文明元年（1469）七月末，前年大乱爆发以来，在京都作为东军一方活动的成身院光宣回到了奈良。醍醐前由细川、赤松军护卫，醍醐后由前来迎接的大和武士五百人护卫，保证光宣途中的安全。（《大乘院寺社杂事记》）光宣在应仁之乱初期是东军的中心人物，大为活跃。此后，随着东军增援部队陆续入京，他在东军内部的存在感日益降低。光宣大概是为了重整旗鼓才暂时返回自己的据点奈良吧。
十月末，光宣率军奔赴宇治真木岛氏的宅邸。光宣意欲再度上京，终因身体不适，未去京都而返回奈良。十一月二十日，时年八十岁的光宣去世。（《大乘院寺社杂事记》）筒井顺永的次子筒井顺宣继承了成身院。
寻尊对光宣的情感是复杂的。光宣长年作为六方众一员为兴福寺尽心尽力，在为春日社神事和兴福寺法会等筹措经费方面出了不少力。寻尊称赞光宣是“大正直之人”。
另一方面，寻尊又评价光宣说“如今天下大乱，皆是此人谋略所致”，视其为应仁之乱的元凶。他对光宣身为僧侣却积极参与战事持批判态度，在日记中写道：“他简直和平清盛（平清盛出家后仍掌握政治实权，专横跋扈）一样。”
关于寻尊对光宣的评价，也有学者认为他过度强调了光宣的作用。身在奈良的寻尊，对于京都正进行着的应仁之乱的全貌并不能完全把握，他只能从光宣等兴福寺相关人物那里获取情报，推测战况，自然而然就做出了光宣是应仁之乱的幕后推手，以及东军的参谋这种过高的评价。
确实，寻尊有过高估计光宣的活动的倾向，但笔者以为，光宣是应仁之乱的关键人物这一事实是无可撼动的。应仁之乱爆发的原因多种多样，直接导火索是畠山氏的家督之争，将军足利义政试图通过努力解决畠山问题来结束战乱也可以证明这一点。
然而，畠山氏的家督之争越发恶化、复杂化，并不仅仅因为足利义政举棋不定，一直支持着弥三郎、政长兄弟，与义就彻底抗战的成身院光宣和筒井顺永的存在感是非常巨大的。军事上较弱的政长若无筒井氏的援助，是不可能与畠山义就对抗的。从这一点上来讲，“光宣就是招致大乱的罪魁祸首”，寻尊的这一评价正中靶心。
但是，光宣的活跃时间基本上仅限于应仁元年（1467）这一年间。随着战乱的大规模化和长期化，最多只能动员数百兵力的光宣的出场机会就减少了。京都的战事已经不是光宣所能处理得了的了。即便光宣还能再稍微多活一段时间，也无法再左右战乱的走向了。
话虽如此，至少在大和国一国之内，光宣的死还是带来了巨大的冲击。筒井顺永的政治影响力正在降低是难以掩盖的，此后，东军一方在大和陷入了艰难的境地。
文明元年（1469），畠山义就制伏西冈，大内政弘攻入摄津国，西军攻势仍在持续。应仁二年（1468）十一月西幕府成立后，明确支持东军的将军足利义政和政所执事伊势贞亲为打开局面，谋划弱化西军。
说起来，应仁之乱一直无法看到结束的兆头，也是因为东西两军战力势均力敌。为打破这一均衡，有必要实施策略，砍掉西军一角。
他们的目标是斯波义廉军。斯波义廉不过是傀儡，实际指挥义廉军的是朝仓孝景。而且越前目前斯波义敏一方处于优势，朝仓孝景陷入苦战。这时已经出现了即便孝景倒戈东军也不足为奇的状况。
足利义政对朝仓孝景的劝诱从应仁二年开始，文明元年以后变得正式。伊势贞亲在文明元年七月二日的书信中说：“您加入我军，竭尽忠诚一事，实在是神妙之至。”（《朝仓家记》）由此看来，朝仓孝景已经认可了向东军倒戈一事。
然而，朝仓孝景完全没有采取具体的军事行动。大概越前的朝仓孝景知道京都近郊的西军处于优势，对与西军的决战态度消极。伊势贞亲在十二月八日的书信中说“请尽快建立战功”，催促孝景出兵。（《朝仓家记》）
与朝仓孝景关系密切的赤松政则，以及政则的重臣浦上则宗也来说服朝仓孝景。对此，孝景要求任命他为越前守护。现任越前守护是东军的斯波义敏，想要剥夺义敏的越前守护一职交给朝仓孝景，根本是不可能的。但是，足利义政和细川胜元无论如何都想把孝景拉到自己这一方，遂于文明三年五月二十一日承诺“以后任命你为越前守护”，将朝仓孝景拉拢过来。（《朝仓家记》）
当年六月八日，留在京都的朝仓孝景的嫡子朝仓氏景跑到东军细川成之的宅邸去。氏景于十日获准谒见将军足利义政。（《经觉私要钞》）越前的朝仓孝景也出兵到今立郡河俣（今福井县鲭江市上河端町）。（《东国御阵之次第》）这样，朝仓孝景倒戈东军一事，就已经众人皆知了。
