如果与源赖朝和源义经相比的话，织田信长既具有前者的行政能力，也具备后者的指挥技巧。虽然信长没能在有生之年重新将日本统一在一起，可是他却将中世的日本政治观念完全铲除了。若要在世界上找出一位与他相似的人物，那么马其顿的菲利普二世（亚历山大之父）也许要算是最合适的人选了。在他之后，丰臣秀吉和德川家康又循着他的脚步前进，终于完成了日本的统一，开创了日本的近世社会。
以信长所处的战略形势而论，他所统治的领土也许是十分幸运的。在织田氏仅拥有尾张西部半国时期，清州城控制着自东海、关东两地进入近畿最为重要的道路东海道，他自己却可以方便地进入京都，而他的敌人却被他挡在了近畿以外。这一优势在信长攻克岐阜城，控制了中山道之后又被两倍、三倍地放大了。今川氏、武田氏、上杉氏这三个最初实力远比织田氏更强的大名，不仅因为互相争斗而失去了跨过仍然十分弱小的织田氏进入京都夺取天下的机会，当信长在近畿壮大后，他们就被完全挡在了日本的政治核心地区之外。1574年，信长又再次下令整顿了领内的道路，从而使他能够更为方便地调动军队。
除交通线的优势以外，织田氏自信长成为家督之前便在尾张国拥有了出海口，而这便使信长得到了与葡萄牙商人接触的机会，可以从后者手中获得大笔商业利润以及欧洲火枪甚至火炮。为了刺激商业收入，他大规模地废除了中世贵族、寺院甚至幕府所建立的道路收费关卡以吸引商人来到自己领地。再加上一系列减税和优惠政策，使织田氏在经济能力上远远超过了领地规模类似的其他大名。以此为基础，信长才得以对自己的军队战术、装备以及动员制度进行改良。在这一方面，信长不仅是一位改革者，也是一位优秀的运用者。
织田信长画像
凭借着大量现金，信长得以大量雇佣无业的浪人，使他们成为了自己的常备部队，进而在织田氏范围内推行了兵农分离制度。他将包括足轻在内的大部分兵员与农民区别开来，使自己的士兵不必再受到农务牵累，可以将大量时间投入到训练之中，而农民也可以不受军役干扰专心于农业生产。充裕的现金也使信长无需出售大米来增加财源，从商业发展中得到的大量现金使他可以为自己的足轻配发全副铠甲，并在他们中间大量装备铁炮，充足的训练时间则使这些足轻能够在战场上保持良好的纪律，利用齐射战术猛烈打击对方。除此以外，信长也在一部分士兵中配发了长达5.6米的长矛，让这些足轻以方阵进行战斗，而这所需的训练时间甚至要比使用铁炮进行齐射所需的训练时间更长。在整个织田军之中，只有骑兵受到了信长的忽视，这也许是信长对于纪律严明的步兵作用已经有了充分认识，使他认为仅凭步兵方阵和铁炮火力的威力已经足以应付一切情况。但更合理的解释也许还是由于尾张难以获得大批马匹所致的，这也是当时所有日本中西部大名所面临的一致问题。因而当他使用这样一支几乎完全由步兵组成的部队来对付武田氏、上杉氏那些拥有数千名骑兵的军队时，往往感到无所适从。
在信长早年的一系列战役中，信长往往只会在已经利用政治手段将对手削弱至难以抵抗自己的军事力量之后才发动进攻。当无法避免以劣势兵力进行决战时，他又会出乎对方意料地抢占主动，以少量兵力向对手进行突袭。无论是在尾张时期还是吞并美浓，尤其是在成功将五条大道交汇处的京都控制在手中后，他都在采取着对自己有利的内线作战，使他能够在几条战线上调动较少兵力来击败数条边境上的庞大敌人。
1575年之后，随着织田氏领地和战线的延长，他也开始发现仅凭自己一人已经无法继续应付所有方面的战事了。由于信长自早年起便对于凡是有能力之人不问出身一律委以重任，现在他就能够将前线附近大片土地交给这些能干的将领，并由后者全权负责这一条战线的经济生产、士兵动员以及实际作战。他自己则在疆域中央地带握有直辖领地和部队充任战略预备队。随着织田氏领地的扩大，这些边防部队也是不愁兵源不足的。不过这一措施却也使这些“方面军司令官”们变得权力过大了，除需要听令于信长调动并将信长的经济、军事政策延伸下去以外，他们已经与大名无异了。
作为他所遭遇的最为顽强的对手，织田信长最早与本愿寺有所接触是在信长护送足利义昭进入京都不久后的1568年10月。当时，信长以扶持幕府、重建将军权威为由要求在大坂的石山本愿寺缴纳被称为“矢钱”的五千贯军费，同时本愿寺以南的贸易重镇堺町也要缴纳两万贯。不过事实上，信长的这一行动目的只是为了测试对方是否愿意向自己屈服。
几乎是从佛教被引入日本的那一天起，不少寺院便开始供养着大批僧兵保护寺院所属的庄园、领地。这些僧兵的装备几乎与武士、足轻无异，只是相比之于长矛更倾向于使用薙刀。他们的行为也不受佛法准则约束，无论是吃荤还是娶妻均不受限制，很多寺院本身也有着城墙等防御设施。到战国时期，僧兵甚至还成为了日本所有武装力量中较早使用铁炮的一批，而且在各地也建立了大大小小的城堡。
作为战国时期日本所有神社、寺院中实力、影响力最大的一支，本愿寺起源于13世纪，在日本佛教寺院中历史相对并不久远。至15世纪末第八代门主莲如时期在京都山科地区建立了寺院。其信奉的一向宗属于净土真宗一支，主张所谓“一念发起”，即只要念阿弥陀佛便可往生净土，再加上宣扬包括女性在内死后人人平等的信条，使一向宗在全日本均拥有大量信徒。在莲如建立山科本愿寺的同时，随着一揆起义在全国各地的爆发，一向宗门徒也利用教团组织发起了一向一揆暴动，其范围从北陆起延伸到各地。虽然莲如本人并不赞同信徒的暴力行为，但这却阻止不了后者不断与大名发生冲突甚至战争。
到战国时代时，一向一揆已经占据了几乎整个加贺国以及伊势国的长岛地区，而且在其余地区也有愈演愈烈之势。也正因为一向一揆暴动有着统一的宗教思想，远比普通一揆更具凝聚力，对几乎所有的大名统治都造成了不小威胁，因此大名们对本愿寺通常也并不抱有好感，武田信玄便曾专门颁布法令在自己的领内禁止有组织的一向宗信徒活动。而其巨大影响力甚至还招来了其余宗派寺院的嫉妒。
1532年，山科本愿寺被近畿大名之一的六角氏破坏，三年后又遭到比睿山延历寺的僧兵烧毁。第十代门主证如只得将本山转移到了在大坂地区建立的石山本愿寺。到1542年，本愿寺在此建立起了一座巨型城堡——石山御坊，并开始以此作为全国一向宗活动的中心。在此之后，围绕在石山本愿寺附近，摄津国、河内国的一向宗信徒也建立起了大量寺内町。这些寺内町事实上就是一些不接受大名管辖的寺占土地，名义上由当地领主向本愿寺授权建立，但事实上绝大部分还是因领主担心酿成一向一揆起义而被迫同意的。由于河内国、摄津国境内有着淀川、大和川等河道，而且两国又都毗邻濑户内海，寺内町内便聚集了大量船夫、渔夫、商人以及手工业者，经济要算是非常繁荣的，而这些居民在未来石山本愿寺与织田信长的大战中也成为了本愿寺的最主要兵源。
石山御坊复原图
不过在1568年10月，由于信长在进京后迅速利用军队控制了近畿的大量寺内町，石山本愿寺根本无法动员军队，而且足利义昭本人的将军名义也使本愿寺一方难以拒绝，只得缴纳了军费。但与此同时，石山本愿寺也在尽可能地召集四国阿波国、赞岐国等地的信徒，并开始与三好氏联系。在近江国方面，一向宗信徒也开始与六角承祯和浅井长政来往，试图在东西两线同时向信长施压。
1570年6月28日，信长在北近江的姉川会战中战胜了浅井长政与越前的朝仓义景盟军。在那之后一个月，三好氏才派出13000人从阿波经过淡路岛，在靠近本愿寺附近的森林中占据阵地，等待进攻京都的机会。在此期间，四国岛赞岐国的三好氏城主十河存保也在纪伊国杂贺地区登陆，并与当地信奉一向宗的杂贺众佣兵会合在了一起。到此时为止，信长在近畿的势力仍是以京都周边地区为基础的，濑户内海东岸除堺町以外几乎完全被三好氏和本愿寺控制，由四国通往近畿的海上交通线也被牢牢握在对方手中。
三好军在靠近淀川河口的野田与福岛建起了两座要塞。由于这里与本愿寺距离很近，如果要塞遭到信长进攻，石山本愿寺也将被迫加入战斗。而信长在得知对方再次登陆近畿之后，也立刻做出了反应，要求将军足利义昭下令出兵对其进行讨伐，之后不久，信长便率令大约5万到6万人进入了距本愿寺不远的中岛城。
作为一位卓越的统帅，信长自然也认清了本愿寺参战的可能性。为尽可能在开战前削弱对方实力，他首先占领了枚方的寺内町，并开始沿淀川流域向天王寺推进，以此作为主力部队的据点，前卫则一直推进到天满、川口、渡边、神崎、难波等地，以包围三好军据守的野田、福岛两座城堡。这样一来，本愿寺与野田和福岛的联系便被切断了，而且信长还成功地将其夹在了自己的主力与前卫之间，如果本愿寺敢于在此时起兵对抗信长，那么一旦面向野田、福岛的织田军前卫调转矛头，石山本愿寺便将同时面临与织田军前卫和信长主力的两方面战斗了。
