对初期的日本科幻小说界来说，逐一反驳批评的声音，是为了保护培育这一体裁，也许是必要的。不过，要使这一体裁兴盛，还是要有让读者称赞的作品问世才行。
这时候，小松左京创作的《日本阿帕奇族》发表了，故事描写的是战后底层民众的生活，在那些以拾铁屑为生的民众中间，出现了以铁屑为食的人群，不久，他们就与人类分化了。作品中虽然残留着战争的阴影，不过大胆地加入了社会主义革命和民族感情的类推。这是一部在文学性和社会性方面都有深刻科幻价值的作品。
巽孝之在《日本变格文学》中写道：“（尽管作品发表以来过去了几十年，但是价值依然）《日本阿帕奇族》闪光点，不是在主人公自己从某个瞬间从消极意义上感觉铁屑‘苦’这样的‘存在论的界限’上，而是在积极意义上觉得‘似乎很好吃’（第一章第一节 11页），表现在对恶俗的东西觉得是美味的这种‘审美能力的革命’上以及这种看上去是受虐的‘审美能力的革命’才是作为带来高度的建设性的‘人类超级进化’契机，这才是值得思索的地方吧。从这一点上说，小松左京即使在介入同时代的问题的时候，也不忘涉及普遍性课题的姿态。”
《日本阿帕奇族》在昭和39（1964）年3月由光文社文库出版，随即成为最畅销书。顺带提一下，看一下这本书的版权页，竟有三个不同印刷所的版本。如果收藏的话，必须把三种“第一版”收齐，还真是不容易。
当时最不容易的是福岛正实。小松左京的第一部长篇科幻由其他出版社出版，而且还成为热门畅销书。在受到鼓励的同时，也感觉到科幻作家们的实力以及社会的评价已超出自己的控制在发展，他感受到一种复杂的冲击。于是，福岛正实向小松左京、筒井康隆、星新一等约稿长篇小说。开始编辑出版的《日本科幻系列》，这是代表日本第一代科幻作家的一个创作高峰的里程碑性质的丛书，下面记录的是这套丛书的作品一览：
1.《复活之日》，小松左京，（昭和39年8月）
2.《黄昏返回》，光濑龙，（昭和39年11月）
3.《梦魔的标靶》，星新一，（昭和39年12月）
4.《EXPO\'87》，眉村卓，（昭和43年12月）
5.《人型生物》，安部公房，（昭和42年1月）
6.《透明受孕》，佐野洋，（昭和40年10月）
7.《超级间谍》，小松左京，（昭和40年6月）
8.《48亿的妄想》，筒井康隆，（昭和40年12月）
9.《幻影的构成》，眉村卓，（昭和41年7月）
10.《百亿之昼、千亿之夜》，光濑龙，（昭和43年3月）
11.《在无尽流变的尽头》，小松左京，（昭和41年7月）
12.《蒙古的余晖》，丰田有恒，（昭和42年9月）
13.《马首风云录》，筒井康隆，（昭和42年12月）
14.《超级城市之虎》，平井和正，（昭和43年9月）
15.《夏娃的时代》，多岐川恭，（昭和44年7月）
附卷《科幻入门》，福岛正实，（昭和40年5月）
附卷《科幻英雄群像》，野田昌宏，（昭和44年2月）
另外，在昭和43（1968）年，《世界科幻全集》（早川书房）也开始出版。其中有石川乔司编写的《日本古典篇》，这是尝试着在日本文学史中来把握日本科幻小说。
尽管科幻小说界呈现繁荣景象，优秀作品也不断问世，但是当时日本社会还有对科幻小说极深的偏见。最典型的事例就是《朝日新闻》昭和42（1967）年12月8日“目标”栏目所刊登的“日本的科幻小说”这篇批评文章引发的事件。
“为什么科幻小说会有这么多无聊的东西呢？虽然无聊，但是为何又没有受到批评呢？”以X匿名发表的这篇文章在开篇就带有挑衅般的语调，文章指责说：“读了日本科幻系列等，看到的都是新种微生物登场啦、人类灭绝啦、地球毁灭啦等等，还有啦、还有啦之类的模式。”
文章中小松左京似乎成为重点批评的目标，措词也不留情面：“《复活之日》的作者等人应该读过爱伦堡的《灭欧托拉斯》，应该觉察到自己的浅薄。”
我觉得《灭欧托拉斯》应该是价值很高的作品，但是如果依据X先生的理论，感觉就成了阶级差别、阴谋史观、革命教唆等等，还有啦、还有啦的模式。
这篇短文从批评科幻小说转到最终的结论：“问题意识浅薄，不‘虚构’的科幻作家走向毫无变革性的未来学是必然的。”
“未来学”在昭和40年代流行，是社会学者、作家以及财界人士、政治家参加的活动，小松左京是主要倡导者之一。这篇文章与其说是批评科幻小说，不如说是批判未来学。进一步说，这是一篇批评社会主义以外的探索“未来”的举动的文章，简而言之，就是伪装的政治性言论。
小松左京在《朝日新闻》9月5日晚报上发表了“向目标专栏——‘日本的科幻小说’进一言”的反驳文章，“指责我的作品‘浅薄’，再看看搬出的《灭欧托拉斯》，就觉得你的‘思想’观点中有种可怕、陈腐、世俗的感觉。”小松左京在文章中这样阐述，就是觉察到其背景。
科幻小说“浅薄”这一言论是对小松左京的作品不信仰社会主义或共产主义理想，以相对主义的方式看待世界的批评。的确，科幻作家在不同场合，即使是自己信仰的思想，也将其相对化，显得脱离本意的情况很多。仅仅信奉一种理想，禁止一切批评的、停止“认真”思考会产生什么呢？如果是日本人的话，小松左京的科幻小说就是从经历过太平洋战争的地方开始的。而且，这样的相对主义在筒井康隆身上，在光濑龙以及丰田有恒作品中都存在着。可以说，光濑龙的《百亿之昼、千亿之夜》把宗教相对化了；丰田有恒的《蒙古的余晖》把历史相对化了；而筒井康隆的《48亿的妄想》把影像媒体、“看见现实”的自身相对化了。
三浦雅士评论《48亿的妄想》说：“筒井康隆是个从出发之初就执著地追求现实的非现实性的作家。简而言之，筒井康隆不认为眼前的现实就是所谓的现实，大概现在也没有那样认为。根据筒井康隆观点，那才是人类应该拥有的东西。以怀疑现实为主题的作品很多，但是在自然主义以及其变体的私小说中是不存在的。因为无论如何都必须立足于现实。因此，筒井康隆向Science Fiction（科幻小说）领域进军也是必然的结果。”（《忧郁的水脉》）
日本科幻小说不设禁忌，对一切事物都投去怀疑的目光，对宗教也好、对思想也好、对历史也好，一直抱着不委曲求全的批评精神，不落入虚无主义的俗套，通过这样的不断努力，推进独特的发展。站在这一视角时，传说中他们狂热的喧闹所包含的意义也就能够体谅了。在冷战模式解体，相对主义在思想界扩散的20世纪80年代，科幻小说流行的理由也就渐渐为世人所理解，不过，这都是后话了。