关原会战结束后，虽然德川家康仍然保持着丰臣政权大老的名义，但丰臣政权的统治体系却已经崩溃了，五大老之中有三人（毛利辉元、上杉景胜、宇喜多秀家）成为战败者，五奉行之中也有三人（石田三成、增田长盛、长束正家）受到处罚，秀吉临终时建立的整个决策、执行体系已失去了继续存在的可能。不过家康此时却也不敢过于激化与丰臣秀赖这位自己名义上的主君的矛盾，因而在关原战后只能和丰臣秀赖联名发布命令执掌天下。
在大名转封结束后，家康便开始着手毁灭丰臣政权的经济基础。秀吉在世时，曾将全日本绝大部分金矿都控制在自己手中，并使大批金银流入市场，使得京都、堺一带的商业愈发繁荣起来，而他自己便以此基础赚取大量税收。关原会战结束后，家康迅速取得了堺町的控制权，将其纳入德川氏的直辖领。1601年5月，家康又在伏见设置掌管金银铸造的银座以确保自己对于全国金矿、银矿的控制。
在确保了自身的经济优势，并切断丰臣氏的经济来源之后，家康终于开始在政治方面施展权术。早在1600年关原会战结束后不久，前田利家的遗孀、前田利长的母亲春芳院阿松便被送往江户居住，成为了家康控制前田家这一百万石大名的人质。一年之后，伊达政宗又正式建议，诸大名均应将妻小送到江户居住，就如同在丰臣政权下大名将妻小送到大坂一样。1602年，细川忠兴和加藤清正首先将人质送到了江户，诸大名也随即响应，纷纷在江户建造宅邸，安顿自己的妻小，而这也成为了后来江户幕府参觐交代制度的开端。
不过到此时为止，出身丰臣氏家臣的大名对此虽然不敢反抗，但在义理上却没有义务将仅是丰臣家大老的德川家康视为主君。而其中福岛正则、加藤清正二人则更是被视为丰臣秀赖的忠实维护者，一直反对着家康削弱丰臣氏的行动。不过这一情况在1603年2月12日家康被天皇册封为征夷大将军之后发生了逆转。
在此之前，丰臣秀吉以太政大臣兼任关白之职统辖日本，虽然关白一职并非武家官位，却位极人臣，拥有代替天皇摄政的权力，因此秀吉对天下的执掌也合乎法理。不过在他将关白之位让给养子丰臣秀次之后，虽然这位太阁仍然保有着天下实权，但颁布政令却也必须与秀次联名。秀次被处死后，虽然秀吉仍然保有太政大臣的官位，但这一官位自古以来便没有实权，因此其对天下的控制便只能单纯依靠武力和诸大名对他个人的忠诚。对丰臣政权而言致命的是，太政大臣并不像征夷大将军或关白一样可以世袭，因此政权的继承依据在秀次被处死那一刻便终结了，而终结丰臣政权的事实上正是秀吉本人。
1600年12月19日，家康迈出了在政治上十分关键的一步，将公卿九条兼孝推上了关白之位，给予丰臣家致命一击。在此之后，关白之位便重新由毫无实权的朝廷贵族接掌，而丰臣氏则被排除出了日本的政治核心，沦为了一个实力强大的普通大名。家康成为征夷大将军并开设江户幕府之后，德川氏和丰臣氏之间的地位完全被逆转了。在就任将军之前仅仅4天，家康还曾以丰臣氏大老的身份前往大坂对秀赖进行新年朝贺，但在那之后便从未再次拜见。不过为了安抚丰臣系出身的大名，家康也按照秀吉的遗言，将自己的孙女、德川秀忠的女儿千姬嫁给了秀赖，而且宣称自己只是为秀赖代掌天下，待后者成年后便会将将军之位让出。
关原会战前后日本主要大名领地变迁
