尽管陶孟和是傅斯年的师辈人物，傅却一直不把陶当长辈看待，除了前面早已叙述的陶孟和所率领的队伍，并非是梁山晁盖、宋江那帮兄弟的嫡系，也不是二龙山入伙的鲁智深、杨志、武松等强势集团，而只是如少华山入伙的史进、朱武等辈，虽踏进梁山大门，却一直未能取得各门各派武林高手敬慕。更为致命的是，陶孟和所率领的这支满身“土包子”色彩的队伍，多少年来一直未有大的改观，欧风美雨一直沾不到自己身上，颇有风刮不透、水泼不进的顽石状加外来单干户的味道。在藏龙卧虎的水泊梁山族群中，这支队伍也只能是谨言慎行，如履薄冰，委曲求全地居于花和尚鲁智深、黑旋风李逵、矮脚虎王英，甚至一丈青扈三娘，或蒸人肉包子的母夜叉孙二娘等列位大哥大嫂之下了。
与此相反的是，作为最早入伙水泊梁山的傅斯年，自有一种先到为主，占山为王的霸气、骄气与傲气“三气”叠加之态势。正如时任《中央日报》主笔的程沧波所说：“我与孟真接触频繁，在中央研究院成立时，当时南京成贤街的中央研究院总办事处，蔡先生常常住在里面，我常去盘桓，和杨杏佛陪着蔡先生吃饭的机会更多。蔡先生是不吃饭的，在饭桌上，蔡先生席位上是一暖壶绍兴酒，大概是六两。蔡先生一个人独酌，我们陪他吃饭。蔡先生酒吃完，接着吃几块烤面包。孟真也常去吃饭，当时孟真见着人，总是昂起了头，有时仰天嘘几口气，就是在蔡先生旁也依然如此。”
程氏只看到对方鼻孔朝天、对天嘘气的霸王神态，可能还没领教傅斯年狂话连篇、目空一切的冲天豪气。据傅斯年自己坦白交代，国民党北伐成功之后，傅氏与几个同学在蔡元培家中吃饭，神情亢奋中，蔡元培与几人均喝了不少的酒，傅斯年乘着酒兴，以梁山好汉的做派站在餐桌旁突然振臂狂呼道：待“我们国家整好了，不特要灭了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把他赶出苏彝士运河以西，自北冰洋至南冰洋，除印度、波斯、土尔其以外，都要‘郡县之’……”此番张牙舞爪，不知天高地厚的大呼小叫，令微醺的蔡元培大为不快，蔡当场“声色俱厉”地呵斥道：“这除非你做大将！”一句话如冷水泼头，傅斯年大骇，转头看看蔡元培盛怒的面色，顿时酒醒三分，遂不再吭气。——这个典故很形象地透出傅斯年性格中固有的嚣张与跋扈本色。试想，傅氏胆敢在“北大之父”蔡元培身旁放肆一把，作为一个原北大教务长、现在与自己同在一级别的研究所所长、国民政府参政员如陶孟和者，傅斯年又如何放在眼里？
陶孟和为人生性老实平和，尽可能避免与人争胜和交恶，但在许多事情上有自己的算盘，一旦算盘打得过多，难免令同行看轻。除此之外，陶、傅交恶，更深层的症结还在于二人各自所持的政治思想、人生观等诸方面，或如后来中国大陆宣传部门宣称的“意识形态”不同与分歧所致。
陶孟和在英国伦敦大学求学时，主要研究社会学，接受的是韦伯夫妇的理论体系。因当时的韦伯与萧伯纳等共同创立费边社，在英国从事所谓的社会改良主义运动，作为韦伯信徒的陶孟和，其思想多少也受到萧伯纳的影响。傅斯年在英国留学时，与韦伯夫妇和萧伯纳等辈曾有过接触，但傅对二人特别是萧伯纳本人颇为轻视，或者说大为反感。出生于爱尔兰都柏林的萧伯纳氏，自在伦敦以文学创作崭露头角后，号称社会主义者，从36岁开始，到94岁呜呼归天，58年里共写了51个剧本。1925年获诺贝尔文学奖。