自平治之乱后，源氏一族几乎全部丧失了立足之地。但是，仍有唯一的例外，那就是在平治之乱时拥有300骑兵力却并没有加入任何一方的源赖政。1178年，赖政被清盛推上正三位，成为源氏的第一位公卿。当时赖政已经75岁，谁也不会想到他还有举兵反对平氏的念头。然而，赖政暗中却接近后白河法皇的三皇子以仁王，鼓吹后者利用皇室权威，反对大权独揽的平氏。同时，赖政也召唤关东的源氏一族幸存者再次举兵。到1180年4月9日，以仁王终于下定决心，下旨推翻清盛一族，旨令则由源义朝最小的弟弟源义盛传达到全国。
源赖政在举兵之后的行动却极为混乱。最初他把以仁王安置在延历寺方面，但寺院却倒向了平氏，源赖政只好慌忙地去寻找更安全的地方。二人在此期间甚至根本没有计划离开京都，反而指望东国武士能够像平治之乱和保元之乱时那样，在战斗开始之前就能赶到京都——而这在源氏已经崩溃的情况下是根本不可能的。
虽然平清盛根本没有想到源赖政的行动，因而在很长一段时间之内都没能察觉举兵的主谋。但即使是平氏得知详情之后，源赖政也没有立刻将以仁王立刻带离近畿，反而将其转移到了到京都东北的园城寺避难，他本人则放火烧了自己的宅邸，和一族郎党逃出京都。相反，平氏虽然在政治上受到了奇袭，却能够迅速取得延历寺、园城寺等的支持，在短短数日内便确保了京都附近的安全。到赖政终于在5月25日带领大约1000人与以仁王会合时，京都附近已经普遍转为拥护平氏了，而后者更是已经集中了将近一万人的部队。甚至于到了此时，源赖政也还是没有直接向关东撤退，反而南下宇治川，试图占据奈良继续等待关东援兵。
也许当时源赖政认为自己拥有近乎全部关东武士的支持，其数万人的实力足以在近畿进行一场巨大的会战。但事实上，在这些部队能够真正踏上战场之前，他们是根本不存在的。源赖政在京都附近的可动员兵力最多也只有1000至1500人，而对手却还可以再迅速集结两万以上的兵力。源赖政既没能在集结重兵之前确保平氏对此并不知情，又没有在事情败露后迅速赶往东国，等于亲手将头颅送到了平清盛的刀下。
而接下来的这个事实又证明着源赖政和以仁王是何等的无能。源氏军在离开园城寺到达京都以南的宇治川后，以仁王这位皇室贵族却因体力不支而需要休养。这位亲王虽然年仅三十岁，却在过度紧张之下精神不振，从园城寺向宇治川撤退的途中数次因为在马背上睡着而被摔到地上。由于以仁王身为起兵的号召者和源氏手中最有力的政治工具，源赖政也只好在军队渡过宇治桥后进入附近的庙宇平等院暂时休整。
对于平氏而言，如果让源赖政和以仁王逃到奈良甚至更远的纪伊国也将是十分麻烦的，皇室的影响力将如同灯火一般将所有反对平氏的武士聚集在自己身边。在以仁王南下后不久，平清盛便将已经已经集中在京都的大约一万人交给平知盛，由日本武士战争史一之谷会战与坛之浦海战后者率领着对以仁王进行追击。到源赖政军队停滞在宇治桥附近时，平氏军队也紧随着赶到了这里，并立刻决定直接过桥进攻平等院。
在渡桥前，进攻一方的军队通常会派遣小规模侦察部队进行试探性进攻，在确定桥梁本身状况良好，并建立一个足够主力部队展开的阵地后才会将全部兵力送到对岸。不过这位平知盛却也并非良将，在根本没有对宇治桥进行任何侦察的情况下，他只看到宇治桥外观仍然完好便命令部队前进。而事实上，源赖政早已拆除了一部分桥板，平氏军却直到登上宇治桥后才看到已被拆除的桥板。到了此时，在队列后方的人员挤压下，前面的人根本无法停下脚步，纷纷被挤落水中，拥挤在桥梁附近的部队也立刻失去了秩序。
说也奇怪，对于这样一座重要的桥梁，源赖政却并没有留下一支后卫来加以据守。直到平氏军开始过桥后，才有数十人的源氏军队从平等院赶到河边，而他们的任务似乎也只是迟滞对方前进，使源赖政能够整顿部队继续撤退。不过当这几十人开始弓箭射击之后，平氏军却几乎陷入了绝望。在一片混乱之中，数量庞大的平氏被挤压在桥头动弹不得，几十名源氏武士却得以在岸边自如地进行骑射，在短时间射杀了不少平氏部队。
如果任由这种情况继续发展下去，如果源赖政能够从平等院赶到河边，平氏便永远无法过河了。不过就在此时，一位名叫足利忠纲的17岁年轻武士凭借个人的主动精神，开始率领着300名原先位于队列后方的人马涉渡宇治川。忠纲首先指挥人马前往河流的上游，远离源氏部队的弓箭射程，其后便开始沿着河水流向斜向渡河。这种做法无论从哪方面来说都是正确的。特别是斜向渡河这一点，不仅能够避免部队因河水冲击而发生混乱，同时也可以让战马不至于因水流变化而惊惶不定。而源赖政对此却没有做出任何反应，没有派遣哪怕一人一卒前往河岸干扰对方过河，从而使对方从容渡过了宇治川。
忠纲指挥300人马的成功渡河决定了战斗胜负。在看到自己的侧翼遭到迂回后，赖政认清自己已经没有撤退的机会了，因此将所有位于河岸的部队全部撤回到平等院，以求保护以仁王。既然桥头已经没有敌军干扰，平氏军主力也轻松修复了桥梁，并紧随源氏攻入平等院，很快即凭借重量压倒了源氏军。赖政身负重伤，在以仁王逃脱后自裁，首级被平氏军割下扔入宇治川。以仁王虽然骑马逃走，仅剩的30名左右骑马武士不久便被平氏追上，很快便全军覆没，以仁王本人也被杀害。
宇治合战
事虽至此，以仁王的诏书却终于促使全国反对平氏的武士聚集在一起，在源氏幸存者带领下公开宣布讨伐平氏。在源赖政之后，源赖朝和源氏的木曾义仲相继举兵。若从这个意义上来说，这场宇治川会战便如同一颗星火一样，而日本很快便将被这颗星火点燃的烈焰席卷。
虽然源赖政和以仁王已经被镇压，可事到如今，也很难确保其他源氏成员还能像平治之乱后那样平静了，若果真不能如此，源义朝之子源赖朝便将成为一切反对的核心。这使平清盛终于决心杀死源义朝的三儿子源赖朝。赖朝自14岁被流放到伊豆以来，终日在狭窄的房间里读书，无所作过地度过了二十年时光。在此期间，赖朝与伊豆的伊东祐亲的女儿生下了孩子，但其儿子被祐亲杀死，最后与该女子分开。之后赖朝又与北条时政的女儿北条政子关系亲密，与伊东家不同，北条家选择亲近源赖朝，成为后者手中最重要的力量。在赖朝接到了以仁王的诏书后，他立刻认清了自己所处的局势，若不主动行动起来自己将会面临极大危险，于是立即着手举兵的准备。
1180年的关东武士领地
源赖朝在4月27日接获招书，6月19日获悉宇治川会战的结果。他立刻便认清了源氏在这一战的失败将为自己招致杀身之祸。5天后赖朝便开始召集地方武士，在不为平氏所知的情况下集中当地武士。而这一切行动又均依赖于北条时政，而非源赖朝自己的羽翼。