由于将军足利义昭亲自到达了前线，织田军士气也十分高涨。到9月8日时，早已转投信长的松永久秀已经接近了野田城和福岛城，在淀川河口建起对垒线和箭楼，开始利用铁炮从箭楼向三好军的两座要塞射击，以破坏其土墙和箭楼。不过野田城和福岛城所在的河口有着大量沼泽，织田军在继续进攻时遭遇了一定困难，最终信长只好征用大量干草填埋了附近运河才得以完全包围两座城堡。
在看到对方将自己包围之后，三好军也认清自己无法再继续坚守了，因此向信长提出投降条件，希望以将两城主动让给信长的代价换取后者放行守军撤退。不过在信长眼中，野田城和福岛城的陷落只是时间问题，在他能够控制近畿西岸一部分地区或建立起一支强大舰队封锁濑户内海之前，进攻四国的三好氏领地又难以实现，他必须抓住一切机会在近畿消灭对方部队，因此拒绝了讲和。12日，将军义昭把指挥所推进到了野田城和福岛城附近的海老江，信长也跟着一起前进到了那里，野田城和福岛城的失守已成了无可改变的事实。不过就在当日深夜，因信长推进而解除了两线作战危险的本愿寺却突然发动攻击，拉开了本愿寺与信长长达十年的战争大幕。
在举兵之前，本愿寺要求纪伊国信徒前往大坂。而且当时的本愿寺门主，年仅28岁的显如还亲笔写信请求近江、美浓等门徒前来本愿寺：“为报效阿弥陀如来和祖师亲鸾，应不惜身命尽守忠节。”按照江户中期的《石山合战配阵图》中记载“石山御堂，当时门徒4万余人守城”，从中可知石山本愿寺内拥有可以让至少4万人左右生活的空间和物资储备，但在1570年举兵时所拥有的人数却并不明晰。此外，本愿寺还从加贺信徒中雇佣了大批劳工，在御坊周围挖护城河、建造箭楼，在寺内町的外部也围起土墙并建造箭楼，使其成为了一座十分坚强的巨型要塞。
与对堺町的态度相同，织田信长最初很可能并不希望在周边敌对大名林立的情况下再耗费过多精力对付拥有全国一向宗门徒拥护的本愿寺，其目的很可能只是希望能够控制住大坂的贸易港。不过在本愿寺举兵后，根据小濑甫庵的《甫庵信长记》和太甜牛一的《信长公记》记载，信长却并不认为仅凭一向宗信徒的乌合之众能够对自己造成太大威胁，反而认为本愿寺方面只是一个政治性问题，只要自己率领一支足够强大的部队前往大坂进行一次示威，对方便会放弃抵抗决心。即使之后还要发生战斗，对方也绝非自己手中这些训练有素部队的对手。不过不久之后，他便将知道自己的判断实在是一个极大错误。
对本愿寺举兵一事，虽然信长十分镇定，但足利义昭却立刻陷入惊慌了。这位将军原本是希望信长能够剿灭曾暗杀足利义辉的三好氏才答应信长，拼凑出了两千人亲自出征。但到了此时，他却突然认清，信长要求将军亲征的目的并非仅仅是对付三好氏，同时也是希望在政治上获得攻击本愿寺的借口，因为后者在足利义辉时期事实上是得到了将军家的保护和认可的。
关于这一点，足利义昭也曾在一封信中写道：“为了在讨伐三好氏的同时攻打本愿寺，（信长）需要将军亲征这一名目。如果在正亲町天皇下敕令进攻第十三代将军义辉认同的寺院时有将军家参与的话，那么（信长）就可以公开与本愿寺作战了……”
本愿寺显如画像
为避免将军家进一步遭到信长控制，本愿寺举兵两天后的14日，足利义昭命同行的大纳言鸟丸光康迅速赶回京都，要求朝廷出面调解，希望双方能够达成停战。关于义昭的请求，信长是否干预并不明确。不过，值得注意的是，在此之后不久，双方便在16日和17日进行了两次停战谈判，虽然现在已经无法得知谈判要求是哪一方提出的，但这很可能是足利义昭和朝廷要求双方停战的结果。
不过双方最终未能达成协议。20日，本愿寺军与信长军在春日江堤发生了首次正式战斗。被信长蔑视为乌合之众的本愿寺一方在这一战中证明了自己并非毫无战斗力。当天本愿寺从石山御坊派出了大约五千兵力，从位于天满船对岸的春日江堤向守口方面前进，其计划在于让对方误以为是自己要出城割稻，以此来引诱织田军小规模部队对自己发动进攻。得知本愿寺动向的织田军佐佐成政等人越过近江川，试图对本愿寺军进行截击，但在发动进攻不久之后，他们便遭到了本愿寺军的铁炮齐射，很快便立即陷入混乱，被迫撤退。
到9月24日，三个月前被信长击败的朝仓、浅井联军在加贺国一向一揆起义军支援下再次攻入近畿，向京都近郊的山科和醍醐进军。得知此事的信长只得迅速终止了大坂附近的战事撤回京都。而在其撤退过程中，以淀川沿岸船夫为首的本愿寺信徒还在不断对织田军进行骚扰，试图延缓信长回到京都的脚步，不过后者很快便击败了他们回到京都。
以此为开端，石山本愿寺逐渐成为了整个反信长包围网的轴心。虽然在整个十年战争期间本愿寺几乎从未采取攻势，但他的存在却使全国信徒形成了大规模举兵，只要石山本愿寺仍然能够坚守住大坂，无论信长采取何种手段击败各地一向宗部队，这些信徒也还是会再次举兵。而且作为反信长势力在近畿最为重要的支点，在四国的三好氏（后来则换成了中国的毛利氏）支援下，本愿寺也在相当长的一段时间内成为了信长继续向西扩张其疆界的绊脚石，所有沿山阳道西进的部队都要面临着石山本愿寺对自己后方的威胁。
到这一年11月时，伊势国木曾川、长良川、揖斐川等交汇出海口外的长岛地区一向宗信徒也响应石山本愿寺，掀起了举兵旗帜，与试图剿平暴乱的泷川一益发生了交战，并将其击退。在此之后，这支信徒从长岛越过木曾川，一路攻入了尾张，围攻小木江城，甚至迫使信长的弟弟织田信兴自杀。
直到1571年5月，信长才终于在近江方面安定下来之后开始对已经深入尾张的伊势长岛信徒们发动进攻。信长把军队分成三个纵队包围长岛，不过信徒们以显如曾祖父莲淳建立的愿证寺为核心，在长岛修建了大量防御工事以及城墙，兵力也达到了两万人（不过其中相当一部分是女性），甚至配备了为数不少的铁炮。由于长岛门徒的战斗处在了本愿寺与信长战斗的最前线，在伊势其余地区的信徒支援下，本愿寺也在努力维持着长岛的海上交通线，甚至还专门派出了僧官负责指挥，并从纪伊方面经由熊野滩送来给养，确保长岛方面的补给供应不会发生太大困难。最终信长屡攻不下，只好暂时撤退，而织田军在撤退时甚至还受到了猛烈反击，信长的家臣氏家直元被杀死，柴田胜家也受了伤。
在大坂方面，本愿寺虽然没有与织田军发生大规模战斗，不过显如仍与信长部署在摄津、河内的监视部队保持着对垒状态。利用信长疲于应付东线的朝仓、浅井联军以及伊势长岛信徒的时机，石山本愿寺也在尽可能向大坂方面集中部队。应显如的要求，北陆的一向一揆将不少人员和物资都运到了大坂。为了阻止北陆一向一揆的转移，信长甚至授权留在近江监视浅井长政的木下藤吉郎可以杀死一切可疑之人。但即使在这位织田家最能干的家臣阻挡下，也还是无法阻止一向宗信徒的行动。
1572年8月，三好义继的部队也来到了石山本愿寺。在得到这一支援后，显如立刻便派出了两万人进攻中岛城的细川信良，后者手中的兵力完全无法阻止对方进攻，只得在对方逼近前便选择了撤退。本愿寺方面总算是在开战将近两年后拔除了中岛城这个控制着大坂外围的要塞。
早在本愿寺举兵以来，显如与甲斐的武田信玄便达成了联盟，而二人的妻子又是亲姐妹。在另一方面，显如的儿子也与越前国大名朝仓义景的女儿订立了婚约，由此朝仓氏与本愿寺结成了同盟，近江信徒也开始协助与朝仓氏合作的浅井长政。再加上四国及近畿西岸的三好氏以及加贺国和伊势长岛的一向宗信徒，信长的所有疆界事实上都已经被敌对势力包围了。不过这些势力却并没有像1813年秋季战役的反法联盟那样同时发动进攻，以使信长顾此失彼。他们虽然在政策上达成了一致，但在战略上却并未如此，而距离京都最近的本愿寺甚至从未主动采取过战略攻势。这些不同时间的行动，最终使信长得以集中兵力将他们分别击败。
不过对本愿寺而言，这一极大的优势却并没能延续太长时间。1573年4月，武田信玄便去世了。但一直对信长不满的足利义昭却在得知这一消息之前便急忙举兵，这位孤立无援的将军也因此很快便被信长击败并流放了，室町幕府至此甚至于在名义上都已经不复存在了。
1572年时织田信长所占据的领地和敌对大名领地示意图
在此之后，信长所需面临的敌人便暂时只剩下近江的浅井氏、越前的朝仓氏、伊势的长岛信徒以及大坂的石山本愿寺了。为了消灭浅井长政，信长首先在8月攻击了后者所在的小谷城。朝仓军从越前出兵救援，但信长却在一场暴风雨中再次向对方进行了精彩的奇袭，在很短时间内便击败了对方。紧接着，织田军又攻入了越前国，在得到了朝仓氏家臣内应的情况下很快便攻陷了朝仓义景的居城一乘谷城。义景逃到大野后在20日自杀，其女儿逃到加贺后，按照以前的约定嫁给显如的儿子教如。绝望的浅井长政则在9月1日自杀。