为讨伐朝仓孝景，西军甲斐敏光前往越前。足利义政“任命你做越前守护”的承诺未得到履行，朝仓孝景陷入苦战。八月五日，寻尊收到了朝仓战败的消息。据消息称，朝仓孝景当时自称越前国司，身着立乌帽子及狩衣，举止如贵族一般，越前的武士因他的骄傲而愤怒，于是背叛朝仓，朝仓遂败于甲斐一方。（《大乘院寺社杂事记》）
寻尊虽对朝仓孝景的桀骜不驯予以批判，但据大薮海的研究，孝景之所以僭称国司，乃是因为东幕府完全没有任命他为越前守护的意思，遂使出了苦肉计。然而，已经名存实亡的国司头衔无法拉扰武士，在西军的越前守护代甲斐敏光面前只能惨败而归。
身着立乌帽子及狩衣的传言怎么看也不像真事，但无论真伪，寻尊无疑对朝仓地位上升非常不痛快。朝仓这样的卑微之人竟身处高位，身份秩序扰乱，对处于最上层阶级的寻尊来说是不可容忍的。
寻尊的这种守旧性一直为研究者所指摘。但另一方面，由于朝仓归降东军，越前的兴福寺大乘院所属坪江庄的田租收入情况好转，让寻尊十分欣喜，这也是事实。如果说他是个势利之人确实也是如此，但不可忘记的是，寻尊绝不是一个只执着于观念而没有生活能力的人，他对现实的判断非常准确。
顺带说一句，下一章将会提到，朝仓孝景重整旗鼓后，击破甲斐氏，平定越前。越前是通向京都的重要补给线，东军完全控制越前之后，东军的优势地位就确定下来了。朝仓孝景的倒戈是战局的转折点，这已是学术界的共识，可见，足利义政的判断是正确的。
应仁之乱长期持续的过程中，南朝皇子的后裔们趁着混乱蠢蠢欲动。文明元年（1469）十一月，南朝后裔兄弟一人在大和国吉野深处，另一人在纪伊国熊野起兵。（《大乘院寺社杂事记》）
后南朝势力起兵令西军非常关心。西军虽拥立足利义视，但足利义视终究不过是将军的弟弟而已，而且还被后花园法皇打上了“朝敌”的烙印。在大义名分的层面上，西军仍然不如东军。因此，通过直接推戴继承南朝皇族血脉的后裔为天皇，来与东军的天皇、将军权威对抗的构想诞生了。最先想到这一办法的是越智家荣。越智家荣的父亲越智维通在大和永享之乱中曾与后南朝势力合作，家荣与后南朝势力有亲近感。
然而，“南帝”推戴方案让畠山义就颇有难色。若拥立新天皇，就需要向新天皇献上领土。在这种情况下，就要献上后南朝势力的核心、楠木氏势力范围内的纪伊和河内两国，但两国都是畠山义就的领国。畠山义就不愿意割让自己的领地，遂表示反对。但经足利义视与西军诸将的劝说，畠山义就最终同意。
在熊野起兵的南朝后裔（弟弟）接受畠山义就的支援，进入纪伊国海草郡的藤白（今和歌山县海南市）。在吉野起兵的南朝后裔（兄长）进入与越智氏有关的壶坂寺。文明二年后，南朝势力活跃，应该是因为成身院光宣病逝后，大和的东军势力消退所致。
文明三年八月，南朝后裔（兄长）离开壶坂寺，经古市最终进入京都。西军将这位“新主上（新天皇）”迎请到北野松梅院（北野天满宫的院家），此后由于警备上出了问题，于是又转移到西阵附近一个叫安山院的尼寺。这是因为该寺院的住持是山名宗全的妹妹。南朝后裔（弟弟）也上京与其同住。（《大乘院寺社杂事记》）闰八月，他们又转移到二条家，计划有朝一日进入内里。（《经觉私要钞》）
关于“南帝”的出身，当时众说纷纭，寻尊记录说，可能是后村上天皇（后醍醐天皇皇子、南朝初代天皇）的后裔，也可能是小仓宫之子，他将众多不同的谣言记录了下来。最可信的是小仓宫后裔、冈崎前门主的子嗣吧。（《大乘院日记目录》）年龄据说是十八岁。
根据将妹妹所在的尼寺提供出来这一情况来看，在拥立南帝一事上最为积极的大概是山名宗全吧。而起初赞成拥立的足利义视，此时却对迎接南帝入京表示反对。西军诸将在向入京后的南帝行臣下之礼时，据说足利义视没有行礼。（《大乘院寺社杂事记》）
足利义视为什么会转变态度呢？最重要的原因大概是朝仓孝景的背叛，使东西两军的均衡态势被打破吧。足利义视对西幕府的未来感到悲观，开始寻求与兄长足利义政和解。在这种情况下，拥立南帝，对足利义视而言有百害而无一利，实乃愚蠢之策。
寻尊也对拥立南帝表示质疑，认为这将“导致公家灭亡”。南朝、西幕府体制成立，是对北朝、东幕府的权威针锋相对地否定，有可能从根本上颠覆室町时代的社会秩序。熟知历史的寻尊，一定想到了南北朝内乱的悲剧吧。
偏向西军的经觉也对拥立南帝表示忧虑。他叹息道：“东西两军的争斗越来越难以结束了。”应仁之乱原本只是幕府内部的权力斗争，随着南帝的拥立，又进入了一个新的阶段。也就是说，室町幕府失去了作为“北朝的军队”守卫“室町的和平”的职责。