经觉没能看到应仁之乱的最后结束。
经觉波澜万丈的一生，结束于文明五年（1473）八月二十七日，享年七十九岁。如前所述，这一年山名宗全、细川胜元两位相继离世，经觉如何看待他们的死，不得而知。因为经觉的日记只到文明四年九月而已。
与频繁感叹乱世，悲叹“天魔所为”“寺社灭亡的根源”的寻尊不同，经觉没有记录过对应仁之乱这一战争整体的感想。经觉对政治与社会局势并不关心，他所关心的只是与自己有来往的人的动向。
文明四年八月，朝仓孝景击破甲斐一方控制了越前，经觉闻讯欣喜不已：“朝仓是我长年的知己，他能获胜，可喜可贺。”就好像那是自己的事情一般。（《经觉私要钞》）如前所述，经觉偏向西军，朝仓孝景虽然从西军叛投东军，但此事与经觉无关。这与寻尊相反，寻尊担心河口庄的田租会不会因此收不上来了，焦虑不已。
经觉晚年不断在日记中写自己身体不佳，不过并没有几个月长时间卧床不起。文明五年七月，他与寻尊等人一同去观赏盂兰盆定例的古市念佛风流。八月十一日，又与一条兼良、寻尊等一同观赏猿乐。（《大乘院寺社杂事记》）
但八月二十一日经觉突然病倒了。寻尊从由古市急忙赶来的楠叶元次那里听到了这个消息，于是安排了医生，自己也前去探病。但那时经觉已经无法说话了。
为了祈愿经觉的身体康复，寻尊命令兴福寺的僧侣们诵读大般若经、念佛，但毫无成效，经觉与世长辞。去世前，寻尊将经觉的病体转移到己心寺。葬礼在己心寺举行。一手操办这些事务的毫无疑问是寻尊。西南院光淳（参见一百一十八页）就任兴福寺别当。光淳的第一件工作，是依恩赦免释放预定要被处决的盗贼。
经觉去世十一天后的九月九日，寻尊把经觉留下的日记等各种记录要来。这个时代的公家或僧侣的日记，并不是为备忘而作的私人物品。他们的日记也是一种手册，为自己的继任者能够顺利开展各种仪式、活动及领地管理提供参考。所以本来经觉就必须要把自己的日记给后任大乘院门主寻尊看，但由于二人关系微妙，经觉没有这样做。寻尊没有经历过技术的传授，而是不得不自学作为门主所需要的知识。
经觉去世时，寻尊年已四十四岁。由于调查过诸多记录，其博学程度在大乘院历代门主之中算得上数一数二，对他而言，事到如今大概也无需再学习经觉的日记了吧。即便如此，他还是立即入手了经觉的记录，其好学之心，令人感佩。
但不走运的是，经觉日记文安二年（1445）以前的部分缺失。文安二年筒井军进攻经觉所在的鬼薗山城之际，日记几乎全被焚毁。寻尊也于康正二年（1456）开始写日记，因此对寻尊来说，较早的记录更为重要。经觉的早期日记遗失，寻尊定是十分泄气的吧。
经觉给寻尊留下的不仅有日记，还有一件麻烦事，那就是借款。根据楠叶元次给寻尊的报告，经觉负债达五十贯文钱左右。债权人要求寻尊还款，甚至有人逼迫说，若还不上来的话就没收大乘院领有的土地。
寻尊对此严词拒绝，他表示经觉的债务是他的个人借款，与大乘院无关。他的证据是，他自己从来没有当过借款的担保人，一个字也不曾写。但债权人不肯罢休，反问：“你不是经觉的弟子吗？”对此，寻尊反驳道：“我不是经觉的弟子。我大乘院门主的地位、大乘院的领地，都不是经觉给我的，是幕府给我的。从九岁起到现在，这三十六年间，我一直是大乘院的门主。”
其实他的这一主张中混入了谎言。的确，寻尊就任大乘院门主，是因为经觉惹足利义教不快导致下台，并不是经觉让位给他的。但嘉吉元年（1441）足利义教被暗杀后，经觉重任大乘院门主，并让寻尊做了自己的弟子。文安二年经觉在与筒井氏的作战中战败离开奈良，寻尊这才回归大乘院门主之位。虽说也不是普通的师徒关系，但寻尊是经觉弟子这一点，不容否认。