在攻克越前国之后，信长留在一乘谷城管理当地的是那些战前变节而来的朝仓氏家臣，此举招致了原先支持义景的越前一向宗强烈反感。仅仅四个月后，越前信徒们便在石山本愿寺的鼓动下起义杀死了当地官员，使越前国与加贺一样成为了一向一揆的领地。到此时为止，随着朝仓、浅井两家的灭亡，信长已经完全解除了来自东北方向的威胁，但长岛和石山本愿寺却仍然存在。一旦继承了武田信玄的武田胜赖再度进攻东海，长岛很可能为其提供极为有力的支援。在东线威胁不能完全解除的情况下，信长便无法投入全部兵力围攻西线的石山本愿寺，更无法沿山阳道和濑户内海向西前进，入侵毛利氏土地。
伊势国长岛地图
在这一考虑之下，信长在消灭朝仓、浅井一月后，便将自己的主力派到了伊势国。织田军之所以可以如此频繁地进行连续作战，无疑是凭借着兵农分离制度的效力，使他不必为自己的军队安排休整时间回乡务农，而只要一直留在前线即可。在进入伊势后，信长很快便平定了桑名地区，当地一向宗信徒与船夫们纷纷逃到了长岛。在那之后，信长便开始四处征集攻打长岛所需要的船只，但他却没能集中足够船只，最终不得不将进攻长岛的计划推迟到了次年。而这也使他终于认清了控制海权的重要性，并在此后积极地建立起了一支舰队。足以令信长赶到耻辱的是，与上一次进攻长岛时相同，织田军在撤退时又一次遭到了一向宗信徒攻击，而这一次在暴雨中遭到奇袭的却是他本人，作为全军后卫的林秀贞之子林光时在战斗中阵亡，信长本人勉强退到岐阜。
当信长决定将精力完全集中在长岛方向时，他对于大坂方向的石山本愿寺也并不坐视对方壮大。在回到岐阜不久之后，他便将河内国境内所有织田军的指挥权交给了佐久间信盛，由后者负责指挥对本愿寺的前线战斗。而投靠河内若江城三好义继的足利义昭在佐久间信盛的威胁下认为，在朝仓、浅井氏灭亡，武田信玄死后仍然能够对抗势力不断扩张的信长者，就只有掌握着山阳、山阴两道多达十国土地的毛利氏，于是放弃了在近畿抵抗的希望，逃往中国地区。
足利义昭离开若江城之后不久，三好义继便遭到了佐久间信盛的进攻，被迫自杀。织田军此后席卷了整个河内，甚至于长曾根、大塚、富田林等地的寺内町也被织田军占领了。随着大量寺内町为信长所控制，石山本愿寺的势力也被压缩到了大坂附近。1573年11月，本愿寺与信长签订了一个停战协议，但这并不代表双方准备放弃敌对状态，而只是各自均希望能够得到一段喘息时机。
恰在此时，越前国发生了一向一揆起义攻克一乘谷城的暴乱，并将驻守在北之庄城的明智光秀赶出了越前。但不久之后，信徒们却因为本愿寺在越前要求的税收、徭役过重而纷纷背离了显如。信长在看到这一情况之后立刻认清一个事实——东线对手已经失去了在短时间内威胁自己的能力，而双方的停战协议事实上又因越前一向一揆起义遭到了破坏，这使他在时间和道义上均得以对本愿寺进行一次清算。信长很快便率大军镇压了奈良附近的一向宗信徒。石山本愿寺把信长这一行动看做是后者即将攻击大坂的前哨作战，因此立即开始加强石山御坊周围的防线。不过信长此后却并没有继续沿奈良方向前进围攻大坂，而是突然命令细川藤孝和筒井顺庆从北方的河内国攻陷了高屋城，并将石山城下所有农作物砍伐一光，随后便在当地放了一把大火后掉头回到了河内。
信长此时已经认清，对于石山御坊那样的坚固城池，若作正式的围攻，自己的绝大部分兵力便将被牵制在这里长达数月甚至一两年时间，而使自己既不能进攻他人，复不能抵御东线进攻。因此他选择利用附近一系列城堡做远距离的封锁，虽然这将使本愿寺屈服的时间拖长数倍（尤其是在信长能够切断其海上交通线之前），但却只需相对少量的部队即可完全应付。如果本愿寺倾巢而出试图打破封锁，凭借着对内线的优势，他也有足够时间在对方威胁京都之前将部队调回西线，做一次巨大的会战来彻底解决本愿寺。
在成功将石山本愿寺赶回大坂附近后，信长便决定再次进攻长岛。与几乎从不踏出摄津国土地的石山本愿寺相比，曾一度攻入尾张国，并两次在织田军撤退时造成极大威胁的长岛一向宗信徒无疑更令信长感到棘手。只要这一方面无法肃清，他便永远也无法腾出手来对石山本愿寺发动全面进攻。1574年6月，信长亲自率领不少于3万人的兵力前进到了与长岛仅有一条海峡相隔的尾张国津岛。与先前两次进攻时直接跨海进攻长岛不同，这一次他计划先将长岛周围的所有河口封锁，切断其粮食和增援来源，使对方受到相当削弱后再跨过海峡进攻岛上的要塞。
自1573年的进攻失败之后，信长便开始在尾张热田至矢田川海岸之间的四十多个町外围修建了栅栏，以此来阻止更多一向宗信徒从尾张方向前往长岛。另外，在伊势的桑名方面，信长命泷川一益和羽柴秀吉（木下藤吉郎因在消灭浅井氏时的战功而被信长亲自赐名羽柴秀吉）的弟弟羽柴秀长在西别所附近驻扎了将近一年时间，以截断长岛与大坂之间自近畿南部的陆上联系。不过与这些陆上交通线相比，长岛一向宗信徒更为重要的物资来源还是要依靠海路。在先前两次进攻时，信长便曾因没有足够强大的舰队而无法切断对方补给。而这一点对于围攻石山本愿寺而言也同样重要，因为后者也在大量使用船只从淀川、大和川以及濑户内海上运送人员和物资。
为了封锁长岛水军的行动，信长除动员了尾张沿海几乎所有可以参与军事行动的船只以外，还命令泷川一益调动了伊势方面的船只，同时他也将志摩地区的水军领袖九鬼嘉隆招为家臣。信长为这次行动总计集中了大约600艘船只，并统一交给了次子织田信雄指挥，负责切断长岛南方的出海口，同时掩护其附近的河道。
信长的封锁行动不久后便取得了效果。由于长岛一向宗信徒早已因战火而失去了所有耕地，粮食只能完全依靠大坂或其余地区提供，长岛事实上自举兵以来便只是一个孤立据点，若无外界输入粮食、兵员，战斗力很快便会枯竭。
虽然长岛信徒们以愿证寺为中心，在整个岛上建立了多达16个设防营地，人数也在各地信徒汇集下达到了3万人左右。但在围攻开始之后不久，其士气便开始下降。柴田胜家甚至还曾利用一场暴雨的机会登上长岛斩杀近千名男女信徒。到两个月后，长岛信徒中终于开始大规模出现饿死者。信长随即向信徒们表示如果他们离开长岛便可饶过一命。但双方达成协议后，当信徒们从长岛的设防阵地中走出，乘船撤到对岸之后，信长却将几乎所有人都屠杀了，男女信徒相加，被屠杀者超过两万人。甚至于秀吉手下的前野长康也在《武功夜话》中写道：“岛内尸骸成山……”长岛一向宗起义至此终于被扑灭了。
在信长围攻长岛之时，石山本愿寺附近虽然仍不时爆发一些小规模战斗，但对显如而言，其情况并没有得到任何改观，本愿寺的势力依然被限制在了大坂以内。1575年4月，信长终于将矛头重新转向了西线，并在河内国集中了将近十万人马，这一数字对于信长的军事生涯而言要算是最大的一次了。不过虽然他集中了数量如此巨大的部队，但当他前进到天王寺附近之后却还是不敢对坚固的石山御坊直接发动进攻，只是像前一年一样割走了本愿寺附近的所有作物，继续采取远距离包围的策略消耗对方战斗力。在此之后，织田军的细川藤孝、筒井顺庆包围了三好康长的高屋城，并再次攻入摄津国、和泉国，不久便攻陷了新堀城，将三好氏大体上赶出了近畿。再加上土佐大名长宗我部元亲因招募大量雇佣兵而统一了四国西南部，三好氏势力范围便被限制在了四国东北部。石山本愿寺在近畿陷入了完全的孤立，其所剩的所有交通线便只有濑户内海。而在完成这一工作之后，信长也不急于攻克石山御坊，扬长返回京都。
不过到了此时，在东线上却又出现了新的威胁。武田胜赖终于率领着武田军重新走出了甲斐，并开始对德川家康手中的三河国发动进攻。事实上，对武田氏而言，这一交战时机可以说是不能再差了。倘若胜赖在一年前便发动这一攻势，并将作战线指向尾张而非三河，那么忙于围攻长岛的信长便将因面临两面作战而被迫放弃围攻了。再加上当时三好氏在近畿西部仍能够为石山本愿寺提供一定支援，只要本愿寺和三好氏能够在近畿采取一定程度的牵制行动，信长所要面临的困难便很可能使其应接不暇。但在长岛遭到攻陷，三好氏完全被逐出近畿，石山本愿寺也不敢再踏出摄津国之后，武田胜赖的进攻便显得孤立无援，而终于招致失败。
在第四次川中岛会战中与上杉谦信交战的武田军（红方）