1931年，萧伯纳来到深得自己好感的苏联访问，高尔基写信祝贺他的75岁寿辰。称颂他是“勇敢的战士”云云。1933年2月，萧伯纳受中国民权保障同盟总会几位大佬的邀请，尽管有不屑踏上中国领土的念头，但最终还是于2月17日由香港到上海登陆作了短暂停留，并与宋庆龄、蔡元培、鲁迅、杨杏佛、林语堂等名流匆匆见了一面。萧氏之意“本来玩玩的”（鲁迅语），但还是以西方人的自傲自大，以不屑的神情，居高临下地对中国及中国文化咕噜了几句洋话，大放了一通厥词，谓“中国固无文化可言，有之也在中国的乡间田野”云云。后来中国许多各揣不可告人之目的，或稀里糊涂，大肆迷信和吹捧萧伯纳，将其视为哲人与世界人类的大救星，并借此抬高与其有一面之缘的中国同盟几位大佬的身价。但也有人当时就表示对萧氏为人为文不屑一顾，对其行为更是深恶痛绝。在这批头脑清醒、情感激烈的勇士中，傅斯年算是靠前的一个，对萧的行为与思想给予猛烈抨击。其恶感之深、用情之烈、直到十几年之后的1950年依然郁结在心、如鲠在喉，甚觉不吐不快。这一年，由其他事件引导，傅斯年想起萧氏的思想对中国人流毒之深，于是写了《我对萧伯纳的看法》一文，以消除其毒素，化解心中的块垒。文中说道：
萧伯纳“自己实在无多创造的思想，而是善于剽窃别人的思想。”他所剽窃最得力的人就是魏伯（南按：韦伯）夫妇。萧伯纳的文字啰嗦，思想浅出，作品风行一时，一辈子赚了很大的钱。他对于抽版税是丝毫不苟的。章士钊求见，说：‘先生在中国很出名。’他说：‘在中国出名何用？中国不曾参加国际版权协定。’这虽然带有笑话，但我在英国读书时（三十年了），大学学生演他的戏，版税一道决不放松——尽管他是一个社会主义者。”“萧伯纳将老，怕要死，写了一本《返于老彭》（BACK TOMETHUSEIAH），还是一部大作（大约是1920年）。从此以后，剽窃得越发生吞活剥，见解越无中心，越说越无责任心。我想，假如不返于老彭，少活三十年，岂不更为完美？这实在不像人死后的说话，但这样场合，这样说法我却有点摹仿他的调儿。”
在傅斯年眼里，尽管萧伯纳的思想抄袭韦伯，但韦伯夫妇也不是什么好东西，是一对彻头彻尾的“社会主义的新官僚派”，且是一位“人道主义的色彩甚淡，效能的观念甚重，而谓人道主义者为幻想家”的庸俗之辈。傅在文章中颇负义气地指责道：“魏伯夫妇晚年大大赞赏苏联，以为是一个新的文明。在东方的民族中，三个人都极其佩服日本，因为中国人‘乱哄哄’，‘不会办事’，（好个帝国主义的看法）！魏伯游中国后，说中国人是劣等民族，萧伯纳游日本，路过上海几有不屑上岸的样子。”最后，傅斯年对萧伯纳作出的总体结论是“他在政治上，是看效能比人道更重的；在思想上，是剽窃大家；在文章上，是滑稽之雄；在戏剧上，是一人演说；在艺术上，是写报纸文字。”总之，在傅斯年眼里，萧伯纳是一个极其糟糕，无一是处的骗子、妄人加街头小混混式的丘八。
此文一出，得到了一批中国自由知识分子赞誉和追捧，抗战期间任《中央日报》主笔，后为台湾东吴大学教授的程沧波评论说：“《我看萧伯纳》大概是孟真最后一篇文章，这一篇短短的文章结束了孟真30年的文字生涯。这一篇文章，是孟真‘等身著作’的压台戏。孟真在那篇文章中说：他不是学戏剧，他也不是学文艺批评，但是，像萧伯纳这样一个题目，不是一个专家写得好的，这样一个复杂、迷乱、幻景的题材与人物，不是具有丰富的中西学识、超特的智慧，是没法一刀劈下去的。孟真那一篇文章，把一个萧伯纳，一刀劈下去了。萧伯纳经他这一劈，由神奇化为腐朽，把萧翁一生的魔术全揭穿了。孟真的不朽，那一篇文章就够了。”