然而寻尊在文明二年的时候就已经预见到这种问题了。寻尊考虑到自己有可能走在经觉的前面，遂留下作为门主的心得交给政觉。里面说，不可以为经觉的借款做担保人；不可以同那些声称给经觉借款、从经觉那里获得土地等，试图掠夺大乘院土地的人共事。诸如此类。
寻尊为防备经觉死后追债者蜂拥而至，早就积攒了证明自己不是经觉弟子的文书，做好了理论准备。因此，当真被逼问“代替经觉还钱”之时，他也能不为所动，宣称自己“不是经觉的弟子”，义正词严地反驳回去。追债者无从了解经觉与寻尊之间的复杂关系，于是便被寻尊欺骗了。如此周密的安排，可以说非寻尊不能。
寻尊甚至还着手收回经觉管理的领地。对寻尊来说，这些不是经觉的私有土地，而是大乘院门迹为了照料经觉的老年生活而借给他的“隐居用地”，因此经觉并没有处分这些土地的权利。经觉无权拿这些土地去做借款的担保，也无权将其转移给他人。即便经觉签了这样的契约，也是无效的。如今经觉已死，所有的土地都必须归还大乘院门迹。有关“隐居用地”的纠纷，他早在文明二年的时候就已经想到了，于是寻尊命令古市胤荣，迅速收回散在各地的经觉领地。
对大乘院门主寻尊来说，维持大乘院门迹这一经营主体才是最重要的课题。早早预见将来可能发生的问题，事先备好应对之策，寻尊的手腕堪称老道。轻视他是个大乱的旁观者，那简直就是看错了寻尊这个人了。
文明八年（1476）四月五日，五十八岁的筒井顺永病逝，其子顺尊继承其位。（《大乘院寺社杂事记》）筒井顺永作为大和东军主力，在南山城、河内与西军对战，同时维持着奈良的治安。文明四年，土一揆袭击奈良时，顺永将其镇压。因顺永之死，兴福寺僧中有人动摇了，表示此后或许应该支持西军了，寻尊却激动地拒绝说：“真是大天魔啊。”可以说寻尊是肯定了顺永的功绩，而更重要的是，寻尊其人的风格是不为眼前表象所迷惑，能做出慎重的判断。畠山政长担心大和的东军一方势力弱化，遂派遣重臣游佐长直到河内，守卫若江城。
文明九年九月二十二日，离开京都的畠山义就军在河内牧（今大阪府枚方市）宿营。畠山义就甚至进军野崎（今大阪府大东市），窥伺若江城。越智家荣、古市胤荣、古市胤澄加入义就一方，筒井顺尊加入畠山政长一方，大和诸势力也在河内国集结。（《大乘院寺社杂事记》）
二十七日，若江城守将游佐长直迎击，将畠山义就军击退。（《大乘院寺社杂事记》）但这是畠山义就的策略。畠山义就佯装败退，转入摄津国欠郡（今大阪市内），奇袭天王寺城。（《长兴宿祢记》）守卫天王寺城的和田助直等奋力迎战，总算将畠山义就军击退。（《和田文书》）当天，畠山政长方的客坊城（今东大阪市客坊町）陷落了。（《大乘院寺社杂事记》）
畠山义就退出京都时，幕府默然相送，因而畠山义就大闹河内的状况，幕府应该早已料到。但畠山义就的势头远超预想。畠山政长狼狈地向足利义政哭诉，足利义政遂向朝廷请求下发处罚畠山义就的纶旨。九月二十九日，纶旨向东大寺、兴福寺、金峰山、多武峰、高野山、根来寺、粉河寺众徒及伊势国司北畠政乡（北畠满雅之孙）发布。（《实隆公记》《兼显卿记》《长兴宿祢记》）这时大内政弘等西军诸将尚在京都，故东军无法行动。因此，足利义政试图利用朝廷影响之下的寺社势力和公家大名的军事力量。
但足利义政的应对为时已晚。十月三日，畠山义就进入八尾城（今大阪府八尾市），切断若江城与誉田城（今大阪府羽曳野市誉田）的联络。（《大乘院寺社杂事记》）接着，当月七日，畠山义就进攻政长一方和田美作守等守卫的誉田城，斩杀大将美作守以下三十七人。（《长兴宿祢记》《大乘院寺社杂事记》）畠山义就将他们的首级送到京都的畠山政长处，这是刺激他“不要躲在京都，速来与我一战”。这时，由于若江城的游佐长直并不发兵救援誉田城，政长一方士气显著低落。筒井顺尊进攻古市氏镇守的教兴寺城（今八尾市教兴寺），也遭击退。
