在古市迎福寺隐居的经觉从大乘院寻尊那里获得了很多庄园，依靠庄园的收入，过着富足的生活。其中一处重要庄园是越前国河口庄的细吕宜乡下方。河口庄（今福井县芦原市、坂井市）是九头龙川下游的大乘院领属庄园，其中的一部分给了经觉。
经觉将细吕宜乡下方的经营交给了越前守护代甲斐常治，这就是“守护请”。但甲斐常治自己也并不会到细吕宜乡去住，而是将当地的管理交给了代官甲斐八郎五郎。经觉时不时派遣亲信楠叶元次去越前，与甲斐交涉。元次的奔走让田租收取得比较顺利，一直能送到经觉那里。
但到了长禄二年（1458）七月，情况大变。越前守护斯波义敏与甲斐常治之间爆发战斗。起初甲斐一方处于优势，但八月七日义敏一方的堀江利真从京都赶到越前，义敏一方重振气势，十一日甲斐一方的敦贺代官大谷将监切腹。
九月十四日，楠叶元次从越前回到奈良。因为甲斐一方战败，甲斐八郎五郎逃往加贺国，田租没能收上来。当月十六日，寻尊前来拜访经觉，河口庄诸乡的公文和政所（当地的管理人员）因为甲斐一方的败北全都没了踪影，于是他来寻求善后之策。具体来说，就是河内庄的名主和百姓请求“在斯波义敏一方打进来之前，希望兴福寺大乘院能派遣代官过来”，寻尊就此前来商讨回复之法。经觉回答说：“应立刻派遣代官。”
河口庄的诸乡此前委任给甲斐一方代为管理，这之后就改为兴福寺大乘院直接管理，这就叫“直务（直辖）”。寻尊立即去做幕府的工作，获得了幕府对兴福寺直辖的许可。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
然而，当兴福寺派遣的使者手持幕府的命令书去越前时，实际控制越前北部的堀江利真拒绝了他。“若无斯波义敏大人的命令，河口庄的直辖代官不可入内。”这是寻尊和经觉所意想不到的。
斯波义敏一方之所以不遵幕府命令，是因为在此番战事中，将军足利义政支持甲斐一方。越前守护代甲斐常治是越前守护斯波义敏的家臣，家臣与主君兵戎相见，无论理由如何，都是谋反。但即便如此，足利义政也支持甲斐。
这是因为甲斐氏所处的位置特殊。甲斐氏虽是斯波氏的家臣，却时常不经斯波氏，而直接从将军那里接受命令。因此，甲斐氏得到的是近乎将军直臣的待遇。室町幕府创立之初，斯波氏在足利一门中，门第和实力仅次于将军家，因而历代将军都重用甲斐氏，以此监视、牵制斯波氏。
足利义政当然也不例外。足利义政的目标是复活将军权力，遂不遗余力地削减大守护的实力。对畠山氏，他煽动家督之争；对山名氏，他复活其宿敌赤松氏；对斯波氏，他则支援甲斐氏。
寻尊和经觉无可奈何，只能在河口庄的十乡之中，对五乡采用直辖的方式，余下的五乡以守护请的方式，总算达成了妥协。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）此后，斯波义敏与甲斐常治的争端日趋激烈，田租的收缴也越发困难。这对于大乘院而言无疑不是好事，但对擅长外交的经觉而言，却成了回归政治舞台的良机。
长禄四年（宽正元年，1460）九月十六日，幕府政所执事、足利义政的亲信伊势贞亲召来了畠山义就的家臣游佐弹正和誉田祥荣，命令义就隐居，义就的犹子畠山政国继承家督之位。（《长禄四年记》）这应该是足利义政煞费苦心想出来的保全义就和政长双方面子的折中方案。
然而当月二十日，畠山义就在前往河内之际放火烧了京都家臣们的宅邸，以此向足利义政鲜明地表明了自己的不满。就像是交换一样，筒井军上京。（《大乘院寺社杂事记》）足利义政对义就的行为愤怒不已，遂让畠山政长做了畠山氏家督。
当年闰九月三日，足利义政命令管领细川胜元以下各位大名及畿内周边的主要武士讨伐畠山义就。但是，大军将畠山义就包围，使其不出河内之后，并没有主动攻击义就一方的兴趣。此外，给大和各势力的出兵命令由细川胜元通过成身院光宣下发。（《大乘院寺社杂事记》）无疑，推进本次家督交替与义就讨伐的正是细川胜元、成身院光宣。