傅斯年的老友毛子水也评价道：傅氏文章中的“三千个字，将永为文学批评史上重要的文献，是要‘知人论世’者所不可不读的。……孟真先生以萧伯纳‘看效能比人道重’的理由而不满萧伯纳，对极了！”程与毛氏所言，是耶？非耶？或似是而非？但有一点似不可怀疑，即傅文一出，萧伯纳的迷信和制造的神话被戳穿、打破，许多喝过萧氏制造的迷魂汤，一直沉溺在萧氏神话迷梦中的国人逐渐清醒，而随着时间的流逝，神情越发变得清晰、明智，萧伯纳的影响也成了蜥蜴的残梦——恐龙的时代一去不复返了。
与傅斯年的思想大不相同，或日背道而驰的是，陶孟和除接受了韦伯夫妇“社会调查”的思想并照章行动，对苏联的一切人事大加赞赏。1924年1月24日，苏俄领袖列宁去世，已从英国回到国内的陶孟和于2月26日，联合李大钊、马叙伦、郁达夫、丁西林、沈尹默等47位教授致函北京政府外交总长顾维钧，要求政府与苏联恢复邦交。函中特别指出“苏俄以平民革命推倒帝制，……其显扬民治，实吾良友”云云。由于对苏联革命的赞成与崇敬，陶氏的政治思想渐逐滑向另类，并对中共的思想与做法表示同情的理解。
傅斯年与之相反，他对中共与苏联皆无好感，公开表示反对。除了反共，傅同样反苏，“因为民族主义与人道主义，所以反共反苏”。在傅氏的眼里，共与苏是连带的，不可分割的一根绳上拴着的两个蚂蚱。对这两个山林草莽中连蹦加跳的蚂蚱，他心生嫉恶，欲加以铲除灭之而后快。按傅斯年的说法，中共紧随苏联其后，学斯大林那一套，搞的不是民主而是专制，有一套不讲事理不重人性的办法。因而一旦共产党掌权，社会秩序就将大乱，甚至认为人民的自由也会被剥夺，文化会变成一片荒漠等。
陶孟和早年曾对蒋介石本人和国民政府寄予厚望，并与蒋本人有过接触。按金岳霖晚年的说法，“从他的家庭着想，他是可以当蒋介石的大官的，可是他没有。我有一次在南京，疑心他要做南京的官了，因为他住的地方真是讲究得很。可等待了好久，他仍然没有做南京的大官，我疑心错了”。又说：“陶孟和的思想偏左，不是旧民主主义者，也不是共产党人。他的政治思想可能最近社会民主，但是也没有这方面的活动。”
金岳霖说的当是老实话，陶孟和不是一个刻意追求做党国大员的人，如果刻意要做，凭其与黄郛、钱昌照、沈怡的姻亲关系，应该大有希望。抗战期间，陶以无党派人员和自由知识分子的身份，出任国民政府参政会参议员，开始涉足政界。但随着对国民党及蒋家王朝认识的逐渐加深，由失望渐渐产生反感。后来随着主持多项农村经济与社会状况调查，以及整个社会政治向心力转移，陶改变了自由知识分子的精英姿态，“左倾思想日益强烈”。在李庄时期，国民党政府的腐败已呈不可遏止的糜烂状态，陶孟和引用原清华大学校长、时任农林部部长周贻春的话对手下的同事说：“国民政府已经烂到核心了（Rotten to Core），就是说不可救药了。”面对这个“不可救药”的政府，有一些所谓社会名流。仍不知好歹地趋炎附势，竭力维护这个“核心”。为此，陶孟和以嘲讽的口气举例说：“这种人见到政治高层人物，屁股坐在椅子边边上，不管对方说什么，他只公鸡啄米似的不住点头，哈哟哈哟地连连称是，一副奴才之相，望之令人生恶。”可见这个时候的陶孟和，除了保持自己作为一个自由知识分子的大节，对国民党政府以及“核心”确是深恶痛绝，对蒋介石本人也不抱大的希望了。
