日军偷袭珍珠港取得了战术上的胜利，给入侵东南亚的日军解除后顾之忧。日军根本目的是要夺取东南亚丰富的战略资源。所以，在偷袭珍珠港的同时，日军挥师南进，一路攻取马来半岛，一路发起菲律宾战役，与驻菲美军正面交手。
菲律宾群岛位于亚洲东南部，地理位置十分重要。它北隔巴士海峡与中国台湾遥遥相对，西濒中国南海，东临太平洋，南与印尼和马来西亚隔海相望。要想控制整个东南亚，菲律宾是兵家必争之地。
1898年，美西战争之后，美国人从西班牙手里夺取了菲律宾。1934年，美国承认菲律宾拥有“自治”权，菲律宾也选出了自己的总统，但事实上，菲律宾仍受美国控制。美国在菲律宾建有亚洲最大的海空军基地，构成日军南进的障碍，并威胁日本本土。美国前陆军参谋长麦克阿瑟是驻菲美军总司令，被菲律宾授予元帅军衔。这老哥极其热爱军旅生涯，离婚后在这里安家，过着花天酒地的生活。
现在，麦克阿瑟的好日子到头了。日军企图攻占菲律宾群岛，夺取美军基地，控制日本本土与东南亚之间的海上交通线，为进攻印度尼西亚创造条件。
1941年12月8日，在同样离过婚的“诗人将军”本间雅晴中将的指挥下，日本组成第14军，负责攻占菲律宾。日军航空兵对菲律宾美军机场和海军基地发起偷袭，由于麦克阿瑟判断错误和处置失当，驻菲律宾的美军轰炸机和战斗机大部被毁，美军丧失了一半重型轰炸机和三分之一以上的战斗机，这是菲律宾的“珍珠港事件”。日军通过这次偷袭，为登陆作战创造了条件。同日，日军一部攻占吕宋岛以北的巴坦群岛。12月10日，日军第48师团田中支队和菅野支队，趁吕宋地区几乎没有舰队，分别在吕宋岛北部登陆并占领机场。
12日，日军第16师团木村支队在吕宋岛南部登陆，占领机场并进一步扩大战果。自11日起，日本航空兵第5飞行集团逐渐转移到吕宋岛已占机场，掩护地面部队登陆和发动进攻。17日，美军仅剩的17架B-17轰炸机撤到澳大利亚。从此，日军完全掌握菲律宾制海、制空权。22日，日军第48师团主力在吕宋岛西岸林加延湾登陆。24日，第16师团在吕宋岛东南部拉蒙湾登陆。至此，登陆日军形成南北夹击马尼拉、围歼美菲联军主力的态势。
美菲联军中的美军人数不多，在珍珠港事件爆发前，美军总兵力还不到30万，在菲律宾的美军更是少得可怜，也没有几支像样的部队；至于联军中的菲律宾军队，战斗力约等于零，很多士兵都是匆匆入伍的，连站姿射击都不会。用这样的部队对抗身经百战、堪称虎狼之师的日军，显然凶多吉少。
26日，麦克阿瑟命令吕宋岛上的美菲军队共7.95万人撤向巴丹半岛预设阵地和科雷希多岛，准备长期抵抗。这一撤，从马尼拉出城的3条公路上挤满了推着大炮的牵引车、装载着枪炮的卡车以及小轿车、牛车等。这给了日军空袭美军的绝佳机会，但令人惊奇的是，日机没有前来轰炸。
本间雅晴不知出于什么原因，竟没有在此时出动轰炸机编队，打击地面这股庞大的后撤洪流。显然，本间雅晴以为可能要在马尼拉进行决战，却没有料到麦克阿瑟从马尼拉撤走。面对美军的全面后撤，本间只顾挥兵急起直追，完全忘了这事交给轰炸机就可以解决。更要命的是，他没有运用空中优势摧毁马尼拉北面的两处重要桥梁。这两座桥是撤向巴丹半岛的咽喉要道，只要日军在桥上扔两颗炸弹，就可将美菲联军后撤部队的道路截断。