当月九日，畠山政长从京都前往奈良。成身院光宣为他安排了住处，筒井顺永前往迎接。好奇心旺盛的经觉前去观看了他们的军阵。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）当月十日、十一日，畠山政长的部队侵入大和国宇智郡，攻打牧野城。政长本人没有随军出征，而是留在奈良。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要》）从这里能够看出畠山政长的性格比较稳重。
当月十四日，畠山政长一方在宇智郡取胜，义就一方从宇智郡撤退。（《大乘院寺社杂事记》）宇智郡与义就的老巢河内相邻，占领宇智郡意味着政长一方控制住了进攻河内的交通线。
当月十六日，畠山政长进攻河内，与成身院光宣等一道将军阵移到大和国龙田城（今奈良县生驹郡斑鸠町龙田南）。处罚义就的纶旨也下发下来。但是，畠山政长一方却在这里停滞不前了。这是因为兵力并未如预想一般集结过来。越智、番条、小泉、万岁等表示“曾受畠山义就的大恩，无法背叛他”，拒绝协助政长。依据《经觉私要钞》，畠山政长的兵力只有二三十骑，步兵三百；依据《大乘院寺社杂事记》则是一百骑。经觉嘲笑说：“畠山政长只有这点兵力，单凭幕府的威望就想和畠山义就的大军决战，简直可悲。”政长一方在纪伊方面占优势，但纪州武士对进攻河内十分消极，无法指望他们。
畠山义就在人数上占优，并不在河内据守，而是转守为攻，积极进攻政长一方。十月十日拂晓，越智家荣等率兵五百，进攻政长所据的龙田城，另一支兵力则进攻平野郡岛氏的城池。这时的成身院光宣本来正不慌不忙地去禅定院泡澡，因为接到筒井城的筒井顺永的急报，未等入浴便飞奔而逃。
筒井氏不知敌人虚实，未敢轻举妄动，不过倒因此捡了便宜。筒井顺永手下五十人与成身院光宣的部卒从正进攻龙田城的义就军背后发动袭击，偶然形成了夹击之势。义就一方的越智家国和越智彦三郎等战死，残兵三百人逃往河锅山（神奈备山，奈良县生驹郡斑鸠町神南三室山的别称），政长一方乘胜追击，游佐国助、誉田金宝、誉田祥荣和甲斐庄等义就一方主将战死。进攻岛城的别动队也败退了。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
畠山义就本人在信贵山布阵，但听说前锋军战败之后就撤退了。十一日，筒井、十市等政长一方侵入河内。寻尊的日记中记载了“一向筒井高名”这样一句。与其说是由于筒井的奋战，不如说是处于优势地位的畠山义就骄兵而败，总之无论如何，大和的畠山义就一方势力被一扫而空。
畠山义就据守南河内岳山城（位于今大阪府富田林市）。义就的抵抗非常顽强，纵然幕府投入了细川胜元同族的细川成之、山名宗全之子山名是丰等众多武将，战况却并不顺利。这是因为幕府军战意低迷。
最终，竭力奋战的只有成身院光宣、筒井顺永、箸尾宗信等大和国武士。光宣与顺永终日往返于大和兴福寺与河内岳山之间。宽正三年（1462）五月，筒井顺永攻克岳山城的支城金胎寺城。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）宽正四年四月十五日，光宣使计，岳山城陷落，义就逃往高野山。（《大乘院日记目录》《经觉私要钞》）之后光宣等继续追击义就，畠山义就被迫逃到吉野。
宽正四年八月，足利义政的生母日野重子逝去，十一月举行了百日供养法会。借着这个机会，足利义政大赦罪人，畠山义就也得以赦免。虽说如此，畠山政长依然是家督，因此畠山义就继续在吉野深处的天川潜伏。（《大乘院日记目录》）从经济上支援着不得意的畠山义就的是越智家荣。（《大乘院寺社杂事记》）另一方面，筒井顺永将女儿嫁给畠山政长家臣、河内守护代游佐长直，在政长那边颇费心力。