武田胜赖虽然继承了武田信玄，不过他在早年曾被过继给娘家的诹访氏，并继承了被信玄消灭的诹访赖重，因此当武田信玄的长子武田义信因谋反失败自杀，其余儿子又均被过继给别家作为养子之后，信玄便只能选择胜赖的儿子武田信胜作为继承人，而胜赖则重新改回武田姓，成为信胜的监护人。但这样一个身份却并不足以确保胜赖对武田氏的绝对领导权，从理论上讲他只是自武田信胜的一位家臣，与武田信玄的遗臣无异。直到1573年从德川家康手中攻克了远江国高天神城之后，其地位才暂时稳固下来，而如果想要强化自己对整个武田氏的控制力，胜赖所能依靠的便只有在战场上继续赢得胜利。
自信玄统治末期，武田氏在经济上所依赖的甲斐金矿便已经开始枯竭了，当地的农业又因为信玄常年征战而处于荒废边缘，仅依靠领内经济已经很难再继续维持武田氏庞大的军队，其唯一的选择只能是继续向三河、远江、骏河国发动进攻，谋求扩大自己的出海口，以商业取代金矿和农业来支撑军队。
至于武田胜赖为何要在这样一个时刻发动进攻，其原因很可能在于他终于在控制着整个三河国的重要城堡——冈崎城中拥有了一位内应。如果胜赖能够在这位内应帮助下迅速攻克冈崎，那么德川家康所在的远江国滨松城与其盟友织田信长之间的陆上联系便将被切断，而其对三河国的控制也有可能会随之瓦解。1575年4月13日，武田胜赖在将大约一半武田氏军队留在川中岛的海津城监视上杉谦信后率领着大约15000人从踯躅崎馆出发了。
与信长那支步兵占据了绝对主导地位的军队不同，武田氏的骑兵相对要更多一些。在胜赖所领导的15000人（大约有650人左右是拥有铁炮的）中，骑兵人数在3000人左右（经常也作为骑马步兵使用）。此外，这些骑兵也不组成单独的部队，而是还要再加上这些骑兵的步行仆从和步兵，使步骑混合部队的总人数达到了9000人至10000人，单纯的步兵部队人数反而只有5000至6000人。相比而言，相对较大的马匹数量使武田军有着更胜于织田军的机动能力。而且在甲斐国金矿的供养下，这支军队虽然并非兵农分离的常备军，但在装备和组织上还是要好于绝大部分普通大名，其在战场上的冲击能力也要比织田信长先前面对的那些军队更强。这就使织田信长一直以来并不愿意在野战场上与武田军交战。
当武田胜赖到达三河境内的足助城附近时，他却突然获悉自己在冈崎城内的内应已经被居住在那里的家康长子德川信康发现，现在已经被抓了起来并处以极刑。胜赖立刻便意识到自己的行动事实上已经失败了，想要在没有内应的情况下攻陷冈崎城这样的重要城堡，其手中的兵力远远不足。不过胜赖却并不打算直接放弃攻势返回踯躅崎馆。我们必须注意的是，武田氏很大一部分兵员甚至武士在平时都是需要务农的，如果胜赖在动员了15000人后却无法获得一定战果，那么其在经济方面的损失便完全无法抵偿了。
更为重要的是，武田胜赖这一次行动原本就受到了信玄遗老的强烈反对，如果无功而返的话，他对于武田氏的控制力又会再次受到打击。因此在听到内应失败的消息后，胜赖迅速放弃了从足助城向西南方推进前往冈崎的计划，转而采取向东南方前进的作战线，从作手城进攻三河国另一座沿海城堡吉田城。虽然吉田城对于家康的重要性远不如冈崎城，但如果此处被武田胜赖攻陷，那么三河与远江的联系也还是会被切断。
5月6日，武田军烧毁了吉田城北方五公里左右的两座小型城堡。但当他进抵吉田城下之后，却突然发现除了原先便驻扎在那里的酒井忠次1000人以外，德川家康也早在武田军到达之前便率领着5000人赶到了这里。在山县昌景指挥的武田军前卫与几十名出城迎战的德川军发生了一场规模很小但却十分激烈的交战后，家康便决定据守在城内，而不与数量上占据优势的武田军进行野战。在看到自己原先计划的一场短期战役即将演变成长期围攻战之后，武田胜赖也不敢再继续冒着自己通向甲斐的交通线过分暴露的危险坚持留在三河境内，他所携带的给养可能也并不足以支持武田军进行长期战役。因此胜赖终于决定承认战役失败，开始从吉田城下向北撤退。不过在撤回信浓之前，他希望能够在三河边境上的长筱城再尝试一下自己的运气。
由于长筱城在地理位置上要算是三河国的东北门户，因此武田信玄在为进京进行准备时曾于1571年攻克了这座城堡，不过在信玄去世同年德川家康便将其夺回了。1575年3月，德川家康刚刚任命奥平贞昌为该城的指挥官。当武田胜赖开始围攻时，奥平贞昌手下仅有500人左右的守备部队，不过其中却包括了多达200名铁炮足轻，而且城堡上很可能还拥有一门火炮。虽然长筱城中的守军人数稀少，但该城所在的地理位置却十分利于防御。其南端位于小野川和泷川交汇处，而这两条河流的河堤又高达50米以上，敌军是无法从南面对其加以攻击的。不过在长筱城的北方，却有着一座能够控制城堡外围的高地。
武田胜赖在长筱会战前的行动
当武田胜赖在5月10日抵达长筱城下之后立刻便占领了这个高地，随后便将其部队分为八个部分，其中8000人被部署在了城堡周围200米范围之内负责对其进行攻击，包括武田胜赖本人在内的另外7000人则作为预备队留在了距离城堡大约500米的距离上。在11日进行了小规模的试探性攻击之后，武田胜赖在12日下令对城堡进行强攻，武田军随即开始在由竹捆制成的临时盾牌掩护下攻击城墙。由于战斗双方之间的人数差距多达30倍，在武田军所有人看来，这一围攻无疑是能够迅速取得成功的。但到当天夜间时为止，武田胜赖在守军火绳枪、弓箭的打击下已经损失了超过800人，却并没能在任何一点上突破对方城墙。
在接下来的三天时间里，武田军的所有强攻都遭到了失败。直到13日夜间，武田胜赖才得以利用当天昏暗的月光发动夜袭，在付出了不小的伤亡代价后占领了长筱城西北和东北方向的外墙“瓢丸”，迫使奥平贞昌撤回了城堡的三之丸。与此同时，武田胜赖还命令部下利用粗树干在城外建造一座固定的攻城塔，试图以此来监视城内行动，并利用弓箭或铁炮向城内射击。到14日黎明时分，这座攻城塔在一夜之间便已经完工了。不过守军对此的回应却并非惊讶，而是利用手中那门火炮对其进行轰击。在被一枚炮弹直接命中后，攻城塔便倒塌了。
攻城塔被摧毁并没能阻止武田胜赖的进一步攻势。由于已经将瓢丸完全占领，武田军现在便开始对东北方向的第二道城墙发动进攻。而为了挫败对方攻势，山崎善七、奥平出云以及另外两位姓氏为生田、黑屋的武士带领着一小队士兵对武田军发动反攻，在付出了十几名士兵阵亡的代价后暂时逐退了对方。不过到了此时，如果没有援军赶来解围的话，长筱城陷落便已经无法避免了。
自围攻伊始，武田胜赖便从从甲斐的枯竭金矿中征调了大批矿工，利用这些矿工在城外挖掘地道破坏对方城墙。到14日上午，长筱城本丸西侧的一段城墙终于在对方破坏下倒塌了。虽然城墙并没有完全倒塌，但武田军随之而来的激烈进攻却终于迫使奥平贞昌逐步放弃阵地。到夜幕降临之时，德川军已经放弃了除本丸和二之丸以外的所有阵地。更为致命的是，长筱城的粮仓被武田军摧毁掉了。
与奥平贞昌相比，虽然武田胜赖所面临的情况要好得多，但此时他却犯了整场战役中最为重要的错误。按照武田胜赖最初的计划，这场战役原本只是一场大规模的突袭，无论是对冈崎城、吉田城还是长筱城的进攻都应完全寄托于行动的迅速，一旦战役时间被拖长，自己通往信浓甚至甲斐的交通线便将面临被切断的危险。如果武田胜赖继续进行强攻的话，长筱城是肯定可以在两到三天之内攻陷的。也许是由于长筱城位于三河边境，使武田胜赖认为自己已经不必再担心交通线问题，而他手中的兵力也足以应付德川家康的解围行动。几天的战斗中每天都会出现数百人伤亡的情况也让他感到不安，导致他在获悉德川军粮仓被毁的消息后立刻决定中止对长筱城的强攻，转而对其进行围困，而忽视了远比德川家康更为强大的织田信长前来支援的可能性。
不过无论如何，当武田胜赖决定放弃强攻之后，他便开始在城堡周围修建木制防御工事，以阻止德川军突围或出城逃亡。此外，武田军在小野川、泷川以及丰川上也拉起了绳索和渔网，切断长筱城通往南方的水道，一些绳索甚至还系上了铜铃作为预警措施。双方的交火则减少到了仅仅互相利用弓箭和火绳枪进行零星射击的程度。到了此时，武田胜赖所需的便仅仅是数天时间，而估算本丸内所存粮食只能支撑四天的奥平贞昌需要的则是援兵。也许令武田胜赖大感吃惊，最终如愿的却是奥平贞昌。
在武田军押解下的鸟居强右卫门
早在围攻开始之前，奥平贞昌便曾向德川家康寻求援助，但后者由于需要将手中大部分兵力留在各地，以防止某一城堡被武田胜赖突袭，因此到长筱城遭到围攻时为止，其握有的机动兵力也就只有他带到吉田城的5000人。不过这一局势很快便发生了逆转，因为织田信长已经下定决心利用这一机会彻底毁灭武田氏再次发动进攻的能力。5月14日，信长率领着多达3万人的部队从岐阜出发，而其中所包括的3500名铁炮足轻很快便将在战场上证明自己已经成为了一支决定性力量。15日，信长的军队已经抵达了冈崎城，与德川家康会合在了一起。