不过直到8月2日，赖朝才决定其举兵的首要目标应为距离北条宅邸不远的平氏伊豆目代（国守代理人）山木兼隆宅邸。如果不首先将其消灭，源氏在伊豆的行动很快便会为京都所知。《孙子兵法》有云：“善战者胜于易胜者”，这句话正是验证了这场战斗。源赖朝把其重要的第一场战斗目标选择为山木兼隆是非常明智的。山木兼隆不仅是较弱的对手，同时从地理上说，山木馆距离北条宅邸距离较近这一点也非常合适。
赖朝明白自己必须在举兵之初便获得一场胜利，然后才能凭借击败山木的声望，进一步招募各地武士。而逐渐变得不得人心的平氏一旦声望发生动摇，其实力也无法控制全国武士暴乱。在与北条氏商议后，源赖朝定于8月16日夜间行动。不过，恶劣的天气却使兵力集结变得十分缓慢，行动只得推迟了一天。
17日夜，赖朝终于开始了行动。赖朝将本营安置在北条宅邸中，从那里指挥战斗。突袭成功后部队将以放火烧毁山木宅邸的方式通知赖朝。在赖朝坐镇后方的同时，北条时政负责前线指挥，后者还提议先把兼隆的监护人堤信远杀死。在堤信远被杀后，源氏的军队很快便冲到了山木宅邸。此时山木手下的大部分人都去参加三岛大社祭礼，驻守宅邸的仅有几十人。不过这些人却还是进行了卓越的抵抗，没有让源氏军轻易进入馆内。
一位统帅所拥有的能力大体可分为两方面：一是善于审时度势，制定战略计划；二是能够亲自在战术上将计划付诸实施。在第一个方面，源赖朝有着十分优越的能力，但在第二个方面，他却与一位庸才无异。一生几乎从未在前线参战的源赖朝更像一位出色的政治家和战略家，善于利用局势增加自己的实力，而并非一位能够在战场上被部下视若神祗的指挥官。与弟弟源义经相比，赖朝在战场上的才能十分平庸，因而他更愿意将前线指挥权交给手下将领，自己则在远离战场的地方坐观战况，而且他这种倾向在第一战中便表现了出来。
由于赖朝本人留在北条宅邸指挥战斗，在需要投入预备队的情况下，统帅距离战场距离过远，对战况的判断也会发生延迟，而时间上的延误往往是致命的。此外，赖朝也采取了一种极为拙劣的战况传递方法，即等待山木宅邸的大火，这只是白白浪费时间。
在双方激战很久之后，赖朝才因迟迟没有看到火光判断部队可能陷入了苦战，即而下令留在北条宅邸的加藤次景廉前去增援。若赖朝在离战场更近的地方，就能更快投入手中的预备兵力，更早将胜利握在手中。景廉队迅速赶到山木宅邸，毫不犹豫地加入到激战中。“会战的胜负只取决于一个恰当时间内的恰当决定，当决定性时刻到来时，哪怕是一支最小的预备队，也足以决定胜负”，拿破仑的这句名言适用于所有战争。当双方兵力均已在缠斗中焦头烂额之时，生力军却往往能冷静地进行判断，施展出远比他人更高的战斗力，轻易找到对方防线的弱点进行攻击。山木宅邸的战斗正是这种情况的绝佳例证。景廉在抵达后很快便打开了突破口，一口气攻入了宅邸的核心地带。不久之后，佐佐木盛纲也被赖朝派来增援前线。
由于源氏了有新的增援，兼隆渐渐抵挡不住了，最后战死沙场，而那天夜里留在山木宅邸里的人全部都遭到了斩杀。直到黎明时分，赖朝总算看到了信号烽火。不久后，前线部队回到北条宅邸，检验首级。在这一战后，源赖朝果不其然获得了巨大声望，伊豆以外的武士也终于开始陆续加入源氏旗下。
击败山木兼隆后，源赖朝公开举起讨伐平氏的大旗。1180年8月23日，源赖朝亲自率领一部分人马前往石桥山一带，等待三浦氏500人自东北方前来会合。石桥山位于靠近今日小田原市的箱根，东临相模湾，西临箱根群山。源赖朝在石桥山所拥有的兵力很少，数量不超过300人，而且石桥山本身也只是一座海拔很低的小丘，对于防御作战而言价值并不大。在与三浦氏会合之前，他很容易在这一暴露的位置上遭到平氏打击。
相模国的平氏武士大庭景亲很快便察觉了源赖朝的行动，并迅速召集了3000余人的部队前往石桥山，计划抢在源氏两支部队会合之前插在源赖朝和三浦氏之间，顺次将二者击败。源赖朝在得知平氏接近后便命令其部队用石木建起阵地，但由于在兵力上有着极大差距，源氏部队很明显是完全无法抵挡得住景亲三千大军的。后者在从北方向到达山脚后也没有浪费过多时间便做好了进攻准备，并决定在傍晚时便展开攻击，尽快击败源赖朝。而其原因也是极为明显的——如果坐等时间流逝，三浦氏到来后便将面对着自己的背面。到那时，一旦自己在正面进攻中遭遇困难，即使三浦氏本身仅有500人，也还是足以对平氏军的足轻造成致命威胁。
石桥山合战古战场纪念碑
景亲按照当时武士之间作战的礼仪，景亲军首先发射了镝箭，赖朝也回应了一支箭，宣布战斗开始。两军发射的镝箭隔着山谷发出响声交相飞上天空，接着，两军武士的喊叫声响彻山谷。此时三浦军已到达距离只有不足20公里的丸子川（即酒匂川），其行列甚至已经可以从附近的山顶上看到，景亲已经不能有一刻犹豫了。
天色渐黑之后，天空中突然下起了大雨。大雨导致山坡逐渐变得泥泞，给大庭军的进攻造成了相当的困难，只是双方兵力上的巨大差距才使大庭能够不断向前推进其部队。但直到当天夜半时分，源赖朝仍然能够坚守石桥山顶。直到黎明时分，源氏军终于抵挡不住了。彻夜战斗使武士们已经疲惫不堪，源氏的抵抗也终于崩溃，随即演变成了溃败。就连源赖朝本人也面临生命危险，只得在数名武士保护下在一片漆黑之中四处逃窜，最后甚至躲入一棵枯木的树洞中。听到一位敌军脚步声接近时，源赖朝甚至已经准备自杀了。不过，那位武士看了看他的脸，说如果有朝一日源氏夺得了天下，请赖朝关照他梶原景时，随后便转身离去。
石桥山合战
要知道，这位梶原景时本是大庭景亲的族人，甚至在一场胜利之中都出现了像梶原这样为平氏灭亡后寻找出路的人，即使平清盛本人亲临战场，恐怕也无法完全剿灭源氏一族了！
获悉石桥山会战的结果后，距离战场仅数公里远的三浦氏立刻向三浦半岛撤退。在那里，他们与平氏军队的追击部队发生了并无决定性的战斗，之后又撤退到了房总半岛。而源赖朝本人从箱根逃往真鹤，然后再乘小船出海逃亡到关东的房总半岛。北条时政也逃到了该地，一时间房总半岛成为了源氏的集结地。
