古市澄胤的南山城统治因为尚未停止的国人反抗，并不如预想一般顺利。细川氏分家赞州家谋求山城守护之位，因此秘密支援山城国人，也是原因之一。（《后慈眼院殿御记》）这时，明应四年（1495）十一月，河内守护畠山义丰重臣游佐弥六自称“山城守护”，侵入南山城，进兵槙岛（今京都府宇治市槙岛町）。寻尊推测说“是为了救援古市吧”，但此后古市也未必对游佐的军事行动表示欢迎，所以也有研究者将其视为敌对军事行动。
无论如何，河内畠山氏介入南山城，给细川政元造成了刺激。明应五年八月，细川政元麾下猛将赤泽朝经（泽藏轩宗益，以下称为赤泽宗益）进攻山城。（《后法兴院记》）因此，游佐弥六以及驻留南山城的古市家臣井上近江守从山城撤军。（《大乘院寺社杂事记》）次年，即明应六年，南山城三郡守护代由赤泽宗益担任，北山城五郡守护代由细川政元重臣香西元长担任，由细川京兆家的军事力量来支持守护伊势氏的不正常的统治体制诞生了。伊势氏对细川氏势力的进驻表示认可，细川氏也承认伊势氏继续担任守护，这一体制可以说是双方妥协之下的产物。
在山城统治的问题上处于竞争关系的伊势氏和细川氏互相妥协，是因为足利义稙派势力扩大，对足利义澄的政权构成了威胁的缘故。趁明应六年七月爆发的河内畠山氏内斗，支持足利义稙的纪伊畠山尚顺拓展了势力，筒井藤王丸、十市远治等尚顺一方（曾经的畠山政长一方）加强了对河内及南山城的攻势。九月末至十月初，筒井等“牢人”回归奈良，古市、越智等败退。文明九年（1477）时被畠山义就击溃的筒井氏时隔二十年再度回归舞台。
控制了奈良的筒井对兴福寺宣誓“不在大和筹措军费，征发民夫”，因越智家荣反复征收物资而叫苦不迭的寻尊十分欢喜。然而，畠山尚顺十一月末进驻大和国之后，情势骤变。畠山尚顺没收了义丰一方万岁氏的领地，赐给了自己的马回众（亲卫队）。
正如本书所述，筒井派与越智派在大和争斗不休，胜者夺取败者的土地已司空见惯。但是，这终归只是侍奉兴福寺的大和众徒与国民之间的领地转移，兴福寺在形式上仍保持着影响力。一旦他国武士的占领出现，这就是迄今为止完全不一样的事态了。寻尊愤怒地说：“武家家臣在神国大和国握有领地，是可忍孰不可忍。”
明应八年正月末，畠山尚顺终于在河内消灭了宿敌畠山义丰，畠山义丰嫡子义英败走。自信满满的畠山尚顺进一步强化了对大和的统治，没收了义丰一方片冈与吐田的土地，赐予自己的家臣。没收犯罪者的领地，并将其给予别人，这一权力被称作阙所地处分权，本来是守护的权限。大和国不设置守护，兴福寺就是事实上的大和守护。畠山尚顺行使阙所地处分权，就是对兴福寺守护权的否定。寻尊的危机感越来越强了。
当年九月五日，畠山尚顺响应足利义稙起兵，开始从河内向京都进军。畠山尚顺一方的大和势力也进军南山城。这场战役是足利义稙与足利义澄“两将军”争夺霸权的战役，寻尊战栗地说：“应仁之乱以来，还没有这种程度的大乱。”然而九月末，赤泽宗益将南山城的尚顺一方一扫而空，被尚顺一方驱逐的“三十六人山城众”也得以回归。（《大乘院寺社杂事记》《中臣师淳记》）
古市澄胤眼见赤泽宗益迅速进军，便投靠到宗益麾下；其他众徒与国民却担心宗益入侵大和，于是加强了团结。十月末，越智家令与筒井藤王丸、成身院顺盛、十市远治等议和，决定在足利义稙和足利义澄的争斗中保持中立，并将他国势力从大和驱逐出去。除了古市澄胤，三十余名众徒与国民参加了这次议和，它称得上大和国版的山城国一揆。此外，当年十一月，筒井藤王丸出家，改名顺贤。（《大乘院寺社杂事记》）
从越前向京都进军的足利义稙于十一月在近江败给六角高赖，逃往河内，十二月投靠大内义兴，去了周防。（《大乘院寺社杂事记》《大乘院日记目录》《后法兴院记》）赤泽宗益在十一月十二日率数千兵进入南山城，足利义澄一方已宣告胜利，宗益侵入大和更加有现实意义。筒井等在大和各处巡逻守卫，六方众对宗益进行“名字封印”。寻尊对这一系列举动持批判态度：“本次的战斗是畠山尚顺与细川政元、畠山义丰的争斗，兴福寺不应该参与进去。”
寻尊本来对在近江为恢复大乘院领属庄园助一臂之力的足利义稙颇有好意，足利义稙最初为夺回政权而起兵时，他还评价说：“一方是将军，一方是细川。”也就是说，这是“将军”足利义稙和细川政元的冲突，前者更具有大义名分。但足利义稙败退近江以后，寻尊说“现在的战斗是两畠山与细川三者的争斗而已”，以免引起赤泽宗益的敌意。当他确信足利义澄、细川政元、赤泽宗益占据优势时，他就首先要考虑与胜利者的关系，寻尊的现实主义表现得十分明显。赤泽军在过去的七月里有对足利义稙一方的比叡山发动火攻的“成绩”，他的凶狠暴行可能曾在寻尊的脑中闪过。