与此同时，长筱城中一位名叫鸟居强右卫门的低级武士在黑夜之中从城中突围而出，15日下午便赶到了冈崎城，告知德川家康武田胜赖正在围攻长筱城，而城内的给养却只够守军食用几天了，如果无法在这一时间内得到援军的话，奥平贞昌已经决心在给养耗尽后以切腹自杀来换取胜赖放过守军的性命。
对织田信长和德川家康而言，由于自己手中的兵力已经达到了武田胜赖的两倍以上，如果能在长筱迫使对方与自己进行会战，织田、德川联军必定是能够居于不败的地位。因此信长和家康也很快便告知鸟居强右卫门，援军在第二天就会启程赶往长筱。强右卫门随即返回长筱，但却在城外被武田军截获，为了向守军传达援军即将到达的消息，他向武田胜赖伪称自己会与武田氏合作，告诉城内援军不会来，以说服奥平贞昌投降。不过当强右卫门在武田军押解下来到城外时，却又高喊援军很快便会到来，愤怒的武田胜赖立刻便将他杀死了。
5月16日清晨，在将守备冈崎城的部队数量从7000人减少到4000人之后，德川家康率领着8000人与织田信长的30000人一同出发了。途径了野田城后，联军在18日晚间时分抵达了长筱城以西大约五公里名为设乐园的一片平原。在到达此地之后，联军也并没有急于发动进攻，为长筱城解围，而是决定直接在设乐园展开。在这一条阵地上，联军的左翼可以得到植物茂密的山丘保护，而右翼外侧也可以得到丰川保护。最为重要的是，联军阵地正面还有着一条名为连吾川的小河保护，武田胜赖如果试图在这里利用自己冲击力更强的部队发动冲锋，就一定会在过河时发生混乱。为进一步预防自己的阵地遭到对方骑兵突破，信长还开始在自己的阵地前方构筑三道长度在2100米左右的木制工事，事实上就是一些栅栏。这些栅栏并非连接在一起的，其中间也留下了用于联军发动反击的缺口，而工事之间也挖掘了不少壕沟。
织田信长将自己的旗本部署在了左翼后方的极乐寺山，德川家康旗本则部署在右翼后方的高松山。在信长前方，位于联军左翼顶端的是水野信元，其次分别为佐久间信盛、丹羽长秀、羽柴秀吉、泷川一益，织田军的3万人构成了联军左翼。而在德川家康前方，自北向南则分别为鸟居元忠、石川数正、本多忠胜、神原康政、大须贺康高、大久保忠世，其中最南端的大久保忠世阵地前方并没有设置工事。德川信康则与家康一同作为预备队位于高松山，这总计8000人的德川军在会战中作为联军右翼。此外，信长和家康还在20日夜间决定，由酒井忠次率领一支包括500名铁炮足轻在内的3000人部队在会战当日对留在长筱城外的武田军进行突袭，在会战开始前，这支部队被部署在了右翼顶端的后方。
依照这一序列，信长事实上是将其大部分部队集中在了左翼，德川家康手中仅有8000人，却要防守与大约20000名织田军长度相当的正面。作为联军手中最为重要的力量之一，3000名铁炮足轻大部分被部署在了防御力量相对较弱的右翼前方，其余则被部署在了左翼。不过根据《长筱日记》、《信长公记》等著作所描述的战况，除正面没有工事的大久保忠世以外，联军也并没有将部队完全部署在工事后方，一些部队是被留在外面以保护木栅栏的。
既然一支远比自己更为强大的援军即将赶来，那么武田胜赖全身而退的唯一选择便是解围撤退。如果武田胜赖选择以自己的骑兵掩护撤退，缺乏骑兵的信长则难以对其进行有效追击。在胜赖于当天召开的会议上，马场信春、内藤昌丰、山县昌景等信玄时期便征战沙场的宿老也持这一意见。不过武田胜赖却还是拒绝不经一战便放弃围攻长筱，其原因也还是和整个战役的出发点相同，他担心自己空手而归会使战前便反对这次行动的宿老轻视自己。如果放弃进攻拥有重兵防卫的冈崎城、吉田城在荣誉上还算可以接受的话，现在他要是连这样一座守军人数仅有自己三十分之一的城堡都无法攻克，无论事实上面对的是何种情况，当他回到甲斐后，他在武田氏的领导地位也还是会受到影响。即使无法在战斗中完全击败对方，他也希望在给予对方相当程度打击后再进行荣誉的撤退。
马场信春还建议说，如果胜赖无论如何都要在这里与对方交战的话，那武田军也应该先攻克长筱城，而按照他的估计，攻克长筱过程中的伤亡是可以被控制在1000人以内的。在攻陷城堡之后，武田军便应据守在城堡内与对方交战，而不应与对方进行力所不及的野战。不过胜赖却对此却还是加以拒绝，武田胜赖很可能过分高估了自己手中的骑兵力量。在1572年的三方原会战中，武田信玄曾经利用一次卓越的骑兵冲锋击败了德川家康，而武田胜赖当时也亲眼目睹了这一幕。不过在那时，武田信玄的兵力超过了对方两倍，而现在这一情况却完全被颠倒了过来。也许更重要的却是，战场上居于攻击一方的士气始终是要比防守一方更高些的，这点对于兵力居于劣势的武田胜赖而言尤为重要。
在19日夜间武田胜赖下定与对方进行野战的决心后，马场信春、山县昌景、内藤昌丰、土屋昌次四位宿老便认定武田军很可能会遭到一场惨败，而他们自己所能做的却只有战死沙场，四人甚至以水代酒互相道别了。
自第二天清晨开始，武田军在留下了武田信实继续监视长筱城之后，其余所有部队全部开始向西前进，并在连吾川东岸展开。胜赖将自己的部队分成了四个人数在3000人左右的部分，除左翼、右翼、中央以外，他本人手中还握有一支预备队。
在两军阵地最为狭窄的地点，双方距离只有200米，这一距离甚至已经接近了日本长弓以及火绳枪的最大射程（当然，也是大大超过了有效射程的），即使最远处也只有大约400米左右。在这个距离上，只要武田胜赖能够顺利地发动冲锋，那么他的骑兵只需要不到五分钟时间便能够抵达对方阵地。即使由于需要先突破对方防线，而先由一些以侍从人员组成的轻步兵发动进攻，步兵们也是可以在十钟内到达对方阵地上的。较短的冲锋距离对于保持骑兵以及方阵的秩序可以说是大有好处的。因为事实上无论是方阵还是骑兵，自推进开始那一刻起，每向前迈出一步，秩序就要下降一些，如果推进距离过长，那么方阵在与对方交战前便可能会自行解散了，而骑兵更是会因马匹精力的下降而变得难以驾驭。
长筱会战
不过，虽然武田胜赖看起来似乎是得到了自己所希望的阵地。但对于方阵或骑兵冲锋还需要的平整地形，设乐园战场便难以满足了。这里原本是十分适合发动大规模冲锋的平原，但在19日和20日连续两天的降雨却使连吾川两岸成为了泽国。如果武田军主动进攻，那么就必须要穿过这一片沼泽，而这对于骑兵或方阵的秩序而言是具有毁灭性的。随着秩序的逐渐混乱，部队的推进速度也会下降，结果便使己方越接近对方阵地速度越慢，而使对方大批铁炮足轻能够获得更多机会对其进行打击。
武田军右翼的3000人由穴山梅雪统一指挥，其手下拥有马场信春、真田信纲、真田昌辉、土屋昌次、一条信龙等部队，面对着织田军左翼顶端的佐久间信盛等部队。在穴山梅雪以南的武田军中央由武田信玄的弟弟武田信廉指挥，其前卫由内藤昌丰率领，其余部队还包括原昌胤、小幡昌盛等部队，这支部队面对着自织田军泷川一益到德川军神原康政之间的部分。由武田信丰指挥的左翼则由山县昌景、迹部胜资、小山田信茂等人组成，面对着德川军右翼的大久保忠世以及大须贺康高。武田胜赖亲自指挥的预备队除武田信友被部署在较为靠前的位置以掩护右翼和中央结合部以外，武田信光、望月信雄以及武田胜赖本人均位于中央后方。
虽然武田军人数只有联军的三分之一左右，但占据的阵地长度却与对方相当。原本一支人数居于劣势的军队想要在进攻中获得成功，最好的办法便是对敌军一翼进行集中攻击，然而武田胜赖却并没有作此安排，这有可能是他已经意识到沼泽会对前进造成一定困难，因而不敢将部队完全集中在一翼，以便为各部队留下足够空间来克服地形上的困难。
虽然自20世纪90年代起，不断有学者认为武田军中骑兵数量可能很少甚至根本就不存在，而且屡次以当时日本马体型很小、冲击力不足作为论据。但事实上，即使抛开当时日本人本身的平均身高也只有150厘米左右不谈，只要看到信长在会战当时所占据的阵地，这一点便足以得到澄清了。其在拥有多达对方两倍的部队同时却并不敢于主动进攻，而是选择在一条河流背后的坡地上构筑阵地，唯一合理的解释便是担心一旦越过连吾川，自己便会在毫无保护的平原上遭遇对方冲锋，重演家康在三方原的失败。作为另一方面的例证，如果不是在某一方面有着绝对优势的情况下，武田胜赖也绝对不敢于向这样一支有着巨大优势的敌军发动进攻，那完全是将武田胜赖当做一位不懂得战争艺术的三流、四流将领看待了。但值得注意的是，由于信长在长筱战场上所构筑的大量工事，武田骑兵在对其发动进攻时很可能是以骑马步兵的方式在工事外围下马与对方战斗的。