虽然源赖朝在石桥山损失掉了他的部队，但关东的武士却是普遍同情源氏的。在岳父北条时政的四处活动之下，逃到房总半岛的源赖朝依然能够受到当地豪族们的欢迎。以甲斐国武田氏为首的大批武士加入源氏阵营，甚至于远在信浓的不少豪族也表示只要源赖朝的军队到达信浓，他们便将加入源氏军队。源赖朝施展出了他的手腕，对赶来支援他的人一概不拒，就算是来路不明者或身份可疑的人也无一例外。在武藏国的豪族江户重长、丰岛清光、葛西清重、河越重赖等相继加入了源氏后，源赖朝重新建立起了源氏对于武藏的控制。按照《平家物语》和镰仓幕府的官方史料《吾妻镜》记载，其手下所统帅的人马一下子超过了十万人，虽然这一数字无疑是被夸大了的，但手中仅有300人马便起兵反对平氏的日子已经一去不复返了。作为源氏在保元之乱前对东国进行统治的中心，镰仓重新成为了源赖朝的作战基地。此地三面环山，另一面则面向大海，在遭到攻击时是极好的防御阵地。而源氏重回镰仓也成为了其威望上的另一个巨大胜利，促使越来越多的武士加入麾下。
得知源赖朝举兵一事后，平清盛为自己二十年前留其一命后悔不已，震怒之下只从嘴里说出了“赖朝非人”几个字。不过事已至此，他也只能派兵镇压赖朝。平清盛命令嫡孙平维盛在清盛的弟弟平忠度辅佐下率军前往关东。饥荒已经使平氏在京都的权力受到动摇，如果再失去关东的耕地和粮食，即便不等源赖朝进关，近畿的武士们也要倒戈相向了。
但对于这样一直远征的大军，平清盛所任命的两位指挥官却无疑是致命的。无论是维盛还是忠度，均是在平氏天下长大的人物，根本没有作为野战部队指挥官的才干，充其量只能在清盛的威望下充任管理府衙的文官。而在军队从福原出发抵达京都后，平维盛和平忠度又为何时离开京都产生了意见分岐，事实上二人谁也不愿意离开近畿前往在他们眼中一片荒蛮的关东。
从起兵至富士川合战时源赖朝的进军路线
10月13日，平维盛终于沿东海道进入了东海的骏河国，而源赖朝也从镰仓出发，沿东海道西进。据说赖朝的兵力有二十万之众，但事实上最多也不可能超过10万，而更现实的数字应为6万至7万左右，其中武士和郎党至多只能占到兵力总数的10％至15％，其余兵力只能算是乌合之众。源氏军首先在英濑川与甲斐源氏的武田信义等人会合，而后者在来到战场之前还曾与北条时政一同击败了先前在石桥山获胜的大庭景亲，士气得到了极大振奋。与此相对，平氏军由于地方豪族相继背离，本应会合的豪族也没有到来，这使平氏全军都感到十分不安。
无论平清盛下达了何种命令，平维盛也不应该将这支匆忙组建而成的大军推进至如此远离京都的地方。由于在东海无法获得足够的补给，平氏军队远离近畿地区后士气便不断下降。在抵达骏河国富士川后，军队事实上已经失去了继续推进的能力，最终只好在富士川西岸停了下来，指望在这里与源赖朝打一场会战。事实上，由于兵力仅有源赖朝的一半左右，平维盛唯一的选择只有撤退到三河、尾张或美浓的隘口，缩短其过分延伸的交通线，寻求近畿方面的支援。倘若如此，源赖朝如果仍想与平氏决一雌雄，便不得不将自己从镰仓延伸出来的交通线向前延长。诚然关东的歉收程度要比关西更小很多，但源氏军队更多的人数，还是足以压垮这条交通线。
不过作为一位只能对平清盛言听计从的庸才，平维盛只是任由其军队在所能推进到的终点骏河境内进退不得。至于其在富士川西岸选择的阵地，也与将自己完全暴露在平原上无异。富士川本身虽然在名义上能够构成一道防线，但事实上这条并不宽阔的河川根本无法起到任何屏障作用。到10月20日源氏抵达富士川东岸后，双方便在河川两岸相隔一公里左右的距离对峙，而赖朝本人则将指挥所设在了距离战线不到两公里的后方。甚至直到此时，平维盛还是毫无战意，既不打算采取攻势，也没有采取任何措施来加固防线。
今日的富士川合战古战场
当天夜间，武田信义便试图从富士川上游渡河迂回平氏军的左翼，打击平维盛的侧翼和后方。不过当这支队伍渡河时，却惊动睡梦中的水鸟，首先有一只两只鸟飞上了天空，紧接着，整群水鸟习惯性地跟着飞了起来。水鸟振动翅膀的声音在四周响起，大群水鸟从平氏阵地上空飞过。这本应成为应对突袭的绝好警报，可平氏全军士气却已经是如此低落，一部分士兵立刻认为自己已经遭到了夜袭，在武田信义根本还没有完成渡河之前便逃出了营地。这些懦夫们的行动也影响了其他人，最后所有人员都开始逃窜了。甚至连平维盛和平忠度二人也与溃兵们一同逃向了京都。以致于当武田信义终于到达平氏营地时，其中仅剩下从附近聚集过来做生意的妓女和商人。源赖朝未损一兵一卒，就把平氏军赶出了富士川。即使源赖朝不对京都发动进攻，平氏也再无可能对其发动远征了。看到平氏威望近乎崩溃，政权也无法长远的平清盛在次年2月便因热病而亡，三子平宗盛继承其位置。
在富士川会战不战而胜之后，源赖朝并没有立刻率领源氏对京都发动进攻，而首先在北方进行了一场战役，确保了自己北方的安全。到了此时，讨伐平氏已经不再是源赖朝的行动目标。源赖朝早已从保元之乱和平治之乱中认清，武士若不能脱离朝廷和京都的影响，家族的盛衰起伏便将始终与皇室联系在一起。
在源赖朝心中，已经形成了建立独立武士政权的梦想，而这一政权核心又以远离京都的镰仓最为适宜。也因为这一原因，源赖朝在此后三年中并没有采取任何攻势，转而将精力完全放在了政治方面，建立了一套完全与朝廷无关的镰仓武士制度，加入源氏的豪族均被收编为赖朝的家臣。对后者而言，源赖朝是他们的绝对领导人，若无其命令，即使朝廷授予官位也不能接受。1183年2月，源赖朝消灭了拒不服从自己的源氏同族志田义广，迫使后者流亡，源赖朝的野心已经昭然若揭了。
不过就在这三年间，另一位源氏族人木曾义仲却抢先攻入了京都。与赖朝同时接受以仁王讨伐平氏命令的木曾义仲在1180年至1181年间取得了巨大胜利，几乎将整个北陆吞并。1182年，木曾义仲正式宣布拥护以仁王之子北陆宫，决心消灭平氏。由于源义朝曾经因刺杀了木曾义仲的父亲源义贤，因此义仲与镰仓的源赖朝之间一直互相敌视。志田义广投奔木曾义仲后，双方几乎剑拔弩张，最后木曾义仲不得不将儿子送往镰仓作为人质才将双方关系缓和下来。
1183年5月11日，木曾义仲在越中国又一次击败了平维盛的大军，并终于开始向京都进发。到6月10日，义仲在短时间内纠集了大批武士和民兵后进入越前国，三天后攻入近江。7月25日，平氏在一片惊恐之中放弃了京都，挟持着安德天皇逃往福原，后白河法皇逃往比睿山。两天后，木曾义仲率领5万人高举着源氏的白色旗帜进入了京都。《平家物语》中写道：“二十余年未见的源氏白旗，今日第一次回到了京都。”除少数明眼人以外，京都百官都认为天下已经成为木曾义仲的囊中之物了。