在此之后，家康首先面临的工作便是组建一个稳定的幕府体制，控制日本各地大名，阻止丰臣氏再兴的可能。而在这三者之间，又以丰臣氏为德川天下最大的一个不稳定因素。德川家康在就任将军时已经年逾70，如果自己不能在离世前彻底消灭丰臣家，在关原会战后遭到处罚的大名们便有可能以光复丰臣政权为名掀起反旗。为在军事上断绝这一可能，家康在关原会战后的大名转封中便将自己家臣出身的大名安插在了中山道和东海道附近，牢牢将这两条从大坂通往江户的要道控制在了自己手中。此后家康又重建了在关原战役期间被烧毁的伏见城，并将其建设得比之前更大，以此作为控制大坂的桥头堡。另外，他还在京都天皇御所不远处开始建造二条城，将其作为京都所司代的驻地，用以对天皇朝廷进行监视和控制。为消耗原丰臣系大名的实力，伏见城和二条城的建造主要便由这些大名承担，家康还命令这些大名参与扩建江户城、骏府城，帮助自己的谱代大名井伊家修建彦根城等工程。
在初步确立了江户幕府的统治之后，家康在1605年把将军职位让给了儿子德川秀忠，自己则移居骏府城，其目的也和丰臣秀吉将关白让给秀次一样，在于向世人宣告征夷大将军一职自此由德川家世袭，实权则并未交给秀忠。与此同时，家康也开始寻找借口，试图对大坂挑起战事，以便将其彻底毁灭。
在秀忠继任将军的典礼开始之前，家康便要求秀赖前往京都进行参拜，宣告丰臣氏从属于德川氏。秀赖之母淀姬对此勃然大怒，拒绝了家康的要求，甚至开始联络前田利长、福岛正则等人，希望这些老臣能够兴兵讨伐家康。但令淀姬意外的是，前田利长断然拒绝了自己的请求，而福岛正则也在安抚了淀姬一番之后便没有进一步行动。
与此同时，为平息丰臣系大名的不满，并利用丰臣氏钳制幕府，朝廷在4月16日加封德川秀忠为将军之前四天将丰臣秀赖晋升为从一位右大臣。家康对朝廷的这一行为十分不满，自镰仓时代开始，武家的赏罚应先由幕府定夺，而后再申报朝廷宣布。朝廷擅自加封秀赖一事不仅违背了这一原则，而且如果任由此事发展，丰臣氏早晚便会以秀吉受赐丰臣姓跃升为皇族后便不再属于武家的理由脱离幕府节制，成为独立于江户体系以外的一方诸侯，甚至动摇江户幕府的基础。
家康这一次虽然没有强制要求秀赖上京参见秀忠，但却在1606年4月26日向朝廷重申武家的官位必须由幕府定夺。丰臣秀赖为避免与幕府发生冲突，也被迫在次年1月辞去了朝廷授予的右大臣官位。1609年7月，朝廷内部发生了私通事件，幕府借处理此事件的机会插手朝廷事务，并逼迫与丰臣氏交好的后阳成天皇退位，终于将朝廷完全握在了自己的手里。
有了对朝廷的控制权，家康终于可以随意定夺丰臣氏的地位了。1609年12月8日，武家传奏广桥兼胜前往大坂赏赐薰物给丰臣秀赖。由于武家传奏一职专门负责朝廷与武家之间的事务，因此这一行动也成为了朝廷确认丰臣氏属于武家，而非公卿的宣告。这也就意味着，丰臣氏必须服从于幕府管辖。在这之后，家康便可以一心寻找借口来铲除丰臣家了。
1611年，二条城建成后，家康再次要求秀赖上京参见自己，如果对方再像1605年那样拒绝自己，将军德川秀忠便可以以秀赖抗拒幕府命令为由对其进行讨伐。不过此时已经明确了自身武家地位的丰臣秀赖也不敢拒绝家康，被迫选择上京，而这一决定使家康暂时没能获得讨伐丰臣家的借口。由于在此过程中，加藤清正、福岛正则等丰臣系大名仍对秀赖的安危抱以担心，福岛甚至还在大坂屯兵保卫秀赖。再加上秀赖本人仍然保持着高傲的态度，这也使行将就木的家康再次坚定了要在生前铲除丰臣氏这一幕府毒瘤的决心。
不过在兴兵讨伐之前，家康还是决定要先对丰臣氏的现金储备进行消耗，以免其在开战时凭借巨额黄金招募浪人与自己作战。在关原之战结束后，虽然家康已经将堺町、京都等商业繁华地带以及全国矿山控制在了自己的手中，但大坂却依然在全国的大米交易中占据着主导地位。因此除65万石封地所带来的税收以外，丰臣家依然坐拥大量经济收入。《荷兰东印度商会史》中便曾在1607年8月记载如下：“他（秀赖）现在年龄在十八岁左右，虽然还没有统治天下的才能，不过却有不菲的收入和（秀吉）留下的巨大财富。如果能有更多大名和百姓支持他的话，可以断言，即使没有过人的才华，他也能凭借巨额的财富来获取天下。”