在连吾川两岸对垒的这两支军队，在当时的日本都要算是最强的军队之一了。不过在这二者之间，织田、德川联军无疑要更为先进，因为在这支军队中，步兵的火力和冲击力已经结合到了一起，而武田军还完全是要依靠冲击力，像潮水一般反复打击在对方阵地上。对武田胜赖而言，由于对方的左右两翼分别以树林和河川为依托，他所能依靠的便只有正面攻击。而由于那里的工事又使胜赖的骑兵难以冲锋，因此只能先依靠步兵至少拆除一部分工事，之后再将骑兵投入到缺口中进行冲突。
5月21日上午大约6时左右，武田胜赖的进攻开始了。也许是他看到了对方右翼顶端并没有工事保护，而那里的地形又比较平坦。因此武田军这一次攻击也就对准了德川家康所指挥的联军右翼，而其领导者则是整个武田氏最为能干的将领之一山县昌景。由织田信长近臣太田牛一所著的《信长公记》对此写道：
“战斗打响了……武田军开始向敌阵突击。首次进攻由山县三郎兵卫（昌景）率领的精兵发起……他们在太鼓声中向联军阵地发起猛烈进攻。这时织田军阵地上铁炮声四起，大为惊讶的山县昌景立刻被打乱了阵形，并很快撤出战场。”
虽然太田牛一并没有告诉我们战斗的细节，而《甲阳军鉴》、《长筱日记》等著作的记叙又存在不少冲突，但即使仅凭常识，我们也可以大致推测出战场上的情形了。当山县昌景推进到连吾川附近时，其部队便一定会因沼泽而发生混乱，导致他们在越过连吾川后已经变成了一群乌合之众。当山县昌景进入到联军阵地前方50米范围内之后，对方的铁炮足轻便开始向他们射出猛烈火力，以致于当他们接近到联军阵地附近时已经受到了相当的损失，而三排横队的火力持续性可能也让他们在精神方面受到了一些震撼，因此很容易便被阵地内的步兵所逐退了。
不过山县昌景在第一次进攻失败后并没有立刻溃散，而是在重新整理了部队秩序后再次发动进攻，在承受了巨大伤亡后终于推进到了对方阵线之中，并领导着武田军左翼与大久保忠世发生了长达数小时的激烈战斗。到了此时，铁炮足轻们已经无法再继续施展齐射威力了，战斗遂演变成了白刃战，大部分武田骑兵也下马作为步兵参与到混战之中。当武田军左翼其余部队也投入到战斗中之后，山县昌景又率领着自己的部队向本多忠胜所守卫的阵地进行了一次冲锋，但他本人却被对方铁炮击中身亡，所部也随之崩溃了。
长筱会战中以三排横队向武田军进行射击的铁炮足轻
在山县昌景对联军右翼的首次进攻失败之后，由武田信廉指挥的武田军中央也开始前进了。在看到山县昌景在铁炮面前所遭受的打击之后，小幡昌盛让骑兵的步行侍从举着由竹捆制成的简易盾牌列在骑兵前方，试图以此在骑兵能够发动冲锋前为后者提供一些保护，而且他也希望这些步兵至少在一定范围内突破对方工事，否则纵使自己的骑兵再怎么强大，也还是只能在对方阵地面前大吃其亏，要么就只能与步兵一样下马作战。不过这些步兵在突破对方工事前方的防线之后，却还是为木栅栏所阻挡，以致于当小幡昌盛的部队只得下马突破栅栏时也像山县昌景一样一再遭到铁炮射击，而归于失败了。
与右翼和中央相比，联军所遭遇的真正威胁反而来自于兵力最密集的左翼。马场信春仅凭700人的兵力便成功地将佐久间信盛逐退到了栅栏后方。但在此之后，由于联军左翼有着一片浓密树林的掩护，他也无法对工事进行迂回，而只能继续像小幡昌盛一样直接向工事前进，并遭到对方铁炮打击，在后续的真田信纲、真田昌辉能够进攻之前，马场信春便损失了大约200人而不得不开始撤退了。
《长筱合战屏风图》
当真田部投入到进攻行动之后，由于一部分栅栏已经在马场信春努力下遭到拆除，真田部终于得以突破到联军防线以内与对方进行白刃战斗，而不久后马场信春也再次前进，这使信长感到左翼已经面临着遭到突破的威胁。甚至于马场信春的前卫曾一度推进到了原先由位于佐久间信盛后方的织田信雄所占据的一个山丘，并试图向信长的旗本发动进攻。不过当柴田胜家和羽柴秀吉手中的步兵打击在马场的侧翼和后方之后，后者立刻便发生了溃散，马场信春本人在撤退时手中仅剩下了大约80人。在此期间，真田信纲、真田昌辉也已经在进攻中丧命。从北到南的整条战线事实上已经演变成了激烈却并无进展的混战。
在看到前线部队已经筋疲力竭却还是无法取得决定性突破之后，武田胜赖终于在大约10时左右决定将自己手中的预备队也投入战场。不过事实上他已经错过了会战的决定性时刻，如果在马场信春突破联军左翼时他便将自己手中的部队投入到突破口中，为己方右翼提供强有力的支援，那么柴田胜家和羽柴秀吉的侧面攻击便可能会被胜赖的预备队所阻挡，而佐久间信盛则会被挤压到背后的树林中自行分裂。虽然信长仍然可能利用庞大的数量将武田军击退，但这却是武田胜赖在这一天里唯一的机会。然而到了此时，联军已经重新夺回了所有被对方突破的阵地，而且武田胜赖也没有将自己的预备队投入到联军压力更大的侧翼方面，反而全部派到了联军最为稳固的中央，并将他们交给了武田信廉。在这样一个愚行之后，武田军这支最后的力量除了又将整条战线上的混战延长了几个小时以外，便再无任何作用了。
到下午13时，双方已经进行了长达七个小时的激烈战斗。可以想象的是，即使是在人数和阵地上都占据着优势的织田、德川联军也已经混乱不堪并承受了大量人员损失。为整理部队秩序，织田信长下令将所有部队均后撤到木栅后方。武田胜赖在看到联军暂时后退之后，也终于决定放弃战斗并向甲斐方向撤退。
虽然信长刚刚命令后退重整，但当武田军开始撤退后，他立刻又改变了命令。早在会战开始之前，信长曾专门下令要求所有武士和自己为数不多的骑兵不得骑马战斗，以免这些骑兵会在混乱中破坏防线秩序，而现在他又下令所有拥有马匹的人都要上马，从阵地中冲出去追击武田军，步兵也紧跟其后。在联军的压力之下，原本还能够维持有秩序撤退的武田军逐渐开始溃散了。内藤昌丰在本多忠胜、大须贺康高、神原康政追击下战死沙场，马场信春也在掩护武田胜赖时被联军斩杀。不过由于联军手中骑兵数量很少，全军又已经处于筋疲力竭的边缘，因此也并没有进行战略性的追击。而武田胜赖在带着3000余名残部退回甲斐后又得到了高坂昌信从海津城带来的大约8000名士兵掩护，返回到了踯躅崎馆。到5月25日，信长也带着自己的部队回到了岐阜城。
双方主力进行会战的同时，酒井忠次所率领的5000人解围部队自上午8时左右便抵达了长筱城附近。这支部队自丰川南岸绕过了武田军左翼，一直前进到了城堡东南方。在500名铁炮足轻的掩护下，酒井忠次很快便击败了留在小野川以南的1000名围城部队，杀死了对方的指挥官武田信实。与此同时，长筱城内的奥平贞昌也开始向北突围，并使对方损失了超过200人，使长筱城在10时左右终于解除了围城。
按照旧日本帝国陆军参谋本部编纂的《大日本战史》估计，武田军在长筱会战中伤亡达到了10000人，而联军也达到了6000人，《长筱日记》则认为武田军伤亡应在7000人左右。如果这些数字是可以相信的，那么织田、德川联军便是在占据着极大人数优势，且拥有着坚固设防阵地的情况下却仍然付出了几乎与对方相当的伤亡，足以证明武田军进攻的激烈程度。
这一战之后，在整场战役中损失了超过一万人（包括逃亡人员）的武田氏事实上已经失去了再次挑战信长的能力，虽然武田胜赖在长筱会战失败后还曾试图对军团编制进行改革，但他手中所剩下的经济能力却无论如何都已经无法负担起这样一个重任了。而且在不久之后，武田氏便因胜赖声望大跌而发生了越来越多的内乱。再加上长岛一向宗信徒的毁灭，以及越后上杉氏交通线不畅难以对近畿发动长时间作战，因此信长的东疆事实上已经得到了完全保证，现在他终于可以腾出所有精力来对付石山本愿寺了，对于武田氏的最终清算，则一直要等到八年后才会进行。
这一战对日本军队带来的影响却远远要比信长平定东疆的意义更大。由于铁炮和足轻在长筱会战中所起到的巨大作用，使日本很多大名都开始认为骑兵已经无足轻重了。但事实上这却是完全错误的，也许织田信长自己对此是最为清楚不过。对方的骑兵驱使着他在长筱城即将陷落时仍然不敢率领规模远大于对方的部队主动进攻，而不得不在设乐原平原西端地形略显破碎之处建立防御阵地。只是由于武田胜赖错误地运用了这支部队去进攻良好的设防阵地，才使他们暴露在了对方火力打击之下。