此时，斯波义敏也与畠山义就一同被赦免了。斯波义敏于长禄三年（1459）五月败于甲斐常治，投靠周防的大内教弘去了。他的斯波氏家督之位也被足利义政剥夺。但是，因宽正四年的大赦，他的罪得以赦免。这是他的亲戚伊势贞亲在将军面前说了情的缘故。
斯波氏世系略图
已成为斯波氏新家督的斯波义廉闻讯大为震惊。义廉是涩川义镜之子，得到斯波氏重臣甲斐敏光（甲斐常治之子）、朝仓孝景等的支持，做了斯波氏的养子。伊势贞亲等足利义政的亲信谋划让斯波义敏重返家督之位，这对义廉而言是个巨大威胁。因此，义廉娶了山名宗全的女儿，与山名氏联姻，以此来和斯波义敏对抗。山名宗全敌视那些试图复兴赤松氏的足利义政的亲信，所以对于山名宗全而言，这桩婚事颇有好处。
斯波义廉还在摸索与畠山义就的合作关系。宽正六年十一月，畠山义就在天川兴兵，朝仓孝景向义就赠送马与太刀，以示祝贺。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）到这时候，斯波义敏回归家督之位的可能性越来越大。对于斯波义廉而言，他极力想争取更多的盟友，这令他十分焦急。
宽正五年（1464）十二月，足利义政的弟弟净土寺义寻还俗，改名足利义视。足利义政没有男嗣，于是想让弟弟做自己的继承人。然而，就在宽正六年十一月足利义视元服后不久，足利义政的儿子（日后的足利义尚，以后统一称为足利义尚）就出生了。于是，事情变得复杂起来。足利义政试图采用义视、义尚这样一个继承顺序来解决矛盾，但当时的幕府政治，绝非足利义政一声号令就能起作用的。
这时候的幕府有三股政治势力。第一是以伊势贞亲为中心的足利义政亲信集团。伊势贞亲是足利义尚的乳父（抚养人），反对足利义视出任将军。他的愿望是足利义政继续作为将军执政，待义尚长成，再让他继承大位。
再者，虽然一般认为日野富子期望自己的儿子出任将军，因而计划将足利义视排除出去，但足利义视的妻子是日野富子的妹妹，两人的关系并不一定那么糟。日野富子的态度是，如果足利义视只是做义尚成年之前的过渡将军的话，她就对足利义视给予支持。这时日野富子与伊势贞亲的意见并不一致。
此外，足利义政的亲信们是斯波义敏重回政坛的后援。究竟为何如此呢，家永遵嗣认为缘由是足利义政、伊势贞亲关东政策的转变。也就是说，若要强行推进对关东足利成氏的讨伐，对奥州武士们影响很大的斯波义敏是不可或缺的。但正如末柄丰近年来所指出的，关东政策并非主要原因，真正的焦点是管领的人选。既非细川派，又非山名派的管领候补人选，除了斯波义敏，就没有第二个人了。
幕府的第二股政治势力是以山名宗全为首的集团。山名宗全与支持赤松政则的足利义政亲信集团为敌，他期望足利义视就任将军，足利义政从政界引退。此外，他计划将自己的女婿斯波义廉推上管领的位置（具备担任管领资格的只有斯波、细川、畠山三家）。
第三股政治势力是细川胜元集团。细川胜元已将管领之职让与畠山政长，但政长是依靠细川胜元的支持才成为家督的，所以他也处于细川胜元的影响之下。细川胜元的政治立场是伊势贞亲与山名宗全的中间路线。胜元不认为有必要将足利义视排除出去，但同时也无意让足利义政隐居。既不是足利义政、足利义尚这样的伊势路线，也不是足利义政、足利义视这样的山名路线，他真正的态度是维持足利义政、足利义视、足利义尚这一原本的既定路线。这可以说是代代走稳健中道路线的细川氏特有的政权构想。
正如前面所看到的，足利义政刚发出讨伐命令就赦免众人，甚至改换家督，行为反复无常。足利义政三番两次推翻自己的决定，毫无疑问将造成政治和社会的混乱，连寻尊也在《大乘院寺社杂事记》中时不时把他批判一番。但是，朝令夕改的原因并不仅仅是足利义政反复无常、容易受周围意见影响的性格，更本质的原因是三股政治势力之间的互相碰撞。