方广寺的钟铭
下定决心铲除丰臣后，家康便开始哄骗淀姬，消耗丰臣家的财力。秀吉在世时，曾经在京都的方广寺建造了一尊大佛像，但后来却毁于地震。现在家康便以希望秀赖继承太阁遗志为名，鼓动淀姬出资重修京都的一些寺院，并重铸大坂方广寺的大佛。身为女流之辈的淀姬非但没有察觉家康的阴谋，反而对后者提及太阁遗志而报以好感，很快便将这一行动付诸实施，不过这一行动最终却招致了丰臣的灭亡。
大阪冬之阵
1614年，家康突然向丰臣家发难，声称其在方广寺的钟上铭文“君臣丰乐，国家安康”是在用将“家康”二字分开的方式来诅咒德川氏毁灭。在家康的一生中，其这次所寻找的借口可以算是最为牵强的一个，其原因便在于在秀赖上京参拜家康后德川家再难寻找更为合理的借口，而家康又寿命将尽，即使再为牵强，也只得抓住了。
大惊失色的淀姬和秀赖虽然百般解释，但早已下定决心剿灭丰臣一族的家康对此根本没有理会，并针锋相对地提出了三个条件：要求秀赖前往江户觐见将军德川秀忠；将淀姬送往江户作为人质；放弃大坂城接受幕府转封。如果丰臣氏不接受便要集结大军讨伐大坂。自丰臣秀吉死后，淀姬始终掌握着丰臣家的权力。在家康提出三项条件后，淀姬立刻加以回绝，家康终于得到了梦寐以求的开战口实。
到当年冬季大坂围攻战开始时，幕府军已经集中了19万人的部队，面对着丰臣氏召集起来的11万人（其中大部分是靠现金雇佣的浪人，而这些人中又多为关原会战后被德川家康剥夺领地的西军武士）。在12月初对大坂城发动的几次进攻失败后，家康便开始在大坂城以南布置欧式火炮。到16日，家康已经部署了20门火炮。这些火炮不分昼夜地开始对大坂城进行射击，对丰臣军造成了极大震撼，其炮声连京都都能清晰听到。淀姬在震惊之下立刻同意了德川家康的停战要求，自行填埋了大坂城外以及二之丸、三之丸的护城河，并拆毁了城墙外一切工事。
家康并没有就此放弃彻底消灭丰臣氏的打算。1615年3月，家康要求丰臣氏遣散手下军队，退出大坂城等待转封。再一次遭到丰臣氏拒绝后，家康于4月6日向诸大名发布命令，要求后者将军队重新集结在鸟羽、伏见地区，而秀忠也在10日率军从江户启程前往近畿。到五月初时，幕府军已经有15万人集结在了近畿地区。虽然真田信繁等人在大阪城下进行了英勇的战斗，失去防御工事的大坂城还是最终在5月7日陷落。秀赖和淀姬母子二人在一座粮仓中自杀，家康的孙女、秀赖的正室千姬则逃到了幕府军中。曾一统日本的丰臣氏彻底毁灭，延续了超过一百年的战国时代也在这一天彻底结束了。
丰臣灭亡后，江户幕府颁布了《武家诸法度》来对武士的行为以及大名的权力进行限制。而在那之前，家康还曾向朝廷强加了一份《公家诸法度》，将天皇以及公卿逐出了日本政治。这样一来，幕府便成为了日本的唯一政治中心。到第三代将军德川家光年间，幕府又继续加强了对诸大名的控制，并将参觐交代等原先大名自发的非正式行为完全制度化，稳定了幕府统治基础。
大阪夏之阵
江户时代的幕府以幕藩体制统治全国，幕府为国家最高政权机构，征夷大将军则为日本最高领导人。江户时期日本各地设有260余个藩国大名，藩国听命于幕府，后者有权增加、减少各藩国的领地或对藩主进行赏罚，藩国内部的军政权力则由藩主执掌。在所有大名中，与德川家有着血缘关系的被称为“亲藩”，自1600年关原之战前便作为德川家臣追随的被称为“谱代”，而在关原之战后才追随德川家的则被称为“外样”。
大阪夏之阵屏风图