不过这些问题在当时却被大部分人忽略了。在这一战之后，各大名虽然加紧了铁炮的普及这一正确措施，对于另一种需要耗费大量现金供养的兵种——骑兵却被荒废掉了。这导致日本军队逐渐失去了对敌军进行决定性冲锋或追击的能力，若非此时士兵的士气仍然较为脆弱（虽然相比战国时代前要算是已经有了极大改善），一经战败便时常发生崩溃，否则缺乏骑兵的日本军队很可能永远无法击溃对方，因为一支军队真正的崩溃往往是在撤退中遭到对方有力追击导致的。所幸的是日本军队中也拥有着一些由武士组成的轻步兵（仅以战术而论，在装备上无疑是要属于重步兵的），在一定程度上弥补了缺乏骑兵所造成的追击困难。
击败武田军之后，信长立刻便将矛头重新指向了一向宗信徒。当年8月，信长率领3万人出现在越前的敦贺，在这支大军面前，不像长岛一样有着坚强阵地的一向宗信徒几乎完全没有抵抗能力。像长岛一样的屠杀也发生在了越前，被杀死的人达到了12000余人，加上被俘者，信徒的损失总共超过了3万人。此后信长又一直攻入了加贺国，攻陷了南部的能美、江沼两地。在此之后，他便留下了柴田胜家担任整个北陆道方面军的总指挥，负责继续镇压一向宗信徒，并防止北陆越后方向的上杉军攻入近畿，自己则返回了岐阜。
在长岛、越前信徒相继被信长消灭之后，石山本愿寺所能依靠者便只剩下了纪伊国的杂贺众雇佣兵以及西国的毛利氏了。随着信长逐步将整个近畿握在了自己手中，毛利辉元也逐渐感到了织田氏带来的威胁，石山本愿寺则是最后一个能够阻挡织田氏进军西国的防线。只要石山本愿寺依然存在，织田军便无法在将山阳道交通线暴露给前者的情况下进攻毛利氏。本愿寺也请求统辖着安芸国和备后国一向宗信徒的毛利辉元能够派兵占据淡路岛的岩屋，将当地的船夫和水军控制在自己手中，以免信长征用这些船只切断石山本愿寺的海上交通线。
1576年年2月，逃亡到了备后国的足利义昭给毛利辉元写信，要求后者“为幕府的再建尽力。”得知此事的信长立刻便认清本愿寺事实上已经成为了毛利氏的前哨基地，如果不将其铲除，自己永远无法消灭毛利氏。于是他在4月便命令荒木村重、明智光秀、细川藤孝等人率军进攻石山御坊，很快便封锁了大坂附近所有的道路与河流。不过，本愿寺也动员了一万余人，击败了明智光秀，并将其包围在石山以外的天王寺。
信长获悉天王寺方面告急之后，立即从京都率领三千左右的士兵赶往大坂试图解除天王寺的包围圈。虽然本愿寺的部队此时也已经因动员规模扩大而增长到了一万五千人左右，但在信长本人的迅速行动以及明智光秀军的突围行动下终于无法维持包围圈，在损失了2700人之后向大坂方面退却。织田军也在进抵大坂石山御坊城下后，停止了进攻，其兵力在天王寺会战之后已经受到了相当程度的削弱，没有继续向石山御坊发动进攻的能力了。在这一战结束后，天王寺也被完全控制在了织田军手中，可供石山本愿寺自由行动的空间只剩下宽度不超过10公里、纵深不超过五公里的狭长海岸了。
在此之后，信长又在距离大坂稍远的交通枢纽处建起或加固了多达10座城堡，分别是尼崎、吹田、花熊、能势、大和田、三田、多田、茨木、高槻、有冈。一方面这些城堡可以彻底压制石山本愿寺再次出城与自己进行野战的可能，同时也可以在织田军未来再次攻击石山御坊时作为前线支撑点和集中物资的兵站，而不需再像原先一样要以京都作为基地。与此相对，本愿寺也只能在守口、鴫野、野江、楼之岸、木津、难波等地修建了大量防御工事，形成一道对垒线来保护石山御坊。
从此时开始直到1580年8月为止，石山本愿寺战场正式进入了围攻状态。整个围攻时间长达四年之久，在此期间信长虽然坐拥日本最为强大的军事力量，但却从未敢于正面对石山御坊发动强攻。而本愿寺之所以能够在路上交通线完全被封锁的情况下仍能坚持数年时间，其背后除了有着巨大的财力、众多的信徒以外，毛利氏对于濑户内海的控制权才是最为至关重要的。
尽管信长已经调动了数百艘船只以近畿西部为基地对本愿寺进行海上封锁，但在1576年7月间，毛利水军还是凭借着多达900艘的船只以及更为灵活的战术突破了封锁线，将大批粮食运进了大坂。在杂贺众的支援下，毛利水军与约300船只组成的织田水军在木津川口爆发了海战。九鬼嘉隆率领的织田舰队虽然拥有数量不少的大型战舰安宅船，但毛水水军却利用舰型很小、航速极快的小早投掷燃烧物烧毁了大批织田船只。
在此之后，信长终于认识到自己如今所要面对的，不再是长岛一向宗信徒那样拼凑而来的水军，而是一支组织严密、战术娴熟的劲旅。早在1573年，织田信长便曾在琵琶湖中建造长达55米的大安宅船。在木津川口海战遭到失败后，为应对毛利氏的火攻战术，他又命令手下九鬼嘉隆建造了6艘长30至50米长的铁甲船，仅其上层建筑便有24米长、13米宽。根据西班牙传教士路易斯·弗洛伊斯回忆，这些铁甲船分别搭载有三门火炮、24支超大口径火绳枪和68支普通火绳枪，而其外侧敷设的铁板除可以起到保护木材不会起火的功效以外，甚至能够完全抵挡普通火绳枪的攻击，战斗力远远凌驾于当时的普通安宅船之上。
不过在新的舰队建造、训练完成之前，信长只能从陆路进一步封锁本愿寺。1577年1月，信长开始在近江国修建一座名为安土城的巨型城堡，这座城堡位于岐阜城与京都之间的中山道上。一个月之后，他便率领着部队从安土出发前往纪伊国，对近畿西部除本愿寺以外的最后一个敌人杂贺众发动进攻。杂贺众虽然原本只是一个雇佣兵集团，但在本愿寺和信长交战的十年时间里，他们却因有着大量信徒而完全站在了本愿寺一方。这些雇佣兵大量使用铁炮作为武器，还拥有制造铁炮的锻制坊。
对于石山本愿寺而言，杂贺众已经是他们在近畿范围内仅剩的友军了，现在只有这一方面的力量可以在地面上稍微牵制信长的行动。为加强杂贺众的防御工事，本愿寺甚至将大坂极为稀少的火炮也送到了杂贺。在对杂贺进行了一个月围攻之后，信长没能取得决定性进展，最终只得选择撤退。
作为夺取濑户内海制海权的一种手段，从当年10月起，羽柴秀吉被任命为中国方面军指挥官，其居城也从近江的长滨城转移到了播磨国的姬路城，并准备从这里开始对毛利氏发动陆上攻势，试图将毛利氏从濑户内海东部逐出。这一行动的目的与一之谷会战后源范赖西进异曲同工，在扫除本愿寺外援以外，秀吉对播磨国西部、备中国等地的进攻也会成为未来织田氏对毛利氏发动总攻的跳板。
正在与毛利水军战斗的织田军铁甲船
不过从次年2月起，秀吉却因遭到三木城主别所长治的背叛而陷入十分不利的局势。由于三木城控制着山阳道，因此姬路城和京都之间的陆上直接联系事实上被切断了。同时毛利辉元、小早川隆景等人也借机沿山阳道自西向东攻入播磨，秀吉已经陷入了两线作战，最后不得不放弃了西面的上月城全力围攻三木。不过即使如此，他却也像信长一样不敢于将手中那些训练有素的士兵投入损失巨大的强攻之中，只得花费了整整两年对其进行围困才终于攻克该城。由于这些变故，直到1580年之前，沿陆路逐退毛利氏部队，控制濑户内海东部的计划都没有真正得到实现。
1577年下半年，织田氏的大和国信贵山城城主松永久秀突然与本愿寺达成联盟，信长不得不派出自己的继承人织田信忠率军讨伐，最终在10月10日迫使后者自杀。到了1578年10月，摄津国有冈城城主荒木村又与本愿寺达成了同盟。由于荒木村重的变节，播磨的秀吉军不仅彻底陷入了孤立，摄津方面对本愿寺的包围圈也被撕裂了。信长在震动之下甚至一度决定与毛利氏以及本愿寺和解，以免对方从有冈城直接进入京都。
但就在荒木村重变节不到一个月后的11月6日，自7月中旬便来到大坂沿海封锁本愿寺的九鬼嘉隆率领织田水军，在第二次木津川口海战中击败了拥有600艘船只，试图再次为本愿寺运送粮食的毛利水军。虽然从战术上讲织田氏并没有在海战中取得压倒性优势，但这场胜利却是决定性的。它不仅使毛利氏放弃了濑户内海东部，而且也彻底切断了本愿寺最后的海上交通线。从此时起，大坂终于被完全孤立了。
胜利消息传来之后，信长立刻便认清自己已经获得了决定性优势，随即终止了和谈工作。虽然柴田胜家曾在1577年9月被上杉谦信击败，不过由于后者在第二年3月13日便去世了，其两位养子又陷入了继承权争夺之中，因此信长便将原先派给柴田胜家的佐佐成政、前田利家、不破光春等人调入了尾张、美浓方面军的织田信忠手下，并由后者开始大规模围攻有冈城。到了9月，据守有冈城十个月之久的荒木村重只带几个随从，自己先逃出了城堡。又过了两个月，有冈城投降了。荒木村重的失败使本愿寺陷入了完全绝望之中，甚至连原先在第一次木津川口海战后派到大坂来的毛利援军也开始从本愿寺周边的防线撤回中国，本愿寺手中所能依靠者只剩下城内信徒和杂贺众了。