关于这一时期的情形，费正清在他的回忆录中曾有过记述：“李济说百姓们现在都在挨饿。这些年来，他已死掉了两个孩子，陶孟和也死了配偶。知识分子们认为，如果他们是被重视的，或者是当此国难之际，全国上上下下各阶层是在同甘共苦的，那么即使挨饿也没有什么关系。但是他们亲眼看到了如此触目惊心的不平等现象和社会上层的奢侈浪费。因此，许多知识分子感到心灰意懒，一部分人将会死去，其余的人将会变成革命分子。”又说：“以上种种印象，仅是从当时所记录的一大堆材料中间选择出来的一部分，加在一起得出一个结论：蒋介石作为国民党政权的象征和中心，1943年后期已失去了中国知识阶层的信任和忠诚。”费氏所言大致不差，蹲在李庄深受贫病折磨与生活苦痛的陶孟和，面对一个腐烂的“核心”，苦闷与孤寂得不到缓解，思想越来越滑向另类，最终走上了“弃暗投明”，全面倒向中共的政治态势。
傅斯年则不同，他痛恨国民党政府的腐败，也看到和承认这个“核心”的腐烂，但只是“哀其不幸，怒其不争，恨铁不成钢”式的痛恨，骨子里一直是忠诚不减，且有欲以一己之力扶大厦之倾的妄念。这一政治、思想观念的形成，除了傅斯年本人的特殊性格，还有一些复杂的社会原因相互影响交织而成。正如台北傅斯年研究专家王沉森所言：在那样的一个时代，要想成为一个学阀或学霸，必须有学术以外的网络和绵密的政府关系，同时还要与仅有的几个基金会如中基会、中英庚款委员会，保持密切关系。而傅斯年正好具备了这样的条件，无论是政府内部自由派大员还是基金会负责人兼党国大员朱家骅，或是宜师宜友的中基会主要负责人之一胡适，都与傅保持了非同寻常的友谊。在民间资源绝少的年代里，这是极为关键的一种关系。从傅斯年来往的书信以及在李庄时对梁家兄弟，连同林徽因的关照中即可见出，后来傅氏为陈寅恪治眼病向朱家骅与基金会求请款项也是如此。整个抗战时期，傅斯年为贫病交加的落魄知识分子向各方请求补助，成为他生活中很大的一项要务，被誉为“照顾知识分子的知识分子”。因了这种关系和缘由，王汎森得出的结论是：“这样的角色使得他在政治态度上不可能与国民党政府决裂，他对政治的不满与批评，驱使他连续轰走两位行政院长，但他只是‘御史’，而不是革命者。”
把自己当做“御史”的傅斯年，因其本身在政学两界非同寻常的人脉背景，以及傅氏本人独特强悍的处事方式和能力，最后得到了“老大”蒋介石的尊重。蒋的尊重又加重了傅斯年以整个身心拥护国民政府的因子，对国民党和政府核心特别是蒋介石本人，越发抱有真诚的希望与幻想，这也就是为什么傅斯年参政后，一直以“御史”角色频频出现并与当朝皇亲国戚孔祥熙、宋子文之辈叫劲对垒的根由。傅当选国民政府参政员之后的一段时间，常在重庆的集会场合对党国大事发表“宏论”。据他的老友程沧波说，忽一日，傅论及当时国民政府五院院长。论孙科，说“犹吾君之子也。”论于佑老，乃是“老党人且是读书人”。论戴季陶，说：“阿弥陀佛。”论到孔祥熙，高声呈义愤状：“他凭哪一点？”
后来，傅斯年一直抓住孔祥熙、宋子文死死不放，蒋介石无可奈何，最后不得不把孔、宋分别从行政院长任上卸下来——当然，这是抗战胜利之后的事了。
