1220年11月22日，年仅26岁的腓特烈正式加冕成为神圣罗马帝国的皇帝。加冕仪式在罗马教皇霍诺留三世的主持下，于罗马的圣彼得大教堂举行。
霍诺留三世是前任教皇英诺森三世思想的忠实继承者。对于前任“罗马教皇是太阳、皇帝是月亮”以及“选举皇帝是德意志诸侯的权力，而判断选上的人物是否具有成为皇帝的资格则是罗马教皇的权力”的说法，霍诺留都是视为金科玉律的。他也自然希望将十字军东征置于教皇的主导之下。
教皇将帝冠授予腓特烈的同时，也当然有战略方面的相应考虑。这要从加冕仪式前三年说起。
这一年，23岁的腓特烈向英诺森三世去世后继承教皇位置的霍诺留三世致以贺信。教皇随即回信，告知前任教皇要求自己积极协助年轻的腓特烈领导十字军东征。这是在第五次十字军出发之前的往事。
此后两人的通信一度中断，关于十字军的讨论也就因此搁置起来。
加冕之前两年的1218年底，腓特烈再次收到了霍诺留三世的来信。此时正值第五次十字军陷入埃及达米埃塔的苦战之中。此次的信中，教皇明确要求腓特烈成为神圣罗马帝国皇帝之后发动十字军东征。如果说上一次的来信还是暗示的话，这次就是明说了。
25岁的腓特烈在回信中提出了若干要求。
虽然次年三月腓特烈就能准备完毕，并于6月发兵，但由于他本人还未加冕为帝，就没有率领德意志各邦诸侯出征的资格。而十字军东征这样的大规模军事行动，没有来自诸多王侯的配合，是不可想象的。一言以蔽之，在两人的通信中，狡猾的腓特烈自己逃出了陷阱，却把40岁的教皇推向了陷阱的边缘。
腓特烈在回信中，将允诺教皇的出兵时间从6月推迟到9月。由于涉及到说服其他诸侯出兵的问题，教皇对腓特烈的言辞信以为真。
然而此时腓特烈派遣前往谒见德意志诸侯的使节，并没有做出任何说服他们出兵的努力。他努力说服的，只是要求诸侯承认自己长子亨利对于德意志国王王位的继承权而已。
得知实情的教皇向腓特烈致信诘问。腓特烈在回信中指出，此去东征路途遥远，尚且未知能否全身而还。因此，他有权利确保出发后自己的领土由亨利统治。这样说来，把亨利的继承权事务放在十字军出征之前，是自然不过的了。
1220年5月于法兰克福召开的选举德意志国王的会议上出席即位典礼的腓特烈，在典礼甫一结束就越过阿尔卑斯山，前往意大利接受霍诺留三世的加冕。腓特烈亲自率领德意志的大军，浩浩荡荡地前往罗马出席加冕仪式。
经过维罗纳、曼图瓦和摩德纳南下之后，大军沿着古罗马的埃米利亚大道，通过博洛尼亚、法恩扎、弗利三座城市，向东南行进。腓特烈一行还不忘到全欧洲最高学府博洛尼亚大学视察。
到达亚得里亚海滨之后，腓特烈的军队沿着古罗马的弗拉米尼亚大道向罗马行进。这次行程对腓特烈来说并非简单的旅行。率领强大的军队夸耀自己的实力，是即将成为神圣罗马帝国皇帝的他，此次行军的真实目的。同时，一直不愿受到十字军东征约束的他，带领声势浩大的军队前往教廷，也是向教皇施加压力的表现。
腓特烈到达罗马之后，并未立即前往教皇的宫殿，而是率领全军，在城外的蒙特马里奥山上安营扎寨。在此处向下望，整个罗马城尽收眼底。罗马城的居民望见密密麻麻的部队，感到十分恐惧。然而在接近蒙特马里奥山的梵蒂冈，教廷却对大军毫无惧色。毕竟，无论是多大的军事压力，都改变不了皇帝发誓参加十字军才能获得帝冠的事实。
加冕仪式于1220年11月22日平安举行。仪式之后三日之内，腓特烈遍访了整个罗马——帝国的永恒之都。在众多的兵士簇拥之下，腓特烈应该是感到颇为满足了。离开罗马以后，腓特烈带兵前往自己的母国西西里。
意大利及其周边