不过虽然如此，信长也还是不愿意对石山御坊进行强攻。他不仅担心自己的精锐士兵会因攻城战而损失惨重，而且也希望大坂的寺内町能够完整地落入自己手中，而不愿意将其摧毁。因此他再一次向朝廷请求出面调停本愿寺与织田氏之间的战争，而后者也在12月末向本愿寺送去正亲町天皇的调解书。在此之后不久的1580年2月，别所长治也终于因为无法继续坚守三木城而自杀，使秀吉终于解除了两线作战状态，随即开始准备沿山阳道西进。在此期间，备前大名宇喜多直家也向秀吉投降，成为了织田家的从属者。与此同时，信长为了尽快使本愿寺坐上谈判桌，也加紧了逼迫本愿寺显如的脚步，他在3月故意开始散播自己将很快便将全力进攻石山御坊的谣言。
在这一错误情报的误导下，显如向各国信徒、寺院送去了求救信，近乎哀求般地通知各地信徒迅速把兵员、粮食、铁炮、弹药送至大坂，即使为此中止对于本愿寺来说重要的年忌、月忌等佛教活动也在所不惜。然而即使是如此急迫的请求，在大坂已经完全被织田军包围的情况下也已经无法实现了。对此毫不意外的信长借机将和约条件与自己保证大坂信徒性命的誓书交给公卿近卫前久等人，由后者负责进行调停。
按照信长所提出的条件，大坂本愿寺信徒可以在7月份到来前撤往别处，南加贺国的能美、江沼两地也将归还给一向宗信徒。为显示自己的诚意，信长甚至还表示可以将自己的一个儿子作为人质交给本愿寺。为了让本愿寺信徒完全撤离，他还命令秀吉暂时停止播磨方面的战事，并允许显如等本愿寺一族转移到杂贺，保证显如等一行的海陆通行。
本愿寺内部对是否停战却发生了争议，门主显如主张接受和约，因为本愿寺到了此时事实上已经没有继续抵抗的能力了。而他的儿子教如却认定信长又会像围攻长岛时一样背信弃义，在信徒们放弃抵抗后推翻和约展开屠杀。后者的主张不仅获得寺内町居民支持，甚至连杂贺众也表示支持。对杂贺众而言，他们认为一旦显如和教如被转移到了杂贺，信长便会再次寻找借口进攻这里，他们宁愿在已被完全封锁的大坂作战，也不愿将战火引向自己的土地。
不久之后发生之事似乎印证了教如的观点。北陆方面的柴田胜家又越过了手取川进攻加贺国北部，打败本愿寺信徒一路攻入了能登与越中境内，甚至还对本愿寺在加贺国建立的金泽御坊发动了进攻。按照约定，信长应该将加贺南部交还本愿寺，但在此之前他却对加贺北部发动了进攻，这便使教如一派变得极为愤怒。教如甚至在写给杂贺众的信中告诉后者不必再听从父亲显如命令，只要听命于自己坚持战斗即可。而显如随后便表示除了自己以外无人能对信徒下令，甚至还表示如果杂贺众仍然帮助教如的话，自己便不再承认杂贺众的一向宗信徒身份。显如与教如父子矛盾对立，本愿寺从内部出现分裂，而其唯一的获利者便是织田信长。
在规定的7月期限之前，显如在4月9日便带着亲鸾像离开了大坂，赶赴纪州杂贺，准备在那里重新建立一座新的本愿寺。另一方面，教如却依然和寺内町军民留在大坂，并宣布只有石山本愿寺才能算是一向宗的本山。对于显如和教如，信长采取了两套完全不同的应对方法。在显如离城之前，信长命令尼崎方面的细川藤孝与中川清秀停止与大坂信徒们的战斗。与此同时，他也下令再次加强对大坂的包围线。信长甚至还在写给佐久间信盛的书信中表示自己无论如何都要占领石山御坊。
与此同时，教如通过逃亡到备后的足利义昭请求毛利氏再次向大坂派出援军。不过，现在织田信长手中最能干的将领之一羽柴秀吉已经腾出手来，开始沿山阳道进攻备前国，他的弟弟羽柴秀长也在山阴道方面从但马国对因幡发动了进攻，毛利氏已经完全无暇响应教如的请求了。信长没有让这个机会错过，他再次请近卫前久前往大坂，才终于说服教如撤离。不过就在教如离开后不久，石山御坊却在一场大火中被烧毁了。起火原因到今日已经不甚明了，不过无论是教如撤离后命人烧毁，还是信长为彻底埋葬石山本愿寺而烧毁御坊，抑或是当地居民在混乱中失火烧毁，信长将责任完全推给了自五年前起便担任石山本愿寺攻略作战前线指挥官的佐久间信盛，将后者及其儿子信荣一起流放到了偏远的熊野边境。
教如在离开大坂之后一度前往杂贺试图获得显如原谅，但后者却拒绝对其表示理解。此后教如几乎完全失去了立足之地，甚至一度希望投奔武田胜赖。直到后来丰臣秀吉时期，教如才在1593年显如去世一年后得以继承秀吉在京都为显如重建的本愿寺。到1602年，这座本愿寺又因继承权问题一分为二，分裂成了西本愿寺和东本愿寺，一向宗自此已经失去了所有政治影响力。
石山本愿寺的倒塌，不仅使信长的西疆终于得到了确保，而且也扑灭了所有试图在近畿威胁信长的希望。只要这一反信长势力的最后桥头堡仍在，如同松永久秀、荒木村重一样的叛变就仍将不断出现，而毛利氏也可以通过大坂继续对近畿施压，使京都永远无法完全安定下来。而这一战，也显示在战国日本这样一个攻城设备不周的国家中，想要攻克一个巨大的城堡是何等艰难。
这一战的结束同时也正式宣告着一个新时代的来临。在此之前，战国时代的大名们已经共同摧毁了庄园制经济体系，侵占了几乎所有皇室和贵族领地，架空了皇室以及公卿最后的实权，贯穿自镰仓时代至战国前期的整个日本中世社会体系已经摇摇欲坠。随着石山本愿寺举兵的失败，在中世社会秩序最后的遗孤寺院势力也衰落了，整个日本所剩下的唯一政治力量便只有武士了。
自进入近畿之后，信长便不断与各寺院进行着大量争斗，他甚至在1571年对参加反信长包围网的比睿山延历寺进行了屠杀，而后者却正是在平安末期白河法皇口中为数不多的令他无法驾驭之事之一（“贺茂川之水、双六之赌局与山法师，天下间唯此三事不如我意！”）。同样出于对寺院势力的控制意图，信长也屠杀了长岛一向宗信徒。当寺院也从日本政治版图上被抹去之后，完全由武士治世的时代便开始了。在此之前的镰仓、室町幕府，在理论上只有统治天下武士的权力，而在此之后的江户幕府，却毫无疑问地成为了全日本所有人口的主宰。自石山本愿寺举兵的失败到江户幕府的建立，日本的近世社会拉开了帷幕，这一时代直到19世纪末明治维新后才宣告结束。
《本能寺烧讨图》，原本有希望统一日本的织田信长在1582年遭到家臣明智光秀谋害，死于京都的本能寺
本愿寺妥协后，在整个日本范围内都已经没有谁能阻挡信长继续前进的脚步。大坂陷落同年，由于佐久间信盛的河内方面军已随着信盛本人被流放而解散，为确保近畿地区的安全，他又以明智光秀为首组建了新的近畿方面军，而羽柴秀吉的中国方面军也终于得以不受干扰地展开对毛利氏的进攻。
1581年2月28日，信长将近畿方面军、柴田胜家的北陆方面军、织田信忠的东海方面军以及他本人的直辖部队等多达13万人集中在京都，在天皇注视之下进行了持续整整一天的阅兵。1582年2月，他又借武田氏内乱的机会发动了他的最后一次战役。包括德川家康、北条氏直的同盟军在内，其动员兵力达到了17万人，到3月11日，武田胜赖和武田信胜被迫自杀，曾在武田信玄时期威震东海的武田家被彻底抹杀掉了。
在此之后，信长在大坂又组建了新的四国方面军，指挥官为织田信孝，其任务即为占领四国岛。然后由于这一新军的存在，使专门用于维护近畿安全的明智光秀显得无足轻重了，信长也就决定将其转而安排到出云、石见两国，以便让其与秀吉一同对付毛利氏。不过由于出云、石见此时都仍在毛利氏控制下，这两国不仅土地远不及他现在所控制的丹波富饶，而且想要取得这块土地，还要先进行一场大规模战役才行，这也就使明智光秀对信长感到十分不满。1582年6月2日夜间，明智光秀在受命前往中国支援秀吉后突然率军进入了京都，袭击了正在本能寺与公卿会面的织田信长，后者以及在附近妙觉寺下榻的织田信忠都遭此横祸殒命。
当死亡突然结束了这位天下人（即掌控天下之人）长达20余年的胜利时，信长的军团事实上已经站在了统一日本的边缘。如果不是明智光秀背叛的话，信长统一日本的工作毫无疑问是能够在之后数年中完成的。信长失败的原因事实上与他成功的原因是一样的，那就是他给予了方面军指挥官们过大的权力。当某一方面的作战结束之后，信长希望解散这一方面军，将这些人力、财力以及土地挪作他用时，由于军队的动员制度将土地和兵源牢牢地拴在了一起，他就不得不剥夺或者转移指挥官的封地，从而引起后者不满。早在明智光秀之前，泷川一益便曾因被转封至经济落后的关东方面军而心怀不满，佐久间信盛的流放更是使织田氏几乎所有方面军指挥官都感到忧心忡忡，担心自己是否也会遭此命运，其最终恶果便是明智光秀的叛变。
由于织田信长和其指定的嗣子织田信忠均在本能寺之变中殒命，整个织田氏立刻陷入了一片混乱之中。统一日本的事业到此时似乎已经走进了死胡同，如果织田氏就此分裂灭亡，日本的战乱便又要持续多年，直到再次出现一位像信长一样占据天时地利的天才。不过幸运的是，此时一位织田家的大将站了出来，接下了统一日本的大业，并以丰臣秀吉之名成为了日本历史上罕见的征服者之一。