8月10日，木曾义仲被授予从五位下的官位。不过从此开始，木曾义仲却开始走下坡路了。近畿地区连年饥荒使木曾义仲无法长时间在京都供养其军队，只得放任一路招募来的乱兵抢劫百姓。法皇命令义仲制止这些暴行，后者却以不如此便无法获得给养为名予以拒绝。但即使如此，这些乌合之众也开始逃散了。义仲不得不在9月接受法皇命令，率兵前往西进播磨国征讨平氏，但他却在水岛被平氏击败，陷入进退不得的窘境。在后白河法皇决定拥立新帝，以消除平氏挟持安德天皇的影响时，法皇也没有选择义仲支持的北陆宫，而是立尊成亲王为后鸟羽天皇。
今日矗立在坛之浦古战场海岸上的源义经塑像
就在木曾义仲刚刚前往播磨国时，法皇突然在10月9日恢复了源赖朝在平治之乱前享有的官位，并在不到一周后又正式下令将东海和关东地区赐予赖朝，条件则为镰仓必须派兵上京保护法皇。义仲得到这一消息后立刻在闰10月15日回到了京都，强迫法皇授予其征夷大将军头衔。这一职务原本是早年朝廷在与虾夷土著作战时设立的临时职位，不属于律令制文官体系内，但却拥有指挥全国军团的权力，并可以在前线设立被称为“幕府”的军事统帅机构。自公元940年叛乱被压平以来，大将军职位从未有人问津。木曾义仲此时夺得征夷大将军一职，原本是希望能够借此重树威望，从而获得近畿武士的支持。但在其军队恶名的影响下，受封征夷大将军非但没有使其成为了全国武士的首领，甚至连手下军队的溃散也还是无法阻止。
与此同时，源赖朝在进行了长达三年的政治重组后终于开始行动了。几乎在源范赖夺得大将军头衔同时，赖朝便派遣富士川会战后第二天投奔自己的弟弟源义经带领600名武士，以向法皇进献粮食为名前往近江国侦察近畿情况，紧接着又在新年后派出另一位弟弟源范赖率领多达6万人的大军前往京都。在近江方面与范赖的主力会合后，义经便获得了25000人马的指挥权，并与范赖的35000人分别开始从宇治川和濑田川逼近京都。
就这样，日本历史上第一位可以被称为名将的源义经终于走上了舞台。在整个日本武士战争史中，义经很可能是第一位能够明确作战目的和作战手段之间区别的将领。在此之前，武士们在作战时往往不顾全局，仅为争夺个人荣誉和封赏而战。但源义经却能够在行动中始终保持对作战目的的认识。他也认清了士气对于一支军队的重要性，纵使一支军队能够在人员上保持完整，但只要士气发生崩溃，那么它也会在很短时间内土崩瓦解。而当时日本军队中纪律性极差的足轻士气又十分脆弱，因此在源义经的所有会战中，他是从来不会以强攻或直接打击的方式来消灭对方有生力量，其打击的目标完全集中于对方的士气。此外，对于速度与奇袭对于敌军精神所能带来的震撼，义经也有着深刻的认识。与源赖朝完全相反，义经在会战中从来都是在第一线进行指挥的。对于敌军的弱点，他几乎只要看一眼对方阵地便能了如指掌，随即如雷霆般实施打击。不过虽然义经在战场上拥有过人的天才，但他对于权术却一窍不通。这导致他虽然能够在战场上赢得部下信赖，却始终无法在厅堂上树立权威。除此以外，对于行政问题他似乎也并不擅长。
与数以万计的镰仓军不同，木曾义仲此时在京都仅剩下大约1000人。当源义经于1184年1月20日抵达宇治川后，木曾义仲根本无力抵抗，源义经几乎毫无人员伤亡就到达了对岸。一旦义经军的武士渡过宇治川后，会战便成为了定局，两军的交战也很快便告结束。木曾军根本没有进行抵抗的念头，在看到义经过河后便开始向后溃退。战斗无望的木曾义仲原本想把法皇劫持到自己的根据地北陆，但源义经在渡河后迅速北上进入京都，很快便将将法皇保护起来，使义仲劫持法皇的计划破灭了。
事实上，虽然义仲在兵力上居于绝对劣势，但却并非完全不可能在河岸边暂时阻挡义经，争取时间劫持法皇。像源义经手下那样一支大军，在渡河时必定要花费一定时间，当时宇治川水量又大又急，再加上武士之间互相争功，很容易在受到打击时引发混乱。而且渡河中的人马战斗力几乎是可以忽略不计的，木曾军是否在士气上已经完全无法进行任何抵抗虽然不得而知，但如果木曾义仲能够振奋自己的部下，那么只要在对方渡河点上部署数百名武士，便可利用弓箭火力迟滞对方行动。即使战斗的最终结果依然还是会被为对方兵力所压倒，但其争取到的时间已经足以使义仲挟持法皇逃亡，使义仲不致在军事力量崩溃后再失去唯一的政治筹码。
几乎与源义经同时，源范赖也从濑田川的浅滩渡过了河，之后便向濑田桥方向逆流而上，大举逼近木曾义仲。与宇治川方面相同，数量上的劣势又一次使木曾军很快便溃败了。源范赖军渡河后经由山科到达六条河原，最终在琵琶湖以南的大津追上了木曾义仲。就这样，这位将平氏赶出京都的枭雄迎来了自己的终结。自木曾遭到部下离弃之时起，胜败就已决定了。用一千左右的兵力去面对6万兵力的敌人，即使是天神下凡也不可能取得胜利。
当源氏的内部分裂终于在京都发展成战斗的时候，平氏则在不断重建自己的势力。由于木曾义仲及其部下为非作歹，近畿地区甚至已经有一部分豪族和百姓盼望重回平氏统治的时代了，这也给平氏创造了发动反攻的绝佳机会。
虽然此前山阳道、西海两地的地方武士中有一部分在木曾义仲的胜利刺激下向源氏倒戈。但在平氏从西国发动反攻后，这批人基本已经被肃清了。平氏一度被木曾义仲逐退到四国屋岛的主力部队也再次返回到摄津的福原，随时准备对京都发动反攻。到1184年木曾义仲败亡前，平氏事实上在近畿地区已经处于优势地位。由于手中握有一支强大的舰队，平氏控制着濑户内海和日本南部海域的制海权。在进攻时，他们可以利用这支舰队将兵力投送到濑户内海沿岸的任何地区，在防御时则可以攻击对方交通线。即使是地面战斗遭遇失败时，舰队的存在也使平氏能够不受干扰地撤出部队。只是由于近畿和西国地区的饥荒很难在短时间内得到改善，平氏才不敢贸然重返京都，重蹈木曾义仲的覆辙。
自镰仓军进京之后，法皇的态度也发生了微妙的变化，他的嘴里不再出现“追讨平氏”这句话，反而转为了观望态度。公卿之中也有人呼吁应该与平氏阵营和谈，与此相对，要求法皇下达平氏追讨令的公卿也并不在少数。后白河法皇在二者之间却并没有做出任何抉择，反而一面与平氏谈判，一面又允许源氏继续征讨平氏，他本人则准备坐收渔利，借机恢复皇室权威。
对镰仓的源赖朝而言，结束这一混乱局面，确立源氏绝对优势的唯一手段便是尽快将平氏重新赶出近畿地区。这样一来，法皇便不再可能利用平氏的力量来牵制镰仓。1184年1月26日，在留下了大约两万人来维持京都的治安后，镰仓的主力部队在击败木曾义仲仅仅6天后便出发了。与先前进入京都时相同，这一次镰仓军依旧分为两支部队，主力军为由源范赖领导的大约3万左右兵力，沿山阳道自京都直接向福原进击。而源义经则率领大约一万人向北进入丹波，准备迂回福原附近的平氏左翼，向对方背后发动奇袭。