傅斯年既然对“老大”介公和其操控的党国政府深以为然，且大有一荣俱荣、一损俱损之观念，这就决定了他与陶孟和虽同住李庄一隅之地，却“鸡犬相闻，老死不相往来”的政治宿命。
如果仅是老死不相往来，陶、傅之间的关系或不至于闹到决裂甚至反目成仇。但是，既然同在中央研究院这个大铁锅里摸勺子吃饭，筷子与碗的相碰就成为不可避免的事实，何况有时候人在江湖，身不由己，陶、傅二人的分裂围绕“进军西北”事件很快展开。
1941年年初，身为中央组织部部长、中央研究院代院长的朱家骅，电召正在齐鲁大学研究所任职的顾颉刚到重庆办《文史杂志》。朱要顾去重庆的目的，不专为编《文史杂志》，还有一项重要任务，就是帮他做边疆工作。时朱家骅在组织部办了一个边疆语文编译委员会，他自兼主任，顾到后为副主任，主持委员会日常工作。这年的10月12日，对“边疆”问题极为热心的朱家骅发表了《西北建设问题与科学化运动》一文，鼓动科学工作者“到西北去开辟一个科学的新天地”，使原已兴起的“西北热”再度升温。顾颉刚感念朱家骅对自己有知遇之恩，上任后请了费孝通、韩儒林、李安宅等蒙、藏、阿拉伯、暹罗、安南诸种语文的专家操作起来。许多年后，石璋如回忆说：“这时政府跟民间都弥漫一股西北热。民国三十年于右任赴敦煌考察，归后盛赞敦煌景致，另外也有与我们关系不大的艺术考察团去，而更早些时候张大千已经去敦煌了，各界因此纷纷组团去西北。”
这一情形的出现，除了社会各界人士的热情，与最高领袖蒋介石的政治考虑与支持鼓动密不可分。早在几年前，蒋介石就意识到西北在政治上的危险，特别是新疆土皇帝盛世才公开对抗中央，屯兵新疆，对中央政府构成很大威胁。而盛世才与苏联关系过从甚密，强大的苏联或明或暗地打着新疆的主意，时刻准备将其吞并，划入苏俄红色帝国版图。面对这种危局，蒋介石先是忍而不发，直到1941年德国进攻苏联，斯大林无力东顾，蒋介石才趁机出动，先派朱绍良统率重兵于河西走廊，对盛氏集团形成一种强大的威慑力。1942年8月，蒋亲自乘机赴西宁、酒泉等地视察，以软中带硬的手腕解决了新疆问题，骄横跋扈的盛世才表示臣服中央政府。
西北视察归来，特别是降伏了盛世才之后，蒋介石精神振奋，同时进一步认识到西北对于中央和整个国家的重要性，遂提出“西北不但是我们抗战的根据地，而且更是我们建国最重要的基础”的主张。蒋的演说，立即在社会各界引起强烈反响，“‘开发西北、建设西北’等口号风起云涌，颇有雨后春笋之势”。
在这股大浪高潮声中，作为中央大员的朱家骅不甘落后。为了迎合蒋介石的主张，他突发奇想，提出了一个“进军西北”的计划，让李庄的陶孟和把社科所办到西北去。此事得到了原清华大学历史系主任、时任国民政府行政院政务处处长蒋廷黻的赞成，二人一拍即合。朱家骅找来陶孟和协商，陶当即表示同意，并慷慨激昂地表白道：“当此之时，有可服务国家之处，当决然担任。”朱家骅一看这阵势，立即让陶孟和拿出一个书面计划面呈最高领袖蒋介石批示。陶孟和很快把计划弄将出来，意在把社科所搬迁到兰州，专就经济及文化接触两项进行研究，并请蒋廷黻转呈介公审阅。老蒋看罢。认为这个计划正是深入贯彻自己这个最高领袖指示精神的体现，当然乐观其成，只是不知出于何种考虑，批示要社科所迁到兰州以西的地方去。这个批示令蒋廷黻和朱家骅大感意外，不知老蒋心中搞的什么鬼把戏。