伊势、山名、细川，终于，三足鼎立瓦解的时候到来了。文正元年（1466，宽正七年二月二十八日改元）七月，基于伊势贞亲及禅僧季琼真蕊等亲信的申请，足利义政废除斯波义廉的家督之位，改换义敏为家督。而山名宗全则与一色义直、土岐成赖等支持义廉。此外，伊势贞亲还赦免了与细川胜元对立的大内政弘，胜元大为不满，请求隐居。（《大乘院寺社杂事记》）
寻尊听信从光宣那里得到的乐观情报，认为改畠山义敏为家督并不会生出多大波澜，根本不值一提。然而与朝仓孝景保持联络的经觉则预测，山名宗全等绝不会就此善罢甘休。八月，足利义政命令山名宗全的女儿与斯波义廉解除婚姻关系。（《荫凉轩日录》）山名宗全等从领国召集军队，京都立即情势紧张。（《大乘院日记目录》）
这时，畠山义就出动了。奈良疯传义就上京的消息，光宣等大惊。八月二十五日，足利义政任命斯波义敏为越前、尾张、远江守护。（《荫凉轩日录》）正是这一天，畠山义就从天川出发，进军壶坂寺（位于今奈良县高市郡高取町壶阪）。（《大乘院寺社杂事记》）
一般解释说，畠山义就的这些行动是为了与山名宗全的军事行动相呼应。然而若从时机上来看，倒不如说与伊势贞亲等足利义政亲信的合作进入了畠山义就的视野。此前足利义政亲信集团就与畠山义就周围的人有接触，在成功让斯波义敏复位之后，接下来可能就要拉拢畠山义就了。畠山义就的目的应该就在于此。
总之，伊势贞亲的意图是将反山名的斯波义敏、赤松政则，反细川的畠山义就、大内政弘整合到一起，来与山名、细川对抗。史书上大多将这时的局势描述为将军亲信与诸位大名的对决，伊势贞亲的阴谋只能被称为愚蠢，但这么看来，伊势贞亲其实有十足的胜算。
但是，伊势贞亲也有失算之处。在畠山义就和大内政弘上京之前，山名与细川达成了同盟。九月五日夜，足利义政轻信伊势贞亲“义视疑谋反”的谗言，意欲诛杀足利义视。足利义视遂向山名宗全和细川胜元寻求帮助。六日，因山名、细川等各位大名抗议，伊势贞亲、季琼真蕊和斯波义敏等下台。（《后法兴院记》《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）这就是文正政变。
文正政变后，进入细川胜元宅邸的足利义视作为事实上的将军处理政务，山名宗全与细川胜元两位大大名作为“大名头”对其提供支持，临时政权得以设立。（《大乘院寺社杂事记》）然而十一日，足利义政起誓绝无伤害足利义视之意，于是足利义视在细川胜元的护卫之下返回自己的宅邸，胜元等各大名也向足利义政宣誓效忠。（《后法兴院记》《大乘院寺社杂事记》）足利义政将全部罪名转嫁给自己的亲信们，就这样重返政坛了。各大名决议，不仅要放逐伊势贞亲本人，还将其弟贞藤、嫡子贞宗等伊势同族一并驱逐。（《经觉私要钞》）
就当时状况判断，说服众大名，成功让足利义政复出的是细川胜元。这让拥护义视就任将军的山名宗全的想法落了空。对于长期担任管领，左右着幕府政治的细川胜元而言，他的政治手腕要比山名宗全高明得多。如今，伊势贞亲这个共同的敌人已经消失，持有不同政治设想的细川胜元和山名宗全之间的冲突也就不可避免了。
让我们再来看看畠山义就的动向。畠山义就于九月二日从壶坂寺出发，进入河内金胎寺城。义就向乌帽子形城（位于现大阪府河内长野市喜多町乌帽子形山）发起进攻，三日晚将其攻克。为遏制义就得胜的势头，管领畠山政长派遣重臣游佐长直到河内。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
如前所述，伊势贞亲在文正政变中下台，细川胜元不愿政变继续扩大，遂开始收拾残局。胜元禁止筒井顺永与义就一方交战，试图让河内局势恢复平静。然而顺永十分不满细川胜元的决定，为协商此事而上京。（《经觉私要钞》）