十月八日，畠山义就一方的大和国民吐田氏攻克岳山城。这就是当年畠山义就坚守近两年半的那座岳山城。九日，往生院城（今东大阪市六方寺町）、若江城也被攻陷。游佐长直从天王寺乘船逃脱，仅以身免，丑态尽显。（《大乘院寺社杂事记》）畠山义就已基本上平定河内一国。
畠山义就瞬间攻下河内，足利义政应该完全没有预想到。文明二年八月，畠山义就曾命家臣誉田、甲斐庄、游佐等进攻河内，越智家荣等也出兵助力，却未能达到驱逐政长一方的目的。这是因为畠山政长一方在河内的地位十分稳固。畠山义就退兵河内，畠山政长不去追击，也是因为对河内的防御有绝对的自信吧。
然而这一次，无论畠山义就自己是否出马，河内与大和的武士们一齐起兵，投入畠山义就麾下。畠山义就的名望可想而知。
畠山义就的魅力，其军事才能自不必说，尽管他是守护家的公子，却不靠权威，坚持实力至上。即便是为公家、僧侣所惧怕的“不守规矩者”山名宗全，在操纵幕府政治以获得财富权力方面仍比较保守。事实上，山名宗全自己不做管领，而是让女婿斯波义廉做管领，他这样的战略仍然遵循了幕府管领必出斯波、细川、畠山三家的规矩。此外，足利义视加入前，西军是以八位大名联合签署的形式发布命令，其中大内政弘虽然军事才能卓著，但因为门第不够，仍被排除在署名者之外。这也可以看出西军主帅山名宗全的保守性。
与他相比，畠山义就原本就没有遵循幕府命令的想法。大乱开始前，他就曾与幕府大军为敌，在河内孤军奋战。虽然他被山名宗全利诱上京，卷入幕府内的权力斗争，但他本质上仍是不依靠幕府权威，采取自力更生、独立扩张领土的态势。厌恶中央统治的地方武士纷纷投入畠山义就麾下，正是这个原因。
今谷明评价畠山义就的势力是“河内王国”“幕府的权威命令无法到达的独立国家”。这说法非常妙。提到“最初的战国大名”，一般总会举出朝仓孝景、北条早云的名字，但畠山义就也可以说是战国大名一般的人物。
且说，寻尊听说畠山义就在河内之战完胜，在日记中说“可喜可贺”。这样战斗就要结束了吧。
然而，寻尊天真的期待很快就落空了。畠山义就的矛头对准了大和国。畠山义就的家臣游佐和甲斐庄为了报父亲战死于“神南山之战”之仇，表示要进攻大和国龙田城。（《大乘院寺社杂事记》）神南山之战就是长禄四年（1460）十月十日的“河锅山之战”。是役，畠山义就军奇袭畠山政长防守的龙田城，战事不利，败走河锅山，遭到政长一方追击，游佐国助、誉田金宝、誉田祥荣、甲斐庄等义就一方主要将领战死。于是，他们提议说，在各自父亲忌日那天，即文明九年（1477）十月十日进攻龙田城。
但是，十月十日进攻龙田城的作战计划缺乏军事上的合理性。因此，越智、小泉、片冈等表示反对。他们虽臣从于畠山义就，但与游佐、甲斐庄不同，并不是畠山义就的家臣。畠山义就无法无视大和势力的意见，于是中止攻击龙田城。即便如此，时过二十年仍不忘复仇，中世武士的执念之深，令人震惊。
畠山义就一方打算东进一举攻克奈良。（《长兴宿祢记》）在京都的大内政弘为了从侧面支援，派遣重臣杉弘相率正规军三百骑、杂兵数千人由山城国南下。（《大乘院寺社杂事记》）或许大内政弘事先就与畠山义就约定好了。畠山义就撤出京都以支持大内政弘归降东军，作为交换，大内政弘支援畠山义就进攻河内与大和。
听闻大内军逼近之后，守卫木津的仁木氏、木津氏等慌忙逃走。筒井顺尊、成身院顺宣（后来的顺盛）也躲藏起来。大和的政长一方势力四散。只有箸尾氏还坚守着政长一方的孤城，但即便是箸尾氏，其家主箸尾为国已经弃箸尾城逃走，消失得无影无踪。
十月三日，大内军从木津进军般若寺（今奈良市般若寺町内）。兴福寺担心奈良置身于战火之中，遂通过驻守下狛的古市家臣井上九郎，与大将杉弘相交涉，大内军向奈良的进军遂中止，撤退到下狛。