平氏军当然已经查觉到源氏的动静。并为应对源氏进攻而在福原周围设置了三条防线。由于福原本身位于北部群山和濑户内海海岸之间，因此平氏便将主要将部队集中在了山谷的东西两端。其中西国街道和山阳道一线主力部队由平氏最能干的将领平知盛指挥，副将为平重衡，准备迎击源范赖的主力部队。西面的一之谷防线由平清盛的弟弟平忠度负责率军防御，以防备源义经在越过丹波后进入西国街道直接攻击平氏后方。由于福原以北的山之手山口有着名为鹎越的险要山地，平氏认为源氏军很可能不会在此处出现，北线便仅由平通盛和平教经率领少量部队军驻守。由于平氏退却线是经由海路通往四国的，因此这一方面倒不必担心遭到没有舰队的源氏切断。
对平氏而言，平知盛在生田之森布设的阵地正面根本无法突破，威胁便集中在了源义经的迂回部队方面。根据平氏将领们推测，义经在进入丹波后会先向西北行进至篠山，其后再向西南前往三草山，这一段线路是可以确定的。真正的问题在于义经在抵达三草山之后会如何行动。他们认为可能性最大的路线是越过三草山之后经由三木（今兵库县三木市）向南继续前进30公里，抵达福原以西17公里的明石海岸，在那里跃入西国街道，之后再向控制着福原西部的一之谷阵地发动进攻。对源义经而言，这也是唯一能供上万人同时行军的路线。此外，义经在到达三木后还可以直接沿东南方向前进16公里登上鹎越，由于这里距离福原仅有大约五公里距离，因此能够直接对一之谷阵地的侧翼和福原构成威胁。但这条路线地形十分险要，上万兵力是不可能全部通过的。
为预防所有可能出现的情况，平氏选择了最可靠的方法，既然无论源氏军从选择哪一条路线都必须经过三草山，那么他们便干脆在三草山挡住源义经，而这一任务将由平资盛率领的七千兵力来完成。不过事实上，既然平氏能够确定对方一部分前进路线，并建立阵地切断其作战线，那么便应将除山阳道守军以外的大部分军队都集结在三草山，只在其后方的西国街道和鹎越附近建立次要防线即可。如果平氏担心这个阵地距离海岸过远，在失败时难以撤退，那最佳的选择也是将所有人都撤回到一之谷附近，而不应将一个人数不及对方的支队推进到三草山这样一个孤立的阵地上。
在源氏方面，义经在2月4日抵达大江山附近后暂时停滞在了那里，等待源范赖发出两军同时发动总攻的信号。要知道，在没有钟表的时代，两支军队要做到协同是十分困难的。即使到了19世纪的拿破仑战争中，这位法国皇帝手下的诸元帅也还是时常出现协同失败贻误战机。由于源范赖只需在正面发动进攻，无需进行任何大范围机动，因此两军能否同时对平氏发动进攻的重任便完全落在了源义经身上。在收到范赖将在2月7日发动总攻的消息后，义经立即开始迅速行动，在一天内行军将近40公里，第二天傍晚便抵达了三草山脚下。
到达三草山东方的义经在亲自侦察了平氏军的阵地后，便召集土肥实平等主要将领商议如何展开攻击。由于源氏军兵力占优势，大部分将领认为应等到来日再展开昼间攻击。不过，义经自己的家臣田代信纲为了在对一之谷和福原发动进攻前尽可能减少兵力损失，主张采取夜袭作战。而先前已经看到对方有着坚固阵地的义经也立即赞成了这个提案。
这一选择对义经而言无疑是一次巨大的赌博，刚刚抵达战场的源氏军对于进攻时应采取的前进路线和对方阵地还没有进行充分侦察。如果军队在前进时突然在山中迷失方向，便很可能会招致无可挽回的重大损失，而深入至此的义经早已孤立无援，一旦失败便可能全军覆没。
当天夜间，对胜利信心十足的源义经一马当先率领着部队发动了奇袭。不出所料，源氏军在己方不甚熟悉的地形上行军十分困难，花费了很长时间才勉强到达对方阵地。平氏军根本没有料想到昼间刚刚到达的敌军在当晚就会发动进攻，因此几乎是以完全没有警戒的状态来宿营过夜的。正在这时，源氏的白旗突然出现了，平氏军像在富士川一样受到了完全的奇袭。由于武士们在昏暗的夜间无法使用弓箭作战，因此源氏军这一次便完全依靠白刃冲锋攻入了平氏阵地。平资盛根本来不及弄清眼前状况，源氏军的白刃就已经出现在眼前了。资盛立刻失去了从福原出发时的锐气，反而像富士川会战中的平维盛一样落荒而逃，紧接着其全军也跟着溃散了。
义经在肃清了三草山的敌军后立刻向三木推进。在这里，他将麾下的一万兵力一分为二，主力七千人交给土肥实平与田代信纲，二人向明石前进，沿西国街道从西方进攻一之谷。其任务是将对方主力钉死在正面阵地上，而他自己则率领三千人向鹎越进军，准备打击在平氏阵地的背面。
一之谷合战
源义经部队自鹎越绝壁向一之谷挺进的情境
守备山之手的平盛俊等人相信义经军定会从自己的阵地附近通过，于是尽可能地按照地形建立防线，希望阻止义经的前进。当义经抵达这里之后，发现对方阵地的坚强超乎了他的预料。若是同时代其他的武士将领，很可能便会一门心思一再发动强攻，那么手中的3000兵力很快就会被完全牵制在这里，无法取得任何决定性胜利。但源义经却能够意识到自己并非要与正面之敌做荣誉性的决斗，而是要迅速抵达一之谷敌军的后方。因此他再一次选择进行快速机动，在将3000人中的绝大部分交给多田行纲和安田义资继续发动正面进攻后，义经自己亲自率领仅仅70名骑马武士转向一之谷方面，准备从背后打击驻守在那里的平氏军，而后者此时正与土肥实平的7000人对峙，其注意力完全被吸引到了明石方向。义经在路上雇佣当地的年轻人带路，没有多绕一条弯路便达到了一之谷附近。之后又雇来新的向导，并迅速到达铁拐山。
从这里，源义经已经可以清晰地看到海面上的数百艘平氏战舰，这一壮观的场面不禁使这70名骑马武士震撼不已。似乎只有源义经本人仍然能够保持镇静。在亲自进行了一番详细的侦察之后，立刻找到了平氏防御体系上存在的致命弱点——由于铁拐山有着一道近似断崖的天险，平氏军认为对方不可能从这里通过，因此没有在山顶上驻扎一兵一卒，既没有人发现义经的部队，更无人能阻挡其穿过断崖跃入一之谷。
2月7日凌晨，在克服巨大困难之后，义经终于抵达了一之谷以北的高仓山，并决定在这里等待源范赖在山谷东侧发动进攻。清晨6时，东方天空泛白，范赖的3万人开始在生田之森对平经盛发动进攻。两小时后，明石方面的土肥实平也率领着部队对平氏发动进攻。一之谷会战的序幕逐渐拉起，而其结局却早已在一天前便决定了。
面对明石方面的平氏部队在西国街道隘口上挖掘了大量战壕，并设置了木栅，根本无法从正面加以突破，而这一方面的源氏军也出现了数目不小的死伤。早在攻击开始之前，源氏军中便曾有熊谷直实等五位武士因争功心切而冲入平氏阵地，到双方正式开始发生大规模交战时，这五人早已浑身羽箭，命丧黄泉了。随着源氏军逐渐丧失秩序，平氏军甚至展开了颇有成效的反击，在整个源平合战中，对西国街道的正面防御要算是平氏表现得最为卓越的一次战斗。
