翰林院：掌编修国史、草拟有关典礼的文件等事。最高长官为掌院学士（从二品），属官有侍读学士（从四品）、侍讲学士（从四品）、侍读（从五品）、侍讲（从五品）、修撰（从六品）、编修（正七品）、检讨（从七品）等。
都察院：是监察、弹劾及建议机关。最高长官为左都御史（从一品），属官有左副都御史（正三品，例由在京部、院大臣兼）、六科掌印给事中（正四品）、御史（从五品）等。右都御史（从一品）例由地方总督兼，右副都御史（正三品）例由地方巡抚兼。
大理寺：为最高法庭性质。最高长官为大理寺卿（正三品），属官有大理寺少卿（正四品）、大理寺左右寺丞（正六品）、大理寺左右评事（正七品）等。
太仆寺：掌马政。最高长官为太仆寺卿（从三品），属官有太仆寺少卿（正四品）、太仆寺员外郎（从五品）、太仆寺主事（正六品）、太仆寺主簿（正七品）等。
太常寺：掌宗庙祭祀事务。最高长官为太常寺卿（正三品），属官有太常寺少卿（正四品）、太常寺员外郎（从五品）、太常寺满汉寺丞（正六品）、太常寺协律郎（正八品）等。
詹事府：是文学侍从、词臣迁转之阶。原归翰林院，后单设。最高长官为詹事府詹事（正三品），属官有詹事府少詹事（正四品）、詹事府左右春坊庶子（正五品）、詹事府左右春坊中允（正六品）、詹事府左右春坊赞善（从六品）、詹事府主簿（从七品）等。
宗人府：是管理皇室宗族事务的机构。最高长官称宗人府令（正一品），由宗室王公大臣兼领，属官有宗人府丞（正三品）、宗人府理事（正五品）、宗人府副理事（从五品）、宗人府经历（正六品）等。
吏部：掌全国文官品秩、铨叙、考课、黜陟和封授。最高长官为尚书（从一品）、左右侍郎（正二品），属官有郎中（正五品）、员外郎（从五品）、主事（正六品）等。
户部：掌财赋户籍等事。最高长官与属官设置同上。
礼部：掌礼仪、祭祀、贡举、教育。最高长官与属官设置同上。
工部：掌各项工程、工匠、屯田、水利、交通。最高长官与属官设置同上。
兵部：掌全国武官黜陟、兵籍、军械、关禁、驿站等。最高长官与属官设置同上。
刑部：掌全国刑狱。最高长官与属官设置同上。