六方众听说筒井氏败退，于是袭击了曾向奈良居民征收重税的筒井氏代官庆忍，将其从住宅内逐出。古市胤荣、澄胤兄弟从河内教兴寺城回到奈良，指挥奈良防务。
以筒井氏为首的畠山政长一党既已被一扫而空，若不让与畠山义就关系密切的古市氏做官符众徒的话，奈良的防务是不可靠的。毕竟畠山义就军的兵力，合河内、大和两国已达一万人。
然而，寻尊欲任命古市澄胤为官符众徒首领之时，古市澄胤回答说：“若只任命我一人，那便欣然接受。”康正元年（1455）九月古市春藤丸（胤荣）就任官符众徒首领之际，丰田与高山氏等也是首领，首领一共五人。这次，丰田、高山等也要求首领之地位，寻尊左右为难。但寻尊认为“除了古市之外，让其他人保卫奈良治安，都无法顺利进行”。寻尊依旧清醒。此后，文明九年十一月，寻尊通过古市氏祝贺畠山义就平定河内，赠送贺信和酒樽等，竭力构建与畠山义就的友好关系。
文明十年正月，也因为畠山义就和越智家荣的推荐，寻尊任命古市澄胤取代筒井顺尊为官符众徒首领。筒井氏一方虽然反对，却无能为力。当年六月，越智家荣之女与古市澄胤政治联姻，古市氏的权力愈发强化。
另一方面，筒井顺尊也在寻找反击的机会。因为顺尊的长子做了福住氏的养子，这位福住氏是东山内福住乡（今奈良县天理市福住町）的控制者，于是筒井顺尊遂以福住乡为据点开展抵抗活动。文明十一年九月以后，筒井一方雇佣足轻，扰乱奈良市内。足轻神出鬼没，袭击奈良各处，抢劫、放火。
筒井一方正规军兵力约五百人，兵力上古市军占优。但是兵力不足的筒井军使用了雇佣兵。为了与筒井一方足轻打游击战，古市一方也雇佣了足轻。虽说是雇佣，但由于发不出饷钱，于是便允许他们抢劫。这和应仁之乱中京都进行的足轻战法完全相同。
寻尊虽然慨叹双方的足轻战法使奈良荒废，却无能为力。第四章已述，应仁之乱开始后，许多公家为躲避战乱，逃到奈良。如今奈良反而动荡，约八十人回到了京都。甚至有的可怜的公家拜托足轻沿途护卫，途中足轻却转为盗匪，把他们全身衣物扒了个干净。（《大乘院寺社杂事记》）
见筒井一方在奈良横行，畠山义就于十月二十一日派遣了一位名叫市若的足轻大将。因市若奋战，筒井一方的军事活动陷入低潮。畠山义就甚至打算派大军入大和，但由于畠山家中发生了内部纠纷，不得不作罢。因此，筒井一方得以保住一命。
文明十三年七月十五日，有传言说筒井一方计划再次攻击奈良。寻尊不解道：“文明九年畠山义就军逼近大和时，筒井不是不经一战就落荒而逃了吗，如今畠山义就的势力比那时还强，若真要打来，也不过是被击溃吧。还是说他们相信了畠山义就去世的谣言了？”
但在七月二十日，筒井顺尊、箸尾为国、十市远相、成身院顺盛等联军为夺回旧领地而起兵。他们之所以发起攻势，是因为与多武峰达成了同盟。但如寻尊所料，筒井一方惨败，古市澄胤攻克了筒井氏的居城福住城。
此后，筒井顺尊仍不放弃，策划种种谋略，但全都以失败告终。文明十九年（1487，七月二十日改元长享），箸尾为国向越智家荣投降。接着长享三年（1489）七月二十二日，逃亡中的筒井顺尊在京都的旅店去世，终年三十九岁，据说是醉酒而死。终日失意，借酒浇愁，顺尊这样的形象浮现出来。寻尊在日记中这样写道：“文明九年丁酉岁十月十三日败退以后，再未归国，就此入灭。这是大明神的惩罚。”由于顺尊在文明九年以后仍在大和国活动，所以这里的“归国”不是指回归大和国，而是指回归故乡筒井乡的意思。
筒井氏支援畠山政长，在河内与大和长期奋战，是应仁之乱的点火者。最终，畠山政长所属的东军获得了战争的胜利，但筒井氏自己却战败于越智和古市氏，失去了在大和的势力。这真是莫大的讽刺。