源义经在高仓山上完全能够清晰地判断战况，但他却并没有在源范赖和土肥实平发动进攻的同时便冲入一之谷，而平氏军也认为义经此时仍与其3000人被阻挡在山之手。到土肥实平的进攻开始一个小时后，随着平氏逐渐将所有驻守在一之谷的部队全部调到了西部战线上，谷地内几乎已经空无一人。直到此时，源义经才突然从高仓山冲入一之谷的平氏阵地背后，并将沿路所有平氏营帐和民宅全部焚烧。这支部队虽然仅有70名骑马武士，实力不堪一击，但义经的突然出现却给平氏军的神经造成了极大震惊，四处燃起的大火也使平氏误以为义经全军都已经攻入了自己背后。按照《平家物语》的说法：“呐喊声在山壁间激荡回响，好似有十万余骑般……部下纵火焚烧平家营帐，正值风烈，火借风势，四处延烧。黑烟晦暝中，平家兵士大骇鼓噪，争先恐后逃往海边……”
我们必须记得，直到战国时代之前，日本战场上的足轻只是一群在胜利时斗志昂扬，失败时一哄而散的乌合之众。早上8时，平氏军的足轻士气高涨，在阵地掩护下阻止着土肥实平的攻势。但当义经的一支小队突然出现在背后时，这些足轻的精神立刻崩溃了。到10时左右，甚至于福原以东的平知盛部队也受到一之谷方面的影响而开始崩溃。失去足轻支持后，平氏武士也难以继续坚持战斗，平忠度、平敦盛、平通盛、平盛俊、平业盛等人相继战死，平重衡则被源氏生擒。
整个交战期间，平氏的栋梁平宗盛一直在海上的战船中观察战况。这位平清盛的三子完全没有其父的勇气和才智。当他看到平氏部队败局已定时，非但没有率领舰队从海上威胁源氏军的侧翼，反而自己先乘船逃往了四国的屋岛，只留下舰队将岸上部队的残部接走。平氏军的混乱也蔓延到了海上，当船只划到岸边时，逃兵们争先恐后地向船上拥挤，甚至不惜互相砍杀。如果《平家物语》中记载可信的话，甚至有三艘战船因超载而在离岸后倾覆沉入了大海！若非平氏舰队完全控制着濑户内海的制海权的话，源氏便足以将他们的胜利延伸到海上了。果真如此的话，无须等待坛之浦海战，平氏便将提前一年覆灭于濑户内海了。
一之谷会战失利对平氏而言是毁灭性的，他们不仅丢掉了象征平氏权势的福原，刚刚重建的陆军也又一次被源氏摧毁，平氏的声望在受到这一打击后更是彻底无法挽回了，而声望的此消彼长又决定了地方豪族心向何方。一之谷会战之后，平氏完全丧失了对近畿地区的影响力。大获全胜的源氏军则在其后一段时间里努力扩大势力范围，源赖朝通过派遣使者、传送文书等手段，积极拉拢山阳道和四国的武士豪族。在那些有着很多对平氏不满的武士的地区，这一行动带来了巨大的效果，使源氏的势力居然能够进入到了平氏立足的西国。
不过话虽如此，但在获得制海权之前，源氏还是无法切断平氏以海上贸易为基础的经济生命线，以长门国和安艺国为首的本州岛西部地区仍然被牢牢地握在平氏手中，而位于四国屋岛的平氏陆军残部也仍然是源氏无法触及的。源氏之所以没能在一之谷会战中便彻底毁灭平氏，最主要的的原因也是在于自己手中没有舰队。因此在一之谷会战后不久，源赖朝便开始把目光转向这一方面。1184年6月，源赖朝下达了发动决战彻底铲除平氏的命令，与此同时，他也命令前线诸将必须“增备兵船”。
通常而言，夺取一片海域的控制权有两种方法，一是利用舰队直接击溃对方舰队，二则是可以利用地面部队攻克整条海岸线上所有重要港口，其中前者为直接手段，后者则为间接手段。对于没有舰队的源氏而言，其所能选择的也只有第二种更为费时费力的间接手段了。而且在源赖朝眼中，由于攻略本州西部可以沿山阳道、山阴道等大路前进，因此这一方面的战斗是可以优先进行的。必须经过海路进入的四国，则只有在长时间准备，并将至少是一部分西国水军（水军即由海盗或沿海豪族演变而来的私人海军武装）拉入源氏阵营后才能进攻。
源范赖对西国的远征
至于前线指挥官的人选，虽然源义经在镰仓军进京以及一之谷会战中的表现卓越，但源赖朝却开始忌惮义经在军队的巨大声望，担心他未来将会对自己的统治造成威胁。在一之谷会战中表现平庸的源范赖，便自然成为了源氏军的指挥官。
1184年9月1日，源范赖率领大军开始沿山阳道向西进发，最初其进军十分顺利，沿路豪族绝大部分望风归降。但数年来西国地区的饥荒使当地变得十分贫瘠，源氏部队难以在当地征发到太多粮食，只能完全依靠从关东运到京都的粮食来维持军队给养。随着范赖的推进，从京都延伸至前线的补给线也越来越长，在补给困难的情况下，范赖军的推进逐渐缓慢。到范赖军终于穿过安艺国进入长门的时候，平氏发动反击了。后者的制海权立刻便显示出了巨大作用，平行盛率领舰队深入到备前国进行登陆，切断了山阳道交通线，使源范赖被孤立在了本州岛最西端。后者不得不赶紧派出五千人在佐佐木盛纲指挥下掉头向东，才勉强赶走了平行盛。
但是，虽然源氏再次取得了胜利，可由于没有船只，他们还是只能坐视对方从海上退往四国而无法进行追击。在这一番混乱之后，源氏军虽然恢复了山阳道交通线安全，但范赖还是陷入了困境，给养的运输情况每况愈下，军队的士气也一落千丈，甚至有可能重蹈木曾义仲的覆辙，一些将领甚至提出为节省粮食而应将部分兵力从前线撤回京都的建议。
第二年新年到来时，范赖军的前卫甚至已经开始进入九州的丰后国。可即使已经完全控制了濑户内海东西两端，手中没有舰队的源氏也还是无法封锁四国的平氏舰队。镰仓的源赖朝终于失去了耐心，如果平氏再次利用舰队攻击源范赖的交通线，后者便将被彻底切断，其过于延长的军队到此时也难以再次在后方交通线上战斗了。如此一来，赖朝也只能暂时启用自一之谷会战后便一直在京都无所事事的义经。对于义经的使用，如果将其匆忙送往西国取代源范赖，那他的指挥艺术便将被淹没在重整军队秩序方面，可能需要很长时间才能派上用场。对此，源赖朝也做出了一个正确而重要的决定，命令义经直接自京都进攻四国屋岛，毁灭平氏对于濑户内海南岸的控制。
源义经首先要面临的问题便是船只的匮乏。如果没有船只，那源氏军是无论如何也无法登上四国的。因为近畿并没有建造、训练一支舰队的资源，义经只能选择拉拢当地水军。凭着一之谷会战的余威以及源氏的巨大威望，义经成功将河野通信率领的伊予水军拉入了自己的阵营，不久后纪伊水军也加入了。到此时为止，源氏终于在濑户内海东部获得了一定的海军力量，可以尝试跨越本州与四国之间的阿波海峡了。