凭当时的猜测，蒋介石可能出于政治方面的考虑，想让陶孟和的社科所像外国传教士一样在西北乡村建立工作站，以考察民情、民风为名，潜伏于社会各阶层中，密切关注和监视对中央政府形成威胁的外在危险力量，实际上相当于中统和军统的工作站，以搜集情报为职业的特务机构。然而，中央研究院社会科学研究所是一个公开的学术研究机关，所做的事和追求的理想自然是学术事业，不可能变成一个挂着羊头卖狗肉的特情机构。既然介公已作批示，又不能送回去重批，在无力回天的情况下，为了安抚兴致正浓的陶孟和，蒋廷黻、朱家骅二人想了一个对策，由蒋廷黻出面写信给陶孟和，说道“无以介公批了迁兰州以西而失望。若干工作仍可在兰州作，只是牌子挂于兰州以西”云云。
按照对这段历史有过专门研究的台湾近代史研究所研究员潘光哲的推测，当时陶孟和之所以很痛快并热心“进军西北”，他有自己的一个小算盘，这就是“名义上是迁，实际上是添”，即社科所本部仍在李庄扎根不动，凭借政府拨发的一笔经费，另外聚集一部分人马在兰州安营扎寨，形成事实的社科所分所。如此这般，经费既足，人马强壮，活动范围广大，就自然能产出丰厚的科学研究成果，陶孟和与整个所内人员也可借此扬眉吐气，以雪自离开北平加入中央研究院以来的种种怨怒与耻辱。
潘氏的推测自有道理，但似不全面，此次所谓的“进军西北”，显然是陶孟和借机摆脱傅斯年的压力，把社会学所从李庄撤出，他本人带领一帮难兄难弟进驻兰州，从此与傅斯年本人和史语所彻底断绝交往，以图眼不见心不烦，弄个难得的清静。按照当时朱家骅与蒋廷黻的设想，所谓兰州以西，不过在兰州郊外，或者在兰州与西宁交界之城镇罢了。当朱家骅与蒋延黻请示介公，这个“以西”到底要落实到何处时，想不到蒋介石大笔一挥，写上了“酒泉”二字。这个酒泉是处于兰州以西千里之外飞沙走石的不毛之地，陶孟和与手下的弟兄果真到了这块荒无人烟的沙漠戈壁，如何自处？又会有什么作为？如此一着，令所有热心奔波者都感到冷水浇头，全身发凉。
既然党国领袖白纸黑字写得清楚明白，朱家骅与蒋廷黻也不敢明目张胆地耍布袋戏，以此来摆弄精明如猴的介公。陶孟和得知此情大感沮丧，但一时又想不出对策。正在几人无计可施之时，此事被蒋廷黻讥讽为中央研究院“太上总干事”的傅斯年闻知。傅未作深究，又以“太上总干事”的习惯和派头主动致信朱家骅，开始替这位交情甚笃的上司排忧解难。信中说：
……此事大可发愁，酒泉严格说仅一油栈，如何设社会所，其中既无经济可以研究，亦无文化接触可以研究（研究文化接触最好在西宁），社会所如在西北设分所，必以兰州为宜，酒泉切切不可，此点若不改，后患无穷。若名称上在酒泉挂社会所之牌，必为空洞。以介公之热心西北，夏、秋未必不去，一看其为空洞，非真迁也，恐本院整个蒙不良之影响。”又说：“本院似不当把社会所实际上放在李庄，分店在兰，牌子却挂在酒泉，而谓不在兰州也。”
傅斯年写这封信的时候，的确有点“太上”的架势，对朱家骅、蒋廷黻与陶孟和串通弄出的这个到西北创办社科所的主张，表面上热心，实则心存介蒂。傅意识到西北之重要，但只是限于政治上之危局，至于朝野上下掀起的西北建设和立国之本之类的说法，颇不以为然，并有轻视之意。在这样的思想观念指导下，傅斯年对陶孟和主张社科所搬迁西北的构想，曾戏谑道：“引当时报上一名词云‘阳奉阴违，贻误要公’以为笑谑。”两个月后，傅斯年综合各种信息分析，突然感到苗头不对，陶孟和如此热心“进军西北”，分明是和自己争地盘的一个阴谋。