1942年1月2日，日军占领未设防的马尼拉，并以一部兵力占领甲米地和八打雁，战役主要目的达到。日军认为菲律宾作战大局已定，将海军主力和第48师团调往印度尼西亚，将第5飞行集团主力调往缅甸，仅以第14军的剩余兵力清剿吕宋岛。1月9日，日军开始进攻巴丹半岛，遭遇美菲联军顽强抵抗。美菲联军与日军展开激烈的山地战、丛林战和阵地战。在交战中，木村支队被围，前来救援的日军被歼一个大队。至月底，日军因伤亡严重丧失攻击力，被迫转入防御，战局一度陷入胶着状态。此时，首相东条英机、参谋总长杉山元已对本间雅晴的指挥能力产生怀疑，甚至要撤他的职，只是因为天皇认为临阵换将不妥才未执行。
其实，日本人不知道，他们离又一次战术上的胜利为期不远。美菲联军已使出了吃奶的力气，甚至动用了童子军，也未能打败日军。除了巴丹半岛和科雷希多岛，美菲联军已无路可退。麦克阿瑟几乎要拿父亲留下的手枪自杀，与菲律宾人民共存亡了。但是，罗斯福在1942年2月8日以国家名义，命令麦克阿瑟及其家属撤离菲律宾。2月22日和23日，罗斯福和马歇尔连续给麦克阿瑟发电，允诺让他到澳大利亚去指挥盟军反攻。3月11日晚，麦克阿瑟无奈溜走。离开菲律宾之前，他发誓“我还要回来”，留守的美菲联军改由温赖特少将指挥。
为了彻底消灭残余美菲联军部队，日军大本营调动在上海待命的第4师团增援本间雅晴。4月3日，日军以第4师团、第65旅团为主力对巴丹半岛再次发起进攻。
双方在丛林中展开殊死较量。美菲联军既无援兵又缺补给，在日军猛烈攻击下，巴丹半岛美菲守军7.5万人（其中美军9300人）于4月9日投降。日军攻占巴丹半岛后，再向科雷希多岛连续实施炮击和轰炸。
5月2日，日军对科雷希多岛实施火力准备，5日在炮火掩护下分左右两路登陆，对岛上要塞发起攻击。1.5万名美菲联军依托坑道工事抗击日军，并组织敢死队与日军展开白刃战。
6日，日军后续部队投入战斗，温赖特被迫请求投降，并于次日通过马尼拉广播电台命令所有美菲军队投降。7日，日军占领科雷希多岛。10日，驻棉兰老岛和北吕宋山区的美军投降。18日，驻班乃岛美军停止抵抗。至此，日军完全控制菲律宾全境。
自1942年4月10日起，美菲联军7.8万名战俘被押往100公里外的圣费尔南多战俘营，冒着炎炎烈日穿越丛林，在8天行军途中，日本人根本没把美菲战俘当人看。一路上几乎无食无水，上万人死于饥饿、疾病或虐杀，史称“巴丹死亡行军”。
在8天时间里，很多战俘吃的唯一食物就是一个像高尔夫球大小的米饭团子。幸存者克拉伦斯·拉尔森在他的名为《漫长的回家之路》的书中描述了当时的情景，他写道：“没有食物倒还不是我们最大的痛苦，最痛苦的是没有水，大部分人都快渴死了。他们一路上拼命找水喝，许多人只要看见水就喝，也不管有多脏。旅途中有一个休息点正好在桥上，桥下倒是有水，可是水面上漂浮着绿色的泡沫，你根本看不见水，但一些人顾不得那么多，跳下去便往水壶里灌水，而我没有下去，因为里面还漂着几个士兵的尸体，看样子在里面好几天了，当时的气温有华氏100度（近38摄氏度），你可以想象那水的味道是什么样的。”
日军打败美菲联军，完全控制菲律宾全境。
对此，另一个幸存者汉弥尔顿表示：“更可气的是日本军人，他们简直就是在玩死亡游戏。对许多美国军人和菲律宾军人来说，那样的脏水也是他们的救命水，可日本人一看见有人去取水喝就用刀刺或开枪射击，许多人就因为一口脏水而死在日本人的刺刀或枪口下。即使你有幸逃过了这关，只要你喝了那里的水，也在劫难逃，只不过死得稍慢一点儿，死得更痛苦一点儿罢了，因为河里的水被严重污染，喝了会引发严重的腹泻和呕吐，你会慢慢倒下而掉队，最后的结果还是死路一条。那真是太恐怖了，我实在是一点儿力气都没有了，感觉再向前迈一步也是不可能的，可我亲眼看到有人因为走得慢一点儿被日军开枪打死了，所以一下子好像有一个死亡天使站在我身后，推着我向前走。”