知晓这一情况之后，寻尊在日记中写下了他愿望式的观察记录：“顺永上京（离开大和），说明河内的局势还不太糟糕吧。”另一面，通过古市胤荣（古市胤仙之子）了解了义就一方动向的经觉则说：“河内武士多追随义就一方。”他判断局势对义就有利。
游佐长直军在深田和广川（今大阪府南河内郡河南町弘川）布阵，九月十五日遭到了义就军的攻击。十七日，两阵均被突破，畠山政长一方的岳山城也失守了。同时，政长一方的布施、高田攻入越智家荣辖地内，被越智击退。（《经觉私要钞》）
然而畠山义就并未上京，而是进攻布施与高田，扩大在大和的势力范围。因为与伊势贞亲等的合作设想化为泡影，回归京都政坛的希望也就破灭了。所以，畠山义就尊重越智家荣的意愿，决定致力于扫除大和的反越智势力。当月二十七日，光宣上京，向细川胜元和畠山政长求援。（《大乘院寺社杂事记》）
十月以后，大和、河内两畠山氏将开始大决战的概率大增。寻尊这样记述了两大阵营的构成。（《大乘院寺社杂事记》）大和的义就一方势力有越智家荣、吐田、曾我、高田、小泉、高山、万岁、冈等。细川胜元为击退义就，命畠山政长、京极持清、山名教丰等出兵。大和的政长一方势力有筒井顺永、成身院光宣、箸尾宗信、布施、高田、多武峰等。而且，还有很多不规矩的人同时与两派交好，伺机而动，意图借机侵占兴福寺领属庄园。寻尊为此烦扰不已。
十月十六日，畠山义就、越智家荣用柴填埋布施城的壕沟，突入城内，布施城被攻陷。高田也舍弃高田城逃走，义就一方的曾我将其攻占。战败的布施与高田逃亡箸尾城，筒井顺永也进入了箸尾城。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）取得一定战果之后，畠山义就撤回了河内。
十一月，在谨守中立的大乘院一方国民十市远清的斡旋之下，筒井派（政长派）与越智派（义就派）议和了。寻尊对此十分欢迎。“无论对兴福寺还是对大和都是件好事。”
插一句话，对这样的战况，经觉与寻尊的记录方式是完全相反的。经觉对瞬息万变的战况的记载可以说事无巨细。他把从古市胤荣那里听来的情况一五一十地记载下来，内容活灵活现。相反，寻尊将信息做了一番整理，整体上采取俯瞰的态度。经觉宛如战场亲历者一般，寻尊则与战乱保持着一段距离。记录者的个性差异跃然纸上。
大和与河内的议和之所以能够顺利进行，是因为文正政变之后的政坛动荡被细川胜元巧妙地处理了。畠山义就的军事行动原本就是打算趁着京都的政局变动而实施的，既然政局已经趋于平静，他就只能收手了。细川胜元也没有再开战端、讨伐义就的意向。
但是，山名宗全的想法截然不同，他对幕府以细川胜元为中心运营的现状并不满意。于是，山名宗全就开始注意起畠山义就来。他想，若将义就拉拢过来，事态或可挽回。
如前所述，山名宗全的女婿斯波义廉，在文正政变以前就和畠山义就有交往。山名宗全私下里也应该和义就有过接触。但就文正元年（1466）八月古市胤荣应斯波义廉请求出兵时，筒井顺永处也被派遣了援军这一情况来看（《经觉私要钞》），在政变之前，支持山名派与协助义就（反畠山政长派）并不能直接划等号。笔者对目前盛行的山名宗全、斯波义廉与畠山义就的合作在宽正年间（1460—1466）就已经成立的说法抱有疑问。
细川胜元既然已经是畠山政长的后盾，那么与畠山义就联手，就意味着山名宗全将同和自己有着二十年交情，同时也是自己女婿的细川胜元决裂了。在文正政变中，正是因为胜元与宗全携手，他们才成功地将伊势贞亲赶下了台。正当此时，山名宗全的养女、胜元的妻子发现有了身孕。虽说只能跟随在细川胜元身后，但对于山名宗全而言，以胜元盟友的身份参与幕府政治是最为安全的。
然而，山名宗全已决意夺取政权。他召畠山义就上京，十二月二十四日，畠山义就在没有取得足利义政许可的情况下，从河内前往京都。（《大乘院寺社杂事记》）应仁之乱已经迫在眉睫了，不过在这个时候，还没有人预料到这一点。