早在南京中央研究院招降北平的陶孟和旧部时，满身霸气与嗅觉敏锐的傅斯年就曾专门找到陶订了一个“君子之约”，其中有“近一百年史，即鸦片战争起，由社会所办，其设备亦由社会所”。而鸦片战争之前的历史，则由傅主持的史语所办，社科所不得染指。傅斯年在后来的行事中，确是实实在在地履行了这个君子协定。史语所研究人员全汉升“昔有志治近代一问题”，被傅斯年及时阻止，傅命其研究范围只能在清初以上，不得窥视近代。傅氏如此，陶孟和也只好号令手下弟兄不能窥视近代以上，两所人员可谓大路朝天，各走一边，井水不犯河水。令傅斯年想不到的是，此次陶孟和借“进军西北”之机，已经暗中招兵买马，扩军备战，开始了实际行动。据朱家骅透露，陶孟和欲把顾颉刚在重庆办《文史杂志》招聘的费孝通、韩儒林、李安宅等辈，全部弄到驻兰州的社科所分所，以壮声势。李安宅早年毕业于燕京大学，与费孝通亦师亦友；韩儒林虽毕业于北大哲学系，但后来任教于燕京，顾颉刚在重庆时，一度受中央大学校长顾孟馀邀请，出任中大出版部主任，边疆语文编译委员工作，则由顾氏推荐的这位蒙藏史专家韩儒林主持。
几年前在昆明时，傅斯年就因吴文藻、费孝通鼓捣出一个所谓的“民族学会”，另立山头与史语所相抗衡大为恼火，直至双方干戈相向，傅用奇计把吴、费等辈山头推倒削平为止。现在陶孟和又暗中拉拢集结费孝通等“燕大派”进入中央研究院社科所，企图啸聚山林荒野，与史语所抗衡对垒，这还得了？于是，傅斯年立即致函陶孟和，内有“恐有大规模之重复在后，未便再颟顸下去”等敲山震虎式警告和交涉之语。陶孟和正为“分店在兰，牌子在酒泉”之事如何蒙混过关大伤脑筋，忽见傅斯年以咄咄逼人的气势对自己所做的一切横加指责，自是不甘臣服，当场挥毫予以反击：“……今又遭一再鞭扑，且警告以所请之人不得任为研究员（实际上现仅有一人），弟行能无似，如足下承认弟无资格进行西北工作，或须完全退出‘中央研究院’，尚祈坦白告我为幸。”
傅斯年接函，见对方不把自己这位“太上总干事”放在眼里，竟敢公开叫板儿，火气更盛，高血压呼呼上蹿，再度泼墨挥毫，除了对陶孟和严加痛责，还致书朱家骅，把陶孟和欲“挂空牌于酒泉”的设想，上升到“近于蒙蔽政府之事”的政治高度，并坚称此为“院务之大事”，应该“闻之院务会议，以商其各种可能之利害”，因为这等大事。并不是院长和某位所长合谋就可以算数和应该执行的事情。至于中央研究院的发展前景，该如何擘拟，不容许“黑箱操作”。傅斯年此言既有政治高度，又有理论依据，还有事实上的利害得失，可谓步步为营，刀刀见血，针针封喉，令处于党国大员地位又“高处不胜寒”的朱家骅闻之心惊肉跳，不得不好好思量一番。
已经开始对傅斯年打压进行反击的陶孟和并不服气，他再次致函傅斯年直言不讳地说：“退一步讲，中国学术工作，以至近于学术之工作如此幼稚，研究之处女领土如此之大，‘重复’……又有何妨？”而傅斯年最不能容忍的就是别人与自己所掌控的领域“重复”，与自己“重复”，就等于另立山头。扯旗造反，向自己宣战。这一点，从傅氏当年特别看重的弟子夏鼐于1955年的说辞中即可以明了。时任中国科学院考古研究所副所长的夏鼐，在政治压力下，于同年《考古通讯》第三期发表了《批判考古学中的胡适派资产阶级思想》一文，文中列举了胡适多条罪状，其中第五条便是：“宗派林立，学阀称霸。胡适傅斯年辈学阀，是以研究机构和高等学校作为地盘的，成为一种排他性的宗派。像军阀一样，他们虽时常打算扩充地盘到别人的势力范围中去，但自己的地盘是决不容他人染指的。这种风气也传染到考古工作中去。”夏鼐这些话，虽是处于当时严酷的政治形势而不得不为之，但也从另一个侧面反映了胡适、傅斯年确实有这方面的毛病。
