1229年2月18日，腓特烈二世签署了和约。此后他一路视察城堡和防御工事，直到3月17日抵达耶路撒冷。出城迎接的耶路撒冷总督阿尔·高吉，在城门外的交接仪式上向皇帝呈送了耶路撒冷城门的钥匙，宣告城市交接的正式完成。
34岁的皇帝首先前往医院骑士团的医院附近的骑士宿舍。皇帝决定在此处驻跸，因为这些宿舍是当时城内唯一的可以留宿基督教世界君主的场所。萨拉丁接管耶路撒冷之后，只有医院骑士团的医院和这些宿舍被保留下来，成为接待前来朝圣的基督徒的场所。除此以外，无论是耶路撒冷国王的宫殿，牧首的官邸，还是作为防御设施的大卫之城，都驻扎着穆斯林士兵。
在医院骑士团建筑物内安顿好的腓特烈，于晚餐之前携少数随从一起前往圣墓教堂祭拜。
掌管圣墓教堂的执事们，是与医院骑士团的医生们一样，经过萨拉丁允许，留驻耶路撒冷城内招待前来朝圣的西欧基督徒。在萨拉丁占领耶路撒冷之后的62年间，他们一直在教堂内工作。作为神职人员，他们也知道腓特烈二世已经受到了绝罚。
但腓特烈并没有受到绝罚的影响。在满腹狐疑的执事们面前，皇帝让随从等候一旁，自己一个人走向祭坛。走到祭坛下，双膝跪地的皇帝，一个人祈祷着。祈祷完毕之后，腓特烈又在踌躇犹豫的执事们的注视下，率领随从返回了宿舍。
第二天（3月18日）一早，耶路撒冷国王加冕仪式在圣墓教堂内举行。
腓特烈二世本来打算参加加冕仪式前举行的弥撒，然而条顿骑士团团长赫尔曼劝告说，已遭绝罚的皇帝参加弥撒，无异于为罗马教皇的怒气火上浇油。腓特烈听从了赫尔曼的劝说，并未出席弥撒。
弥撒结束之后，圣墓教堂内的人群并未散去。此时，身着皇帝正装的腓特烈二世缓缓走入教堂内，人群中爆发出一阵欢呼声。在已经回到基督教世界怀抱的圣城，在耶稣基督圣墓上建立的教堂中间，亲眼目睹基督教世界最高世俗统治者的风采——就算这位皇帝遭受了绝罚，也无法掩盖亲历者的喜出望外。
群众们为皇帝让开了通往祭坛的道路。然而，按照天主教的仪式，能够为国王加冕的必须是主教以上的神职人员。但当天的耶路撒冷城内，并没有牧首和任何主教在场。
于是，34岁的皇帝自己手拿祭坛上的王冠，戴在了自己头上。
眼见圣墓教堂内这一令人惊异的场景，在场的群众却无人提出异议。对条顿骑士团的团长赫尔曼来说，今天皇帝的行为完全是向上帝表达自己的感谢，并不需要在事后做出说明。仪式上在场的大都是长期居住于中东的领主和宗教骑士团的领导人。所谓的事后说明，在他们看来实在没有意义。
第一次十字军建立的十字军国家（1119年）
哈丁之战后的基督教势力（1187年）
第三次十字军结束后的基督教势力（1192年）
腓特烈二世议和后的基督教势力（1229年）
出席加冕仪式的中近东基督徒实力派人物，都应邀参加了仪式后腓特烈召集的讨论此后统治的会议。
腓特烈于会上说明了自己与阿尔·卡米尔之间所缔结和约的各个条款。重新回到基督徒之手的耶路撒冷，由于长期的维护工作，保持着防御工事的完整。需要解决的问题是城内的安全。除了一圈坚固的城墙，城内还有以“大卫之城”命名的一座城堡。腓特烈将这座城堡交给了条顿骑士团。
圣殿骑士团、医院骑士团和条顿骑士团这三大宗教骑士团，担负起了防御圣城的任务。曾经由于无法收回位于阿克萨清真寺的总部而反对皇帝的圣殿骑士团，也在腓特烈精心视察和加强城堡防御之后，逐渐放弃了自己的立场。
这样一来，从头到尾一直反对腓特烈在巴勒斯坦统治的，就只剩下耶路撒冷牧首一个人。
给教皇去信之后，滞留在阿克的耶路撒冷牧首，派遣凯撒利亚的主教前往耶路撒冷，向当地人送去了“禁止圣务”的公告。
虽然整个基督教世界最重要的圣城耶路撒冷已经回到了基督徒的手中，它却由于腓特烈二世受绝罚的重罪，而被处以“禁止圣务”的责罚。在牧首眼中，由受绝罚者带来的“解放”并非真正的解放。
由于“禁止圣务”的实行，耶路撒冷成为正统基督徒不得进入的城市。牧首颁发的禁令，让前来朝圣的基督徒疑惑不解。
最终，大家并未按照牧首的禁令行事。没有人逃出耶路撒冷，入城的朝圣者依然络绎不绝。他们排列成行，感激地缓缓向圣墓教堂前进——此次旅程当中最重要的，就是到耶稣受难的场所进行一次祈祷。
腓特烈二世则忙于各种机要，以确保耶路撒冷的秩序和安全。他一边工作，一边不忘向随从嘲笑神职人员的顽固不化。
耶路撒冷交由基督徒控制之后，城内的穆斯林并没有立即全数离去。从伊斯兰区的管理者往下，耶路撒冷全城内都居住着穆斯林。在和约缔结之后，腓特烈承认穆斯林在城内的居住权。随着圣城逐渐基督教化，城内的穆斯林开始迁走，但伊斯兰区内的穆斯林守备卫队还一直留在城内。
耶路撒冷不仅是基督徒，也是穆斯林和犹太人的圣城，三种宗教的信徒混合居住着。这样一座特殊的都市，要求特别的艺术来施行统治。
我们不妨以此时期访问耶路撒冷的一位基督徒商人的话，来管窥腓特烈二世的统治艺术。这位长期来往于中近东的威尼斯商人，对腓特烈统治前与统治开始后的变化是这样描述的：
几乎看不到什么变化。如果要深究变化的话，一是街头的卫队从穆斯林换成了基督徒；二是基督教堂的钟声比以前更清脆宏亮了。