东南沿海地区、西南高原地区和广大的北方地区，甚至在偏远的山麓，在孤立的海岛，虽然远离新石器文化发达的中部地区，但也有史前居民在那里繁衍生息，遗留下许多各具特色的文化遗迹。这些居民中的不少部族，就是现代一些少数民族的祖先。
在福建闽江下游地区，有以闽侯昙石山遗址命名的昙石山文化，时代估计可早到距今4000—3500年。昙石山人虽然已有农耕和畜养，渔猎在经济生活中仍占有重要地位，以海生贝类为主要食物之一。与福建隔海相望的台湾岛及澎湖、兰屿诸岛，也都有新石器时代居民生活的遗迹。因台北县大坌〔ben笨〕坑遗址得名的大坌坑文化，有简单的石器和粗糙的陶器，渔捞经济可能占主导地位，未见农耕和家畜存在的证据，年代可早到距今6400年前。稍后有圆山文化，因台北市圆山遗址而得名，有进步一些的石器和陶器，时代为距今4400—3000年前或更晚。
华南的两广地区，发现不少洞穴遗址和贝丘遗址。有些洞穴遗址发现的磨制石器远少于打制石器，也不见陶器，文化堆积中有十分丰富的兽骨和螺蚌壳，年代可早到距今一万年前，应是属于新石器时代早期的遗存。在部分贝丘遗址中，打制石器亦多于磨制石器，但出现了粗糙的陶器，也有大量介壳发现，表明当时是以经营渔捞为主，还不能肯定有农耕活动。稍晚一些的遗址不仅有了农耕遗迹，制陶技术也有了显著提高。
华南地区发现的最有代表性的史前农耕文化是石峡文化，因广东曲江县石峡遗址而得名，时代为距今5000—4000年前。石峡人种植水稻，有加工精细的石器和玉器；陶器采用轮制技术，器型变化多样；流行二次迁葬习俗，注重用生产工具随葬，有随葬100多件陶器、石器和玉器的大型墓葬。
西南地区也发现了不少新石器遗址，但系统发掘做得不多，比较重要的有云南宾川县白羊村遗址和西藏昌都的卡若遗址等。白羊村遗址位于滇西洱海地区，白羊村人生活的时代可早到距今4200年前，种植水稻，饲养家畜，使用磨光石器和器型简单的手制陶器；居住长方形地面建筑，墓葬有单人葬和合葬，基本不见随葬品。
卡若遗址位于海拔3100米的昌都附近的澜沧江边，后来命名为卡若文化，时代为距今5300—4000年前。卡若人有同于黄河流域的农作物粟，也饲养有猪和牛等，大量使用打制石器，有一定数量的磨光石器和细石器；陶器较粗糙，器型也很单纯；居住半地穴式和地面式房子，以石块为建筑材料。
在东北三省、内蒙古和新疆所在的北方地区，也进行了许多考古调查和发掘工作，发现了一些比较重要的文化遗存。东北地区年代较早的新石器文化是兴隆洼文化，因内蒙古敖汉旗兴隆洼遗址而得名，年代为距今8000—7500年前。兴隆洼人有手制夹砂陶，使用的石器有打制的、磨光的和细石器，建有半地穴式居址。年代稍晚的有新乐文化，因沈阳新乐遗址而得名，约为距今7300—6800年前。新乐人有一定的农耕活动，石器类型与陶器器型同兴隆洼文化有相近之处。
在黑龙江密山县，70年代发掘了新开流遗址，因此命名为新开流文化，年代为距今6000年前。新开流人以渔捞经济为主，发现有大量渔具，还有不少藏鱼的窖穴，未见农耕和家畜存在的证据；石器有磨光斧、凿，也有细石器；陶器为手制，器类不多；有公共墓地，流行二次合葬，随葬品主要为生产工具。
在辽宁长海的广鹿岛发掘的小珠山遗址，是一处很有特点的海岛史前遗存，年代可早到距今6500年前，延续2000年上下。小珠山人有粟类作物栽培，饲养猪和狗，亦取海生贝类为生，居住半地穴式房屋，发掘时未见到墓葬。
在长城以北的赤峰，30年代发掘了红山后遗址，后来命名为红山文化，年代约为距今6000年上下，与仰韶文化年代大体相当。红山人有农耕和家畜养殖；以石块砌筑祭台和神庙，用黏土塑造神像；墓葬有积石冢和石棺葬，大墓随葬品比较丰富；以玉石制作装饰品和艺术品，有了龙形玉雕。
在内蒙古和新疆地区的多次考古调查中，发现了不少含有细石器的文化遗址，作过一定规模发掘的遗址不多，要全面认识它们的文化面貌尚有一定困难。过去人们曾将细石器作为北方草原文化的一个重要特征看待，认为华北地区是细石器起源的中心地带。近些年在南方地区也发现了不少细石器地点，究竟是一地起源还是多中心起源，还有待深入研究。