屋岛在1185年整个2月中旬都被大雨和风暴笼罩着，通常情况下，这样的天气是根本无法渡海的。但在义经眼中，如果在晴朗的天气中前往四国，庞大的平氏舰队便能够轻松对其自己加以拦截。以现在源氏手中所掌握的少量船只，根本无法在正面海战中与拥有丰富航海经验的平氏舰队抗衡。只有在恶劣天候条件下，源氏才有可能利用昏暗的天色掩护，躲过平氏舰队登陆。源义经的计划事实上与一之谷会战时如出一辙，即率领少量兵力迅速渡海对平氏军发动突袭，使对方在士气上发生崩溃。
2月17日，源义经在风暴之中率领150名骑马武士尝试渡海，但很快便因恶劣的海况而返回海岸。不过仅仅一天之后，义经和他的150人便成功在暴风掩护下登上了四国东端的胜浦海岸。由于源范赖在本州岛西部的行动，平氏对于四国岛的防御集中在北岸，面对着山阳道的范赖军交通线，而面对近畿方面的防线却十分薄弱，甚至连义经的150人都无法抵挡。在溃散之后，这些部队甚至都没能向平宗盛发出任何报告，屋岛的平氏主力也根本不知道义经已经登陆了。在击溃了支持平氏的当地豪族后，义经迅速带着部队向屋岛前进。当他接近屋岛之后，再次施展出了一之谷会战时的手段，开始焚烧当地的房屋，造成源氏大军到来的假象，而对后方毫无戒备的平氏看到大火和浓烟也又一次发生恐慌，纷纷上船驶离海岸，身为全军统帅的平宗盛也像一之谷会战时一样率先逃走了。如果他能够保持冷静，便能意识到显然源氏是不可能在如此恶劣的天气中将一支大军送上四国的，但平氏将领中居然无一人能够意识到这一问题，拱手将屋岛让给了义经。后者进入屋岛后立刻将安德天皇的行宫也一并点燃了，滚滚浓烟覆盖了整个屋岛，甚至一直延伸到海面上。
直到全部人马都已经上船离开海岸之后，平氏军才在浓烟之中看到海岸上的义经，并发现源氏军原来仅有百余名武士。义经本人甚至险些被一箭射死，幸亏后者的部下佐藤嗣信牺牲自己替义经挡了这一箭。即使到了此时，早已陷入惊慌之中的平宗盛却仍然坚持认为源氏军数量一定十分庞大，不敢下令重新登陆与对方交战。傍晚时分，阿波、赞岐两国部分武士也在源氏胜利的影响下率领一族郎党加入了义经的部队，使其部队人数增加到了300人。甚至于20日至21日两天，两军仍然保持着对峙状态。平宗盛没有上岸进行决战的勇气，到22日，平氏终于接受了失败，向长门国西南端的彦岛撤退。
源氏取得屋岛会战的胜利，为自己在战略上带来重大优势。这一战之后，平氏终于被逐退到了濑户内海最西端。再加上一之谷会战以及屋岛会战使源氏获得的威望，对濑户内海沿岸的地方豪族以及武士们产生了非常大的影响。甚至于连西至长门国的平氏根据地也发生了动摇。在此之后，西国武士和水军势力对平氏丧失了最后的信心，他们当中原本便有很多人以支持平氏的名义采取观望态度。由于源氏在两次会战中接连取得胜利，他们的态度也随之变得明朗，其中一部分开始转投源氏门下。而有了西国水军支持，源氏也终于可以在海上对平氏发起挑战了。再加上源范赖此时已经进军到了九州北部，平氏事实上陷入了绝境，倘若再次遭到失败，他们便彻底无路可退了。
不过源氏方面的状况也并非表面上那样风光，在西国和九州方面作战的源范赖仍然因补给问题而处于随时可能崩溃的状态中。这就迫使源义经必须尽快对平氏发动最后的决战，而没有足够时间去对刚刚加入自己的水军进行重组和训练。到3月3日时，源义经便带着自己的陆军和刚刚集结起来的水军抵达了周防国满珠岛附近，与平氏占据的彦岛之间由赤间关和下关海峡相隔，海峡最窄处则被称为坛之浦。源氏水军虽然在前进过程中也进行了一些训练，而且船只的数目也随着不少当地小水军陆续加入而逐渐变得庞大起来。但是，与平氏手中那些在战场上一触即溃的足轻相同，这些水军此时仍然只是一群乌合之众，在实际投入战斗之前，谁也无法肯定其战斗力优劣。而更为重要的是，在陆战中驰骋无阻的源义经本人对于与平氏舰队进行海战似乎也并无必胜信心，因而并不敢主动进攻。
以彦岛为根据地的平氏距离满珠岛仅有不到10公里。在海流恰当的情况下，90分钟之内便可抵达对方所在，因此平氏军对于源氏方面的动向也十分清楚。由于平宗盛两次临阵脱逃，平氏军的实际指挥权此时已经落入了平知盛手中。在平氏将领中，知盛要算是最能干的一位了。其才干虽然无法与源义经相比，但在当时的武士之中仍然相当杰出。在他眼中，源氏手中刚刚组建不久的水军在操船和协调能力上肯定不及在西国与海盗拼杀多年的平氏舰队，如果以海流较快的坛之浦作为战场，平氏便可获得优势。此外坛之浦附近的海流情况对平氏也是有利的。每天上午至中午，海流会以很快的速度从彦岛向满珠岛方向涌去，如果能够抓住这一机会，海流所带给平氏舰队的速度和冲击力便足以将源氏舰队冲散。不过正午过后，海峡内又会呈现出完全相反的水文情况，海水流向会完全掉转过来，从满珠岛涌向彦岛，如果平氏在此之前无法完成决定性打击，那么后者便很容易反败为胜。
不过平知盛还是犯了一个致命错误，他并没有在源氏舰队抵达周防国后立刻对其发动进攻，反而因担心源义经故技重施再次对自己发动奇袭，一直等到了3月24日才展开行动。在这之间的20天时间里，不仅源氏舰队的规模还在不断因濑户内海的武士、水军加入而扩大，甚至已经大幅超过了平氏舰队。而且源义经本人和水军指挥官们也利用这一时间充分调查了附近水文情况，在一定程度上削弱了平氏在操船方面的优势。对义经而言，其取胜的决定性时机在于正午之后，为了使己方舰队能够抵挡那之前平氏的猛攻，他在由源氏占据的海峡两岸也部署了大批弓箭手以掩护舰队。
关于双方所投入的战船数量，《吾妻镜》中记载为源氏830艘，平氏500艘。《平家物语》中则记载为源氏3000艘，平氏1000艘。其中的数字必然是被极大地夸张了。整个下关海峡最宽处也只有不到3000米左右，再减去舰队两侧必须与海岸留出的距离，实际可用于交战的正面最多也不过2500米左右，而坛之浦附近则更是仅有1000米左右的宽度。虽然此时体积较大的中国式“唐船”数量相对较少，日本战船通常只是四处征调而来的渔船或商船，体积都比较小，包括操船的舵手、橹手在内也只能容纳30至50人，但即使如此，要在如此狭窄的海峡里容纳数千艘战船互相交战也还是无法想象的。
3月24日凌晨6时，终于从彦岛出动的平氏舰队占据了门司和田之浦之间的海峡，不久之后源氏舰队也离岸迎击。就这样，日本武士史上最惊天动地的海战便揭开了大幕。早在战斗开始之前，平知盛便认定源氏舰队这支乌合之众的唯一核心就是源义经本人，如果能够在战斗中杀死义经，源氏舰队便很可能会如同一之谷中的平氏足轻一样迅速溃散。因此在海战开始后不久，抢先发动进攻的平氏舰队利用海流带来的优势，集中对源义经本人的座舰发动进攻。为了躲避平教经对他本人的猎杀，义经甚至被迫连跳了八船！