亲藩、谱代享有参与幕府决策的权力，其封地虽然往往是战略要冲，但面积通常并不大，因而谱代大名自然而然地将自己的利益与幕府紧密联系在了一起，形成了以幕府为核心的德川家臣团。而外样大名虽然封地面积较大，但却被排除在了国政的决策层之外。此外，后来还逐渐出现了水户、尾张、纪伊三个拥有将军继承资格的德川氏分支藩国，被称为“御三家”。与镰仓幕府的早期制度以及室町幕府极为松散的权力分配相比，江户幕府对于全国的管制十分严格，而这也成为了其统治日本长达250年的权力基础。
日本的军事制度虽然也发生了一定变化，不过总体而言仍是对织田信长兵农分离制度的继承。在江户幕府时期，足轻正式成为了武士，农民被彻底隔绝在了作战部队以外，仅能担任挑夫、仆役等辅助人员，而不能参加正式战斗，在阶级上完成了对军队和百姓的分离。全国人民则被分为士、农、工、商四个阶级，理论上而言，四者互相之间不得更换身份。为加强对武士和农民的控制，幕府禁止武士随意离开自己的藩国，而农民和其余百姓也不能变换自己的耕地，甚至在江户初期硬性规定农民不得种植大米以外的任何作物。不过由于后来大米价格下跌，各藩经济几乎崩溃，幕府只得放宽了这一限制。
由于日本在江户时期处于普遍的和平状态，因此武士虽然在身份上成为了职业军人，但事实上却只是幕府或各藩的公务人员。与此同时，武士们也开始接受文治教育，并奉行儒学思想，逐渐形成了一套模糊但又十分系统的道德行为准则，这便是武士道的诞生。不过这套准则宣扬的忠君思想也导致了后来幕末时期希望天皇重掌朝政的尊皇思想盛行，成为了江户幕府自掘的坟墓。从此时起，武士不再是单纯的武夫，同时也成为了日本人口中接受最良好教育的知识分子，其中的佼佼者在未来还将承担起改革日本国体，推翻武家封建政权的重任。
江户幕府的组织结构
江户幕府早期，德川家康曾通过与荷兰建立正式的外交关系引进了不少欧式火炮，甚至还曾在围攻大坂时下令国内锻造所进行仿制，而家康的大坂围攻战又向全日本证明了欧式火炮在围攻战中的巨大作用，这种在日本迟迟没有得到发展的武器似乎即将迎来自己的曙光。但到德川家光宣布锁国之后，这种发展便完全陷入了停滞。甚至于200年后日本与外国爆发冲突时，日本军队仍然在使用火绳枪和老式火炮对抗以蒸汽为动力的西方战舰。再加上幕府的海禁，战船的发展也停滞在了战国时代的水平。
直到黑船来航前夕，幕府和各藩国才在外国越来越大的威胁下开始通过荷兰或其他渠道缓慢地吸收了一些在西方已经过时的武器和战术，但在面对欧美部队时仍然不堪一击。更重要的是，在西方国家从封建军队过渡到国家军队并采用统一兵役制的同时，日本国内仍然藩国林立，军队的效忠对象仅是藩国本身，无法形成一支以日本民族为精神核心的民族军队。
幕府为削弱各藩军队实力而在1615年颁布《一国一城令》，各大名除自己的居城以外必须拆除所有城堡，甚至连残垣断瓦也不能留下。虽然大坂围攻战已经明确显示了日式城池对于火炮而言已经相当脆弱了，但由于国内的和平，各藩也没有再对城堡进行过多改进，只是普遍在原有基础上进行扩大设计，尽可能使天守远离对方火炮射程或仅仅是加固了天守结构，而自己在使用火炮进行防御时依然无法发扬火炮威力。再加上即使是对城池进行修补也需要上报幕府批准，导致所有藩国在居城完工后便再无改进。
与此同时，由于武士已经不再征战沙场，而成为了事实上的文职人员，因此虽然各藩国仍会对由下级武士组成的藩兵部队进行训练，但士兵的士气和高级将领的指挥能力却大幅下降。以致于到幕末时期，各藩军事改革几乎均由藩兵编制以外的下级武士推动。
江户初期的江户城示意图