而在社科所于西北挂牌的问题上，傅斯年见陶孟和把自己的警告当做耳旁风，且还振振有词地予以辩驳，气恼中再度给朱家骅发一密函，除了要求把此事“闻之院务会议”，还想出另外打压制裁陶孟和的一个计策，强烈要求将社科所与史语所“两所工作之分界，提交院务会议”，当院务会议将分界划清并得到两所负责人认可后，另“由全院办一中央研究院西北工作站”，以便集中强有力的人员做更全面的工作。
陶孟和得知傅斯年的密函内容，深知这是傅在中间搅浑水的把戏，假如全院在西北办一工作站，派去的人员自然又是以史语所为龙头老大，社科所人员还是在他们的打压欺负之下且永无出头之日。想到这里，陶孟和大怒，再也顾不得作为长辈的面子，干脆撕破脸皮，以牙还牙，并以“足下伎俩高超，素所深悉”等语致函傅斯年，对其言行大加痛斥。傅斯年接函自是怒火万丈，当即回函予以反击，其中特别提到“伎俩”一词。傅说道：
伎俩一词，其Connotations在中国虽无标准字典，然试看《聊斋》、《西游》、《儿女英雄传》、《封神榜》等书，完全是一句骂人很重的话，意为“小小阴谋”之类或英语之treacherous，……此等骂人话，最好盼望我公收回，即是说，下次来信，声明收回“足下伎俩高超，素所深悉”十个大字，除非我公认为不必再作朋友的话。
双方情绪至此，已形同战场上的肉搏状态，裂痕既开，很难融合。又经过几个回合的交锋，二人的裂痕越来越大。最终的结局是，陶、傅二人形同仇寇，无论是陶孟和设想的“分店在兰，牌子却挂在酒泉”，还是傅斯年构想的“西北工作站”的对应之策，统统成了泡影。
意想不到的是，由于李约瑟的到来，形同陌路且于对方心怀耿耿的陶、傅二人，又暂时摈弃前嫌，双手握到了一起。
关于两位学术巨头是以何等心境和缘由，在这样的时间和场合走到了一起，历史没有留下详细记录，只是后来林徽因在给费正清夫妇的信中透露了只言片语，信中称：“有人开玩笑说，梁思成成功地使平时有嫌隙的陶孟和博士与傅斯年博士在李约瑟的讲演会上当众握手言和，应当获诺贝尔和平奖。这件事因为在大庭广众下发生，更具戏剧效果。它刚好在李教授在中央博物院大礼堂作讲演之前那一刻发生的。据报道，许多人暗自为这件事鼓了掌。李济博士走上前去和梁思成握了手，并且私下说要授给思成诺贝尔和平奖。”林徽因在信中特别提及让费正清夫妇放心，并言“人类总的来说还是大有希望的”。最后又突如其来地插进一句：“这次和解的基本工作还得归功于某位人士。这位人士有拼命卷入别人是非的癖好，而且尽人皆知。”
林徽因所说的“某位人士”，随着当年在李庄的知情者一个个凋谢而难以查考。金岳霖晚年曾说过一句话：“陶孟和先生是我的老朋友，后来在四川李庄同我发生了矛盾，但是，那是个人之间的小事。”话到此处没有接着说下去，具体细节不得而知。或许，这个矛盾与林徽因提到的“某位人士”卷人金、陶或沈性仁之间的是非亦有关联，只是真相到底如何，尚不能确定，这个插曲或将成为一个永久悬案而无法破解了。