意大利失败后，希腊军队反攻到阿尔巴尼亚境内。在英国的支持下，希军居然大造登陆艇，摆出一副要越过亚得里亚海去进攻意大利本土的架势。当时，法国人特别幽默，在法、意边界上立了一块牌子，上面写着：希腊人请止步，这里已是法兰西。暗示整个意大利都会被希腊占领。墨索里尼一看又玩砸了，赶紧向希特勒求救。
希特勒对墨索里尼的求援非常厌恶，狠狠地臭骂了他一顿。不怕狼一样的对手，就怕猪一样的队友。不过，他还是答应援助意大利——主要是因为，希特勒要防止英国开辟巴尔干战场，守住罗马尼亚油田，控制地中海，以保证德军入侵苏联时侧翼的安全。
1940年11月4日，希特勒决定介入希腊战役。英国军队则于4天前进驻希腊的克里特岛及米科诺斯岛。希特勒计划经过罗马尼亚和保加利亚入侵希腊，1941年3月初，德军30万人进驻保加利亚。
1941年3月25日，南斯拉夫政府被迫签署参加德、意、日三国轴心的协定。不料，27日，南军中的亲英派发动政变，夺取了政权。新成立的南斯拉夫政府拒绝与德结盟，反而于4月5日同苏联签订了《互不侵犯条约》。南斯拉夫发生的突然政变令德国震惊，希特勒召开紧急会议，决定修改单独进攻希腊的计划，连南斯拉夫一起打。
1941年4月5日深夜，德军对希腊和南斯拉夫同时发起进攻。
在希腊方向，德军从保加利亚发动突袭，机械化部队和坦克师从背后包抄了进入阿尔巴尼亚的希腊军队。正与意军交战的希军因侧后受到威胁而被迫后撤，但为时已晚，希军已陷入重围。尽管希军英勇作战，但还是被各个击破，被击溃的希军躲进了奥林匹斯山区。面对德军的凌厉攻势，英军望风而逃，丢弃了大量装备。
4月18日晚，坚决主战的希腊总理科里齐斯自杀。20日，被围希军主力向德、意军队投降。23日，希腊政府签署投降书。但希军投降时有一个条件，意大利人不能参与受降，向他们投降？丢不起那人！于是，在轴心国举行受降仪式时，意大利军官被德国同行礼貌而坚定地请到隔壁喝咖啡去了。次日，德军突破英、希联军防线，27日占领雅典，30日占领整个伯罗奔尼撒半岛。4.1万英军和部分希腊军队经海路撤至克里特岛。德军伤亡约1.15万人；希军22.3万人被俘，英军损失1.2万人。
但这仗还没打完，至少英国人还在希腊的克里特岛。英国早在1939年就宣布援助希腊，声称“我们会动用一切力量，保障希腊或罗马尼亚政府”。在希腊政府准许下，英国军队于1940年10月在克里特岛登陆，使希腊政府能让驻防此地的第5克里特师增援本土。
援助希腊的决定主要是丘吉尔做出的。实际上，那时英军已经在北非与意大利交战。英国没有足够的军力同时在北非和巴尔干半岛进行大规模军事行动。即使英国能帮助希腊抗击德国的进攻，也没有能力越过巴尔干进行反击。
德军进入希腊南部后，希特勒本想停止巴尔干战事，但德国空军将领在思考以空降作战的方式夺取克里特岛。他们认为，允许英国人留驻克里特岛，无疑是在德军背后留下一枚钉子，应该夺取克里特岛，结束巴尔干战争，然后德国才能抽身对付苏联。
克里特岛位于东地中海，在爱琴海与地中海的交会处，是地中海第五大岛，也是爱琴海最大的岛屿。西邻马耳他岛，东邻塞浦路斯，西北距伯罗奔尼撒半岛只有90公里，南与北非重镇托卜鲁克隔海相望，距埃及的亚历山大港约560公里，战略地位极其重要。如德军占领该岛，既可控制东地中海，威胁英国在地中海区域和中东的阵地，保卫罗马尼亚油田免遭英军空袭，又可将该岛作为入侵中东的前进基地。
