当防御安排工作结束之后，腓特烈于1229年5月1日启程，离开了阿克。
腓特烈是于前一年9月7日率领第六次十字军抵达的。他在圣地停留的时间，加起来不到8个月。就在这短短的8个月内，耶路撒冷重新回到了基督徒手中。
未曾料想，35岁的皇帝，是在阿克城居民的辱骂和投掷污秽中离开的。城内的神职人员，没有一个前往港口为腓特烈送行。
腓特烈返程的第一站是塞浦路斯。在此地停留几天之后，直接乘船前往意大利南部的布林迪西，并于6月10日登陆。
算起来，腓特烈前一年从布林迪西出发的时间是6月28日。第六次十字军往复的海路航行，加起来不到一年。
不仅整个意大利南部得知了皇帝回国的消息，罗马教廷和为教皇提供军队的意大利北部，也得知了腓特烈的归来。
离开布林迪西，在其北方邻近的城堡巴莱塔度过夏季的腓特烈，看到意大利南部的居民因自己归国恢复了士气。腓特烈在这座面海的城堡居住，并非只是单纯的休养，同时也准备好了对教皇的反击。
然而，腓特烈毕竟是没有杀死一个穆斯林就取得了第六次十字军的成功。如果他返回欧洲以后，就前来残杀基督徒，这位皇帝必将威信扫地。因此，面对教皇的一再非难，腓特烈必须以不流血的方式，来恢复自己在意大利南部的统治。
9月，当得知腓特烈出兵之后，率领教皇军队的布里安努就仓皇逃亡君士坦丁堡。意大利北部的各个自治城市，随之宣布从教皇集结的军队中撤出。
腓特烈见状，率兵北上进入那不勒斯。其后从那不勒斯向卡普亚的行军路上，有那不勒斯的居民自愿作为腓特烈的先导。
从此直到10月，为教皇所侵占的土地全部回到了腓特烈手中。此时距离皇帝在布林迪西登陆已过去6个月，而他的军队还没有与教皇军交手。
陷入孤立的教皇格列高利九世，不得不低下高贵的头。整个罗马教廷从教皇以下，除了与皇帝达成和解之外，别无他法。
得到教皇求和的允诺后，腓特烈派出了自己特命的外交大臣——条顿骑士团团长赫尔曼。访问罗马的赫尔曼，是第二次与教皇会面。回到那不勒斯之后，赫尔曼转达腓特烈，教皇的态度已经软化。
在那个“教皇是太阳，皇帝是月亮”的时代，想要不伤体面地改善与教皇的关系，并非易事。这一工作花费了将近一年时间。
经过漫长的磋商，教廷和腓特烈就双方领地的边界问题达成了协议。皇帝决定，利用教皇回到自己家乡阿那尼省亲之际，与教皇进行私人会晤。
阿那尼是罗马以南的一座小镇。从英诺森三世以后，这座小镇走出了许多位教皇。
格列高利九世在接见皇帝之后，发表了如下的声明：
全体信徒之母，大公教会，心生慈爱之情地欢迎不羁孩子的归来。从今以后，皇帝回归了正道，整个基督教世界，也从此不再为恐惧所笼罩，走上平稳光明的前途！