虽然源氏军兵力占优势，但是面对在占据水文优势且操船娴熟的平氏舰队时，他们却一直处于下风。不过必须注意的是，由于日本战船没有能够吸收撞击力道的龙骨，无法使用冲撞战术，只能利用弓箭互射或跳帮登上敌船进行白刃战，这就使战况的进展要比欧洲古代海战慢了很多，即使占据优势的一方，也很难在短时间内获胜。
在战斗开始后两个半小时左右的时候，海流速度逐渐加快，这也再次加强了平氏的攻势，源氏舰队甚至已经被逼退到了满珠岛周围，似乎已经就要溃散了。不过在源氏舰队后退的过程中，一部分战舰由于无法承受过于猛烈的攻击，自然而然地开始向海峡两岸靠拢寻求海岸线的保护，平氏两翼的船只在追逐它们时也跟着驶向了岸边，而这却使它们落入了两岸源氏弓箭手的射程之内。如果不是这些船只自动分散的话，平氏便可以利用义经逃避追杀而造成指挥混乱的时机，一鼓作气攻入源氏舰队中央，将对方的乌合之众彻底碾碎了。
坛之浦海战
就在平氏舰队正面的力量自行削弱的同时，源义经又突然下令集中射击对方的水手。由于当时日本军队在作战时讲求以武士对武士的决斗，而日本弓术又是以射杀特定目标为宗旨的，水手们往往不会受到太大威胁，战船上通常也不会为水手提供任何保护。因此在义经下令射杀水手之后，平氏舰队中的水手立刻伤亡惨重，其进攻几乎完全停滞了下来，甚至很多船只都瘫痪在了水面上，双方也陷入了一片混战——平氏失去了取得决定性优势的最后机会。
正午过后，海流开始逆转，源氏舰队在撑过平氏的进攻后开始反攻，损失了大量水手的平氏舰队立刻便无法抵挡了。到了此时，源氏不仅在数量上占据优势，在动能上也赢得了上风。看到平氏大势已去，位于平氏舰队后方一直没有与源氏交战的阿波水军在阿波重能的领导下突然倒戈，将代表平氏的红旗抛入海中，挂出了源氏的白旗，并立即对平氏舰队发动进攻，使后者在腹背受敌的情况下迅速崩溃。
到了此时，为避免源氏偷袭彦岛而搭乘战船一同来到坛之浦的平氏亲族已经认清自己输掉了这场海战。平清盛的正室妻子时子对眼前的情势感到绝望，投海自尽。在她之后，平知盛、平教经、平资盛等将领也纷纷投海自尽，甚至连安德天皇和绝大部分女眷也一起投入大海。反而只有平宗盛这位无能之徒，不仅毫无军事方面的才能，甚至在一族灭亡时连自杀的勇气也没有，最后成为了源氏的俘虏。此外被俘的还有宗盛之子平清宗，以及安德天皇之母平德子。到当天夜幕降临时，除少数不愿跳海的幸存者以外，曾经权势遮天的伊势平氏一族已经消失在了坛之浦海底。
坛之浦海战
不过对源义经而言，坛之浦的胜利却使他走向了自己的灭亡。3月24日，源义经凯旋回京。在短短15个月时间里，他不仅将木曾义仲赶出了京都，又在一之谷会战和坛之浦海战中彻底消灭了平氏，使自己成为了镰仓的英雄。欠缺军事才能的源赖朝嫉妒义经的战功，把义经看成是平氏灭亡后最大的敌人。后者在率军返回关东时甚至不被允许进入镰仓，即使义经亲自给赖朝写信澄清自己并无二心也无济于事。与此同时，赖朝还不断发出禁止任何武士成为义经家臣的通告。当镰仓决定查封义经从平氏手里没收的领地时，义经也终于转而对镰仓采取敌视态度。后白河法皇又和以往一样，给予了义经讨伐赖朝的诏书。对他而言，武士内讧无疑是他最乐于看到的。
义经决定以自己声望较高的西国做为根据地与镰仓抗衡，因此率军离开了京都。就连反对宣旨源义经出征的九条兼实也在其日记《玉叶》中对源义经离京时未挟持法皇（这一点在政治上无疑是愚蠢的）、未纵容部下掠夺奸淫，平静离开京都的行为表示赞叹：“实堪称义士”。不过当他从摄津出海后，却遇到了极为恶劣的天气，险些遇难。而在这之后，源义经突然销声匿迹，源赖朝却借此机会，借追捕义经的名义得到了任命守护和地头的权力，统领当地武士，为后来镰仓幕府所推行的御家人制度奠定了基础。不久之后，几乎是单骑穿越日本的义经突然在陆奥平泉出现，寻求源平合战前曾保护过自己的藤原秀衡帮助，后者随即拒绝了镰仓方面交出义经的要求。
得知此事的源赖朝认清消灭陆奥藤原氏的绝佳机会到来了，因此立刻要求后白河法皇下旨讨伐保护义经的秀衡，但这一次法皇却出人意料地拒绝了赖朝。其原因很可能是在义经逃亡后，日本国内便再无能够向镰仓挑战的势力了，而赖朝又接连将守护和地头的任命纳入镰仓管辖范围，使后者将自己的统治从镰仓延伸到了全日本。此时唯一能够与赖朝抗衡的，便只剩下号称拥有17万骑（实际数字远小于此，其中有组织的部队人数可能连十分之一都不到）的陆奥藤原氏了。
不过在1187年10月29日，藤原秀衡却去世了，虽然他临终前曾留下遗言，要求自己的儿子们要保护义经，由后者来指挥军队以维持陆奥的自治局面。但秀衡的继承人藤原泰衡却逐渐与镰仓亲近，迫使义经离开平泉，逃往衣川避难。不久后，就连法皇也无法再抵抗镰仓方面日益强大的压力，正式宣布了追捕义经的命令。到1189年闰4月30日，藤原泰衡终于出兵攻击源义经在衣川的宅邸。后者手下虽然仅有20名随从，但却十分顽强地抵挡了一段时间，僧兵出身的家臣武藏坊弁庆据称身中多箭，直到战死后也没有倒地。年仅31岁的义经本人则在对方冲入内宅前切腹自杀，这位日本第一流的名将迎来了如此悲惨的结局。
自平氏一族在坛之浦投海自尽之时起，日本终于站在了一个新时代的门槛之上。凭借着剿灭了整个平氏的威望，源赖朝成为了自西海至关东所有武士的唯一首领。除了陆奥藤原氏以外，在整个日本范围内，已经不再有哪一个武士敢于不向镰仓称臣。以此巨大声望和实力为基础，再加上借追捕义经之机在全国各地设置的守护以及地头，源赖朝即将揭开整个日本武士史上最为重要的一页——彻底将武家政权与律令制国家朝廷剥离开来，建立以武士统治日本的全新政治。这一目标实现的标志，便是1192年镰仓幕府的建立。历史终于拉开了武士时代的大幕，而支撑起这个崭新舞台的擎天立柱，正是由一之谷的狼烟和坛之浦的船骸打造而成的。不仅如此，源平合战事实上也是农业经济和货币经济在日本所做的第一次搏斗，在平清盛所梦想的贸易经济为坛之浦海涛所淹没之后，以耕地和大米为基础的经济再一次统治了日本，直到近500年后，江户幕府所发行的统一货币才终于算是部分地实现了平清盛的梦想，而货币经济的完全实现，却还要一直推迟到700年后的明治维新时期。