对英国而言，克里特岛则是保卫埃及和苏伊士运河的前哨阵地。克里特岛为长条形，东西长，南北宽，总面积约8300平方公里。全岛地形崎岖不平，山峦起伏，陡峭难行。岛上交通不便，通信联络比较困难，这都不利于英军的反登陆作战。克里特岛四五月间气候晴朗少雨，对掌握制空权的德军实施空降作战非常有利。
德国空降兵的创始人——第11航空军军长施图登特中将建议，在克里特岛实施一次真正的大规模空降作战，以证明空降部队的战略价值。在取得戈林同意后，施图登特当面向希特勒汇报，获得了希特勒的首肯。
4月25日，希特勒下达了代号为“水星”的作战指令，规定以空降部队为主占领克里特岛。
5月16日，英军击落一架德军侦察机。被俘飞行员称，攻击将在未来48小时内开始。5月17日，英军全面进入最高戒备状态。5月18、19日，德军空袭频繁、猛烈。英军侦察机也发现，德军在希腊南部机场集结了大量空降部队和飞机，由于英军在该地区航空兵太过薄弱，几次轰炸，效果并不显著。
德军俘虏的口供并不确切，“水星”行动实际于5月20日全面展开，德军突然出动550架运输机和60架重型滑翔机，投下了一个空降师，扑向这个英军在西地中海的最后据点。
守岛英军大约3万，包括一个新西兰师、一个澳大利亚师和一个坦克旅。守军面朝大海，他们没有看到春暖花开，看到的是背后从天而降的德军。
双方战至5月26日，新西兰师已濒临绝境。师长下令丢弃装备，人员从海上撤退。但是，海滩上全无遮拦，白天根本无处躲避空袭，只能等天黑后趁夜色撤退。此时，岛上其他守军也打不下去了。5月28日至6月1日，类似敦刻尔克的“奇迹”再次上演，英军4个晚上救出1.65万人。不同的是，这次德军的伤亡也不小。
克里特岛空降战役历时12天，以德军占领该岛告终。在战役中，德军阵亡、失踪约4000人，其中包括第7空降师师长萨斯曼少将，伤1万人，损失飞机220架。德军唯一的空降师——第7空降师，在战役中遭受重创，伤亡超过5000人，近全师的四分之三。由于德国空降部队在此次战役中损失巨大，克里特岛因此又被称为“德国伞兵的坟墓”。
克里特岛上的英军阵亡1700人，伤1.5万人；海军伤亡约2000人，合计约1.8万人。希腊军队被俘约6000人，伤亡约3000人。英军在克里特岛进行的抵抗，实际上挽救了马耳他岛，因为经过这场战斗，德国已没空降部队可以参战了。
这场战役失败后，希腊本土被德国、意大利及保加利亚瓜分，德军占领了很多战略要地。希腊被占领期间，面对极权统治，很多人因困苦、饥饿而死亡，这导致了希腊民主军的建立。他们对占领者发动游击战，同时他们还建立了情报网络。
令人称奇的是，希特勒在1941年对国会的发言中，表达了对希腊军队的赞誉，他说：“从历史公正的角度来看，我不得不指出，在我们所面对的所有敌人中，希腊士兵在战斗中表现出了他们无比的勇气，他们只有在继续抵抗是不可能或徒劳无益的情况下，才有条件地投降。”希特勒命令，所有的被俘希腊士兵在被解除武装后，即释放及遣送回国，“因为他们的英勇”。据希特勒的最高统帅部参谋长、陆军元帅凯特尔说，希特勒“希望能给希腊人一个光彩的和解协定，以表示对他们英勇抵抗的敬意和无可指责的反抗，毕竟这都是由意大利人导致的问题”。
受到希腊抵抗德、意两国入侵的鼓舞，丘吉尔说：“至此我们今后将无法再说希腊人英雄般地战斗（因为希腊已经沦陷），但英雄们将像希腊人般地战斗。”在回复给希腊国王乔治二世的信中，美国总统罗斯福也说：“所有的自由民族，都对希腊民族的英勇和坚定不移，感到深受鼓舞。”
历史上有种说法，希腊战役的实施，推迟了德军进攻苏联的时间表。这种说法尚有争议。丘吉尔就曾以此为由，替自己在这场战役中的一些失误进行辩护。但在当时，谁又敢肯定希特勒要进攻苏联呢？