果然，十二月十八日，赤泽军数千人以古市澄胤为先锋攻入大和，击破众徒与国民，骚扰沿途诸寺，侵入奈良。赤泽军在奈良町的暴行自不必说，在兴福寺内也极尽野蛮粗暴之力。寻尊有生以来从未见过奈良被破坏到这个地步，简直就是“闻所未闻”。
虽然寻尊对古市引入外部势力非常愤怒，但对六方众悬赏寻求宗益首级的轻率行为也表示反对。这是被宗益挑衅的结果，他很不满。筒井等也离开了奈良。
此后，大和国纳入了赤泽宗益的强权统治之下。宗益在永正元年（1504），细川京兆家内部的权力斗争中败北下台，在药师寺元一之乱后复出。由于暂时退出大和的赤泽军还有再次侵入的迹象，众徒与国民再度奋起。永正二年二月，越智家令的女儿出嫁筒井顺贤。当年十一月，布施、箸尾、越智、万岁、吐田、楢原、片冈、筒井、十市九氏请求兴福寺不要许可侵略河内的赤泽军经过大和。（《多闻院日记》）越智派与筒井派的结盟确立下来。
大和主要众徒、国民团结一致，是应永二十一年（1414）国中之战以来时隔九十年没有的事情。这一历史性和解的契机是永正元年十二月，两畠山氏为打倒细川政元而联合。（《大乘院寺社杂事记》《后法兴院记》《实隆公记》）毕竟大和国人在应仁之乱以前就分别作为畠山政长派和畠山义就派相争了。
然而，仅仅因为这个原因，这种举国一致的体制就能够实现吗？赤泽军的威胁才是团结的原动力。永正三年三月，赤泽宗益击破河内两畠山氏，七月追究未协助河内征讨之罪，再度入侵大和。兴福寺担忧赤泽军会发动掠夺，于是与细川政元交涉，获得了禁止赤泽军掠夺的制札文书。另一方面，成身院顺盛震惊于赤泽军的强悍，于是去做细川政元的工作，希望他保住侄子筒井顺贤的性命，哪怕只能保住他一个。但筒井顺贤拒绝赦免，表示“舍弃大和苟活毫无意义”，选择了与其他大和国人一同战斗。大和各路势力之间出现了一种前所未有的团结之势。（《多闻院日记》）
在赤泽军的猛攻之下，大和国人联军败退，然而永正四年六月，在细川京兆家继承人争夺的旋涡中，细川政元被暗杀。正与丹后一色义有交战的赤泽宗益接报迅速返回京都，却遭到敌人追击战死。此后，在细川澄元的命令下，赤泽长经（宗益养子）入侵大和，击退大和国人联军。之后赤泽长经转战河内，与畠山义英交战。（《多闻院日记》等）
然而，寻尊对这一系列动乱的过程并没有多少兴趣。寻尊知道自己死期将近，终日读经三昧。永正五年五月二日，寻尊示寂，享年七十九岁。
五天前的四月二十七日，大内义兴拥戴前来周防的足利义稙在和泉国堺登陆。细川高国与畠山尚顺与之呼应，大和势力也打出了足利义稙派的旗帜。足利义澄派的细川澄元派遣赤泽长经和古市澄胤去大和，他们在七月十九日奈良的战斗中大胜，筒井等逃亡河内。赤泽长经、古市澄胤追击，却在河内战败，古市澄胤战死，长经被捕斩首。（《中臣祐弥记》等）几度血洗大和国的赤泽父子遭遇悲惨的结局，为了一己荣华富贵背叛兴福寺与其他大和国人的古市澄胤暴尸沙场。若是寻尊还健在，他会有怎样的感慨呢？果然还是会得意扬扬地说“春日大明神的惩罚应验了”吧。
此后，经过一番周折，筒井、越智、箸尾、十市四氏联合体制成立，大和国进入安定期。兴福寺统治大和一国的局面彻底改变。不过大和国人继续利用兴福寺的权威和权力实施统治，最终也没有脱离兴福寺而独立。
学术界将此称作大和国人的“极限”，一般持否定评价。学术界指责其保守性，没能够打倒兴福寺这个腐败的权力中心，只能继续奉迎其旨意。但是，大和国人之所以能够放下持续数代的仇恨，实现团结一致，正是因为他们有侍奉兴福寺的自我认同。不可否认的是，兴福寺的权威在号召抵抗外部侵略时起到了一定作用。
笔者在前著《日本中世战争史》中说，战后历史学依据的革命思想与反战和平思想有多处矛盾。在前近代社会中，既有权威往往是被战乱打破的。中世兴福寺或许阻碍了大和国人作为领主的成长，但另一方面，也减轻了战争造成的损害。若不从这两方面展开评价，对兴福寺是不公平的。
此后的兴福寺持续与畿内瞬息万变的武家势力交涉，特别是松永久秀进入大和国，给当地带来了很大冲击，但这些超出了本书的主题。现在，我只想对艰难挺过战乱时代的经觉与寻尊致以敬意。