为消除封建制度的基础，新政府在1876年8月颁布《废刀令》，禁止武士在公开场合下佩戴武士刀，而且剥夺了武士的世袭俸禄，武士这一阶级也随之消失。虽然政府同时也为这些人发放了一笔补偿金，但数百年来以经商为耻的武士们很快便走向了破产，而且也并不愿意与农民或工人为伍以体力劳动获得收入。在此之前的1872年12月，明治政府便下令解散藩兵，改为实行征兵制组建国家军队，为其配发统一的制服、武器，进行统一训练，完成了军队的国家化。在此过程中，日本全国的军队总人数大为下降，如萨摩藩原有16000名藩兵，而编入新政府军的仅有4000余人，其余全部遭到裁撤。这就使更多的人口被解放出来，可以从事生产，不再专事消耗。而由于全国军队现已全部置于统一指挥之下，其可应付的战争规模反而更大了。
在“四民（士、农、工、商）平等”新政策的影响下，由于武士丧失了赖以谋生的世袭军人地位，日本各地很快便爆发了士族叛乱。1876年12月，熊本县（熊本藩）、福冈县（福冈藩）、山口县（长州藩）均爆发了武力暴乱，新政府不得不以武力进行镇压。到次年2月，此前下野返回鹿儿岛的西乡隆盛也被推举为萨摩士族领袖，率领萨摩地区的12000名武士起兵，此后九州各地的暴乱武士纷纷加入西乡麾下，萨军部队最多时曾达到了3万余人。不过对西乡十分不利的是，萨军本身并无一个明确的作战目标，虽然部队以“上京质问天皇”作为战斗动力，但事实上这是一个根本无法完成的目标。不过既然以此作为行动名义，西乡也只能在留下了3000人围攻熊本城后向下关海峡进军，试图从此进入本州岛。
对于刚刚完成改组的新政府军而言，这场被称为西南战争的暴乱成为了其面临的首次考验。叛乱爆发后，政府派出了有栖川宫炽仁亲王、山县有朋、黑田清隆率领的两个旅团平叛，其后兵力又增加到了8个旅团，并为其配属了6个炮兵大队、1个工兵大队，总人数接近6万人，同时海军也派出了多达19艘战舰前往九州。2月25日，政府军与北上中的萨摩军发生交战，并将对方击退。在此后的3月间，双方多次交战，萨摩军一再遭到失败。3月中旬，政府军又派出一支部队在熊本以南的地区进行了登陆，对萨摩军的后方以及熊本城包围圈形成了严重威胁。一个月后，西乡只得放弃熊本城，并开始向萨摩撤退。政府军此后逐步推进，不过直到9月24日才攻破鹿儿岛，将萨摩军彻底击溃，西乡本人则在中弹后自杀身亡。
自平安时代末期武士阶级崛起到西南战争中最后一支以武士组成的军队败于明治政府军，属于日本武士的时代在19世纪末宣告结束。从最初的朝廷走狗到封建统治，最后又亲手推翻了武家政权，武士塑造了日本的全部中世和近世历史。
日本的地理被隔绝在了亚洲大陆以外，但与欧洲的英国相反，其所面对的大陆并非像欧洲一样四分五裂、互相征伐，而是在近代之前始终在整个世界首屈一指的中国。这使武士们在长达700年的统治中均被封堵在日本列岛之上，不仅不能像英国一样制约、摄取大陆的利益，反而大陆的任何对外政策变化，都能够影响日本安危。
约翰·富勒曾评价近代日本为“工业生产过剩，但粮食却不够用”。而对于近代之前的日本，粮食不够用是必然之事，就连工业生产也根本不存在，全国唯一有剩余的资源便只有人力。在此之下，对于有限土地、权力的争夺便使日本经常性地陷入动辄数十年，甚至绵延百年的战乱。在镰仓后期和整个室町时期的战乱之后，同样的原因使丰臣秀吉即使坐拥凌驾全国的军队，却还是无法让不安的大名们偃旗息鼓，最终只能对大陆发动战争，而一旦失败之后，其政权便迅速倒塌了。直到江户时代，德川幕府才终于通过不断削弱大名，用最强硬的手段将全国战乱压平了。
在明治维新的大幕拉开之后，日本脱去了古老的外衣，乘上了蒸汽的战舰。日元取代大米，藩国成为财团，议会推翻幕府。但过去数百年的阴影却仍然笼罩在整个日本列岛之上：政阀与财阀仍像幕府、大名一般垄断着帝国的国策，工业原料和农业的不足再次使日本陷入不安之中。而这一次，东亚已经不再拥有能够阻挡日本人登上大陆的强权了，这引导着日本走上了穷兵黩武的近代军国道路，并终于一败涂地，将整个日本带回了平安时代之前的原点。
第二次世界大战后，经过重建的日本终于在彻底开放的全球贸易中寻找到了无需武力仍可获得利润的途径。但美国却并没有在太平洋摧毁日本的国体，甚至政阀、财阀这些现代“大名”们还仍然拥有着巨大的权力。他们似乎只将海外贸易当作赚取利润的手段，战败国的地位也使他们只能如此，而不能像美国、中国一样利用贸易在全球夺取权力。可它半是自愿、半是被迫的半锁国政策，也终于逐渐窒息了国家的发展。当20世纪90年代到来时，日本的经济发展陷入停顿。就如同无法分得足够耕地的武士一样，财阀、政阀们不断地推翻着一届又一届的内阁和首相，却仍然无法改变经济的停滞。在内部的如此重压之下，日本又将会走向何方？